correcting erroneous commit

gitignore

fix #4497 solving problem with status parameter in taxon search

ref #5969: add PreferenceService to applicationController

Remove duplicate method

rel #5957 improve tests for groupTaxaByHigherTaxon

fix #5957 fix IndexOutOfBound exception and some other improvements for groupByHigherTaxon

minor

better percentage values from Progressmonitor

fix #6061: search for titlecache if abbrev title is empty

fix #6061: smaller changes

ref #6032 Remove test for rank as mentioned in ticket

Add Vorabdr. to parsable volume

minor

minor

smaller changes for importing nom. reference in normal explicit excel import

normal explicit excel import: add reference to name import

Add javadoc for languages

fix #6060 parse author with -e-

rel #6057 further improvements for authors with accent grave

fix #6057 Accent Graph in author parser

ref #4260 Added test for 0 parameter query

ref #6045 some comments and clean up

minor changes in excel import

adding missing test file for tropicos import

extend excel import to cover simple tropicos data

ref #6032 test name parser support for hybrid ranks and non-hybrids

ref #6030 Add additional test for genus hybrid formula parsing

minor

fix #5893: set parse reference public to use it in fauna europaea import

fix #6030 Parse Genus hybrid formulas correctly

ref #6045 Add test for getAncestor()

fix #6045: fixing the NaturalOrderComparator and complete the test

ref #6045 Fix NPE for TaxonNaturalComparator
 - fix getAncestors() method of taxon node
 - added JUnit test

fix #5869 adapt implementation for reusing names or taxa with remoting

ref #5837 implement search for nomenclatural title

ref #6042 Avoid -title cache generation not implemented- for citations
in specimen table view

fix #5828: add abbrevTitleCache and titleCache to uuidAndTitleCache

revert the changes in representation of rank infraspecific unranked

Remove @Ignore from test

Fix merge problems

fix #6001 Clean up multiple sourceNotLinked() methods

Fix titlecache issues for specimen table in data portal
 - Use Link class for every link
 - Open all links in new window

smaller changes

specimen import changes

Import specimen scans with StillImage type

Remove unneccesary casts

ref #5448 Change abbreviation for unranked infraspecific rank

fix #6037 per batch transction commit implemented for excel imports

#5751 remove version numbers from cdmlib-db and some cleanup

#5751 finish redo r28780

 * use cdmlib-test in persistence for 2 antrun plugin and hibernate3 plugin

#5751 Partly redo r28780,

 * remove com.mchange from cdmlib-remote-webapp test scope
 * use cdmlib-db in persistence for 2 further plugins

#5751 further redo r28776, handle c3p0 via cdmlib-db in persistence

#5751 further redo r28776, add cdmlib-db to persistence and remote-webapp

#5751 Partly redo r28776, add c3p0 and mchange to cdmlib-db

* r28776 had been reverted due to problems, try to redo those parts that
do not create problems

#3868 Add nothovar. test

#6000 fix missing default color

#6000 Add static methods and uuids for new PAT terms

#6000 Add some new PresenceAbsenceTerms from Cyprus and Cuba

 * Invasive changed to naturalized invasive (Cyprus, according to Pysek)
 * naturalized  invasive: presence questionable (Cyprus)
 * naturalized  non-invasive (Cyprus)
 * naturalized  non-invasive: presence questionable (Cyprus)
 * naturalised: presence questionable (Cuba)
 * casual: presence questionable (Cuba)
 * casual: reported in error (Cuba)

#6000 Use new CASUAL Method instead of derpeacted INTRODUCED_ADVENTITIOUS

#6000 Unify some PresenceAbsenceTerms (merge naturalized, rename adventitious -> casual, etc)

Improve import report

#5251 Fix Incorrect taxon source attachments

Improved import report

Saving files before refreshing line endings

set the tests to ignore until the dna import is fixed again

fix merge problems

fix merge problems

fix merge problem

minor

minor

missing changes in test

Avoid double dot at end of field unit titlecache

Improve ABCD import report

missing changes in taxonDao

minor

minor

delete the excluded taxa parameter for UuidAndTitleCache of classificationService

Revert "getUuidAndTitleCache of classificationservice does not need the excluded taxa"

This reverts commit 1b553592f0055e0fec1ab3878236fa0ecad1bd17.

hamonization of specimen import

first implementation for harmonization of import of specimen data

sortindex updater utilities

getUuidAndTitleCache of classificationservice does not need the excluded taxa

Allow whitespace after species epithet hybrid sign

#3868 Handle notho ranks correctly while formatting

Use title cache as fallback for specimen DTO for portal table

#5981 Add abbreviation to Rank "Cultivar"

Use EN_DASH in E+M Condensed Distribution

#5777 Replace dash type in PAT symbols

#5777 Fix symbol reading for PresenceAbsenceTerm csv

Add isInfraGenericButNotSpeciesGroup() method to Rank

Pass pageSize and pageNumber to list method

Merge branch 'develop' of ssh://dev.e-taxonomy.eu/var/git/cdmlib into develop

small changes in CsvNameExport

It seems as if oclc number are no longer supported by the MobotOpenUrl api, test ignored

small change in CdvNameExport

#5970 Add allowOverride and refactor CdmPreference

#3958 Latest update to IPreferenceService classes

Add TaxonBase.secMicroReference to test dtd

Unignore MobotOpenUrlServices