[maven-release-plugin] prepare release cdmlib-parent-3.3.3

removed ignore

minor

adding context path to url

Added missing sort to method listTaxonChildNodeOf via comparator

ignore tests for release

*added Test for service method: getTaxonOfAcceptedTaxaByClassification and countTaxonOfAcceptedTaxaByClassification
*fixed SQL Statement so it works with H2 DB

[maven-release-plugin] prepare for next development iteration

[maven-release-plugin] prepare release cdmlib-parent-3.3.2

*added service layer method: countAllNodesForClassification
*improved performance CSVDemoExport

log childIndex is null

fix logging for taxa used multiple times in addParentChild

*Update of the CSVExport WS.
*fixed memory leak
*new service method to pull list of TaxonNode according to a given classification

new doubtful relationships for BM import

handle inverse and doubtful taxon relations in Berlin Model import

change log4j properties

fix GeoServiceTest

DatabaseServiceHibernateImpl : added important fixme
CdmPersistentDataSource : clean up
CdmPersistentXMLSource : added context path enum for remoting
CdmApplicationUtils : variable change

fix country mapping

loading annotations with distribution elements - #3348 (should annotations always be returned for cdm instances? [DISCUSS])

reverting r20536 , related to #4174 (simple search for Micrasterias* causes LazyInitializationException)

fixing #4174 (simple search for Micrasterias* causes LazyInitializationException)

add service to get all nodes of a classification

remove isFigure from getImageMedia

fixing TYPEDESIGNATION_INIT_STRATEGY to avoid LIEs

fixing NAMERELATIONSHIP_INIT_STRATEGY to avoid LIEs

fixing #4176 (Dataportal shows wrong symbols for non-symmetric taxon relationships)

added comments / javadoc

fixing bug in NameServiceImpl (toNameRelations never could be listed)  #4175 (some name relations (basionym) missing)

adding temprary workaround for implementing remote controller

extending the title and name cache auto initializer by relationsFromThisName - #4174 (simple search for Micrasterias* causes LazyInitializationException)

logging json serialization

TestDatabase / CdmPersistentDataSourceTest / CdmApplicationUtils : updated as per Cdm Source refactoring
ICdmDataSource : moved generic methods to super interface ICdmSource
CdmPersistentDataSource : refactored by spliting the utility part to CdmPersistentXMLUtils and the jDom elementpart to CdmXMLPersistentSource
CdmDataSourceBase : implementing databse check methods

added extra checks when parsing jdbc connection url

moved pretty format from CdmPersistentDataSource to XmlHelp

New classes / interface to refactor the CdmDataSource object to be more generic to allow for remoting sources
ICdmSource / CdmSource : Base class / interface which represent any CDM Source
ICdmPersistentSource : interface which represents a persistent cdm source
CdmPersistentXMLSource : class which represents a cdm persistent source in the form of a jDom xml element

CdmPersistentSourceUtils : new class which contains all functionality to manage the persistent cdm sources config (taken from CdmPersistentDataSource)
CdmSourceException : wraps around exceptions when interacting with the Cdm Sources

fixing #4172 (NPE in ext/edit/mapServiceParameters/taxonOccurrencesFor/{uuid})

updated IPrimer service settings

added methods to get schema version and check if db is empty
house-keeping and adding javadoc

 - added service method to retrieve a map of SingleReads and their "hosting" Sequences

fixing initstrategy for #3182 (roteliste: categorical data does not show up)

 - added two NewInstance() methods to Amplification
 - added getUuidAndDescriptions to IAmplificationService and DAO

add tests for treeIndex and deletion of nodes

 - bundled services for molecular data in one package
 - added more tests

Generate CSV file from pojo

Generate CSV file from pojo

 - added IAmplificationService and ISequenceService
 - added service methods to move derivates from one to another
 - added test for move method

performance improvement for listChildNodes of a taxon

fixing #4168 (performance problem with DescriptionListPortalController.getDescriptionElementsForTaxon())

[maven-release-plugin] prepare for next development iteration

[maven-release-plugin] prepare release cdmlib-parent-3.3.1

debug collection and institution for excel import

cdmlib part for #3766 (Check if specimenOrObservation.kindOfUnit is shown correctly in data portal)

adding missing statisticalValues.* to init strategy. fixes #4165 (algaterra: values of specimen descriptions not shown)

cdmlib part of #3576 (Adapt CdmServer and Dataportal to new naming of CategoricalData.stateData)

lowering log level

renaming protected setter to setStateData, see  #2923 (Rename CategoricalData.states collection to stateData)

deactivated controller due to urgent release and unfinished business with a serious memory leak

 - added moveSequence() and moveDerivate() to occurrence service

 - replaced BasicHttpParams with the default params of DefaultHttpClient (SyncBasicHttpParams) which are already initialised with default values

solving TODO: using AbstractPagerImpl.hasResultsInRange() in dao method

missing @Override

contoller methods with return type List should always return a list, even if it is empty

removing the deprecated method TaxonPortalController.doGetNameTypeDesignations() for  #2280 (Stop using portal/taxon//bin/zsh/nameTypeDesignations)

 - added removeSingleRead() method to Amplification

fixing  #4151 (AdvancedBeanInitializer causes problems when initializing taxonnode hierarchies)

 - added timeout parameter to isServiceAvailable() method

avoiding recurive calls, replaced by while loop

avoiding NPE

bug fix: list and page REST services must return List or page objects, not ModelAndView

checklist webservice optimized

*integrated a ModelAndView for file downloads
*integerated a ProgressMonitor for csv export
*export is threaded
*extended ProgressMonitor with origin property

adating test to modified number of taxa

refactoring taxon controllers and thus solving #2595 (portal/taxon/{uuid}/accepted/{uuid} producing too big data objects)

#4114 sort order in taxon navigator and adding that autonyms could be whether infraspecific or infrageneric (Art. 22.3 and 26.3)

fixing #4112 (portal/taxon/{uuid}/accepted/{uuid} takes exceedingly much time in specific cases) and #2595 (portal/taxon/{uuid}/accepted/{uuid} producing too big data objects) this also solves the according issue mentioned in  #3336 (Improve overall dataportal page loading performance)

implementing dao method listAcceptedTaxaFor, for #4112

added containsValue method to retrieve value object for maps

remove link to the apt file for the documentation. ie, there is no external documentation yet

add occurrence controler for the occurrence web-service

add new method for getting specimen and observation

add new webservice for exporting occurrences for a specific taxon uuid
definition in xml files (web-inf)

add new webservice for exporting occurrences for a specific taxon uuid

fixing #4148 (problems with simple search)

updating site doc by adding maven memory requirements and mentioning the requirement for maven 3

cdmlib part of fix #4121 (Changing password does not work)

additional method required to avoid problems which where due to a fix for ticket #3822 (see related commit for taxeditor)

fix compareTo for IdentifiableEntity

 - renamed method

 - added reference to trac ticket

 - made default constructor protected due to a hibernate problem (see https://stackoverflow.com/questions/7273125/hibernate-envers-and-javassist-enhancement-failed-exception)

 - fixed a bug in the automated setting of the string length

 - added javadoc

 - added test for baseUnit() method

 - added IPrimerService and IPrimerDao with the corresponding implementations
 - interface supports the retrieval of UuidAndTitleCache lists for all primers in the DB

Removed Java 1.7 specific function due to backwards compatability

fix missing idInVocabulary for countries; implement country mapping for EditGeoService (#3452, #3651)

fix missing idInVocabulary for countries; implement country mapping for EditGeoService (#3452, #3651)

minor

add NomStatus vocabulary for ICZN #4085