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feature request #5523

[DISCUSS] Do we need to distinguish homotypic and heterotypic synonym relationships

Added by Andreas Müller over 3 years ago. Updated 6 months ago.

Status:
In Progress
Priority:
Priority12
Category:
cdm
Target version:
Start date:
02/03/2016
Due date:
% Done:

0%

Severity:
normal

Description

Currently in the TaxEditor homotypic and heterotypic synonyms are only distinguished via the homotypic group of the names not by the synonym relationship type.

Only the details view does show the synonym relationship type. Often this type is not consistent with the homotypic group information as it does not change when a synonym is moved to the homotypic group of the accepted taxon.

Either we need to set in place mechanisms to keep the information in sync or we may join the 3 synonym relationship types (is synonym, is homotypic synonym and is heterotypic synonym) to become 1 single relationship type (is synonym of)

===

Also it is interesting that no one seems to use the synonym relationship types (maybe except for inferred synonyms).

They are not supported by neither the TaxEditor nor the dataportal as they both use algorithms only evaluating the homotypic group of a name.

The only use case we have is dirty/incomplete/inconsistent data that should be shown as in the original publication. However, for this specific use case we may want to create new names instead of reusing exisitng ones that belong to other homotyp. groups.

The current solution leads to problems, e.g. #5877

closely related to #5974


Related issues

Related to Edit - feature request #5974: Remove synonym relationships Closed 11/14/2016
Related to Edit - feature request #6198: Remove synonym relationships in TaxEditor Closed 11/14/2016

History

#1 Updated by Andreas Müller over 3 years ago

Hallo,

ich hatte, glaube ich, schon mal geschrieben, dass im Detail view eine homotypische Namensrelation nicht angezeigt wird, sondern fälschlicherweise eine heterotypische: [Bild]

Nun wollte ich die (korrekte) homotypische Relation wieder in eine heterotypische verwandeln (für einen Screenshot). Habe also die Synonym Relationship gelöscht und eine neue (heterotypische) eingegeben.

Das ändert aber (auch nach Reconnect) nichts – die Synonym Relationship bleibt bei heterotypisch, aber die Editor Darstellung bei homotypisch.

Welche bildet denn nun eigentlich die Datenlage ab?

Walter

====

Hallo Walter,

ja ich glaube du hattest das schon mal erwähnt. Ich habe es mir aber gerade erst richtig angeschaut.

Das scheint mal wieder eine der Altlasten des NameEditors zu sein, der wohl folgendermaßen funktioniert:

Die Darstellung im Name Editor erfolgt primär aufgrund der Homotypischen Gruppen. Der Synonymrelationstyp ist sekundär und wird beim Verändern der homotypischen Gruppen nicht mehr neu gesetzt wie es scheint.

Ich habe mir das jetzt nur in der DB und nicht im Code angeschaut.

Die explizite Anzeige der Synonymrelationen im Detailsview ist relativ neu (im letzten Jahr) und wahr v.a. eine Notwendigkeit um die Pro Parte Informationen editieren zu können.

Natürlich könnte man relativ einfach versuchen den Relationstyp nachzuziehen. Allerdings muss man dann wirklich sehr aufpassen, dass die Daten auch wirklich konsistent bleiben. Mit dem Validation-Framework wird das bereits gemacht, oder wäre zumindest leicht umzusetzen, allerdings ist dieses noch in der Testphase.

Ein bisschen frage ich mich allerdings schon, ob es sich lohnt, diese mehr oder weniger redundante Information zu speichern. Eigentlich geht aus der Logik ja schon eindeutig hervor, dass es sich bei homotypischen Namen um homotypische Relationen und bei nicht homotyischen Namen um heterotypische handeln muss.

Der einzige Fall den wir nicht abdecken ist der, bei dem aus den Daten nicht hervorgeht, ob die Namen homotypisch sind oder nicht, dass könnte man dann (auch bei Importen, bei denen die Beziehung eindeutig definierbar ist, anders als beim Editor) nicht mehr explizit definieren.

Anscheinend haben wir über viele Jahre den expliziten Beziehungstyp nicht wirklich gebraucht, weder im Editor noch im Portal, um die Daten so anzuzeigen, wie es von den Usern gewollt war. Was nicht heisst, dass es nicht auch UseCases geben könnte in der Zukunft, die dies doch benötigen.

Im Berlin Model hatten wir ja das Konzept der homotypischen Gruppen noch nicht, so dass man dort den Beziehungstyp dringender benötigte.

Was denkst du dazu? Sollten wir versuchen mit dem Konzept der homotypischen Gruppe auszukommen, und den Beziehungstyp nicht explizit zu definieren, und gibt es wichtige Fälle, in denen wir diesen brauchen?

Einen ähnlichen Fall haben wir übrigens bei den Basionymbeziehungen und den Replaced Synonyms/Blocking Names. Hier werden m.E. auch mehr Basionymbeziehungen im Editor erzeugt als zulässig, da sie i.d.R. für die ganze Gruppe vergeben werden, aber eigentlich nur für die Namen der Gruppe vergeben werden sollten, die wirklich Basionyme zueinander sind. Replaced Synonyms können hingegen derzeit nur im Details View definiert werden. Stören tut das bislang kaum jemand, erstaunlicherweise.

Viele Grüße,

Andreas M.

====

Hallo,

mir fällt kein Fall ein, bei dem man eine zusätzliche explizite Unterscheidung braucht, wenn wir homotypische Gruppen definieren. Wenn bei einem Import keine Unterscheidung haben, landet eben jeder Name zuerst in seiner eigenen Gruppe.

Innerhalb der homotypischen Gruppen sollte es aber explizite Basionym-relationships aber geben, da es eben den Fall der replaced Synonyms gibt.

Ich wollte aber eigentlich wissen, wie ich ein (z.B. ausversehen) definiertes homotypisches Synonym wieder zu einem heterotypischen machen kann.

Herzlichen Gruß

Walter

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Innerhalb der homotypischen Gruppen sollte es aber explizite Basionym-relationships aber geben, da es eben den Fall der replaced Synonyms gibt.

Im Details View ist das ja bereits machbar, da da jede Beziehung einzeln definiert werden kann. Im NameEditor gibt es nur das vereinfachte „mark as Basionym of Group“ oder so ähnlich. Da müsste man nochmal überlegen, ob und wenn ja, wie man das besser machen könnte. Nicht ganz trivial

Ich wollte aber eigentlich wissen, wie ich ein (z.B. ausversehen) definiertes homotypisches Synonym wieder zu einem heterotypischen machen kann.

Wie gesagt kann man den Beziehungstyp derzeit gar nicht setzen und, da du dem auch zugestimmt hast, werden wir ihn in Zukunft evtl. ganz entfernen (#5523). Relevant ist also lediglich die homotypische Gruppe und die kannst du wie gewohnt durch verschieben des Namens innerhalb des NameEditors verändern. Das Label (heterotypisch) im Details View sollte einfach nicht beachtet werden und wir werden es in Zukunft wohl entfernen.

AM

#2 Updated by Andreas Müller over 3 years ago

  • Target version changed from CDM UML 4.0 to CDM UML 4.1

#3 Updated by Andreas Müller about 3 years ago

  • Priority changed from New to Highest

#4 Updated by Andreas Müller about 3 years ago

  • Status changed from New to In Progress

#5 Updated by Andreas Müller almost 3 years ago

#6 Updated by Andreas Müller almost 3 years ago

  • Description updated (diff)
  • Priority changed from Highest to Priority13

#8 Updated by Andreas Müller almost 3 years ago

#9 Updated by Andreas Müller over 2 years ago

  • Target version changed from CDM UML 4.1 to Release 4.6

#10 Updated by Andreas Müller over 2 years ago

  • Target version changed from Release 4.6 to CDM UML 4.7

#11 Updated by Andreas Müller about 2 years ago

  • Private changed from Yes to No

#12 Updated by Andreas Müller about 2 years ago

  • Target version changed from CDM UML 4.7 to CDM UML 5.0

#13 Updated by Andreas Müller over 1 year ago

  • Target version changed from CDM UML 5.0 to CDM UML 5.5

#14 Updated by Andreas Müller 7 months ago

  • Priority changed from Priority13 to Priority12

#15 Updated by Andreas Müller 6 months ago

  • Target version changed from CDM UML 5.5 to CDM UML 5.10

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