merge trunk to hibernate4

bugfix for transaction in ExtensionMapper and adapting Proxy narrorwing logging, upgrade log4j version to 1.2.17

minor

the basic output of the features is done

just to save this state, the feature part is almost done

bugfix für list type

Updated existing tests to add '[]' around CRUD values

added equals method which checks the authority string

CdmAuthority : Changed regex to allow for CRUD operation values to be surrounded by '[]'
Operation : Updated to parse multiple, comma-separated CRUD values

added test from CDM Authority parsing

removing ContentNegociationHandlerInterceptor

remove direct service dependency in io

minor

remove import

remove import

remove dependency to javax.mail from io

merge trunk to hibernate4

some NOT NULLs and reverting taxonName.authorshipCache = empty

fix some more delete orphan

remove unopened comment end

remove model changing validations fix Delete_Orphan #3379

merge trunk to hibernate4

spring 3.2.2

add authenticate to configuration

updating to spring-scurity 3.0.8

add authentication to ICdmAppController

removed unused authorisationId

minor

upgrading to hibernate 4.1.10-Final

login for IO base class

central configuration of admin login and default password in eu.etaxonomy.cdm.config.Configuration - (missing bit)

central configuration of admin login and default password in eu.etaxonomy.cdm.config.Configuration

minor

fixing DatabaseMappingTest

switching transaction propagation strategy from Propagation.SUPPORTS to Propagation.REQUIRED, see dev.e-taxonomy.eu/trac/wiki/CdmTransactions

italic and bold in textnodes is now translated to mediawiki templates

the taxon tree is now a mediawiki template, so we could delete the xsl template

Tidied up.

Fixed bold and italic tag processing.

Added template to convert html tags within text nodes to xsl:fo italic and bold.

the taxon tree is now in the taxon page

exclude old persistence-api from model

minor

removing events from hibernate.cfg.xml

fix all Specimen test including new implementation for hibernate listeners

bugfixes for Specimen imports

excluding org.springframework:spring-tx from dependencies

fix missing marker types leading to TcsRdfImport test failing

merge trunk and bugfix linkbackuri jaxb

Added the titleCache of the Polytomous key to the output.

add empty data file for ABCD Import Test

add empty data file for ABCD Import Test

latest fixes to ABCD206 Import

fixing uris

minor

comments to explain @Indexed on some abtstract classes

removing static reference from LocaleContext

adding missing @Override and removing absolte casts

some changes in the ABCD206 Import

minor

changing Annotation.linkbackUrl to type URI, also changing API method names

fixing returnedClass() of URIUserType

explicitely setting collumn name for embedded collections of <String>

Added template to display polytomous key and added page numbers to xsl:fo for PDF output.

using custom hibernate mysql dialects in DataSourceConfigurer

 MySQL BOolean support

MySQL5InnoDBUtf8Dialect MySQL BOolean support

add correct javassist groupId to persistence

latest version for parent pom

cleaning up @Field annotations

explicitely ordering taxa for test ReferenceDaoHibernateImplTest.testListCoveredTaxa()

preliminar solution for handling and setting the lucene version

solving lucene index locked problem for tests

solving problem when seaching for uuids + restoring old TaxonServiceSearchTest.xml - all FreeTextSearch tests now SUCCESFUL

removing beginTransaction() for hibernate 4 migration testing

fixing all tests in TaxonServiceSearchTest  except testFindByDescriptionElementFullText_CommonName()

reenabling search test and fixing character encoding problems

version to 3.1.4-SNAPSHOT

each taxonomic category is now attached to it's higher taxon category.
so we can navigate through the taxon relations now

Added @Ignore to PublisherTest

Updated test class PublisherTest.java for running the print publishing using RemoteXMLEntityFactory.java

Fixes #3285

fix mapping for taxrel excludes in BM import

updating version to 3.2.0-SNAPSHOT

solving lazy loading exception

fixing json-lib dependency

created a simple categories tree, and figured, that we have to parse the tree
while creating the pages and categories to create the category linkeage

the layout has been moved to the mediawiki templates

categories work now

fixing depencency problem

stylesheet to translate CDM exports (xml) to mediawiki pages

setting correct snapshot version manually: 3.2.0-SNAPSHOT

[maven-release-plugin] prepare for next development iteration

[maven-release-plugin] prepare release cdmlib-parent-3.2

portal controller: marker.makerType

remove build.xml from cdmlib-persistence. It was never needed.

check if type of synonym relation is not null

added possibility to move accepted taxon (with homotypic synonyms) to a synonym

replace pom.xml

merge branche specimen import abcd and synthesys