rename ISectionBase -> ISection

implement Section as ReferenceType  #2853

as my last branch is broken i start a new one

Javadoc for DnaMarker

Javadoc for molecular classes

minor

 - fixed bug #3695 (Description elements do not appear in data portal if there is only one element)

rename materialMethodTerm -> definedMaterialOrMethod

final implementation of MaterialOrMethodEvent, Cloning, PreservationMethod, ... #3360

as reintegration failed i copied the statistic files manually into the trunk, and now commit

as reintegration failed i copied the statistic files manually into the trunk, and now commit

add serId

update script for vocabulary representations #3708 and some bugfixes on vocabularies and code

minor

add new derivation events  #3714

minor

fix mixing abbrevLabel and label in VocabularyCreator

fix #3550 (duplicated reading of TermVocabulary representations during term loading)

drop sequence identifiable entity tables in update script  #3360

Change WaterbodyOrCountry name to Country    #3700

Change WaterbodyOrCountry name to Country    #3700

move static waterbody methods to NamedArea

minor

update waterbody uuids in class, csv and TermsDataSet

adapt DTYPE and orderindex for waterbody #3700  and update uuids #3705

remove measurement unit dummy, replace by meter and second

move code

update some vocabulary labels and descriptions

Change WaterbodyOrCountry representation

remove dummy terms with update script  #3706

Update script for WaterbodyOrCountry splitting #3700 (no Class name change yet)

add hierarchical information to DnaMarker vocabularies   #3591

update NomenclaturalCode.csv to use ICNAFP

allow DefinedTerms to be partOf

split Waterbody and Country vocabulary and make waterbody an ordinary NamedArea   #3700

Chloroplast DNA Markers and some more Eukaryotes  #3591

bugfix for DOI handling

bugfix for DOI handling

implement DOI class and use in Reference   #3572

implement DOI class and use in Reference   #3572

remove TODO

Allow access to hibernate dialect via DatabaseTypeEnum, use this for foreign key handling in TableCreator and ColumnAdder/Changer

move specimen images in update script and use class changer to change SpecimenOrObservation classes

evaluate data with existing publish marker #1780

bugfix for correct time for term and vocabulary creation

bugfix for correct time for term and vocabulary creation

use correct time for term and vocabulary creation

rename getRankByAbbrev methods to getRankByIdInVoc  #3479

conservative language handling for nomenclatural status type  #3545

minor

use latin for new combination #3545

add hibernate_sequences handling to table changing updaters

allow failing hibernate_sequence update

fix duplicate idInVocabulary in term loading and schema updater  #3479

bugfix for treeindex updater

Bugfix for rankClass update in term updater

minor javadoc

persist Sequence direction via enum key #3686

fix termupdating for 31_33

fix termupdating for 31_33

fix update hibernate_sequences

fix bugs in termupdater

adding FactoryMethods and Constructor to DNA classes and uuid/key for SequenceDirection

minor

Change CdmMetaData term version

Make InnoDB the default MySQL database system for CDM  #3371

include more auditing in schema update and refactor to better allow transaction support for schema updates

some javadoc and factory methods

Changed RequestMapping to camelcase in FeatureNodeController and RemoteXMLEntityFactory. Added method getReferences in RemoteXMLEntityFactory.

minor changes, remove private methods

change table name Rights->RightsInfo  #2945

update Collection class

fix all compilation errors for app-import 3.3

fix all compilation errors for app-import 3.3

further compilation errors for app-import 3.3  (remaining only AlgaTerra DerivedUnitTypes)

fix compilation errors for eflora after upgrade to 3.3

merge trunk into cdm3.3 branch

fixing concurrent modification problems in CdmMassIndexer and ManagementController

update parent pom version 3.2.3 -> 3.2.4

update pom vesion 3.2.3 -> 3.2.4

minor

remove descriptionSeparated from FeatureTree #3678

serialUUID for DerivedUnit

Now setting classificationName from config file. Added temporary fix for Scratchpads import to use TermUri.DWC_NAME_PUBLISHED_IN_ID. This may not be the correct use of this term, but need to discuss this with NHM. Check for meta.xml in sub-directory for Scratchpads dwca.zip files.

Added Rights to TaxonDescription

Fixes #3661 Replaced gson library with jackson in ScratchpadsService

javadoc

add kindOfUnit vocabularies to CDM and tests (update script still missing)  #3568

add kindOfUnit termType  #3568

replace specification by specialization

remove imports

remove commented elevation error

remove commented annotations

remove getCitation and IReferencedEntity from TaxonNameBase

some documentation

fix failing tests for linkbackUri (#3345 and #3374)

final adaptations for Annotation.linkbackUri #3374 and #3345

minor

base implementation for integration of original spelling in name cache strategy  #2874

No idea why the data was updated automatically, but commit this as all tests run, we may revert this change if necessary