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task #6580

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[DISCUSS] Correct handling for literature specimen

Added by Andreas Müller about 7 years ago. Updated about 1 month ago.

Status:
Closed
Priority:
Priority13
Category:
cdm
Target version:
Start date:
Due date:
% Done:

100%

Estimated time:
Severity:
normal

Description

Some specimen are images only published in literature, not available in collections.

We need to discuss if the current data model is sufficient for those items.

A summary of the solution can be found at #6580#note-21


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Actions #1

Updated by Andreas Müller about 7 years ago

  • Tracker changed from bug to task
Actions #2

Updated by Andreas Müller about 7 years ago

  • Private changed from No to Yes

WHK:

in Bezug auf die Algenregistrierung PhycoBank und AlgaTerra habe ich mir die Nomenklatorischen Typen näher angeschaut. Gegenüber der Modellierung zu BerlinModel-Zeiten gibt es für mich in der Praxis und der Anforderung an ein Datenbanksystem (EDIT) mehrere Änderungen.

Zwischen einer originalen Zeichnung und einem Herbarspecimen sehe ich folgende Gemeinsamkeiten und Unterschiede:
Gemeinsam: Beides ist ein Physisches Objekt in einer Sammlung welches nur zitiert werden, oder durch ein Digitalisat (Scan, Foto) in Datenbanken/Portalen gezeigt werden kann.
Unterschied: Die biologische Untersuchung (Schnitte, DNA, Mikroskopie) ist nur am Specimen möglich, daher muss zwischen PreservedSpecimen und MultimediaItem (oder äquivalenten Begriffen) unterschieden werden.
Ich sehe keinerlei Problem Zeichnungen in einer Sammlung im EDITor unter Specimen einzupflegen (außer, dass die Bezeichung Specimen in dem Fall nicht zutrifft)

Hier ein Beispiel unter der Registrierungsnummer http://phycobank.org/100028 aus dem Testbetrieb der PhycoBank Produktionsdatenbank:

Der wesentliche Unterschied besteht meines Erachtens der zwischen einer unpublizierten Zeichnung, die durch Designation zum Typus gemacht wurde und der publizierten Abbildung, die durch Designation zum Typus gemacht wurde.

Die originale unpublizierte Zeichnung ist ein Sammlungsobjekt in einer Sammlung, die publizierte Zeichnung/Abbildung ein RefDetail in einem Artikel/Buch/Part, das nur durch einen Verlag und Verlagsort, Sachtitle, Reihen oder Zeitschriftentitel gekennzeichnet wird. Die zitierte publizierte Zeichnung/Abbildung kann ebenfalls durch ein Digitalisat repräsentiert werden.

In der phykologischen Community werden eher publizierte Abbildungen designiert als unpublizierte Zeichnungen. Daher ist die saubere Dateneingabe dieses Typus notwendig. Bei höheren Pflanzen kommt dieser Fall deutlich seltener vor, aber er existiert.

Ich habe mir in CDM noch nicht angeschaut, wie das konkret modelliert ist.
Im EDITor sehe ich unter „Type Designations/Specimen/Reference & RefDetail“ allein eine Verwaltung von Sammlungsobjekten und der Referenz der Typedesignation.
Was hier zusätzlich nötig wäre, wäre die Alternative „Type Designations/Multimedia und darunter Reference & RefDetail für die publizierte Abbildung /Reference & RefDetail“ für die zusätzliche Ablage der Referenz der publizierten Abbildung.

Actions #3

Updated by Andreas Müller about 7 years ago

AK:

meines Erachtens müsste in beiden Fällen, der originalen Zeichnung die in einer Sammlung verwahrt ist als auch bei einer in einer Publikation veröffentlichten Abbildung das CDM MediaSpecimen der geeignete Objekttyp sein:

  • Originale Zeichnung: Das MediaSpecimen hat in diesem Fall eine Sammlungsummer und ist einer Collection zugeordnet
  • Abbildung in einer Publikation: Das MediaSpecimen ist in diesem Fall keiner Sammlung zugeordnet sondern hat eine Quell-Referenz. Falls es in einer Sammlung ein entsprechendes Mediaobjekt gibt dessen Abbildung in der Publikation verwendet wurde, kann diese Beziehung als Derivationsschritt abgebildet werden. Der Typusbeleg (Abbildung in der Publikation) wäre dann ein Derivat des MediaSpecimens in der Sammlung.
Actions #4

Updated by Andreas Müller about 7 years ago

WGB (earlier):

Hallo (Beispiel aus der caryo_nepenthaceae Instanz)

2 Probleme:

Der Lektotypus von Nepenthes albomarginata Lindl. ist ein Bild in
Gard. Chron. 1849: t. 3. p. : http://biodiversitylibrary.org/page/32083236

  1. Bei der Eingabe einer Type designation zu einer Art kann ich nur ein Specimen neu eingeben, nicht ein Bild als Typus zitieren (in der Type designation sollte deswegen auch besser Type statt Specimen als prompt stehen). Wenn ich in der Auswahl des Specimen auf Create a new unit klicke, bekomme ich ein New Specimen Formular, in dem der „Spec./Obs. Type“ auf Preserved Specimen festgelegt ist. Kann also derzeit wohl das Zitat des Bildes nur in den Cache eingeben.

  2. Ein Lektotype muss ja explizit designiert (publiziert!) werden – das ist dann m.A.n. die Referenz, die in der Type designation angegeben wird. Da dies ein „nomenclatural act“ ist, wäre es hier eigentlich notwendig (wie beim Protolog), auch eine Möglichkeit zu haben, eine URL für das Reference Detail einzugeben (in diesem Fall allerdings noch nicht möglich, da nur als ganzes PDF verfügbar).

siehe hierzu auch #6581, #6588 und #6589

Actions #5

Updated by Andreas Müller about 7 years ago

Hallo,

vielen Dank für diese interessante Analyse Henning.

Zu den un-/publizierten Specimen. Erstmal eine Verständnisfrage: verstehe ich es richtig, dass es für die publizierten Specimen immer oder zumindest manchmal KEINE in irgendeiner Sammlung hinterlegte Zeichnung gibt, sondern dass die EINZIGE Quelle in der Literatur/Bibliotheken zu finden sind?
Wenn ja, dann würde ich nicht primär zwischen publizierten/unpublizierten Specimen unterscheiden, sondern eher zwischen Collection Items und Non Collection Items. Solange die publizierte Zeichnung AUCH in einer Sammlung existiert unterscheidet sie sich ja nicht so sehr von der unpublizierten Zeichnung.

In beiden Fällen gibt es, zumindest derzeit, aber ein weiteres Problem. Wir verlangen im Moment für Abbildungen mehr oder weniger, dass es für diese eine/mehrere URLs gibt, unter der sie abrufbar sind, egal ob als Multimedia Item einer Sammlung oder als Scan einer Literaturseite z.B. bei BHL.
Dies ist eine Einschränkung, die dann nicht für alle Fälle funktioniert, wenn kein Onlinelink existiert.

Allerdings verlangt unsere Klasse „Media“ nicht per se eine URL, es ist nur gängige Praxis. Wir könnten natürlich auch definieren, dass eine/mehrere URLs nicht existieren müssen, sondern dass auch Offline Abbildungen damit erfasst werden können.

Die Frage ist dann, wie man in unserem Fall die Referenz da reinbekommt. Eine gute Möglichkeit wäre, wie Andreas K. schon erwähnt hat, eine Quellreferenz dran zu hängen vom Typ „Primary Media Source“, die dann also eine Referenz, ein Detail, bei Bedarf eine ID (z.B. Fig. xx), einen „Name used in Source“ etc. hinzufügt und auch noch selber annotierbar ist. Allerdings würde ich, anders als AK, die Quellreferenz nicht an das Specimen sondern an das Media hängen, denn auch wenn das Specimen hier das Bild ist, gehört die Quelle doch primär zum Bild und nur indirekt zum Specimen. Dies wäre mit den bisherigen Mitteln machbar.

Eine andere Möglichkeit wäre, bei Media noch ein zusätzliches Feld Quelle hinzuzufügen, die für solche Media/Bilder, die explizit aus der Literatur stammen, eine spezifische Quelle anzugeben. Das nimmt den etwas unspezifischen Character aus Quelle unter vielen möglichen Quellen. So was ähnliches haben wir bei MediaSpecimen („MultiMediaItems“) gemacht. Im hiesigen Fall würde ich aber wohl wie Andreas K. für die erste Lösung plädieren.

Allerdings sollten wir diese unspezifische Modellierung im UI (Editor) ein bisschen verstecken und dort ein explizites Feld einrichten, in welches die Quelle eingetragen werden kann, nicht nur als eine mögliche Referenz unter vielen, so wie wir das an einigen anderen Stellen insbesondere auch im Specimen-Bereich auch schon machen.

Eine andere Möglichkeit wäre auch noch, einen zusätzlichen MediaRepresentation-Typ hinzuzufügen. Bisher ist eine MediaRepresentation immer quasi eine URI mit ein paar Metadaten (suffix, MIME-Type, size, …). Man könnte parallel z.B. eine ReferenceMediaRepresentation zulassen, welche eben nicht eine URI sondern eine Abbildung in der Literatur darstellt.

Viele Grüße,
Andreas M.

P.S: Das Beispiel aus der Alga Terra Berlin Model Datenbank finde ich nicht in jedes Hinsicht anschaulich bzw. trifft vielleicht auch nicht ganz den Punkt, den ich oben erwähnt habe, da es sich hier ja doch um ein Specimen zu handeln scheint, welches auch in einer Sammlung vorhanden ist (BHUPM). Für mich als Laien sind zudem die Begriffe Caption, (Lectotype), Specimen Reference und Reference nicht sofort semantisch klar, insbesondere auch, da dort auch ziemlich viel redundante Information zu stehen scheint.

Actions #6

Updated by Andreas Müller about 7 years ago

  • Priority changed from New to Highest
Actions #7

Updated by Andreas Müller about 7 years ago

  • Related to bug #6297: [Overview] BGBM User group wishes 2017 added
Actions #8

Updated by Andreas Müller about 7 years ago

  • Priority changed from Highest to Priority14
Actions #9

Updated by Andreas Müller about 7 years ago

  • Target version changed from CDM UML 4.7 to CDM UML 5.0
Actions #10

Updated by Andreas Müller about 6 years ago

  • Target version changed from CDM UML 5.0 to CDM UML 5.5
Actions #11

Updated by Andreas Müller over 5 years ago

  • Priority changed from Priority14 to Priority13
Actions #12

Updated by Andreas Müller about 5 years ago

  • Target version changed from CDM UML 5.5 to CDM UML 5.15
Actions #13

Updated by Andreas Müller about 4 years ago

  • Target version changed from CDM UML 5.15 to CDM UML 5.45
Actions #15

Updated by Andreas Müller about 1 month ago

  • Related to bug #10426: MediaSpecimen as typedesignation not shown correctly in dataportal added
Actions #16

Updated by Andreas Müller about 1 month ago

  • Related to bug #10131: Improve media specimen formatting for type designations added
Actions #17

Updated by Andreas Müller about 1 month ago

Actions #18

Updated by Andreas Müller about 1 month ago

  • Private changed from Yes to No
Actions #19

Updated by Andreas Müller about 1 month ago

  • Tags changed from phycobank to phycobank, type designation
Actions #20

Updated by Andreas Müller about 1 month ago

Andreas Müller wrote in #note-4:

  1. Ein Lektotype muss ja explizit designiert (publiziert!) werden – das ist dann m.A.n. die Referenz, die in der Type designation angegeben wird. Da dies ein „nomenclatural act“ ist, wäre es hier eigentlich notwendig (wie beim Protolog), auch eine Möglichkeit zu haben, eine URL für das Reference Detail einzugeben (in diesem Fall allerdings noch nicht möglich, da nur als ganzes PDF verfügbar).

this is possible in the meanwhile

Actions #21

Updated by Andreas Müller about 1 month ago

  • Status changed from New to Closed
  • Target version changed from CDM UML 5.45 to Release 5.43
  • % Done changed from 0 to 100

This has been decided in the meanwhile as users use the following solution in practice (and this solution also makes sense):

  • published and unpublished illustrations being types are handled as media specimen (MediaSpecimen) with a media (Media) data item included
  • unpublished illustrations are handled as ordinary collection items with collection code and accession number (same for published illustration if they also exist in a collection somehow)
  • the media items for published and unpublished illustrations may include media title, (a description), prepared by and a link if available (if none of these exist for unpublished illustrations they can be treated as ordinary specimens (not media specimen) in the database
  • published illustrations may have a literature source attached to the media

Entering the data is still cumbersome. Handled in #10425, #10129.
Some data (URL, prepared by) are not yet handled in dataportal. Handled in #10426, #9388, #3756.

Actions #22

Updated by Andreas Müller about 1 month ago

  • Description updated (diff)
Actions #23

Updated by Andreas Müller about 1 month ago

  • Related to bug #10425: MediaSpecimen as Typespecimen should be opened in corresponding details dialog added
Actions #24

Updated by Andreas Müller about 1 month ago

  • Related to bug #10129: Allow to create MediaSpecimen when creating specimen for a type designation added
Actions #25

Updated by Andreas Müller about 1 month ago

  • Related to feature request #3756: Missing data and layout improvements for MediaSpecimen in data portal added
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