Merge branch 'LibrAlign' into develop
authorPatrick Plitzner <p.plitzner@bgbm.org>
Tue, 21 Jul 2015 11:33:31 +0000 (13:33 +0200)
committerPatrick Plitzner <p.plitzner@bgbm.org>
Tue, 21 Jul 2015 11:46:23 +0000 (13:46 +0200)
21 files changed:
1  2 
eu.etaxonomy.taxeditor.molecular/.gitignore
eu.etaxonomy.taxeditor.molecular/OSGI-INF/l10n/plugin.properties
eu.etaxonomy.taxeditor.molecular/OSGI-INF/l10n/plugin_en.properties
eu.etaxonomy.taxeditor.molecular/lib/.gitignore
eu.etaxonomy.taxeditor.molecular/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/molecular/editor/PherogramMouseListener.java
eu.etaxonomy.taxeditor.molecular/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/molecular/editor/PherogramViewPart.java
eu.etaxonomy.taxeditor.molecular/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/molecular/handler/AbstractAlignmentEditorHandler.java
eu.etaxonomy.taxeditor.molecular/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/molecular/handler/AbstractPherogramComponentHandler.java
eu.etaxonomy.taxeditor.molecular/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/molecular/handler/ChangePherogramQualityOutputType.java
eu.etaxonomy.taxeditor.molecular/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/molecular/handler/CreateConsensusSequenceHandler.java
eu.etaxonomy.taxeditor.molecular/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/molecular/handler/CutPherogramLeftHandler.java
eu.etaxonomy.taxeditor.molecular/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/molecular/handler/CutPherogramRightHandler.java
eu.etaxonomy.taxeditor.molecular/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/molecular/handler/HandlerTools.java
eu.etaxonomy.taxeditor.molecular/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/molecular/handler/ReverseComplementHandler.java
eu.etaxonomy.taxeditor.molecular/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/molecular/handler/ShowPherogramHandler.java
eu.etaxonomy.taxeditor.molecular/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/molecular/handler/ToggleInsertOverwriteHandler.java
eu.etaxonomy.taxeditor.molecular/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/molecular/handler/ToggleLeftRightInsertionHandler.java
eu.etaxonomy.taxeditor.molecular/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/molecular/handler/ToggleShowPherogramBaseCallLinesHandler.java
eu.etaxonomy.taxeditor.molecular/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/molecular/handler/ToggleShowPherogramProbabilitiesHandler.java
eu.etaxonomy.taxeditor.molecular/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/molecular/handler/UpdateConsensusSequenceHandler.java
eu.etaxonomy.taxeditor.molecular/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/molecular/handler/package-info.java

index 0000000,0000000..b83d222
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,1 @@@
++/target/
index 0000000,1c03030..e2943e3
mode 000000,100644..100644
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,164 +1,164 @@@
 -#Properties file for taxeditor-editor\r
 -Bundle-Vendor.0 = EDIT\r
 -Bundle-Name.0 = EDIT Taxonomic Editor - Editor Bundle\r
 -command.name.17 = Set Basionym\r
 -command.name.18 = Remove Basionym\r
 -editor.name = Multipage Taxon Editor\r
 -editor.name.0 = Taxon Name Editor\r
 -editor.name.1 = Key\r
 -editor.name.2 = Polytomous Key Graph Editor\r
 -editor.name.3 = Polytomous Key List Editor\r
 -editor.name.4 = Cdm Authority Editor\r
 -editor.name.5 = Derivative View\r
 -view.name = Factual Data\r
 -view.name.0 = Uses\r
 -view.name.1 = Media\r
 -view.name.2 = Concept Relations\r
 -view.name.3 = Concept Graph\r
 -category.name = Taxonomic Editor\r
 -command.label = Reference\r
 -command.label.0 = Name\r
 -command.label.1 = Team\r
 -command.label.2 = Person\r
 -command.label.3 = Specimen\r
 -command.label.4 = Factual Data\r
 -command.label.5 = Media\r
 -command.label.6 = Concept\r
 -command.label.7 = Concept Graph\r
 -command.label.8 = Open Parent\r
 -menu.label = New\r
 -command.label.9 = Heterotypic Synonym\r
 -command.label.10 = Homotypic Synonym\r
 -command.label.11 = Synonym In Homotypical Group\r
 -menu.label.0 = Change To\r
 -command.label.12 = Accepted Taxon\r
 -command.label.13 = Synonym\r
 -command.label.14 = Misapplication\r
 -command.label.15 = Delete\r
 -command.label.16 = Delete All Empty Names\r
 -command.label.17 = Swap Synonym With Accepted\r
 -command.label.18 = Show Details\r
 -command.label.19 = Save\r
 -command.label.20 = New Node\r
 -command.label.21 = Delete\r
 -command.label.22 = Apply Layout\r
 -command.label.23 = New Key Number\r
 -command.label.24 = New Alternative\r
 -command.label.25 = Refresh Nodes\r
 -command.label.26 = Delete\r
 -command.label.27 = New Factual Data\r
 -menu.label.1 = New\r
 -command.label.28 = Move Description to Taxon\r
 -command.label.29 = Move Elements to Taxon\r
 -command.label.30 = Delete\r
 -command.label.31 = Save\r
 -menu.label.2 = New Derivative\r
 -command.label.32 = New Use\r
 -command.label.33 = New Use Summary\r
 -command.label.34 = New Use Record\r
 -command.label.35 = Delete\r
 -command.label.36 = Save\r
 -command.label.37 = New Image Gallery\r
 -command.label.38 = New Image\r
 -command.label.39 = Move Image Up In List\r
 -command.label.40 = Move Image Down In List\r
 -command.label.41 = Delete\r
 -command.label.42 = Save\r
 -menu.label.3 = New\r
 -command.label.43 = Open Related Concept\r
 -command.label.44 = Delete\r
 -command.label.45 = Edit Authorities\r
 -extension.name = Name Commands\r
 -category.name.0 = -- Name Editor\r
 -command.name = Open Parent\r
 -command.name.0 = Create Homotypic Synonym\r
 -command.name.1 = Create Heterotypic Synonym\r
 -command.name.2 = Create Synonym In Homotypical Group\r
 -command.name.3 = Change To Synonym\r
 -command.name.4 = Change To Accepted Taxon\r
 -command.name.5 = Change To Misapplication\r
 -command.name.6 = Swap Synonym With Accepted\r
 -\r
 -command.name.7 = Set Basionym / Original Combination\r
 -command.name.8 = Remove Basionym / Original Combination\r
 -command.name.9 = Delete All Empty Names\r
 -category.name.1 = -- Factual\r
 -command.name.10 = Create Description Element\r
 -command.name.11 = New Description\r
 -command.name.12 = Move Description Elements to Taxon\r
 -command.name.13 = Move Description to Taxon\r
 -category.name.2 = -- New Uses\r
 -command.name.14 = New Use\r
 -command.name.15 = New Use Summary\r
 -command.name.16 = New Use Record\r
 -category.name.3 = -- Media\r
 -command.name.19 = Move Image Down In List\r
 -command.name.20 = New Image Gallery\r
 -command.name.21 = New Image\r
 -command.name.22 = Move Image Up In List\r
 -category.name.4 = -- New Entity\r
 -command.name.23 = New Reference\r
 -command.name.24 = New Name\r
 -command.name.25 = New Team\r
 -command.name.26 = New Person\r
 -command.name.27 = New Specimen\r
 -category.name.5 = -- Polytomous Keys\r
 -command.name.28 = New Child Node\r
 -command.name.29 = New Sibling Node\r
 -command.name.30 = Refresh Node Numbering\r
 -command.name.31 = Apply Layout\r
 -category.name.6 = -- Concept Relations\r
 -command.name.32 = Create Concept Relation\r
 -command.name.33 = Open Related Concept\r
 -category.name.7 = -- Group\r
 -command.name.34 = Edit CDM Authorities\r
 -command.name.35 = Open Derivative View\r
 -scheme.description = The default key binding scheme for the Taxonomic Editor\r
 -scheme.name = Taxonomic Editor Default Key Bindings\r
 -editor.name.6 = Specimen Import Editor\r
 -editor.name.7 = Gbif Import Editor\r
 -editor.name.8 = Checklist Editor\r
 -view.name.4 = Specimen Import\r
 -view.name.5 = GBIF Specimen Import\r
 -command.label.46 = Name\r
 -command.label.47 = Reference\r
 -command.label.48 = Datasource\r
 -command.label.49 = Misapplication\r
 -command.label.50 = Use Existing Image\r
 -command.name.36 = Create Misapplication\r
 -command.name.37 = Use Existing Image\r
 -command.name.38 = Open Checklist Editor\r
 -command.name.39 = New Datasource\r
 -wizard.name = Specimen Search/Import\r
 -wizard.description = Queries data provider for specimens with specified parameters.\nNote: Query results are currently limited to 100.\r
 -command.name.40 = Validation\r
 -view.name.6 = Validation\r
 -marker.field.0 = Object Type\r
 -marker.field.1 = Object\r
 -marker.field.2 = Attribute\r
 -marker.field.3 = Problematic Value\r
 -marker.field.4 = Problem description\r
 -marker.field.5 = Validator\r
 -marker.field.6 = Entity Class\r
 -marker.field.7 = Entity Id\r
 -extension.name.0 = Validation Error\r
 -command.label.51 = Open in Specimen Editor\r
 -command.label.52 = Delete\r
 -command.label.53 = Create Field Unit\r
 -command.label.54 = Delete (with children)\r
 -command.tooltip = Show Only Individuals Associations\r
 -command.label.55 = Open Associated Specimens\r
 -command.name.41 = Show Only Individual Associations\r
 -command.name.42 = Open Taxon Editor\r
 -command.name.43 = Create Field Unit\r
 -command.name.44 = Deep Delete\r
 -command.name.46 = Move Synonym (Homotypical Group) to another Accepted Taxon\r
 -command.label.56 = Move Synonym (Homotypical Group) to another Accepted Taxon\r
 -markerContentGenerator.name = Validation Problems Marker Generator\r
 -command.name.45 = Delete\r
 -command.name.47 = Delete\r
 -commandParameter.name = taxonUUID\r
 -Bundle-Name = Editor Bundle\r
 -command.name.48 = delete\r
 -command.name.49 = delete\r
++#Properties file for taxeditor-editor
++Bundle-Vendor.0 = EDIT
++Bundle-Name.0 = EDIT Taxonomic Editor - Editor Bundle
++command.name.17 = Set Basionym
++command.name.18 = Remove Basionym
++editor.name = Multipage Taxon Editor
++editor.name.0 = Taxon Name Editor
++editor.name.1 = Key
++editor.name.2 = Polytomous Key Graph Editor
++editor.name.3 = Polytomous Key List Editor
++editor.name.4 = Cdm Authority Editor
++editor.name.5 = Derivative View
++view.name = Factual Data
++view.name.0 = Uses
++view.name.1 = Media
++view.name.2 = Concept Relations
++view.name.3 = Concept Graph
++category.name = Taxonomic Editor
++command.label = Reference
++command.label.0 = Name
++command.label.1 = Team
++command.label.2 = Person
++command.label.3 = Specimen
++command.label.4 = Factual Data
++command.label.5 = Media
++command.label.6 = Concept
++command.label.7 = Concept Graph
++command.label.8 = Open Parent
++menu.label = New
++command.label.9 = Heterotypic Synonym
++command.label.10 = Homotypic Synonym
++command.label.11 = Synonym In Homotypical Group
++menu.label.0 = Change To
++command.label.12 = Accepted Taxon
++command.label.13 = Synonym
++command.label.14 = Misapplication
++command.label.15 = Delete
++command.label.16 = Delete All Empty Names
++command.label.17 = Swap Synonym With Accepted
++command.label.18 = Show Details
++command.label.19 = Save
++command.label.20 = New Node
++command.label.21 = Delete
++command.label.22 = Apply Layout
++command.label.23 = New Key Number
++command.label.24 = New Alternative
++command.label.25 = Refresh Nodes
++command.label.26 = Delete
++command.label.27 = New Factual Data
++menu.label.1 = New
++command.label.28 = Move Description to Taxon
++command.label.29 = Move Elements to Taxon
++command.label.30 = Delete
++command.label.31 = Save
++menu.label.2 = New Derivative
++command.label.32 = New Use
++command.label.33 = New Use Summary
++command.label.34 = New Use Record
++command.label.35 = Delete
++command.label.36 = Save
++command.label.37 = New Image Gallery
++command.label.38 = New Image
++command.label.39 = Move Image Up In List
++command.label.40 = Move Image Down In List
++command.label.41 = Delete
++command.label.42 = Save
++menu.label.3 = New
++command.label.43 = Open Related Concept
++command.label.44 = Delete
++command.label.45 = Edit Authorities
++extension.name = Name Commands
++category.name.0 = -- Name Editor
++command.name = Open Parent
++command.name.0 = Create Homotypic Synonym
++command.name.1 = Create Heterotypic Synonym
++command.name.2 = Create Synonym In Homotypical Group
++command.name.3 = Change To Synonym
++command.name.4 = Change To Accepted Taxon
++command.name.5 = Change To Misapplication
++command.name.6 = Swap Synonym With Accepted
++
++command.name.7 = Set Basionym / Original Combination
++command.name.8 = Remove Basionym / Original Combination
++command.name.9 = Delete All Empty Names
++category.name.1 = -- Factual
++command.name.10 = Create Description Element
++command.name.11 = New Description
++command.name.12 = Move Description Elements to Taxon
++command.name.13 = Move Description to Taxon
++category.name.2 = -- New Uses
++command.name.14 = New Use
++command.name.15 = New Use Summary
++command.name.16 = New Use Record
++category.name.3 = -- Media
++command.name.19 = Move Image Down In List
++command.name.20 = New Image Gallery
++command.name.21 = New Image
++command.name.22 = Move Image Up In List
++category.name.4 = -- New Entity
++command.name.23 = New Reference
++command.name.24 = New Name
++command.name.25 = New Team
++command.name.26 = New Person
++command.name.27 = New Specimen
++category.name.5 = -- Polytomous Keys
++command.name.28 = New Child Node
++command.name.29 = New Sibling Node
++command.name.30 = Refresh Node Numbering
++command.name.31 = Apply Layout
++category.name.6 = -- Concept Relations
++command.name.32 = Create Concept Relation
++command.name.33 = Open Related Concept
++category.name.7 = -- Group
++command.name.34 = Edit CDM Authorities
++command.name.35 = Open Derivative View
++scheme.description = The default key binding scheme for the Taxonomic Editor
++scheme.name = Taxonomic Editor Default Key Bindings
++editor.name.6 = Specimen Import Editor
++editor.name.7 = Gbif Import Editor
++editor.name.8 = Checklist Editor
++view.name.4 = Specimen Import
++view.name.5 = GBIF Specimen Import
++command.label.46 = Name
++command.label.47 = Reference
++command.label.48 = Datasource
++command.label.49 = Misapplication
++command.label.50 = Use Existing Image
++command.name.36 = Create Misapplication
++command.name.37 = Use Existing Image
++command.name.38 = Open Checklist Editor
++command.name.39 = New Datasource
++wizard.name = Specimen Search/Import
++wizard.description = Queries data provider for specimens with specified parameters.\nNote: Query results are currently limited to 100.
++command.name.40 = Validation
++view.name.6 = Validation
++marker.field.0 = Object Type
++marker.field.1 = Object
++marker.field.2 = Attribute
++marker.field.3 = Problematic Value
++marker.field.4 = Problem description
++marker.field.5 = Validator
++marker.field.6 = Entity Class
++marker.field.7 = Entity Id
++extension.name.0 = Validation Error
++command.label.51 = Open in Specimen Editor
++command.label.52 = Delete
++command.label.53 = Create Field Unit
++command.label.54 = Delete (with children)
++command.tooltip = Show Only Individuals Associations
++command.label.55 = Open Associated Specimens
++command.name.41 = Show Only Individual Associations
++command.name.42 = Open Taxon Editor
++command.name.43 = Create Field Unit
++command.name.44 = Deep Delete
++command.name.46 = Move Synonym (Homotypical Group) to another Accepted Taxon
++command.label.56 = Move Synonym (Homotypical Group) to another Accepted Taxon
++markerContentGenerator.name = Validation Problems Marker Generator
++command.name.45 = Delete
++command.name.47 = Delete
++commandParameter.name = taxonUUID
++Bundle-Name = Editor Bundle
++command.name.48 = delete
++command.name.49 = delete
+ command.name.50 = delete
index 0000000,65d48ba..897175a
mode 000000,100644..100644
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,141 +1,141 @@@
 -#Properties file for taxeditor-editor\r
 -Bundle-Vendor.0 = EDIT\r
 -Bundle-Name.0 = EDIT Taxonomic Editor - Editor Bundle\r
 -command.name.17 = Set Basionym\r
 -command.name.18 = Remove Basionym\r
 -editor.name = Multipage Taxon Editor\r
 -editor.name.0 = Taxon Name Editor\r
 -editor.name.1 = Key\r
 -editor.name.2 = Polytomous Key Graph Editor\r
 -editor.name.3 = Polytomous Key List Editor\r
 -editor.name.4 = Cdm Authority Editor\r
 -editor.name.5 = Derivate View\r
 -view.name = Factual Data\r
 -view.name.0 = Uses\r
 -view.name.1 = Media\r
 -view.name.2 = Concept Relations\r
 -view.name.3 = Concept Graph\r
 -category.name = Taxonomic Editor\r
 -command.label = Reference\r
 -command.label.0 = Name\r
 -command.label.1 = Team\r
 -command.label.2 = Person\r
 -command.label.3 = Specimen\r
 -command.label.4 = Factual Data\r
 -command.label.5 = Media\r
 -command.label.6 = Concept\r
 -command.label.7 = Concept Graph\r
 -command.label.8 = Open Parent\r
 -menu.label = New\r
 -command.label.9 = Heterotypic Synonym\r
 -command.label.10 = Homotypic Synonym\r
 -command.label.11 = Synonym In Homotypical Group\r
 -menu.label.0 = Change To\r
 -command.label.12 = Accepted Taxon\r
 -command.label.13 = Synonym\r
 -command.label.14 = Misapplication\r
 -command.label.15 = Delete\r
 -command.label.16 = Delete All Empty Names\r
 -command.label.17 = Swap Synonym With Accepted\r
 -command.label.18 = Show Details\r
 -command.label.19 = Save\r
 -command.label.20 = New Node\r
 -command.label.21 = Delete\r
 -command.label.22 = Apply Layout\r
 -command.label.23 = New Key Number\r
 -command.label.24 = New Alternative\r
 -command.label.25 = Refresh Nodes\r
 -command.label.26 = Delete\r
 -command.label.27 = New Factual Data\r
 -menu.label.1 = New\r
 -command.label.28 = Move Description to Taxon\r
 -command.label.29 = Move Elements to Taxon\r
 -command.label.30 = Delete\r
 -command.label.31 = Save\r
 -menu.label.2 = New Derivate\r
 -command.label.32 = New Use\r
 -command.label.33 = New Use Summary\r
 -command.label.34 = New Use Record\r
 -command.label.35 = Delete\r
 -command.label.36 = Save\r
 -command.label.37 = New Image Gallery\r
 -command.label.38 = New Image\r
 -command.label.39 = Move Image Up In List\r
 -command.label.40 = Move Image Down In List\r
 -command.label.41 = Delete\r
 -command.label.42 = Save\r
 -menu.label.3 = New\r
 -command.label.43 = Open Related Concept\r
 -command.label.44 = Delete\r
 -command.label.45 = Edit Authorities\r
 -extension.name = Name Commands\r
 -category.name.0 = -- Name Editor\r
 -command.name = Open Parent\r
 -command.name.0 = Create Homotypic Synonym\r
 -command.name.1 = Create Heterotypic Synonym\r
 -command.name.2 = Create Synonym In Homotypical Group\r
 -command.name.3 = Change To Synonym\r
 -command.name.4 = Change To Accepted Taxon\r
 -command.name.5 = Change To Misapplication\r
 -command.name.6 = Swap Synonym With Accepted\r
 -command.name.7 = Set Basionym / Original Combination\r
 -command.name.8 = Remove Basionym / Original Combination\r
 -command.name.9 = Delete All Empty Names\r
 -category.name.1 = -- Factual\r
 -command.name.10 = Create Description Element\r
 -command.name.11 = New Description\r
 -command.name.12 = Move Description Elements to Taxon\r
 -command.name.13 = Move Description to Taxon\r
 -category.name.2 = -- New Uses\r
 -command.name.14 = New Use\r
 -command.name.15 = New Use Summary\r
 -command.name.16 = New Use Record\r
 -category.name.3 = -- Media\r
 -command.name.19 = Move Image Down In List\r
 -command.name.20 = New Image Gallery\r
 -command.name.21 = New Image\r
 -command.name.22 = Move Image Up In List\r
 -category.name.4 = -- New Entity\r
 -command.name.23 = New Reference\r
 -command.name.24 = New Name\r
 -command.name.25 = New Team\r
 -command.name.26 = New Person\r
 -command.name.27 = New Specimen\r
 -category.name.5 = -- Polytomous Keys\r
 -command.name.28 = New Child Node\r
 -command.name.29 = New Sibling Node\r
 -command.name.30 = Refresh Node Numbering\r
 -command.name.31 = Apply Layout\r
 -category.name.6 = -- Concept Relations\r
 -command.name.32 = Create Concept Relation\r
 -command.name.33 = Open Related Concept\r
 -category.name.7 = -- Group\r
 -command.name.34 = Edit CDM Authorities\r
 -command.name.35 = Open Derivate View\r
 -scheme.description = The default key binding scheme for the Taxonomic Editor\r
 -scheme.name = Taxonomic Editor Default Key Bindingseditor.name.6 = Specimen Import Editor\r
 -editor.name.7 = Gbif Import Editor\r
 -editor.name.8 = Checklist Editor\r
 -view.name.4 = Specimen Import\r
 -view.name.5 = GBIF Specimen Import\r
 -command.label.46 = Name\r
 -command.label.47 = Reference\r
 -command.label.48 = Datasource\r
 -command.label.49 = Misapplication\r
 -command.label.50 = Use Existing Image\r
 -command.name.36 = Create Misapplication\r
 -command.name.37 = Use Existing Image\r
 -command.name.38 = Open Checklist Editor\r
 -command.name.39 = New Datasource\r
 -wizard.name = Specimen Search/Import\r
 -wizard.description = Queries data provider for specimens with specified parameters.\nNote: Query results are currently limited to 100.\r
 -command.name.40 = Validation\r
 -view.name.6 = Validation\r
 -marker.field.0 = Object Type\r
 -marker.field.1 = Object\r
 -marker.field.2 = Attribute\r
 -marker.field.3 = Problematic Value\r
 -marker.field.4 = Problem description\r
 -marker.field.5 = Validator\r
 -marker.field.6 = Entity Class\r
++#Properties file for taxeditor-editor
++Bundle-Vendor.0 = EDIT
++Bundle-Name.0 = EDIT Taxonomic Editor - Editor Bundle
++command.name.17 = Set Basionym
++command.name.18 = Remove Basionym
++editor.name = Multipage Taxon Editor
++editor.name.0 = Taxon Name Editor
++editor.name.1 = Key
++editor.name.2 = Polytomous Key Graph Editor
++editor.name.3 = Polytomous Key List Editor
++editor.name.4 = Cdm Authority Editor
++editor.name.5 = Derivate View
++view.name = Factual Data
++view.name.0 = Uses
++view.name.1 = Media
++view.name.2 = Concept Relations
++view.name.3 = Concept Graph
++category.name = Taxonomic Editor
++command.label = Reference
++command.label.0 = Name
++command.label.1 = Team
++command.label.2 = Person
++command.label.3 = Specimen
++command.label.4 = Factual Data
++command.label.5 = Media
++command.label.6 = Concept
++command.label.7 = Concept Graph
++command.label.8 = Open Parent
++menu.label = New
++command.label.9 = Heterotypic Synonym
++command.label.10 = Homotypic Synonym
++command.label.11 = Synonym In Homotypical Group
++menu.label.0 = Change To
++command.label.12 = Accepted Taxon
++command.label.13 = Synonym
++command.label.14 = Misapplication
++command.label.15 = Delete
++command.label.16 = Delete All Empty Names
++command.label.17 = Swap Synonym With Accepted
++command.label.18 = Show Details
++command.label.19 = Save
++command.label.20 = New Node
++command.label.21 = Delete
++command.label.22 = Apply Layout
++command.label.23 = New Key Number
++command.label.24 = New Alternative
++command.label.25 = Refresh Nodes
++command.label.26 = Delete
++command.label.27 = New Factual Data
++menu.label.1 = New
++command.label.28 = Move Description to Taxon
++command.label.29 = Move Elements to Taxon
++command.label.30 = Delete
++command.label.31 = Save
++menu.label.2 = New Derivate
++command.label.32 = New Use
++command.label.33 = New Use Summary
++command.label.34 = New Use Record
++command.label.35 = Delete
++command.label.36 = Save
++command.label.37 = New Image Gallery
++command.label.38 = New Image
++command.label.39 = Move Image Up In List
++command.label.40 = Move Image Down In List
++command.label.41 = Delete
++command.label.42 = Save
++menu.label.3 = New
++command.label.43 = Open Related Concept
++command.label.44 = Delete
++command.label.45 = Edit Authorities
++extension.name = Name Commands
++category.name.0 = -- Name Editor
++command.name = Open Parent
++command.name.0 = Create Homotypic Synonym
++command.name.1 = Create Heterotypic Synonym
++command.name.2 = Create Synonym In Homotypical Group
++command.name.3 = Change To Synonym
++command.name.4 = Change To Accepted Taxon
++command.name.5 = Change To Misapplication
++command.name.6 = Swap Synonym With Accepted
++command.name.7 = Set Basionym / Original Combination
++command.name.8 = Remove Basionym / Original Combination
++command.name.9 = Delete All Empty Names
++category.name.1 = -- Factual
++command.name.10 = Create Description Element
++command.name.11 = New Description
++command.name.12 = Move Description Elements to Taxon
++command.name.13 = Move Description to Taxon
++category.name.2 = -- New Uses
++command.name.14 = New Use
++command.name.15 = New Use Summary
++command.name.16 = New Use Record
++category.name.3 = -- Media
++command.name.19 = Move Image Down In List
++command.name.20 = New Image Gallery
++command.name.21 = New Image
++command.name.22 = Move Image Up In List
++category.name.4 = -- New Entity
++command.name.23 = New Reference
++command.name.24 = New Name
++command.name.25 = New Team
++command.name.26 = New Person
++command.name.27 = New Specimen
++category.name.5 = -- Polytomous Keys
++command.name.28 = New Child Node
++command.name.29 = New Sibling Node
++command.name.30 = Refresh Node Numbering
++command.name.31 = Apply Layout
++category.name.6 = -- Concept Relations
++command.name.32 = Create Concept Relation
++command.name.33 = Open Related Concept
++category.name.7 = -- Group
++command.name.34 = Edit CDM Authorities
++command.name.35 = Open Derivate View
++scheme.description = The default key binding scheme for the Taxonomic Editor
++scheme.name = Taxonomic Editor Default Key Bindingseditor.name.6 = Specimen Import Editor
++editor.name.7 = Gbif Import Editor
++editor.name.8 = Checklist Editor
++view.name.4 = Specimen Import
++view.name.5 = GBIF Specimen Import
++command.label.46 = Name
++command.label.47 = Reference
++command.label.48 = Datasource
++command.label.49 = Misapplication
++command.label.50 = Use Existing Image
++command.name.36 = Create Misapplication
++command.name.37 = Use Existing Image
++command.name.38 = Open Checklist Editor
++command.name.39 = New Datasource
++wizard.name = Specimen Search/Import
++wizard.description = Queries data provider for specimens with specified parameters.\nNote: Query results are currently limited to 100.
++command.name.40 = Validation
++view.name.6 = Validation
++marker.field.0 = Object Type
++marker.field.1 = Object
++marker.field.2 = Attribute
++marker.field.3 = Problematic Value
++marker.field.4 = Problem description
++marker.field.5 = Validator
++marker.field.6 = Entity Class
+ marker.field.7 = Entity Id
index 0000000,0000000..0557829
new file mode 100644 (file)
--- /dev/null
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,0 +1,1 @@@
++/*.jar
index 0000000,582b0fa..71e2c9a
mode 000000,100644..100644
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,56 +1,56 @@@
 -/**\r
 -* Copyright (C) 2007 EDIT\r
 -* European Distributed Institute of Taxonomy\r
 -* http://www.e-taxonomy.eu\r
 -*\r
 -* The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1\r
 -* See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.\r
 -*/\r
 -package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor;\r
 -\r
 -\r
 -import info.bioinfweb.libralign.dataarea.implementations.pherogram.PherogramArea;\r
 -import info.bioinfweb.tic.input.TICMouseAdapter;\r
 -import info.bioinfweb.tic.input.TICMouseEvent;\r
 -\r
 -import org.eclipse.ui.PartInitException;\r
 -\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.model.MessagingUtils;\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.TaxeditorMolecularPlugin;\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler.ShowPherogramHandler;\r
 -\r
 -\r
 -\r
 -/**\r
 - * Listens to mouse events on data areas displaying a pherogram in {@link AlignmentEditor}.\r
 - *\r
 - * @author Ben Stöver\r
 - * @date 25.11.2014\r
 - */\r
 -public class PherogramMouseListener extends TICMouseAdapter {\r
 -      private final PherogramArea area;\r
 -\r
 -\r
 -      public PherogramMouseListener(PherogramArea area) {\r
 -              super();\r
 -              this.area = area;\r
 -      }\r
 -\r
 -\r
 -      @Override\r
 -      public boolean mousePressed(TICMouseEvent event) {\r
 -              if (event.getClickCount() == 2) {  // Double click\r
 -                      try {\r
 -                          ShowPherogramHandler.showPherogram(area.getModel());\r
 -                      }\r
 -                      catch (PartInitException e) {\r
 -                MessagingUtils.errorDialog("Unable to create pherogram view", null, e.getLocalizedMessage(),\r
 -                        TaxeditorMolecularPlugin.PLUGIN_ID,  e, false);  //TODO set pluginID\r
 -                      }\r
 -            return true;\r
 -              }\r
 -              else {\r
 -                  return false;\r
 -              }\r
 -      }\r
 -}\r
++/**
++* Copyright (C) 2007 EDIT
++* European Distributed Institute of Taxonomy
++* http://www.e-taxonomy.eu
++*
++* The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1
++* See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.
++*/
++package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor;
++
++
++import info.bioinfweb.libralign.dataarea.implementations.pherogram.PherogramArea;
++import info.bioinfweb.tic.input.TICMouseAdapter;
++import info.bioinfweb.tic.input.TICMouseEvent;
++
++import org.eclipse.ui.PartInitException;
++
++import eu.etaxonomy.taxeditor.model.MessagingUtils;
++import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.TaxeditorMolecularPlugin;
++import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler.ShowPherogramHandler;
++
++
++
++/**
++ * Listens to mouse events on data areas displaying a pherogram in {@link AlignmentEditor}.
++ *
++ * @author Ben Stöver
++ * @date 25.11.2014
++ */
++public class PherogramMouseListener extends TICMouseAdapter {
++      private final PherogramArea area;
++
++
++      public PherogramMouseListener(PherogramArea area) {
++              super();
++              this.area = area;
++      }
++
++
++      @Override
++      public boolean mousePressed(TICMouseEvent event) {
++              if (event.getClickCount() == 2) {  // Double click
++                      try {
++                          ShowPherogramHandler.showPherogram(area.getModel());
++                      }
++                      catch (PartInitException e) {
++                MessagingUtils.errorDialog("Unable to create pherogram view", null, e.getLocalizedMessage(),
++                        TaxeditorMolecularPlugin.PLUGIN_ID,  e, false);  //TODO set pluginID
++                      }
++            return true;
++              }
++              else {
++                  return false;
++              }
++      }
++}
index 0000000,ec89118..40c0470
mode 000000,100644..100644
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,68 +1,68 @@@
 -/**\r
 -* Copyright (C) 2007 EDIT\r
 -* European Distributed Institute of Taxonomy\r
 -* http://www.e-taxonomy.eu\r
 -*\r
 -* The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1\r
 -* See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.\r
 -*/\r
 -package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor;\r
 -\r
 -\r
 -import info.bioinfweb.libralign.pherogram.PherogramFormats.QualityOutputType;\r
 -import info.bioinfweb.libralign.pherogram.model.PherogramComponentModel;\r
 -import info.bioinfweb.libralign.pherogram.view.PherogramView;\r
 -import info.bioinfweb.tic.SWTComponentFactory;\r
 -\r
 -import org.eclipse.swt.SWT;\r
 -import org.eclipse.swt.widgets.Composite;\r
 -import org.eclipse.ui.PartInitException;\r
 -import org.eclipse.ui.PlatformUI;\r
 -import org.eclipse.ui.part.ViewPart;\r
 -\r
 -\r
 -\r
 -/**\r
 - * Component that allows to view a pherogram without the distortion due to aligning it to a sequence as in\r
 - * {@link AlignmentEditor}.\r
 - *\r
 - * @author Ben Stöver\r
 - * @date Nov 20, 2014\r
 - */\r
 -public class PherogramViewPart extends ViewPart {\r
 -    public static final String ID = "eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.PherogramView";\r
 -\r
 -    private PherogramView pherogramView = null;\r
 -\r
 -\r
 -    public static PherogramViewPart createView(PherogramComponentModel model) throws PartInitException {\r
 -        PherogramViewPart view = (PherogramViewPart)PlatformUI.getWorkbench().getActiveWorkbenchWindow().getActivePage().showView(ID);\r
 -        view.getPherogramView().getTraceCurveView().setModel(model);\r
 -        view.getPherogramView().assignSize();\r
 -        return view;\r
 -    }\r
 -\r
 -\r
 -      public PherogramView getPherogramView() {\r
 -              if (pherogramView == null) {\r
 -                      pherogramView = new PherogramView();\r
 -                      pherogramView.getTraceCurveView().getFormats().setShowProbabilityValues(true);\r
 -                      pherogramView.getTraceCurveView().setHorizontalScale(1);\r
 -                      pherogramView.getTraceCurveView().setVerticalScale(100);\r
 -                      pherogramView.getTraceCurveView().getFormats().setQualityOutputType(QualityOutputType.NONE);  //TODO Make this user defined\r
 -                      pherogramView.getTraceCurveView().getFormats().setShowProbabilityValues(false);\r
 -              }\r
 -              return pherogramView;\r
 -      }\r
 -\r
 -\r
 -      @Override\r
 -      public void createPartControl(Composite parent) {\r
 -              SWTComponentFactory.getInstance().getSWTComponent(getPherogramView(), parent, SWT.NONE);\r
 -              getPherogramView().assignSize();\r
 -      }\r
 -\r
 -\r
 -      @Override\r
 -      public void setFocus() {}  // nothing to do\r
 -}\r
++/**
++* Copyright (C) 2007 EDIT
++* European Distributed Institute of Taxonomy
++* http://www.e-taxonomy.eu
++*
++* The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1
++* See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.
++*/
++package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor;
++
++
++import info.bioinfweb.libralign.pherogram.PherogramFormats.QualityOutputType;
++import info.bioinfweb.libralign.pherogram.model.PherogramComponentModel;
++import info.bioinfweb.libralign.pherogram.view.PherogramView;
++import info.bioinfweb.tic.SWTComponentFactory;
++
++import org.eclipse.swt.SWT;
++import org.eclipse.swt.widgets.Composite;
++import org.eclipse.ui.PartInitException;
++import org.eclipse.ui.PlatformUI;
++import org.eclipse.ui.part.ViewPart;
++
++
++
++/**
++ * Component that allows to view a pherogram without the distortion due to aligning it to a sequence as in
++ * {@link AlignmentEditor}.
++ *
++ * @author Ben Stöver
++ * @date Nov 20, 2014
++ */
++public class PherogramViewPart extends ViewPart {
++    public static final String ID = "eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.PherogramView";
++
++    private PherogramView pherogramView = null;
++
++
++    public static PherogramViewPart createView(PherogramComponentModel model) throws PartInitException {
++        PherogramViewPart view = (PherogramViewPart)PlatformUI.getWorkbench().getActiveWorkbenchWindow().getActivePage().showView(ID);
++        view.getPherogramView().getTraceCurveView().setModel(model);
++        view.getPherogramView().assignSize();
++        return view;
++    }
++
++
++      public PherogramView getPherogramView() {
++              if (pherogramView == null) {
++                      pherogramView = new PherogramView();
++                      pherogramView.getTraceCurveView().getFormats().setShowProbabilityValues(true);
++                      pherogramView.getTraceCurveView().setHorizontalScale(1);
++                      pherogramView.getTraceCurveView().setVerticalScale(100);
++                      pherogramView.getTraceCurveView().getFormats().setQualityOutputType(QualityOutputType.NONE);  //TODO Make this user defined
++                      pherogramView.getTraceCurveView().getFormats().setShowProbabilityValues(false);
++              }
++              return pherogramView;
++      }
++
++
++      @Override
++      public void createPartControl(Composite parent) {
++              SWTComponentFactory.getInstance().getSWTComponent(getPherogramView(), parent, SWT.NONE);
++              getPherogramView().assignSize();
++      }
++
++
++      @Override
++      public void setFocus() {}  // nothing to do
++}
index 0000000,fa74f5d..0c8a6ed
mode 000000,100644..100644
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,43 +1,43 @@@
 -// $Id$\r
 -/**\r
 -* Copyright (C) 2015 EDIT\r
 -* European Distributed Institute of Taxonomy\r
 -* http://www.e-taxonomy.eu\r
 -*\r
 -* The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1\r
 -* See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.\r
 -*/\r
 -package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;\r
 -\r
 -\r
 -import org.eclipse.core.commands.AbstractHandler;\r
 -import org.eclipse.core.commands.ExecutionEvent;\r
 -import org.eclipse.core.commands.ExecutionException;\r
 -import org.eclipse.ui.IEditorPart;\r
 -\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.model.AbstractUtility;\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.AlignmentEditor;\r
 -\r
 -\r
 -\r
 -\r
 -/**\r
 - * Abstract implementation for all handlers triggering actions in an active instance of\r
 - * {@link AlignmentEditor}.\r
 - *\r
 - * @author Ben Stöver\r
 - * @date 19.06.2015\r
 - */\r
 -public abstract class AbstractAlignmentEditorHandler extends AbstractHandler {\r
 -    @Override\r
 -    public Object execute(ExecutionEvent event) throws ExecutionException {\r
 -        IEditorPart activeEditor = AbstractUtility.getActiveEditor();\r
 -        if (activeEditor instanceof AlignmentEditor) {\r
 -            doExecute(event, (AlignmentEditor)activeEditor);\r
 -        }\r
 -        return null;\r
 -    }\r
 -\r
 -\r
 -    public abstract void doExecute(ExecutionEvent event, AlignmentEditor editor) throws ExecutionException;\r
 -}\r
++// $Id$
++/**
++* Copyright (C) 2015 EDIT
++* European Distributed Institute of Taxonomy
++* http://www.e-taxonomy.eu
++*
++* The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1
++* See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.
++*/
++package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;
++
++
++import org.eclipse.core.commands.AbstractHandler;
++import org.eclipse.core.commands.ExecutionEvent;
++import org.eclipse.core.commands.ExecutionException;
++import org.eclipse.ui.IEditorPart;
++
++import eu.etaxonomy.taxeditor.model.AbstractUtility;
++import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.AlignmentEditor;
++
++
++
++
++/**
++ * Abstract implementation for all handlers triggering actions in an active instance of
++ * {@link AlignmentEditor}.
++ *
++ * @author Ben Stöver
++ * @date 19.06.2015
++ */
++public abstract class AbstractAlignmentEditorHandler extends AbstractHandler {
++    @Override
++    public Object execute(ExecutionEvent event) throws ExecutionException {
++        IEditorPart activeEditor = AbstractUtility.getActiveEditor();
++        if (activeEditor instanceof AlignmentEditor) {
++            doExecute(event, (AlignmentEditor)activeEditor);
++        }
++        return null;
++    }
++
++
++    public abstract void doExecute(ExecutionEvent event, AlignmentEditor editor) throws ExecutionException;
++}
index 0000000,50d6597..55c24e3
mode 000000,100644..100644
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,60 +1,60 @@@
 -// $Id$\r
 -/**\r
 -* Copyright (C) 2015 EDIT\r
 -* European Distributed Institute of Taxonomy\r
 -* http://www.e-taxonomy.eu\r
 -*\r
 -* The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1\r
 -* See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.\r
 -*/\r
 -package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;\r
 -\r
 -\r
 -import info.bioinfweb.libralign.alignmentarea.AlignmentArea;\r
 -import info.bioinfweb.libralign.dataarea.implementations.pherogram.PherogramArea;\r
 -import info.bioinfweb.libralign.pherogram.PherogramComponent;\r
 -\r
 -import java.util.Iterator;\r
 -\r
 -import org.eclipse.core.commands.AbstractHandler;\r
 -import org.eclipse.core.commands.ExecutionEvent;\r
 -import org.eclipse.core.commands.ExecutionException;\r
 -import org.eclipse.ui.IWorkbenchPart;\r
 -\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.model.AbstractUtility;\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.AlignmentEditor;\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.PherogramViewPart;\r
 -\r
 -\r
 -\r
 -/**\r
 - * Abstract handler implementation allows to performs the concrete operation either on an instance of\r
 - * {@link PherogramViewPart} or all {@link AlignmentArea}s inside an instance of {@link AlignmentEditor}.\r
 - *\r
 - * @author Ben Stöver\r
 - * @date 23.06.2015\r
 - */\r
 -public abstract class AbstractPherogramComponentHandler extends AbstractHandler {\r
 -    @Override\r
 -    public Object execute(ExecutionEvent event) throws ExecutionException {\r
 -        IWorkbenchPart activePart = AbstractUtility.getActivePart();\r
 -\r
 -        if (activePart instanceof AlignmentEditor) {\r
 -            AlignmentEditor editor = (AlignmentEditor)activePart;\r
 -            Iterator<Integer> idIterator = editor.getReadsArea().getAlignmentModel().sequenceIDIterator();\r
 -            while (idIterator.hasNext()) {\r
 -                PherogramArea area = editor.getPherogramArea(idIterator.next());\r
 -                if (area != null) {\r
 -                    doExecute(event, area);\r
 -                }\r
 -            }\r
 -        }\r
 -        else if (activePart instanceof PherogramViewPart) {\r
 -            doExecute(event, ((PherogramViewPart)activePart).getPherogramView().getTraceCurveView());\r
 -        }\r
 -        return null;\r
 -    }\r
 -\r
 -\r
 -    public abstract void doExecute(ExecutionEvent event, PherogramComponent component) throws ExecutionException;\r
 -}\r
++// $Id$
++/**
++* Copyright (C) 2015 EDIT
++* European Distributed Institute of Taxonomy
++* http://www.e-taxonomy.eu
++*
++* The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1
++* See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.
++*/
++package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;
++
++
++import info.bioinfweb.libralign.alignmentarea.AlignmentArea;
++import info.bioinfweb.libralign.dataarea.implementations.pherogram.PherogramArea;
++import info.bioinfweb.libralign.pherogram.PherogramComponent;
++
++import java.util.Iterator;
++
++import org.eclipse.core.commands.AbstractHandler;
++import org.eclipse.core.commands.ExecutionEvent;
++import org.eclipse.core.commands.ExecutionException;
++import org.eclipse.ui.IWorkbenchPart;
++
++import eu.etaxonomy.taxeditor.model.AbstractUtility;
++import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.AlignmentEditor;
++import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.PherogramViewPart;
++
++
++
++/**
++ * Abstract handler implementation allows to performs the concrete operation either on an instance of
++ * {@link PherogramViewPart} or all {@link AlignmentArea}s inside an instance of {@link AlignmentEditor}.
++ *
++ * @author Ben Stöver
++ * @date 23.06.2015
++ */
++public abstract class AbstractPherogramComponentHandler extends AbstractHandler {
++    @Override
++    public Object execute(ExecutionEvent event) throws ExecutionException {
++        IWorkbenchPart activePart = AbstractUtility.getActivePart();
++
++        if (activePart instanceof AlignmentEditor) {
++            AlignmentEditor editor = (AlignmentEditor)activePart;
++            Iterator<Integer> idIterator = editor.getReadsArea().getAlignmentModel().sequenceIDIterator();
++            while (idIterator.hasNext()) {
++                PherogramArea area = editor.getPherogramArea(idIterator.next());
++                if (area != null) {
++                    doExecute(event, area);
++                }
++            }
++        }
++        else if (activePart instanceof PherogramViewPart) {
++            doExecute(event, ((PherogramViewPart)activePart).getPherogramView().getTraceCurveView());
++        }
++        return null;
++    }
++
++
++    public abstract void doExecute(ExecutionEvent event, PherogramComponent component) throws ExecutionException;
++}
index 0000000,9d0febc..a5fba94
mode 000000,100644..100644
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,31 +1,31 @@@
 -// $Id$\r
 -/**\r
 -* Copyright (C) 2015 EDIT\r
 -* European Distributed Institute of Taxonomy\r
 -* http://www.e-taxonomy.eu\r
 -*\r
 -* The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1\r
 -* See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.\r
 -*/\r
 -package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;\r
 -\r
 -\r
 -import info.bioinfweb.libralign.pherogram.PherogramComponent;\r
 -\r
 -import org.eclipse.core.commands.ExecutionEvent;\r
 -import org.eclipse.core.commands.ExecutionException;\r
 -\r
 -\r
 -\r
 -/**\r
 - * Switches between the quality output types available for components displaying pherograms.\r
 - *\r
 - * @author Ben Stöver\r
 - * @date 19.06.2015\r
 - */\r
 -public class ChangePherogramQualityOutputType extends AbstractPherogramComponentHandler {\r
 -    @Override\r
 -    public void doExecute(ExecutionEvent event, PherogramComponent component) throws ExecutionException {\r
 -        component.getFormats().changeQualityOutputType();\r
 -    }\r
 -}\r
++// $Id$
++/**
++* Copyright (C) 2015 EDIT
++* European Distributed Institute of Taxonomy
++* http://www.e-taxonomy.eu
++*
++* The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1
++* See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.
++*/
++package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;
++
++
++import info.bioinfweb.libralign.pherogram.PherogramComponent;
++
++import org.eclipse.core.commands.ExecutionEvent;
++import org.eclipse.core.commands.ExecutionException;
++
++
++
++/**
++ * Switches between the quality output types available for components displaying pherograms.
++ *
++ * @author Ben Stöver
++ * @date 19.06.2015
++ */
++public class ChangePherogramQualityOutputType extends AbstractPherogramComponentHandler {
++    @Override
++    public void doExecute(ExecutionEvent event, PherogramComponent component) throws ExecutionException {
++        component.getFormats().changeQualityOutputType();
++    }
++}
index 0000000,e04c148..a95de50
mode 000000,100644..100644
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,34 +1,34 @@@
 -/**\r
 -* Copyright (C) 2007 EDIT\r
 -* European Distributed Institute of Taxonomy\r
 -* http://www.e-taxonomy.eu\r
 -*\r
 -* The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1\r
 -* See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.\r
 -*/\r
 -package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;\r
 -\r
 -\r
 -import org.eclipse.core.commands.ExecutionEvent;\r
 -import org.eclipse.core.commands.ExecutionException;\r
 -\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.AlignmentEditor;\r
 -\r
 -\r
 -\r
 -\r
 -/**\r
 - * Handler that creates the consensus sequence from all single read sequences in the active instance\r
 - * of {@link AlignmentEditor}. A previously present consensus sequence will be overwritten.\r
 - *\r
 - * @author Ben Stöver\r
 - * @date 19.06.2015\r
 - * @see UpdateConsensusSequenceHandler\r
 - * @see AlignmentEditor#createConsensusSequence()\r
 - */\r
 -public class CreateConsensusSequenceHandler extends AbstractAlignmentEditorHandler {\r
 -    @Override\r
 -    public void doExecute(ExecutionEvent event, AlignmentEditor editor) throws ExecutionException {\r
 -        editor.createConsensusSequence();\r
 -    }\r
 -}\r
++/**
++* Copyright (C) 2007 EDIT
++* European Distributed Institute of Taxonomy
++* http://www.e-taxonomy.eu
++*
++* The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1
++* See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.
++*/
++package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;
++
++
++import org.eclipse.core.commands.ExecutionEvent;
++import org.eclipse.core.commands.ExecutionException;
++
++import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.AlignmentEditor;
++
++
++
++
++/**
++ * Handler that creates the consensus sequence from all single read sequences in the active instance
++ * of {@link AlignmentEditor}. A previously present consensus sequence will be overwritten.
++ *
++ * @author Ben Stöver
++ * @date 19.06.2015
++ * @see UpdateConsensusSequenceHandler
++ * @see AlignmentEditor#createConsensusSequence()
++ */
++public class CreateConsensusSequenceHandler extends AbstractAlignmentEditorHandler {
++    @Override
++    public void doExecute(ExecutionEvent event, AlignmentEditor editor) throws ExecutionException {
++        editor.createConsensusSequence();
++    }
++}
index 0000000,bbbd4e0..955dbae
mode 000000,100644..100644
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,37 +1,37 @@@
 -// $Id$\r
 -/**\r
 -* Copyright (C) 2015 EDIT\r
 -* European Distributed Institute of Taxonomy\r
 -* http://www.e-taxonomy.eu\r
 -*\r
 -* The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1\r
 -* See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.\r
 -*/\r
 -package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;\r
 -\r
 -\r
 -import org.eclipse.core.commands.ExecutionEvent;\r
 -import org.eclipse.core.commands.ExecutionException;\r
 -\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.model.MessagingUtils;\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.TaxeditorMolecularPlugin;\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.AlignmentEditor;\r
 -\r
 -\r
 -\r
 -/**\r
 - * Handler that cuts the base call sequence of a pherogram attached to the current sequence on the left\r
 - * of the current selection or cursor position.\r
 - *\r
 - * @author Ben Stöver\r
 - * @date 15.06.2015\r
 - */\r
 -public class CutPherogramLeftHandler extends AbstractAlignmentEditorHandler {\r
 -    @Override\r
 -    public void doExecute(ExecutionEvent event, AlignmentEditor editor) throws ExecutionException {\r
 -        String errorMessage = editor.cutPherogramLeft();\r
 -        if (errorMessage != null) {\r
 -            MessagingUtils.errorDialog("Unable to cut base call sequence", this, errorMessage, TaxeditorMolecularPlugin.PLUGIN_ID, null, false);\r
 -        }\r
 -    }\r
 -}\r
++// $Id$
++/**
++* Copyright (C) 2015 EDIT
++* European Distributed Institute of Taxonomy
++* http://www.e-taxonomy.eu
++*
++* The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1
++* See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.
++*/
++package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;
++
++
++import org.eclipse.core.commands.ExecutionEvent;
++import org.eclipse.core.commands.ExecutionException;
++
++import eu.etaxonomy.taxeditor.model.MessagingUtils;
++import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.TaxeditorMolecularPlugin;
++import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.AlignmentEditor;
++
++
++
++/**
++ * Handler that cuts the base call sequence of a pherogram attached to the current sequence on the left
++ * of the current selection or cursor position.
++ *
++ * @author Ben Stöver
++ * @date 15.06.2015
++ */
++public class CutPherogramLeftHandler extends AbstractAlignmentEditorHandler {
++    @Override
++    public void doExecute(ExecutionEvent event, AlignmentEditor editor) throws ExecutionException {
++        String errorMessage = editor.cutPherogramLeft();
++        if (errorMessage != null) {
++            MessagingUtils.errorDialog("Unable to cut base call sequence", this, errorMessage, TaxeditorMolecularPlugin.PLUGIN_ID, null, false);
++        }
++    }
++}
index 0000000,85be2f7..dd8bc90
mode 000000,100644..100644
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,37 +1,37 @@@
 -// $Id$\r
 -/**\r
 -* Copyright (C) 2015 EDIT\r
 -* European Distributed Institute of Taxonomy\r
 -* http://www.e-taxonomy.eu\r
 -*\r
 -* The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1\r
 -* See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.\r
 -*/\r
 -package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;\r
 -\r
 -\r
 -import org.eclipse.core.commands.ExecutionEvent;\r
 -import org.eclipse.core.commands.ExecutionException;\r
 -\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.model.MessagingUtils;\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.TaxeditorMolecularPlugin;\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.AlignmentEditor;\r
 -\r
 -\r
 -\r
 -/**\r
 - * Handler that cuts the base call sequence of a pherogram attached to the current sequence on the right\r
 - * of the current selection or cursor position.\r
 - *\r
 - * @author BenStoever\r
 - * @date 15.06.2015\r
 - */\r
 -public class CutPherogramRightHandler extends AbstractAlignmentEditorHandler {\r
 -    @Override\r
 -    public void doExecute(ExecutionEvent event, AlignmentEditor editor) throws ExecutionException {\r
 -        String errorMessage = editor.cutPherogramRight();\r
 -        if (errorMessage != null) {\r
 -            MessagingUtils.errorDialog("Unable to cut base call sequence", this, errorMessage, TaxeditorMolecularPlugin.PLUGIN_ID, null, false);\r
 -        }\r
 -    }\r
 -}\r
++// $Id$
++/**
++* Copyright (C) 2015 EDIT
++* European Distributed Institute of Taxonomy
++* http://www.e-taxonomy.eu
++*
++* The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1
++* See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.
++*/
++package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;
++
++
++import org.eclipse.core.commands.ExecutionEvent;
++import org.eclipse.core.commands.ExecutionException;
++
++import eu.etaxonomy.taxeditor.model.MessagingUtils;
++import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.TaxeditorMolecularPlugin;
++import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.AlignmentEditor;
++
++
++
++/**
++ * Handler that cuts the base call sequence of a pherogram attached to the current sequence on the right
++ * of the current selection or cursor position.
++ *
++ * @author BenStoever
++ * @date 15.06.2015
++ */
++public class CutPherogramRightHandler extends AbstractAlignmentEditorHandler {
++    @Override
++    public void doExecute(ExecutionEvent event, AlignmentEditor editor) throws ExecutionException {
++        String errorMessage = editor.cutPherogramRight();
++        if (errorMessage != null) {
++            MessagingUtils.errorDialog("Unable to cut base call sequence", this, errorMessage, TaxeditorMolecularPlugin.PLUGIN_ID, null, false);
++        }
++    }
++}
index 0000000,07c1fc4..11d92e6
mode 000000,100644..100644
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,40 +1,40 @@@
 -// $Id$\r
 -/**\r
 -* Copyright (C) 2015 EDIT\r
 -* European Distributed Institute of Taxonomy\r
 -* http://www.e-taxonomy.eu\r
 -*\r
 -* The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1\r
 -* See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.\r
 -*/\r
 -package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;\r
 -\r
 -\r
 -import java.net.URL;\r
 -\r
 -import org.eclipse.core.runtime.FileLocator;\r
 -import org.eclipse.core.runtime.Path;\r
 -import org.eclipse.jface.resource.ImageDescriptor;\r
 -\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.TaxeditorMolecularPlugin;\r
 -\r
 -\r
 -\r
 -/**\r
 - * Implements shared functionality for handler implementations using tool bar icons.\r
 - *\r
 - * @author Ben Stöver\r
 - * @date 15.06.2015\r
 - */\r
 -public class HandlerTools {  //TODO Move this class or method somewhere else?\r
 -    public static ImageDescriptor createImageDescriptor(String iconName) {\r
 -        URL url = FileLocator.find(TaxeditorMolecularPlugin.getDefault().getBundle(),\r
 -                new Path("icons/" + iconName), null);\r
 -        if (url != null) {\r
 -            return ImageDescriptor.createFromURL(url);\r
 -        }\r
 -        else {\r
 -            throw new InternalError("Icon \"" + iconName + "\" could not be loaded.");  //TODO Throw other type of exception?\r
 -        }\r
 -    }\r
 -}\r
++// $Id$
++/**
++* Copyright (C) 2015 EDIT
++* European Distributed Institute of Taxonomy
++* http://www.e-taxonomy.eu
++*
++* The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1
++* See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.
++*/
++package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;
++
++
++import java.net.URL;
++
++import org.eclipse.core.runtime.FileLocator;
++import org.eclipse.core.runtime.Path;
++import org.eclipse.jface.resource.ImageDescriptor;
++
++import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.TaxeditorMolecularPlugin;
++
++
++
++/**
++ * Implements shared functionality for handler implementations using tool bar icons.
++ *
++ * @author Ben Stöver
++ * @date 15.06.2015
++ */
++public class HandlerTools {  //TODO Move this class or method somewhere else?
++    public static ImageDescriptor createImageDescriptor(String iconName) {
++        URL url = FileLocator.find(TaxeditorMolecularPlugin.getDefault().getBundle(),
++                new Path("icons/" + iconName), null);
++        if (url != null) {
++            return ImageDescriptor.createFromURL(url);
++        }
++        else {
++            throw new InternalError("Icon \"" + iconName + "\" could not be loaded.");  //TODO Throw other type of exception?
++        }
++    }
++}
index 0000000,a814a77..99e7388
mode 000000,100644..100644
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,31 +1,31 @@@
 -/**\r
 -* Copyright (C) 2007 EDIT\r
 -* European Distributed Institute of Taxonomy\r
 -* http://www.e-taxonomy.eu\r
 -*\r
 -* The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1\r
 -* See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.\r
 -*/\r
 -package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;\r
 -\r
 -\r
 -import org.eclipse.core.commands.ExecutionEvent;\r
 -import org.eclipse.core.commands.ExecutionException;\r
 -\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.AlignmentEditor;\r
 -\r
 -\r
 -\r
 -\r
 -/**\r
 - * Reverse complements the single read sequence in an active {@link AlignmentEditor}, where the alignment cursor\r
 - * is currently located.\r
 - *\r
 - * @author Ben Stöver\r
 - */\r
 -public class ReverseComplementHandler extends AbstractAlignmentEditorHandler {\r
 -    @Override\r
 -    public void doExecute(ExecutionEvent event, AlignmentEditor editor) throws ExecutionException {\r
 -        editor.reverseComplementSelectedSequences();\r
 -    }\r
 -}\r
++/**
++* Copyright (C) 2007 EDIT
++* European Distributed Institute of Taxonomy
++* http://www.e-taxonomy.eu
++*
++* The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1
++* See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.
++*/
++package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;
++
++
++import org.eclipse.core.commands.ExecutionEvent;
++import org.eclipse.core.commands.ExecutionException;
++
++import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.AlignmentEditor;
++
++
++
++
++/**
++ * Reverse complements the single read sequence in an active {@link AlignmentEditor}, where the alignment cursor
++ * is currently located.
++ *
++ * @author Ben Stöver
++ */
++public class ReverseComplementHandler extends AbstractAlignmentEditorHandler {
++    @Override
++    public void doExecute(ExecutionEvent event, AlignmentEditor editor) throws ExecutionException {
++        editor.reverseComplementSelectedSequences();
++    }
++}
index 0000000,f9773aa..f4c6580
mode 000000,100644..100644
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,66 +1,66 @@@
 -package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;\r
 -\r
 -\r
 -import info.bioinfweb.libralign.pherogram.model.PherogramComponentModel;\r
 -\r
 -import java.net.URI;\r
 -\r
 -import org.eclipse.core.commands.AbstractHandler;\r
 -import org.eclipse.core.commands.ExecutionEvent;\r
 -import org.eclipse.core.commands.ExecutionException;\r
 -import org.eclipse.jface.viewers.ISelection;\r
 -import org.eclipse.jface.viewers.TreeNode;\r
 -import org.eclipse.ui.PartInitException;\r
 -import org.eclipse.ui.handlers.HandlerUtil;\r
 -\r
 -import eu.etaxonomy.cdm.model.media.MediaUtils;\r
 -import eu.etaxonomy.cdm.model.molecular.SingleRead;\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.editor.EditorUtil;\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.model.MessagingUtils;\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.TaxeditorMolecularPlugin;\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.AlignmentEditor;\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.PherogramViewPart;\r
 -\r
 -\r
 -\r
 -/**\r
 - * Displays an undistorted pherogram with {@link PherogramViewPart}.\r
 - *\r
 - * @author Ben Stöver\r
 - *\r
 - */\r
 -public class ShowPherogramHandler extends AbstractHandler {\r
 -      public static void showPherogram(PherogramComponentModel model) throws PartInitException {\r
 -              PherogramViewPart.createView(model);\r
 -      }\r
 -\r
 -\r
 -      @Override\r
 -      public Object execute(ExecutionEvent event) throws ExecutionException {\r
 -              ISelection currentSelection = HandlerUtil.getCurrentSelection(event);\r
 -              TreeNode treeNodeOfSelection = EditorUtil.getTreeNodeOfSelection(currentSelection);\r
 -              if (treeNodeOfSelection != null && treeNodeOfSelection.getValue() instanceof SingleRead) {\r
 -                  //TODO Can the parent node (containing the cut positions) be extracted from SingleRead?\r
 -                      try {\r
 -                          SingleRead singleRead = (SingleRead)treeNodeOfSelection.getValue();\r
 -                          URI uri = null;\r
 -                          if (singleRead.getPherogram() != null) {  // Pherogram objects without URI are possible.\r
 -                              uri = MediaUtils.getFirstMediaRepresentationPart(singleRead.getPherogram()).getUri();\r
 -                          }\r
 -\r
 -                          if (uri == null) {\r
 -                      MessagingUtils.messageDialog("No pherogram available", this,\r
 -                              "The selected read does not have an associated pherogram.");\r
 -                          }\r
 -                          else {\r
 -                    showPherogram(new PherogramComponentModel(AlignmentEditor.readPherogram(uri)));\r
 -                          }\r
 -                      }\r
 -              catch (Exception e) {\r
 -                  MessagingUtils.errorDialog("Error", null, e.getLocalizedMessage(), TaxeditorMolecularPlugin.PLUGIN_ID,\r
 -                          e, false);\r
 -              }\r
 -        }\r
 -        return null;\r
 -    }\r
 -}\r
++package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;
++
++
++import info.bioinfweb.libralign.pherogram.model.PherogramComponentModel;
++
++import java.net.URI;
++
++import org.eclipse.core.commands.AbstractHandler;
++import org.eclipse.core.commands.ExecutionEvent;
++import org.eclipse.core.commands.ExecutionException;
++import org.eclipse.jface.viewers.ISelection;
++import org.eclipse.jface.viewers.TreeNode;
++import org.eclipse.ui.PartInitException;
++import org.eclipse.ui.handlers.HandlerUtil;
++
++import eu.etaxonomy.cdm.model.media.MediaUtils;
++import eu.etaxonomy.cdm.model.molecular.SingleRead;
++import eu.etaxonomy.taxeditor.editor.EditorUtil;
++import eu.etaxonomy.taxeditor.model.MessagingUtils;
++import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.TaxeditorMolecularPlugin;
++import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.AlignmentEditor;
++import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.PherogramViewPart;
++
++
++
++/**
++ * Displays an undistorted pherogram with {@link PherogramViewPart}.
++ *
++ * @author Ben Stöver
++ *
++ */
++public class ShowPherogramHandler extends AbstractHandler {
++      public static void showPherogram(PherogramComponentModel model) throws PartInitException {
++              PherogramViewPart.createView(model);
++      }
++
++
++      @Override
++      public Object execute(ExecutionEvent event) throws ExecutionException {
++              ISelection currentSelection = HandlerUtil.getCurrentSelection(event);
++              TreeNode treeNodeOfSelection = EditorUtil.getTreeNodeOfSelection(currentSelection);
++              if (treeNodeOfSelection != null && treeNodeOfSelection.getValue() instanceof SingleRead) {
++                  //TODO Can the parent node (containing the cut positions) be extracted from SingleRead?
++                      try {
++                          SingleRead singleRead = (SingleRead)treeNodeOfSelection.getValue();
++                          URI uri = null;
++                          if (singleRead.getPherogram() != null) {  // Pherogram objects without URI are possible.
++                              uri = MediaUtils.getFirstMediaRepresentationPart(singleRead.getPherogram()).getUri();
++                          }
++
++                          if (uri == null) {
++                      MessagingUtils.messageDialog("No pherogram available", this,
++                              "The selected read does not have an associated pherogram.");
++                          }
++                          else {
++                    showPherogram(new PherogramComponentModel(AlignmentEditor.readPherogram(uri)));
++                          }
++                      }
++              catch (Exception e) {
++                  MessagingUtils.errorDialog("Error", null, e.getLocalizedMessage(), TaxeditorMolecularPlugin.PLUGIN_ID,
++                          e, false);
++              }
++        }
++        return null;
++    }
++}
index 0000000,8468a11..e94a290
mode 000000,100644..100644
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,68 +1,68 @@@
 -/**\r
 -* Copyright (C) 2007 EDIT\r
 -* European Distributed Institute of Taxonomy\r
 -* http://www.e-taxonomy.eu\r
 -*\r
 -* The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1\r
 -* See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.\r
 -*/\r
 -\r
 -package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;\r
 -\r
 -\r
 -import java.util.Map;\r
 -\r
 -import org.eclipse.core.commands.ExecutionEvent;\r
 -import org.eclipse.core.commands.ExecutionException;\r
 -import org.eclipse.jface.resource.ImageDescriptor;\r
 -import org.eclipse.ui.IEditorPart;\r
 -import org.eclipse.ui.PlatformUI;\r
 -import org.eclipse.ui.commands.ICommandService;\r
 -import org.eclipse.ui.commands.IElementUpdater;\r
 -import org.eclipse.ui.menus.UIElement;\r
 -\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.model.AbstractUtility;\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.AlignmentEditor;\r
 -\r
 -\r
 -\r
 -/**\r
 - * Switches an {@link AlignmentEditor} between insertion and overwrite mode.\r
 - *\r
 - * @author Ben Stöver\r
 - * @date 04.12.2014\r
 - */\r
 -public class ToggleInsertOverwriteHandler extends AbstractAlignmentEditorHandler implements IElementUpdater {\r
 -      public static final String COMMAND_ID =\r
 -                      "eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.AlignmentEditor.toggleInsertOverwrite";\r
 -\r
 -\r
 -    private final ImageDescriptor INSERT_DESCRIPTOR = HandlerTools.createImageDescriptor("insert-16x16.png");\r
 -    private final ImageDescriptor OVERWRITE_DESCRIPTOR = HandlerTools.createImageDescriptor("overwrite-16x16.png");\r
 -\r
 -\r
 -    @Override\r
 -    public void doExecute(ExecutionEvent event, AlignmentEditor editor) throws ExecutionException {\r
 -        editor.toggleInsertOverwrite();\r
 -    }\r
 -\r
 -\r
 -      @Override\r
 -      public void updateElement(UIElement element, @SuppressWarnings("rawtypes") Map parameters) {\r
 -        IEditorPart activeEditor = AbstractUtility.getActiveEditor();\r
 -              if (activeEditor instanceof AlignmentEditor) {\r
 -                      if (((AlignmentEditor)activeEditor).isInsertMode()) {\r
 -                          element.setIcon(INSERT_DESCRIPTOR);\r
 -                              element.setText("INS");\r
 -                              element.setTooltip("Click to switch to overwrite mode");\r
 -                      }\r
 -                      else {\r
 -                element.setIcon(OVERWRITE_DESCRIPTOR);\r
 -                              element.setText("OVR");\r
 -                              element.setTooltip("Click to switch to insertion mode");\r
 -                      }\r
 -            ((ICommandService)PlatformUI.getWorkbench().getService(ICommandService.class)).refreshElements(\r
 -                    ToggleLeftRightInsertionHandler.COMMAND_ID, null);\r
 -              }\r
 -      }\r
 -}\r
++/**
++* Copyright (C) 2007 EDIT
++* European Distributed Institute of Taxonomy
++* http://www.e-taxonomy.eu
++*
++* The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1
++* See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.
++*/
++
++package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;
++
++
++import java.util.Map;
++
++import org.eclipse.core.commands.ExecutionEvent;
++import org.eclipse.core.commands.ExecutionException;
++import org.eclipse.jface.resource.ImageDescriptor;
++import org.eclipse.ui.IEditorPart;
++import org.eclipse.ui.PlatformUI;
++import org.eclipse.ui.commands.ICommandService;
++import org.eclipse.ui.commands.IElementUpdater;
++import org.eclipse.ui.menus.UIElement;
++
++import eu.etaxonomy.taxeditor.model.AbstractUtility;
++import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.AlignmentEditor;
++
++
++
++/**
++ * Switches an {@link AlignmentEditor} between insertion and overwrite mode.
++ *
++ * @author Ben Stöver
++ * @date 04.12.2014
++ */
++public class ToggleInsertOverwriteHandler extends AbstractAlignmentEditorHandler implements IElementUpdater {
++      public static final String COMMAND_ID =
++                      "eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.AlignmentEditor.toggleInsertOverwrite";
++
++
++    private final ImageDescriptor INSERT_DESCRIPTOR = HandlerTools.createImageDescriptor("insert-16x16.png");
++    private final ImageDescriptor OVERWRITE_DESCRIPTOR = HandlerTools.createImageDescriptor("overwrite-16x16.png");
++
++
++    @Override
++    public void doExecute(ExecutionEvent event, AlignmentEditor editor) throws ExecutionException {
++        editor.toggleInsertOverwrite();
++    }
++
++
++      @Override
++      public void updateElement(UIElement element, @SuppressWarnings("rawtypes") Map parameters) {
++        IEditorPart activeEditor = AbstractUtility.getActiveEditor();
++              if (activeEditor instanceof AlignmentEditor) {
++                      if (((AlignmentEditor)activeEditor).isInsertMode()) {
++                          element.setIcon(INSERT_DESCRIPTOR);
++                              element.setText("INS");
++                              element.setTooltip("Click to switch to overwrite mode");
++                      }
++                      else {
++                element.setIcon(OVERWRITE_DESCRIPTOR);
++                              element.setText("OVR");
++                              element.setTooltip("Click to switch to insertion mode");
++                      }
++            ((ICommandService)PlatformUI.getWorkbench().getService(ICommandService.class)).refreshElements(
++                    ToggleLeftRightInsertionHandler.COMMAND_ID, null);
++              }
++      }
++}
index 0000000,d1f8e89..291e72c
mode 000000,100644..100644
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,72 +1,72 @@@
 -/**\r
 - * Copyright (C) 2007 EDIT\r
 - * European Distributed Institute of Taxonomy\r
 - * http://www.e-taxonomy.eu\r
 - *\r
 - * The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1\r
 - * See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.\r
 - */\r
 -\r
 -package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;\r
 -\r
 -import java.util.Map;\r
 -\r
 -import org.eclipse.core.commands.ExecutionEvent;\r
 -import org.eclipse.core.commands.ExecutionException;\r
 -import org.eclipse.jface.resource.ImageDescriptor;\r
 -import org.eclipse.ui.IEditorPart;\r
 -import org.eclipse.ui.commands.IElementUpdater;\r
 -import org.eclipse.ui.menus.UIElement;\r
 -\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.model.AbstractUtility;\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.AlignmentEditor;\r
 -\r
 -\r
 -\r
 -/**\r
 - * Switches an {@link AlignmentEditor} between insertion in the base sequence to\r
 - * the left or to the right.\r
 - *\r
 - * @author Ben Stöver\r
 - * @date 04.12.2014\r
 - */\r
 -public class ToggleLeftRightInsertionHandler extends AbstractAlignmentEditorHandler implements IElementUpdater {\r
 -    public static final String COMMAND_ID = "eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.AlignmentEditor.toggleLeftRightInsertion";\r
 -\r
 -\r
 -    private final ImageDescriptor INSERT_LEFT_DESCRIPTOR =\r
 -            HandlerTools.createImageDescriptor("pherogram-insert-left-16x16.png");\r
 -    private final ImageDescriptor INSERT_RIGHT_DESCRIPTOR =\r
 -            HandlerTools.createImageDescriptor("pherogram-insert-right-16x16.png");\r
 -    private final ImageDescriptor INSERT_LEFT_DISABLED_DESCRIPTOR =\r
 -            HandlerTools.createImageDescriptor("pherogram-insert-left-disabled-16x16.png");\r
 -    private final ImageDescriptor INSERT_RIGHT_DISABLED_DESCRIPTOR =\r
 -            HandlerTools.createImageDescriptor("pherogram-insert-right-disabled-16x16.png");\r
 -\r
 -\r
 -    @Override\r
 -    public void doExecute(ExecutionEvent event, AlignmentEditor editor) throws ExecutionException {\r
 -        editor.toggleLeftRightInsertionInPherogram();\r
 -    }\r
 -\r
 -\r
 -    @Override\r
 -    public void updateElement(UIElement element, @SuppressWarnings("rawtypes") Map parameters) {\r
 -        IEditorPart activeEditor = AbstractUtility.getActiveEditor();\r
 -        if (activeEditor instanceof AlignmentEditor) {\r
 -            setBaseEnabled(((AlignmentEditor)activeEditor).isInsertMode());\r
 -            if (((AlignmentEditor)activeEditor).isInsertLeftInPherogram()) {\r
 -                element.setIcon(INSERT_LEFT_DESCRIPTOR);\r
 -                element.setDisabledIcon(INSERT_LEFT_DISABLED_DESCRIPTOR);\r
 -                element.setText("Left");\r
 -                element.setTooltip("Switch to insert pherogram distorsions right of future edits.");\r
 -            }\r
 -            else {\r
 -                element.setIcon(INSERT_RIGHT_DESCRIPTOR);\r
 -                element.setDisabledIcon(INSERT_RIGHT_DISABLED_DESCRIPTOR);\r
 -                element.setText("Right");\r
 -                element.setTooltip("Switch to insert pherogram distorsions left of future edits.");\r
 -            }\r
 -        }\r
 -    }\r
 -}\r
++/**
++ * Copyright (C) 2007 EDIT
++ * European Distributed Institute of Taxonomy
++ * http://www.e-taxonomy.eu
++ *
++ * The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1
++ * See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.
++ */
++
++package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;
++
++import java.util.Map;
++
++import org.eclipse.core.commands.ExecutionEvent;
++import org.eclipse.core.commands.ExecutionException;
++import org.eclipse.jface.resource.ImageDescriptor;
++import org.eclipse.ui.IEditorPart;
++import org.eclipse.ui.commands.IElementUpdater;
++import org.eclipse.ui.menus.UIElement;
++
++import eu.etaxonomy.taxeditor.model.AbstractUtility;
++import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.AlignmentEditor;
++
++
++
++/**
++ * Switches an {@link AlignmentEditor} between insertion in the base sequence to
++ * the left or to the right.
++ *
++ * @author Ben Stöver
++ * @date 04.12.2014
++ */
++public class ToggleLeftRightInsertionHandler extends AbstractAlignmentEditorHandler implements IElementUpdater {
++    public static final String COMMAND_ID = "eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.AlignmentEditor.toggleLeftRightInsertion";
++
++
++    private final ImageDescriptor INSERT_LEFT_DESCRIPTOR =
++            HandlerTools.createImageDescriptor("pherogram-insert-left-16x16.png");
++    private final ImageDescriptor INSERT_RIGHT_DESCRIPTOR =
++            HandlerTools.createImageDescriptor("pherogram-insert-right-16x16.png");
++    private final ImageDescriptor INSERT_LEFT_DISABLED_DESCRIPTOR =
++            HandlerTools.createImageDescriptor("pherogram-insert-left-disabled-16x16.png");
++    private final ImageDescriptor INSERT_RIGHT_DISABLED_DESCRIPTOR =
++            HandlerTools.createImageDescriptor("pherogram-insert-right-disabled-16x16.png");
++
++
++    @Override
++    public void doExecute(ExecutionEvent event, AlignmentEditor editor) throws ExecutionException {
++        editor.toggleLeftRightInsertionInPherogram();
++    }
++
++
++    @Override
++    public void updateElement(UIElement element, @SuppressWarnings("rawtypes") Map parameters) {
++        IEditorPart activeEditor = AbstractUtility.getActiveEditor();
++        if (activeEditor instanceof AlignmentEditor) {
++            setBaseEnabled(((AlignmentEditor)activeEditor).isInsertMode());
++            if (((AlignmentEditor)activeEditor).isInsertLeftInPherogram()) {
++                element.setIcon(INSERT_LEFT_DESCRIPTOR);
++                element.setDisabledIcon(INSERT_LEFT_DISABLED_DESCRIPTOR);
++                element.setText("Left");
++                element.setTooltip("Switch to insert pherogram distorsions right of future edits.");
++            }
++            else {
++                element.setIcon(INSERT_RIGHT_DESCRIPTOR);
++                element.setDisabledIcon(INSERT_RIGHT_DISABLED_DESCRIPTOR);
++                element.setText("Right");
++                element.setTooltip("Switch to insert pherogram distorsions left of future edits.");
++            }
++        }
++    }
++}
index 0000000,293559b..c8663eb
mode 000000,100644..100644
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,30 +1,30 @@@
 -// $Id$\r
 -/**\r
 -* Copyright (C) 2015 EDIT\r
 -* European Distributed Institute of Taxonomy\r
 -* http://www.e-taxonomy.eu\r
 -*\r
 -* The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1\r
 -* See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.\r
 -*/\r
 -package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;\r
 -\r
 -\r
 -import info.bioinfweb.libralign.pherogram.PherogramComponent;\r
 -\r
 -import org.eclipse.core.commands.ExecutionEvent;\r
 -import org.eclipse.core.commands.ExecutionException;\r
 -\r
 -\r
 -\r
 -/**\r
 - * @author BenStoever\r
 - * @date 23.06.2015\r
 - *\r
 - */\r
 -public class ToggleShowPherogramBaseCallLinesHandler extends AbstractPherogramComponentHandler {\r
 -    @Override\r
 -    public void doExecute(ExecutionEvent event, PherogramComponent component) throws ExecutionException {\r
 -        component.getFormats().toggleShowBaseCallLines();\r
 -    }\r
 -}\r
++// $Id$
++/**
++* Copyright (C) 2015 EDIT
++* European Distributed Institute of Taxonomy
++* http://www.e-taxonomy.eu
++*
++* The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1
++* See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.
++*/
++package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;
++
++
++import info.bioinfweb.libralign.pherogram.PherogramComponent;
++
++import org.eclipse.core.commands.ExecutionEvent;
++import org.eclipse.core.commands.ExecutionException;
++
++
++
++/**
++ * @author BenStoever
++ * @date 23.06.2015
++ *
++ */
++public class ToggleShowPherogramBaseCallLinesHandler extends AbstractPherogramComponentHandler {
++    @Override
++    public void doExecute(ExecutionEvent event, PherogramComponent component) throws ExecutionException {
++        component.getFormats().toggleShowBaseCallLines();
++    }
++}
index 0000000,df1a76a..50d45d6
mode 000000,100644..100644
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,36 +1,36 @@@
 -// $Id$\r
 -/**\r
 -* Copyright (C) 2015 EDIT\r
 -* European Distributed Institute of Taxonomy\r
 -* http://www.e-taxonomy.eu\r
 -*\r
 -* The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1\r
 -* See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.\r
 -*/\r
 -package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;\r
 -\r
 -\r
 -import info.bioinfweb.libralign.pherogram.PherogramComponent;\r
 -\r
 -import org.eclipse.core.commands.ExecutionEvent;\r
 -import org.eclipse.core.commands.ExecutionException;\r
 -\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.AlignmentEditor;\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.PherogramViewPart;\r
 -\r
 -\r
 -\r
 -\r
 -/**\r
 - * Toggles whether probability values (substitution, overcall and undercall) should be displayed\r
 - * in pherogram areas of {@link AlignmentEditor} or {@link PherogramViewPart}.\r
 - *\r
 - * @author Ben Stöver\r
 - * @date 23.06.2015\r
 - */\r
 -public class ToggleShowPherogramProbabilitiesHandler extends AbstractPherogramComponentHandler {\r
 -    @Override\r
 -    public void doExecute(ExecutionEvent event, PherogramComponent component) throws ExecutionException {\r
 -        component.getFormats().toggleShowProbabilityValues();\r
 -    }\r
 -}\r
++// $Id$
++/**
++* Copyright (C) 2015 EDIT
++* European Distributed Institute of Taxonomy
++* http://www.e-taxonomy.eu
++*
++* The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1
++* See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.
++*/
++package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;
++
++
++import info.bioinfweb.libralign.pherogram.PherogramComponent;
++
++import org.eclipse.core.commands.ExecutionEvent;
++import org.eclipse.core.commands.ExecutionException;
++
++import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.AlignmentEditor;
++import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.PherogramViewPart;
++
++
++
++
++/**
++ * Toggles whether probability values (substitution, overcall and undercall) should be displayed
++ * in pherogram areas of {@link AlignmentEditor} or {@link PherogramViewPart}.
++ *
++ * @author Ben Stöver
++ * @date 23.06.2015
++ */
++public class ToggleShowPherogramProbabilitiesHandler extends AbstractPherogramComponentHandler {
++    @Override
++    public void doExecute(ExecutionEvent event, PherogramComponent component) throws ExecutionException {
++        component.getFormats().toggleShowProbabilityValues();
++    }
++}
index 0000000,9c76e9b..50cc1b1
mode 000000,100644..100644
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,25 +1,25 @@@
 -/**\r
 -* Copyright (C) 2007 EDIT\r
 -* European Distributed Institute of Taxonomy\r
 -* http://www.e-taxonomy.eu\r
 -*\r
 -* The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1\r
 -* See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.\r
 -*/\r
 -package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;\r
 -\r
 -\r
 -import org.eclipse.core.commands.ExecutionEvent;\r
 -import org.eclipse.core.commands.ExecutionException;\r
 -\r
 -import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.AlignmentEditor;\r
 -\r
 -\r
 -\r
 -\r
 -public class UpdateConsensusSequenceHandler extends AbstractAlignmentEditorHandler {\r
 -    @Override\r
 -    public void doExecute(ExecutionEvent event, AlignmentEditor editor) throws ExecutionException {\r
 -        editor.updateConsensusSequence();\r
 -    }\r
 -}\r
++/**
++* Copyright (C) 2007 EDIT
++* European Distributed Institute of Taxonomy
++* http://www.e-taxonomy.eu
++*
++* The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1
++* See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.
++*/
++package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;
++
++
++import org.eclipse.core.commands.ExecutionEvent;
++import org.eclipse.core.commands.ExecutionException;
++
++import eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.AlignmentEditor;
++
++
++
++
++public class UpdateConsensusSequenceHandler extends AbstractAlignmentEditorHandler {
++    @Override
++    public void doExecute(ExecutionEvent event, AlignmentEditor editor) throws ExecutionException {
++        editor.updateConsensusSequence();
++    }
++}
index 0000000,b1e81d4..64bc123
mode 000000,100644..100644
--- /dev/null
@@@ -1,0 -1,17 +1,17 @@@
 -// $Id$\r
 -/**\r
 - * Copyright (C) 2015 EDIT\r
 - * European Distributed Institute of Taxonomy\r
 - * http://www.e-taxonomy.eu\r
 - *\r
 - * The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1\r
 - * See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.\r
 - */\r
 -/**\r
 - * Contains handlers that trigger actions in an active instance of\r
 - * {@link main.java.eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.AlignmentEditor}. Handlers opening\r
 - * an alignment editor or pherogram view are not contained in here.\r
 - *\r
 - * @author Ben Stöver\r
 - */\r
++// $Id$
++/**
++ * Copyright (C) 2015 EDIT
++ * European Distributed Institute of Taxonomy
++ * http://www.e-taxonomy.eu
++ *
++ * The contents of this file are subject to the Mozilla Public License Version 1.1
++ * See LICENSE.TXT at the top of this package for the full license terms.
++ */
++/**
++ * Contains handlers that trigger actions in an active instance of
++ * {@link main.java.eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.editor.AlignmentEditor}. Handlers opening
++ * an alignment editor or pherogram view are not contained in here.
++ *
++ * @author Ben Stöver
++ */
+ package eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.handler;