latest changes to Specimen Excel Import

Added IsoParaType to SpecimenTypeDesignationStatus

Added IsoParaType to SpecimenTypeDesignationStatus

fix compilation bug in MarkupTransformer

improve findBestMatchingArea

some language uuids

handle sous-genre

Handle structured common names

remove imports

minor

adding missing @Override

enhancing feature for checklist WS:

*added caching for CSV download
--> a export will be triggered only once and after 24h to renew the cached file
*added pagination for json/XML

adapting tests for  #4081 (TaxonNodeServiceImpl.makeTaxonNodeASynonymOfAnotherTaxonNode() requires TAXONNAMEBASE.[UPDATE])

removing excludes from map according to #4111 (behaviour of TaxonEditor for users with limited grants [DISCUSS]) comment 8

adapting default permission goups according to #4111 (behaviour of TaxonEditor for users with limited grants [DISCUSS]) comment 8

added remote collection methods to service layer to be able to make remote calls on server side persisted collections

removing homptypicalGroups from excludes

implementing test and fixing bugs 2 regarding #4081 (TaxonNodeServiceImpl.makeTaxonNodeASynonymOfAnotherTaxonNode() requires TAXONNAMEBASE.[UPDATE])

implementing test and fixing bugs regarding #4081 (TaxonNodeServiceImpl.makeTaxonNodeASynonymOfAnotherTaxonNode() requires TAXONNAMEBASE.[UPDATE])

changed isTopmostNode to check for null parent node taxon

implementing exclude map for  #4081 (TaxonNodeServiceImpl.makeTaxonNodeASynonymOfAnotherTaxonNode() requires TAXONNAMEBASE.[UPDATE])

redlist WS export added .json and .xml functionality

improve common name import for markup

getLangaugeByKey for markup transformer

 - fixed typo

rearrange constants

handle missing name parts for null parent

improve mods import

minor

minor

Add database index on treeIndex #4105

minor

improve TaxonCacheStrategy. Use short form where possible

fix CacheUpdater

making TaxonNodeByNameComparator truely null save - #2912 (NPE in TaxonNodeByNameComparator when Taxon in TaxoNode is null)

minor

Cleaning up a bit

solving some reference cache strategy issues, e.g. #3645

adding isBlank to StrategyBase

minor

Better handling for short citation of references

minor

minor and generics

fixing broken dependencies by excluding spring-expression

 - added cascading save to SequenceString of a Sequence

 - renamed getBaseUnit() to baseUnit()

setting correct port number for remote integration tests

 - added util method to get for getting a CDM entity (used in authenication/permission framework)
 - made use of this method where the type of the parameter was too general (like object)
 - made getBaseUnit() of DerivedUnitFacade public

minor

minor

 - refactored to use "base" unit wherever possible (base unit is derivedUnit or fieldUnit)

changing ports in config to avoid conflics

automatically testing of  cdmlib-remote-webapp during the maven lifecycle - #4094: automatically test cdmlib-remote-webapp

 - added cascading save for contig file of Sequence

handle setType in DerivedUnitFacade better

 - added cascading save to pherogram (Media) of SingleRead
 - added media section to DetailsViews for Amplification (gel photo) and SingelRead (pherogram)

some minor changing for handling getType()

implementing #4082 (implement default permission groups)

fixing problem with deleting groups see #4054 (Taxeditor, Group Bulkeditor cannot delete Group)

Spring Security configuration added for remote and web app

Spring Security configuration added for remote and web app

fix problem with changeSynonymToAcceptedTaxon of a synonym being part of an homotypical group

improve author parsing

minor

Change signature for IPartionedIO.setRelatedObjects

adding TeamOrPersonBaseVoter

adding permission class for Teams and Persons wich according validator

CdmPermissionClasses for names and references, tests implemented, bug in CdmPermissionClass.from() fixed - #4055 (action enablement adapts to the users granted authorities)

 - fixed possible NPE when DerivedUnitFacade is used with only a FieldUnit and no DerivedUnit

add NO_REAK_SPACE to UTF-8

fix NPE in onFlushDirty

toString for Reference

minor

CdmApplicationDefaultConfiguration : refactoring autowiring for datasource to allow for remoting

Set vaadin generated folders to svn:ignore

add deletegroup

save(Collection<User> users ) uses createUser to encrypt the pwd

additional functionality for  #4055 (action enablement adapts to the users granted authorities)

 - changed hard-coded limit to 100

 - replaced saveOrUpdate() with "bundle" method save()

commit changes TaxonX import

throw exceptions in Source

Replaced getTitleCache with getNameCache on request

switching off remoting

CdmApplicationDefaultConfiguration : moved autowiring for sessionFactory and transactionManager from members to set functions
to allow for remoting
CdmApplicationController : catching UnsupportedOperationException for database service call to allow for remoting
defaultApplicationContext : added CdmApplicationRemoteConfiguration exclude to application component scan
httpInvokerServices.xml : corrected bean names
cdmlib-remote-servlet : removed http invoker services config to separate xml file for ease to switch to remoting

minor

correct generics for classification

make description.setTaxon protected and cleanup cyprus altitudes and destinations

minor

refactoring http invoker section to a separate config file to make it easy to test / switch to / from remoting

fix setting of DerivedUnitFacade.type #4057  and some cleaning up

reverting back the cdm application configuration refatoring

renaming ICdmApplicationConfiguration to ICdmApplicationDefaultConfiguration

renaming CdmApplicationController to CdmApplicationDefaultController

refactoring cdm application configuration / controller to allow for remoting

httpInvokerServices : remoting services spring config file
ConversationHolder : constructor made protected for ConversationHolderMock
ConversationHolderMock : empty conversation holder for remoting
cdmlib-remote-servlet.xml : added http invoker service configuration (currently commented)

move business logic from change concept to synonym to the service layer

cdmlib fix for deleting groups in bulkeditor #4054

added initializeCollection method to initialize a lazy loaded collection

A utils class which helps finding security related exceptions in Throwables