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feature request #9677

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Implement recombine operation

Added by Andreas Müller over 1 year ago. Updated over 1 year ago.

Status:
New
Priority:
New
Category:
cdmlib
Target version:
Start date:
Due date:
% Done:

0%

Estimated time:
Severity:
normal

Description

Currently we have only move and swap operations available for implementing a recombination of a taxon.

However, usually a recombination includes a move operation, a create new name operation and a "swap" operation which makes the new name the new accepted name of the taxon and moves the old accepted taxon into the synonymy. Alternatively the new accepted name may already exist in the synonymy or at least in the database and must not be created anew.

All these operations should be encapsulated into one operation which handles also sec references and other references in the expected way.

Actions #1

Updated by Andreas Müller over 1 year ago

NaK:

ja, genau, es sind Neukombinationen aufgrund neue taxonomische Erkenntnisse, oder einer phylogenetischen Studie, und das kommt ja immer wieder vor. In dem Fall, den ich jetzt eben hatte wurde zum Beispiel Brasiliopuntia schickendantzii neu in die Gattung Salmonoopuntia kombiniert – der Name kommt neu hinzu und das Taxon wird in eine andere Gattung verschoben.
Wenn alle Schritte als eine Operation gemacht werden könnten, wäre das natürlich super.

Und dann noch gibt es den Fall, wie jetzt bei der Kakteen-Checkliste: hier haben wir die Neukombinationen, die in dem Paper erscheinen werden, schon mal als Synonyme angelegt, um WFO-IDs vergeben zu können, und erst wenn das Paper erscheint, kann ich swappen und das Taxon verschieben.

AM:

Interessant fand ich deinen Hinweis, Nadja, dass die Operation ja meist nur Teil einer anderen Operation ist, nämlich einen neuen akzeptierten Namen hinzuzufügen. Verstehe ich das richtig, dass es sich also eigentlich um Rekombinationen aufgrund neuer taxonomischer Erkenntnisse handelt?
Eigentlich müssten wir also darüber nachdenken, wie wir diese Operation so anbieten können, dass alle relevanten Schritte in einem stattfinden, also das Anlegen des neuen Namens (wenn notwendig), das Verschieben des Taxons an eine neue Position und das Anpassen der Sec-Referenzen (und weitere Operationen). Im Zuge der TaxonID-Diskussion im Kontext von E+M denken wir da ja schon drüber nach. Später sollten wir das für andere Kontexte wie dem hiesigen machen.

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