EDIT

WGB: Mir aufgefallen, dass die Angabe „Protolog“ im Editor Detail eigentlich nicht richtig ist, es geht ja eigentlich um den „nomenclatural act“, der den Namen validiert (oder eben auch nicht). Hierzu gehört dann auch die Publikation der Veröffentlichung von Kombinationen (das ist dann ja kein „Protolog“).

AM: Damit wir über das gleiche reden, die Kombinations“protologe“ sollen aber bei den Kombinationsnamen bleiben, oder? Es geht dir also v.a. um das Label?

WGB: Ja. Im Prinzip geht’s ja um das Belegen der im Detail der Veröffentlichungsreferenz des Namens genannten exakten Literaturstellen durch Scans derselben. Damit wird ggf. auch die Zuordnung eines nom. status belegt (also z.B. der „Beweis“, dass an der Veröffentlichungsstelle bestimmte Regeln nicht befolgt wurden). Im Grunde kann das Ganze aber auch als eine Art Diskussion des Status gesehen werden – normalerweise mit Verbindung zu den Literaturdetails, aber manchmal auch mit Bezug auf das Datum der Veröffentlichung (z.B. durch die Darstellung einer Einband- oder Titelseite, die das Jahr der Veröffentlichung klarstellt).

AM: Wenn ja, hast du einen Vorschlag. Grundsätzlich wäre es sicherlich auch sinnvoll, das intern anders zu modellieren. Derzeit wird es quasi als NameFact vom Typ „Protolog“ abgespeichert. Auf das Konstrukt „NameFact“ (bzw. NameDescription) würde ich eigentlich gerne völlig verzichten, das ist ein Konstrukt aus den Anfangszeiten welches wir eigentlich nicht brauchen und welches wir für die Protologe als workaround missbraucht haben. Daher wäre hier eine Modelländerung auf jeden Fall sinnvoll. Da bräuchten wir dann auch noch ein Label für das Attribut im Model (nicht nur im UI).

WGB: Ich denke, die Modellierung sollten wir noch mal eingehend diskutieren. Einerseits ist es in vielen Fällen nur ein einfacher Link zum seitengenauen Bild des Textes der Erstveröffentlichung. Das kann aber teilweise schon durch die Nennung mehrere Textstellen komplizierter werden, und dann in eine ganze Diskussion mit Verweis auf Code-Artikel etc. ausarten. Eigentlich denke ich, dass das alles eigentlich zu den Reference Details gehört und beim Zitat des Namens hinterlegt werden sollte (das bedeutet aber, dass das Detail doch geparst modelliert werden müsste); weitere Details könnten dann in einem Text „nomenclatural evaluation“ hinterlegt werden, der dann ggf. mit in-line Referenzen versehen werden könnte. Siehe übernächste Notiz, wie man das mit der jetzigen Lösung einfacher lösen könnte.

AM: Im UI sollte es aber ein eingängliches Label sein. Mit Protolog konnten die User bislang alle was anfangen, deswegen fände ich es nicht gut, wenn wir da etwas zu abstraktes nehmen.
Was wäre mit „Original Publication“, das wird ja auch öfters verwendet?

WGB: Im UI würde ich (bei der jetzigen Lösung) einfach „Protologue / original publication“ benutzen. Das deckt das dann ab.

The following records (sources for textdata) should also be deleted from AUD tables in Cichorieae . All other DBs do not have sources in for these TextData. => DONE for all relevant DBs on production, test and integration (except for cichoreae on test which somehow is corrupt but will be updated anyway)

DELETE  
FROM DescriptionElementBase_OriginalSourceBase
WHERE sources_id IN 
(
SELECT * FROM (
SELECT DO.sources_id -- osb.id -- deb.id, osb.id, osb.sourceType
FROM TaxonName n
INNER JOIN DescriptionBase db ON db.taxonName_id = n.id 
INNER JOIN DescriptionElementBase deb ON deb.inDescription_id = db.id 
INNER JOIN DescriptionElementBase_Media MN ON deb.id = MN.DescriptionElementBase_id 
INNER JOIN Media m ON m.id = MN.media_id 
INNER JOIN MediaRepresentation mr ON mr.media_id = m.id 
INNER JOIN MediaRepresentationPart mrp ON mrp.representation_id = mr.id 
INNER JOIN DefinedTermBase feature ON feature.id = deb.feature_id 
              AND feature.uuid = '71b356c5-1e3f-4f5d-9b0f-c2cf8ae7779f' 
INNER JOIN DescriptionElementBase_OriginalSourceBase DO ON DO.DescriptionElementBase_id = deb.id
-- INNER JOIN OriginalSourceBase osb ON osb.id = DO.sources_id
 ) AS tmp
)

DELETE
FROM OriginalSourceBase
WHERE id IN 
(
SELECT DO.sources_id -- osb.id -- deb.id, osb.id, osb.sourceType
FROM TaxonName n
INNER JOIN DescriptionBase db ON db.taxonName_id = n.id 
INNER JOIN DescriptionElementBase deb ON deb.inDescription_id = db.id 
INNER JOIN DescriptionElementBase_Media MN ON deb.id = MN.DescriptionElementBase_id 
INNER JOIN Media m ON m.id = MN.media_id 
INNER JOIN MediaRepresentation mr ON mr.media_id = m.id 
INNER JOIN MediaRepresentationPart mrp ON mrp.representation_id = mr.id 
INNER JOIN DefinedTermBase feature ON feature.id = deb.feature_id 
              AND feature.uuid = '71b356c5-1e3f-4f5d-9b0f-c2cf8ae7779f' 
INNER JOIN DescriptionElementBase_OriginalSourceBase DO ON DO.DescriptionElementBase_id = deb.id
-- INNER JOIN OriginalSourceBase osb ON osb.id = DO.sources_id

)

SQL to find linking data to TextData holding the protologue image

SELECT DO.sources_id -- DO.DescriptionElementBase_id,  -- , osb.sourceType
FROM TaxonName n
INNER JOIN DescriptionBase db ON db.taxonName_id = n.id 
INNER JOIN DescriptionElementBase deb ON deb.inDescription_id = db.id 
INNER JOIN DescriptionElementBase_Media MN ON deb.id = MN.DescriptionElementBase_id 
INNER JOIN Media m ON m.id = MN.media_id 
INNER JOIN MediaRepresentation mr ON mr.media_id = m.id 
INNER JOIN MediaRepresentationPart mrp ON mrp.representation_id = mr.id 
INNER JOIN DefinedTermBase feature ON feature.id = deb.feature_id 
              AND feature.uuid = '71b356c5-1e3f-4f5d-9b0f-c2cf8ae7779f' 
LEFT JOIN DescriptionElementBase_OriginalSourceBase DO ON DO.DescriptionElementBase_id = deb.id
LEFT JOIN OriginalSourceBase osb ON osb.id = DO.sources_id

WHERE deb.id IN (
   SELECT DA.DescriptionElementBase_id 
    FROM DescriptionElementBase_Annotation DA 

    UNION ALL

   SELECT DS.TextData_id  
    FROM DescriptionElementBase_LanguageString DS 

    UNION ALL

   SELECT DM.DescriptionElementBase_id  
    FROM DescriptionElementBase_Marker DM 

    UNION ALL

   SELECT DMo.DescriptionElementBase_id  
    FROM DescriptionElementBase_Modifier DMo 

    UNION ALL   
   SELECT DO.DescriptionElementBase_id  
    FROM DescriptionElementBase_OriginalSourceBase DO 
)

SQL to find linking data to DescriptionBase holding the protologue image

SELECT n.titleCache 
FROM TaxonName n
INNER JOIN DescriptionBase db ON db.taxonName_id = n.id 
INNER JOIN DescriptionElementBase deb ON deb.inDescription_id = db.id 
INNER JOIN DescriptionElementBase_Media MN ON deb.id = MN.DescriptionElementBase_id 
INNER JOIN Media m ON m.id = MN.media_id 
INNER JOIN MediaRepresentation mr ON mr.media_id = m.id 
INNER JOIN MediaRepresentationPart mrp ON mrp.representation_id = mr.id 
INNER JOIN DefinedTermBase feature ON feature.id = deb.feature_id 
              AND feature.uuid = '71b356c5-1e3f-4f5d-9b0f-c2cf8ae7779f' 

WHERE db.id IN (
   SELECT NN.DescriptionBase_id
    FROM DescriptionBase_Annotation NN 

    UNION ALL

   SELECT NN.DescriptionBase_id
    FROM DescriptionBase_Credit NN 

    UNION ALL 

   SELECT NN.DescriptionBase_id
    FROM DescriptionBase_Extension NN 

        UNION ALL 

   SELECT NN.DescriptionBase_id
    FROM DescriptionBase_ExternalLink NN 

        UNION ALL 

   SELECT NN.DescriptionBase_id
    FROM DescriptionBase_Identifier NN 

    UNION ALL

   SELECT MM.TaxonDescription_id
    FROM DescriptionBase_GeoScope MM 

    UNION ALL

   SELECT NN.DescriptionBase_id
    FROM DescriptionBase_Marker NN 

    UNION ALL

   SELECT NN.DescriptionBase_id
    FROM DescriptionBase_OriginalSourceBase  NN 

    UNION ALL

   SELECT NN.DescriptionBase_id
    FROM DescriptionBase_RightsInfo  NN 

    UNION ALL

   SELECT NN.DescriptionBase_id
    FROM DescriptionBase_Reference  NN 

    UNION ALL

   SELECT NN.TaxonDescription_id
    FROM DescriptionBase_Scope  NN 

    UNION ALL

   SELECT NN.descriptions_id
    FROM DescriptiveDataSet_DescriptionBase  NN 
)

I found a special case in the data portal code for the feature:

UUID_ADDITIONAL_PUBLICATION = 'cb2eab09-6d9d-4e43-8ad2-873f23400930'

Which is also treated like a secondary nomenclatural reference:

The code expects $description_element->multilanguageText_L10n->text being filled and appends this test to the nomRef like

NOM_REF [& ADDITIONAL_PUBLICATION_TEXT].

I found no current project in the edit-database server which is making use of this, so I think that we can neglect it. So I don't think that this is still relevant but felt it would be better to share this observation with you, just in case you remember something in this context which needs to be handled.

Additional Publications do definetely exist, e.g. in E+M or caryo_spp

SELECT db.DTYPE, db.id, feature.titleCache
FROM DescriptionBase db INNER JOIN DescriptionElementBase deb ON deb.indescription_id = db.id
 INNER JOIN DefinedTermBase feature ON feature.id = deb.feature_id
WHERE feature.titleCache LIKE '%Additio%' -- db.DTYPE like 'TaxonNameDesc%'

in caryo_spp some data is attached to TaxonDescriptions which is not correct. This needs to be corrected.

Andreas K., does the fact that additional publications exist need any action?

Interesting, that the UUID is different from that in the data portal code ('cb2eab09-6d9d-4e43-8ad2-873f23400930').

I am not sure what do to with these references. ADDITIONAL_PUBLICATION in NameDescriptions could be handled in the NomenclaturalSource, but how can we distinguish them from protologues?

also in

• cdm_production_cichorieae
• cdm_production_euromed
• cdm_production_euromed_caucasus
• cdm_production_diptera
• cdm_production_flora_central_africa
• cdm_production_flora_cuba
• cdm_production_flora_malesiana_prospective

Andreas Kohlbecker wrote:

Interesting, that the UUID is different from that in the data portal code ('cb2eab09-6d9d-4e43-8ad2-873f23400930').

I am not sure what do to with these references. ADDITIONAL_PUBLICATION in NameDescriptions could be handled in the NomenclaturalSource, but how can we distinguish them from protologues?

Yes, strange, maybe it was changed when ADDITIONAL_PUBLICATION was moved from Feature to NameFeature vocabulary. But I can't find an according update script.
However, there are some old test data which still use the old uuid (e.g. TermVocabularyDaoImplTest.xml) so it was there at some time in the past.

We should move this discussion to a new ticket (#9320) as it does not really belong to this ticket.