discussion #10547
open[Discussion] Remove IsoXXX type designation status from list of "designated by" status
Added by Andreas Müller 2 months ago. Updated about 2 months ago.
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Description
Som type designation status are defined as "allows to have a desingated by source". This is implemented in TypeDesignationStatusBase.hasDesignationSource(). See also #8140.
It is under discussion if isoXXX types like isolectotype should be in this list. In Art. 11.7 they are not mentioned as explicit types for being designated in this way.
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if designation is still allowed it needs to be decided how to format these types in block style.
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Updated by Andreas Müller 2 months ago
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AM:
du hattest ja zu Recht darauf hingewiesen, dass das „designated by“ bei der derzeitigen Typusformatierung an der falschen Stelle ist, zumindest bei Lectotypen.
Wie soll das denn aussehen bei z.B. Isolectotypen, also im Fall, dass der Typus-Typ mit in der Klammer steht, direkt vor dem Sammlungscode. Soll das designated by da auch direkt hinter isolectotype stehen oder erst hinter Sammlung und Accession Number (und evtl. weiteren Informationen?). Also eher so wie derzeit. Und in Klammern? Vermutlich eher nicht, da der ganze Bereich ja bereits in Klammern steht.
Könntest du evtl. ein paar Beispiele schicken?
NoK:
das "designated by" gilt nur für den eigentlichen Lectotypus / Neotypus / Epitypus, wo es dann einzufügen ist als: "Lectotypus (designated by ....): ..."
Isolecto- und Isoneotypes ergeben sich automatisch aus dieser Designation, da sie per Definition Dubletten des designierten Beleges sind. Die Zitierung von Iso- ist deshalb auch kein nomenklatorischer Akt, weshalb es auch keine Veranlassung gibt, Iso(neo/lecto)typen mit einem "designated by" zu versehen.
AM:
hmm, das stimmt natürlich irgendwie. Wobei es dazu mal ein Ticket gab mit der Frage, welche Type-Status eine Designation Referenz brauchen (#8140). Damals wurden die Isotypen ebenfalls mit genannt und so wurde das dann auch implementiert. Allerdings wohl primär im Phycobank Kontext. Sofern es so bleiben soll, dass diese Daten eingebar sind, müssten wir schauen, wie wir damit umgehen bei der Ausgabe, also auch ob dedupliziert werden soll und wenn ja, wie.
Ein Grund, an den ich mich dunkel erinnere, obwohl er leider nicht im Ticket steht, ist der, dass wohl richtigerweise gesagt wurde, dass sich die Seitenzahl im Einzelfall doch unterscheiden kann und somit, wenn man es sehr genau machen will (z.B. im Falle von Phycobank) eben doch eine eigene Quelle genannt werden können sollte. Auch mögliche Links könnten sich ändern für den Isolectotype.
Bei den Cichorieen habe ich für Isolectotype mit Quellen mal geschaut und folgende gefunden. Ich habe nur wenige kontrolliert. Zumindest für Crepis krylovii kam der Fall vor, dass einmal ein Detail genannt wurde und einmal nicht. Allerdings waren alle untersuchen Fälle auch nicht als Typus-Gruppen sondern als eigenständige Typen eingegeben (also Semikolon-getrennt).
NoK:
OK, danke für den Hinweis. Diesen Aspekt, dass es zu Isotypen eine Referenz gibt, hatte ich nicht auf dem Schirm, das ändert aber nichts an meinem Statement in der vorherigen Mail.
Es bleibt essentiell, klar zu unterscheiden zwischen (a) dem nomenklatorischen Akt der Typusdesignation im Sinne von Art. 7.11 "(designated here)" und (b) der Literaturangabe zu einem Isotype. Das sollte eigentlich auch für Phycobank gelten.
Ich hatte das eben gerade noch mit Eckhard und Konstantina besprochen und wir sind uns einig:
Für den Isotypen-Fall sollte
(1) die Ausgabe möglichst in der Art sein von: ... (LE "possible isolectotype" sec. Sennikov & Illarionova in Komarovia 5: 84. 2008) [jetzt nicht ganz so schön als: "(LE) ["possible isolectotype" sec. Sennikov & Illarionova, Komarovia 5: 84. 2008]"
und idealerweise (2) die Eingabemaske entsprechend unterscheiden zwischen Literaturangaben zu Lecto/Neo/Epitypes (als designation reference) und Isolecto/Neo/epitypes (als einfachem Literaturnachweis).
AM:
vermutlich hast du Recht, dass das nach Art. 7.11 eigentlich nicht der Fall sein sollte. Und wenn es so ist, würde ich dort auch lediglich die Standard-Quellen (derzeit formatiert mit „fide“) zu lassen, wie sie ja für alle Tpyus-Arten zulässig sind. Oder spricht da was dagegen bzw. ist das doch eine irgendwie „besondere“ Quelle. Das würde dann auch für die Quelle aus deinem Beispiel unten gelten, oder?
Wenn wir das so machen, müssten wir die Liste der „Designation“-Typusarten in cdmlib ändern.
Also Isolectotype, Isoneotype und Isoepitype würden entfernt werden? Die Second-Step Typen bleiben aber?
Und wir müssten uns Gedanken machen um die Altdaten. In Cichorieae sind das wie gesagt 20-30 (s.u.), in Phycobank sind es über 100. Andere habe ich noch nicht gecheckt.
NoK:
Standard-Quellen zulassen mit "fide" passt, ja genau auch in meinem Beispiel.
Die Cichorieae-Altdaten würde ich dann glattziehen
WGB:
einverstanden. Wenn die Source Referenz bei den Iso..typen der designation reference entspricht, dann weiß man ja, dass diese einbezogen waren.
WHK:
die Art, wie Isotypen in der Literatur behandelt werden, ist uneinheitlich. Es gibt Kolleg*innen, die Isolectotypen explizit designieren. In einem Fall wurde ein Isolectotype in einer späteren Publikation recherchiert und, da mit einem abweichenden Label versehen, explizit designiert. Der typische Fall ist, dass Iso###typen eine Referenz haben. Weglassen würde ich da nichts. Es gab Diskussionen zwischen Andreas und mir; er fand, dass die Information soweit wie möglich kondensiert werden sollte. Für PhycoBank wollte ich lieber Daten wiederholen, auch wenn sie redundant sind, wegen der besseren Les- und Verstehbarkeit.
Außerdem sehe ich einen Unterschied zwischen taxonomischen Bearbeitungen in EDIT, bei denen Typen zur Not auch aus Sekundärliteratur übernommen werden können und einem Registrierungssystem, das in der Regel Nomenklatorische Akte datenbankmäßig erfasst. Bei uns ist ein Nomenklatorischer Akt z.B. eine Lektotypifizierung, die gleichzeitig angegebenen Isolektotypen sind Teil dieses Aktes. Unten ein typisches Diatomeen-Beispiel mit Holo- und Isotype
Updated by Andreas Müller 2 months ago
Find isoXXX types with designation citation
SELECT tdb.id, st.titleCache, st.id, tn.titleCache, tdb.designationSource_id, osb.citation_id
-- SELECT tn.titleCache
FROM TypeDesignationBase tdb INNER JOIN DefinedTermBase st ON st.id = tdb.typestatus_id
LEFT JOIN TaxonName_TypeDesignationBase MN ON MN.typedesignations_id = tdb.id
LEFT JOIN TaxonName tn ON tn.id = MN.TaxonName_id
LEFT JOIN OriginalSourceBase osb ON tdb.designationSource_id = osb.id
WHERE st.uuid IN ('7a1a8a53-78f4-4fc0-89f7-782e94992d08', -- isolectotype
'95b90696-e103-4bc0-b60b-c594983fb566', -- isoepitype
'7afc2f4f-f70a-4aa5-80a5-87764f746bde', -- isoneotype
'')
AND tdb.designationSource_id IS NOT NULL AND osb.citation_id IS NOT NULL
-- AND st.id = 822
ORDER BY tn.titleCache
Updated by Andreas Müller about 2 months ago
- Target version changed from Release 5.44 to Release 5.46
Updated by Andreas Müller about 2 months ago
WGB:
weiß nicht, ob ich das schon gesagt hatte: Es ist zwar nützlich, die (z.B.) Isolectotypen, die in der designation genannt werden, zu erfassen. Aber dies kann auch einfach über die Source gemacht werden. Ich finde, dass die „Designation“ Referenz ausschließlich für den nomenklatorisch relevanten Teil dienen sollte.