integrating trunk to hibernate4 branch. Probably no real changes.

[maven-release-plugin] prepare for next development iteration

[maven-release-plugin] prepare release cdmlib-parent-3.1.4

Hibernate 4 migration. All test running except for SDDImport (Out of memory)

paging mechanism of pageByAssociatedTaxon() fixed

Lists all Media found in an any TaxonDescription, NameDescription, SpecimenOrObservationBase, DnaSample Chromatograms, etc. associated with this taxon for #3305 (Collect images via taxon relations)

circumventing missing sequence service to get annotations

adding default case to switch statement in ReferenceType.getCacheStrategy()

code with now effect commented out

Adding dependency for xom for XML serialization for the REST web services.

missing fields for dna sample display for #3329 (Implement DNASample for Dataportal display)

handling null value

Added a temporary test class for testing the XML creation for print publishing.

TaxonNodeServiceImpl : added clearing of relation sets
TaxonDaoHibernateImpl : added 'isOrphaned' field to hql query for building UuidAndTitleCache objects

UuidAndTitleCache : added new member isOrphaned (new constructor + getter)
TaxonBase : added getIsOrphaned declaration
Taxon : added getIsOrphaned definition
Synonym : added getIsOrphaned definition (always returns false)

remove import

minor

add lazy load GenBankAccession test

TransmissionEngineOccurrence now creates descriptions tagged with MarkerType: COMPUTED

adding new MarkerType: COMPUTED

adding missing records to the test TermsDataSet

adding missing default case for switch

removing variable assignment with no effect

Allow Locus to be loaded by javassist (fixing #3340)

minor

some more dependency changes #3332

parent pom  update

update some further dependencies

minor typo

Added a new Controller and DTO classes to create a flattened structure for presentation of Polytomous keys.

Moved methods to superclass AbstractController and refactoring.

updated jdom dependency in cdmlib-print

minor

adapt benchmark test (compile error before)

update a set of cdmlib dependencies (not yet spring, hibernate, and other critical ones)

update a set of cdmlib dependencies (not yet spring, hibernate, and other critical ones)

update wrong interface type for benchmark test

update all cdmlib dependencies except for those creating test problems, spring, hibernate, jdbcs, Xerces and some others

minor

commit merge from trunck

add httpcomponents/http-core

update dependencies for httpclient, ezmorph, poi, wsdl4j (1.6.2), jaxen (1.1.4), xpp3 (1.1.4c)   #3332

updated wsdl4j (1.6.2), jaxen (1.1.4), xpp3 (1.1.4c)

update dependencies for opencsv, easymock, jtds, httpclient, ezmorph and poi  #3332

adapt DwcaZipToStreamConverter to opencsvReadr 2.3

revert log4j version to 1.2.15 as in creates problems with javax.mail dependency in cdmlib-io

remove dependency from javax.mail exceptions

update dependencies for opencsv, log4j, easymock and jdts

fix unicode in MobotOpenUrlServiceWrapperTest

Create branch for hibernate 4 migration

re-enabling TransmissionEngineOccurrenceTest

solving application context problem

solving wired resource not found problem

ignoring test to prevent from running in eclipse

increasing heap for tests to avoid garbage collection execesses

TransmissionEngineOccurrence done also with test + some improvements regarding test data generation

documentation

deleting temp file

fixing absence terms in datasets

first implementation of TransmissionEngineOccurrence and basic test

CdmApplicationDefaultConfiguration bean explicite in app context config

documentation

calls to loadRankSpecificRootNodes() in tests and other classes adapted

loadRankSpecificRootNodes() documentation

loadRankSpecificRootNodes() extended, according test enabled and extended

typo

Factory method for Derivation Event

factory method for IndividualAssociation

add getTaxon in BerlinModelImportBase

minor

Cascade saveUpdate from Sequence to GenBankAccession

Cascade saveUpdate from DNASample to Sequence

factory method for molecular.GenBankAccession

factory method for molecular.Locus (update Test)

#3324:
 - re-formatted code
 - extracted strings to global constants
 - cleaned up comments

factory method for molecular.Locus

Factory method for molecular.Sequence

#3279:
 - fixed test by using BlankDataSet.xml to use a clean data base for the test (accidentally removed before)

#3279:
 - initially try to parse the scientific name before checking the atomised data
 - changed expected value to 11 since for every unit (10) the species name is imported PLUS the genus
 - added a comment to unitils file

added classification to initialization startegy

added accepted name search web service endpoint

new dto for accepted namesearch endpoint in the name catalogue controller

fixing lazy loading exception

configuring the .cdmLibrary folder in a central place, see #2387

removing property from launcher

web application properties for cdmlib-remote can now be defined in a per user properties file: ~/.cdmLibrary/cdmlib-remote.properties

Refactored processing for Term Representation label into a separate class.

service method to list Classifications for taxonBase

moved this controller to .. remote.controller.dto package

Added new package for Controllers that return DTO's

Made Xpath for selecting features from descriptions more specific so that only the feature associated with a particular Taxon is selected. Fix IndexOutOfBounds exception for parsing date string.

Removed unused method.

Null check to prevent NullPointerException when request is null.

server side implementation for #3305 (Collect images via taxon relations)

avoiding sql exception

fixed semantics-changing typo

fixing another problem of ABCD import

removing outdated lines

bringing application context files up to date - fixes missing DTYPE field probelm

whitespace