Revision 23de68fc
Added by Andreas Müller about 1 year ago
- added
- modified
- copied
- renamed
- deleted
- cdmlib-api
- cdmlib-cache
- cdmlib-commons
- pom.xml (diff)
- src
- main
- java
- test
- main
- cdmlib-ext
- cdmlib-io
- src
- main
- java
- eu
- etaxonomy
- cdm
- io
- api
- berlinModel
- cdm2cdm
- common
- CdmApplicationAwareDefaultExport.java (diff)
- CdmApplicationAwareDefaultImport.java (diff)
- CdmDefaultExport.java (diff)
- CdmDefaultIOBase.java (diff)
- CdmDefaultImport.java (diff)
- CdmExportBase.java (diff)
- CdmImportBase.java (diff)
- CdmIoBase.java (diff)
- DbExportBase.java (diff)
- DbExportConfiguratorBase.java (diff)
- DbExportStateBase.java (diff)
- DbImportBase.java (diff)
- DbImportConfiguratorBase.java (diff)
- DbImportStateBase.java (diff)
- DefaultImportState.java (diff)
- ExportConfiguratorBase.java (diff)
- ExportStateBase.java (diff)
- ImportHandlerBase.java (diff)
- ImportHelper.java (diff)
- ImportStateBase.java (diff)
- ImportWrapper.java (diff)
- IoConfiguratorBase.java (diff)
- IoStateBase.java (diff)
- MapWrapper.java (diff)
- PartitionerProfiler.java (diff)
- RelatedObjectsHelper.java (diff)
- ResultSetPartitioner.java (diff)
- ResultSetProxy.java (diff)
- Source.java (diff)
- TaxonNodeOutStreamPartitioner.java (diff)
- TaxonNodeOutStreamPartitionerConcurrent.java (diff)
- TdwgAreaProvider.java (diff)
- XmlExportConfiguratorBase.java (diff)
- XmlExportState.java (diff)
- XmlImportBase.java (diff)
- XmlImportState.java (diff)
- events
- mapping
- CdmAttributeMapperBase.java (diff)
- CdmIoMapping.java (diff)
- CdmMapperBase.java (diff)
- CdmSingleAttributeMapperBase.java (diff)
- DbIgnoreMapper.java (diff)
- DbImportAnnotationCreationMapper.java (diff)
- DbImportAnnotationMapper.java (diff)
- DbImportCommonNameCreationMapper.java (diff)
- DbImportDefinedTermCreationMapperBase.java (diff)
- DbImportDescriptionElementCreationMapperBase.java (diff)
- DbImportDescriptionElementSourceCreationMapper.java (diff)
- DbImportDistributionCreationMapper.java (diff)
- DbImportDoiMapper.java (diff)
- DbImportExtensionCreationMapper.java (diff)
- DbImportExtensionMapper.java (diff)
- DbImportExtensionTypeCreationMapper.java (diff)
- DbImportFeatureCreationMapper.java (diff)
- DbImportImageCreationMapper.java (diff)
- DbImportImageGalleryMapper.java (diff)
- DbImportLsidMapper.java (diff)
- DbImportMapperBase.java (diff)
- DbImportMapping.java (diff)
- DbImportMarkerCreationMapper.java (diff)
- DbImportMarkerMapper.java (diff)
- DbImportMediaMapper.java (diff)
- DbImportMethodMapper.java (diff)
- DbImportMultiAttributeMapperBase.java (diff)
- DbImportMultiLanguageTextMapper.java (diff)
- DbImportNameTypeDesignationMapper.java (diff)
- DbImportObjectCreationMapper.java (diff)
- DbImportObjectCreationMapperBase.java (diff)
- DbImportObjectMapper.java (diff)
- DbImportStringMapper.java (diff)
- DbImportSupplementCreationMapperBase.java (diff)
- DbImportSynonymMapper.java (diff)
- DbImportTaxIncludedInMapper.java (diff)
- DbImportTextDataCreationMapper.java (diff)
- DbImportTimePeriodMapper.java (diff)
- DbImportTruncatedStringMapper.java (diff)
- DbImportUuidMapper.java (diff)
- DbNotYetImplementedMapper.java (diff)
- DbSingleAttributeImportMapperBase.java (diff)
- InputTransformerBase.java (diff)
- MultipleAttributeMapperBase.java (diff)
- UndefinedTransformerMethodException.java (diff)
- berlinModel
- out
- CdmDbExportMapping.java (diff)
- CollectionExportMapping.java (diff)
- CreatedAndNotesMapper.java (diff)
- DbAnnotationMapper.java (diff)
- DbAreaMapper.java (diff)
- DbBooleanMapper.java (diff)
- DbClobMapper.java (diff)
- DbConstantMapper.java (diff)
- DbDateMapper.java (diff)
- DbDescriptionElementTaxonMapper.java (diff)
- DbDistributionStatusMapper.java (diff)
- DbDoiMapper.java (diff)
- DbExportIgnoreMapper.java (diff)
- DbExportMapperBase.java (diff)
- DbExportNotYetImplementedMapper.java (diff)
- DbExtensionMapper.java (diff)
- DbFixedIntegerMapper.java (diff)
- DbFixedStringMapper.java (diff)
- DbImageMapper.java (diff)
- DbIntegerAnnotationMapper.java (diff)
- DbIntegerExtensionMapper.java (diff)
- DbLanguageMapper.java (diff)
- DbLastActionMapper.java (diff)
- DbMarkerMapper.java (diff)
- DbNullMapper.java (diff)
- DbObjectMapper.java (diff)
- DbOriginalNameMapper.java (diff)
- DbSequenceMapper.java (diff)
- DbSimpleFilterMapper.java (diff)
- DbSingleAttributeExportMapperBase.java (diff)
- DbSingleSourceMapper.java (diff)
- DbStringMapper.java (diff)
- DbTextDataMapper.java (diff)
- DbTimePeriodMapper.java (diff)
- DbUriMapper.java (diff)
- DbUserMapper.java (diff)
- ExportTransformerBase.java (diff)
- IdIncMapper.java (diff)
- IdMapper.java (diff)
- IndexCounter.java (diff)
- MethodMapper.java (diff)
- ObjectChangeMapper.java (diff)
- utils
- csv
- caryophyllales
- redlist
- demo
- out
- CsvExportBaseRedlist.java (diff)
- CsvId.java (diff)
- CsvMetaDataRecordRedlist.java (diff)
- CsvRecordBaseRedlist.java (diff)
- CsvTaxExportConfiguratorRedlist.java (diff)
- CsvTaxExportRedlist.java (diff)
- CsvTaxExportStateRedlist.java (diff)
- CsvTaxExportTransformerRedlist.java (diff)
- CsvTaxRecordRedlist.java (diff)
- descriptive
- distribution
- dwca
- in
- DwcTaxonCsv2CdmTaxonRelationConverter.java (diff)
- DwcTaxonStreamItem2CdmTaxonConverter.java (diff)
- DwcaDataImportBase.java (diff)
- DwcaDataImportConfiguratorBase.java (diff)
- DwcaDataImportStateBase.java (diff)
- DwcaImport.java (diff)
- DwcaImportConfigurator.java (diff)
- DwcaImportState.java (diff)
- DwcaImportTransformer.java (diff)
- DwcaZipToStreamConverter.java (diff)
- EolAgent2CdmConverter.java (diff)
- GbifDescriptionCsv2CdmConverter.java (diff)
- GbifDistributionCsv2CdmConverter.java (diff)
- GbifImageCsv2CdmConverter.java (diff)
- GbifReferenceCsv2CdmConverter.java (diff)
- GbifTypesAndSpecimen2CdmConverter.java (diff)
- GbifVernacularNameCsv2CdmConverter.java (diff)
- out
- DwcaDataExportBase.java (diff)
- DwcaDescriptionExport.java (diff)
- DwcaDescriptionRecord.java (diff)
- DwcaDistributionExport.java (diff)
- DwcaDistributionRecord.java (diff)
- DwcaEmlExport.java (diff)
- DwcaEmlRecord.java (diff)
- DwcaExportBase.java (diff)
- DwcaId.java (diff)
- DwcaImageExport.java (diff)
- DwcaImageRecord.java (diff)
- DwcaMetaDataExport.java (diff)
- DwcaMetaDataRecord.java (diff)
- DwcaRecordBase.java (diff)
- DwcaReferenceExport.java (diff)
- DwcaReferenceRecord.java (diff)
- DwcaResourceRelationExport.java (diff)
- DwcaResourceRelationRecord.java (diff)
- DwcaResultWriter.java (diff)
- DwcaTaxExport.java (diff)
- DwcaTaxExportConfigurator.java (diff)
- DwcaTaxExportState.java (diff)
- DwcaTaxExportTransformer.java (diff)
- DwcaTaxonExport.java (diff)
- DwcaTaxonRecord.java (diff)
- DwcaTypesExport.java (diff)
- DwcaTypesRecord.java (diff)
- DwcaVernacularExport.java (diff)
- DwcaVernacularRecord.java (diff)
- TermMapping.java (diff)
- in
- excel
- identifier
- jaxb
- markup
- LookAheadEventReader.java (diff)
- MarkupDocumentImport.java (diff)
- MarkupDocumentImportNoComponent.java (diff)
- MarkupFeatureImport.java (diff)
- MarkupImportBase.java (diff)
- MarkupImportConfigurator.java (diff)
- MarkupImportState.java (diff)
- MarkupKeyImport.java (diff)
- MarkupModsImport.java (diff)
- MarkupNomenclatureImport.java (diff)
- MarkupSpecimenImport.java (diff)
- MarkupTransformer.java (diff)
- UnmatchedLeads.java (diff)
- handler
- operation
- pilotOutputHtml
- reference
- sdd
- specimen
- SpecimenImportBase.java (diff)
- SpecimenUserInteraction.java (diff)
- UnitsGatheringArea.java (diff)
- UnitsGatheringEvent.java (diff)
- abcd206
- excel
- in
- ExtensionTypeExcelImport.java (diff)
- NamedAreaLevelExcelImport.java (diff)
- NamedAreaLevellRow.java (diff)
- SpecimenCdmExcelImport.java (diff)
- SpecimenCdmExcelImportConfigurator.java (diff)
- SpecimenCdmExcelImportState.java (diff)
- SpecimenCdmExcelTransformer.java (diff)
- SpecimenRow.java (diff)
- SpecimenSynthesysExcelImportConfigurator.java (diff)
- SpecimenSynthesysExcelImportState.java (diff)
- SpecimenSythesysExcelImport.java (diff)
- in
- gbif
- stream
- CsvStream.java (diff)
- FilteredStream.java (diff)
- ListReader.java (diff)
- LookAheadStream.java (diff)
- PartitionableConverterBase.java (diff)
- StreamImportBase.java (diff)
- StreamImportConfiguratorBase.java (diff)
- StreamImportStateBase.java (diff)
- StreamItem.java (diff)
- StreamPartitioner.java (diff)
- excel
- mapping
- terms
- taxonx
- taxonx2013
- tcsrdf
- CdmOneToManyXmlMapper.java (diff)
- CdmSingleAttributeRDFMapperBase.java (diff)
- CdmTextElementMapper.java (diff)
- CdmUnclearMapper.java (diff)
- TcsRdfImportBase.java (diff)
- TcsRdfImportConfigurator.java (diff)
- TcsRdfImportState.java (diff)
- TcsRdfReferenceImport.java (diff)
- TcsRdfTaxonImport.java (diff)
- TcsRdfTaxonNameImport.java (diff)
- TcsRdfTaxonNameRelationsImport.java (diff)
- TcsRdfTaxonRelationsImport.java (diff)
- TcsRdfTransformer.java (diff)
- tcsxml
- CdmSingleAttributeXmlMapperBase.java (diff)
- DefaultTcsXmlPlaceholders.java (diff)
- TcsXmlTransformer.java (diff)
- in
- CdmTcsXmlImport.java (diff)
- TcsXmlImportBase.java (diff)
- TcsXmlImportConfigurator.java (diff)
- TcsXmlImportState.java (diff)
- TcsXmlMetaDataImport.java (diff)
- TcsXmlPublicationsImport.java (diff)
- TcsXmlSpecimensImport.java (diff)
- TcsXmlTaxonImport.java (diff)
- TcsXmlTaxonNameImport.java (diff)
- TcsXmlTaxonNameRelationsImport.java (diff)
- TcsXmlTaxonRelationsImport.java (diff)
- out
- terms
- io
- cdm
- etaxonomy
- eu
- java
- test
- main
- src
- cdmlib-model
- src
- main
- java
- eu
- etaxonomy
- cdm
- aspectj
- compare
- format
- hibernate
- jaxb
- model
- agent
- common
- AnnotatableEntity.java (diff)
- Annotation.java (diff)
- AnnotationType.java (diff)
- AuthorityType.java (diff)
- AvailableForIdentifiableBase.java (diff)
- AvailableForTermBase.java (diff)
- CdmBase.java (diff)
- CdmClass.java (diff)
- Credit.java (diff)
- EventBase.java (diff)
- ExtendedTimePeriod.java (diff)
- Extension.java (diff)
- ExtensionType.java (diff)
- ExternallyManagedImport.java (diff)
- IdentifiableEntity.java (diff)
- IdentifiableSource.java (diff)
- Identifier.java (diff)
- Language.java (diff)
- LanguageString.java (diff)
- LanguageStringBase.java (diff)
- Marker.java (diff)
- MarkerType.java (diff)
- MultilanguageText.java (diff)
- RelationshipBase.java (diff)
- RelationshipTermBase.java (diff)
- SingleSourcedEntityBase.java (diff)
- SourcedEntityBase.java (diff)
- TimePeriod.java (diff)
- VerbatimTimePeriod.java (diff)
- VersionableEntity.java (diff)
- description
- CategoricalData.java (diff)
- Character.java (diff)
- CommonTaxonName.java (diff)
- DescriptionBase.java (diff)
- DescriptionElementBase.java (diff)
- DescriptionElementSource.java (diff)
- DescriptionType.java (diff)
- DescriptiveDataSet.java (diff)
- Distribution.java (diff)
- Feature.java (diff)
- FeatureState.java (diff)
- IndividualsAssociation.java (diff)
- KeyStatement.java (diff)
- MeasurementUnit.java (diff)
- MediaKey.java (diff)
- MultiAccessKey.java (diff)
- NaturalLanguageTerm.java (diff)
- PolytomousKey.java (diff)
- PolytomousKeyNode.java (diff)
- PresenceAbsenceTerm.java (diff)
- QuantitativeData.java (diff)
- SpecimenDescription.java (diff)
- State.java (diff)
- StateData.java (diff)
- StatisticalMeasure.java (diff)
- StatisticalMeasurementValue.java (diff)
- TaxonDescription.java (diff)
- TaxonInteraction.java (diff)
- TaxonNameDescription.java (diff)
- TemporalData.java (diff)
- TextData.java (diff)
- TextFormat.java (diff)
- location
- media
- AudioFile.java (diff)
- ExternalLink.java (diff)
- ExternalLinkType.java (diff)
- IdentifiableMediaEntity.java (diff)
- ImageFile.java (diff)
- Media.java (diff)
- MediaRepresentation.java (diff)
- MediaRepresentationPart.java (diff)
- MediaUtils.java (diff)
- MovieFile.java (diff)
- Rights.java (diff)
- RightsType.java (diff)
- metadata
- molecular
- name
- HomotypicalGroup.java (diff)
- HybridRelationship.java (diff)
- HybridRelationshipType.java (diff)
- NameRelationship.java (diff)
- NameRelationshipType.java (diff)
- NameTypeDesignation.java (diff)
- NameTypeDesignationStatus.java (diff)
- NomenclaturalCode.java (diff)
- NomenclaturalCodeEdition.java (diff)
- NomenclaturalStanding.java (diff)
- NomenclaturalStatus.java (diff)
- NomenclaturalStatusType.java (diff)
- Rank.java (diff)
- RankClass.java (diff)
- Registration.java (diff)
- RegistrationStatus.java (diff)
- RuleConsidered.java (diff)
- SpecimenTypeDesignation.java (diff)
- SpecimenTypeDesignationStatus.java (diff)
- TaxonName.java (diff)
- TypeDesignationBase.java (diff)
- TypeDesignationStatusBase.java (diff)
- occurrence
- Collection.java (diff)
- DerivationEvent.java (diff)
- DerivationEventType.java (diff)
- DerivedUnit.java (diff)
- DeterminationEvent.java (diff)
- FieldUnit.java (diff)
- GatheringEvent.java (diff)
- MaterialOrMethodEvent.java (diff)
- MediaSpecimen.java (diff)
- OccurrenceStatus.java (diff)
- PreservationMethod.java (diff)
- SpecimenOrObservationBase.java (diff)
- SpecimenOrObservationType.java (diff)
- permission
- reference
- taxon
- term
- DefaultTermInitializer.java (diff)
- DefinedTermBase.java (diff)
- OrderedTermBase.java (diff)
- OrderedTermVocabulary.java (diff)
- Representation.java (diff)
- TermBase.java (diff)
- TermGraph.java (diff)
- TermGraphBase.java (diff)
- TermNode.java (diff)
- TermRelation.java (diff)
- TermRelationBase.java (diff)
- TermRelationshipType.java (diff)
- TermTree.java (diff)
- TermType.java (diff)
- TermVocabulary.java (diff)
- init
- validation
- strategy
- cdm
- etaxonomy
- eu
- java
- test
- java
- eu
- etaxonomy
- cdm
- aspectj
- compare
- hibernate
- model
- agent
- common
- description
- location
- media
- molecular
- name
- BacterialNameTest.java (diff)
- BotanicalNameTest.java (diff)
- CultivarPlantNameTest.java (diff)
- HomotypicalGroupTest.java (diff)
- NameRelationshipTypeTest.java (diff)
- NameTypeDesignationStatusTest.java (diff)
- NameTypeDesignationTest.java (diff)
- NomenclaturalStatusTypeTest.java (diff)
- NonViralNameTest.java (diff)
- RankTest.java (diff)
- SpecimenTypeDesignationTest.java (diff)
- TaxonNameTest.java (diff)
- ViralNameTest.java (diff)
- ZoologicalNameTest.java (diff)
- occurrence
- reference
- taxon
- term
- strategy
- test
- validation
- BasionymsMustShareEpithetsAndAuthorsTest.java (diff)
- CorrectEpithetsForRankTest.java (diff)
- CorrectRanksForCodeTest.java (diff)
- MustHaveAuthorityTest.java (diff)
- NameMustFollowCodeTest.java (diff)
- NameValidCharactersTest.java (diff)
- ReferenceValidationTest.java (diff)
- TaxonNameCannotBeAcceptedAndSynonymTest.java (diff)
- ValidLectotypeSourceTest.java (diff)
- ValidPasswordTest.java (diff)
- ValidPointTest.java (diff)
- ValidTaxonomicYearTest.java (diff)
- ValidTypeDesignationTest.java (diff)
- cdm
- etaxonomy
- eu
- java
- main
- src
- cdmlib-persistence
- src
- main
- java
- eu
- etaxonomy
- cdm
- api
- config
- database
- CdmDataSource.java (diff)
- CdmDataSourceBase.java (diff)
- CdmPersistentDataSource.java (diff)
- DataSourceBeanLoader.java (diff)
- DataSourceNotFoundException.java (diff)
- DataSourceReloader.java (diff)
- DatabaseSchemaMismatchException.java (diff)
- DatabaseTypeEnum.java (diff)
- DbcpSaveDataSource.java (diff)
- H2Mode.java (diff)
- LocalH2.java (diff)
- LocalHsqldb.java (diff)
- PermissionDeniedException.java (diff)
- PersistentTermInitializer.java (diff)
- WrappedCdmDataSource.java (diff)
- types
- update
- AllowNullUpdater.java (diff)
- CdmUpdater.java (diff)
- ClassBaseTypeUpdater.java (diff)
- ClassChanger.java (diff)
- ColumnAdder.java (diff)
- ColumnNameChanger.java (diff)
- ColumnRemover.java (diff)
- ColumnTypeChanger.java (diff)
- ColumnValueUpdater.java (diff)
- IndexAdder.java (diff)
- IndexRenamer.java (diff)
- RelationSwapper.java (diff)
- SchemaUpdaterBase.java (diff)
- SchemaUpdaterStepBase.java (diff)
- SimpleSchemaUpdaterStep.java (diff)
- SingleTermRemover.java (diff)
- SingleTermUpdater.java (diff)
- SortIndexUpdater.java (diff)
- TableCreator.java (diff)
- TableDropper.java (diff)
- TableNameChanger.java (diff)
- TermMover.java (diff)
- TermRepresentationAdder.java (diff)
- TermRepresentationUpdater.java (diff)
- TreeIndexUpdater.java (diff)
- UniqueIndexDropper.java (diff)
- UpdaterBase.java (diff)
- VocabularyCreator.java (diff)
- v24_30
- v30_40
- ClassificationRootNodeUpdater.java (diff)
- LanguageLabelUpdater.java (diff)
- RankClassUpdater.java (diff)
- ReferencedObjTypeUpdater.java (diff)
- SchemaUpdater_30_301.java (diff)
- SchemaUpdater_31_33.java (diff)
- SchemaUpdater_331_34.java (diff)
- SchemaUpdater_33_331.java (diff)
- SchemaUpdater_341_35.java (diff)
- SchemaUpdater_34_341.java (diff)
- SchemaUpdater_35_36.java (diff)
- SchemaUpdater_36_40.java (diff)
- SpecimenMediaMoverUpdater.java (diff)
- TermVocabularyRepresentationUpdater.java (diff)
- UsernameConstraintUpdater.java (diff)
- v40_50
- InitialsUpdater.java (diff)
- NomStatusInvalidUpdater.java (diff)
- NomenclaturalCodeUpdater.java (diff)
- OrphanedKeyStatementRemover.java (diff)
- ProParteSynonymUpdater.java (diff)
- SchemaUpdater_40_41.java (diff)
- SchemaUpdater_41_47.java (diff)
- SchemaUpdater_47_50.java (diff)
- SynonymDeduplicator.java (diff)
- VocabularyOrderUpdater.java (diff)
- v505_508
- v508_511
- v50_55
- v511_512
- v512_515
- v515_518
- AltitudeMeterCorrector.java (diff)
- OriginalSpellingMover.java (diff)
- ProtologMover.java (diff)
- RecommendedMeasurementUnitAdder.java (diff)
- SchemaUpdater_5152_5180.java (diff)
- SchemaUpdater_5180_5181.java (diff)
- SchemaUpdater_5181_5182.java (diff)
- SchemaUpdater_5182_5183.java (diff)
- SchemaUpdater_5183_5184.java (diff)
- SchemaUpdater_5184_5185.java (diff)
- SchemaUpdater_5185_5186.java (diff)
- v518_522
- v522_523
- v523_525
- v525_527
- v527_529
- persistence
- dao
- dto
- fetch
- hibernate
- CacheStrategyGenerator.java (diff)
- CdmDataChangeEvent.java (diff)
- CdmDataChangeMap.java (diff)
- CdmDeleteListener.java (diff)
- CdmHibernateInterceptor.java (diff)
- CdmListenerIntegrator.java (diff)
- CdmPostDataChangeObservableListener.java (diff)
- CdmSecurityHibernateInterceptor.java (diff)
- Level2ValidationEventListener.java (diff)
- Level3ValidationEventListener.java (diff)
- PostMergeEntityListener.java (diff)
- TableGenerator.java (diff)
- TaxonGraphHibernateListener.java (diff)
- UpdateEntityListener.java (diff)
- ValidationEventListenerBase.java (diff)
- permission
- query
- validation
- cdm
- etaxonomy
- eu
- java
- test
- main
- src
- cdmlib-print
- cdmlib-remote
- cdmlib-remote-webapp
ref #9359 upgrade cdmlib to log4j 2