ref #6100 fix parser subgen. and forma

ref #6100 fix parser for bis and ter in author string

ref #6100 fix parser for jun. in author string

ref #5983 and ref #6410  parsing of hybrid formulas with missing name parts

ref #6158 Update documentation from svn to git (cdmlib-print)

 - update links from trac to redmine
 - update links to cybertaxonomy.eu

ref #6158 Update documentation fro svn to git

 - update links from trac to redmine
 - update links to cybertaxonomy.eu
 - increase maven-site-plugin version to 3.3

ref #6262: adding funtionality to library to access rights for selection dialog

ref #6406 revert MarkupTransformer temporarily to allow compilation

ref #6410 fix markup compile issues

ref #6419 some remaining CdmRepository issues

ref #6427  javadoc

ref #6410 Latest changes to Markup import

cleanup

new factory methods for sources

cleanup

ref #922 move compareTo test to subclasses

Cleanup

ref  #6262: create dao and service for rights

ref #6214: add the PreferencePredicates for the project specific preferences

ref #6419 renaming ICdmApplicationDefaultConfiguration to ICdmRepository

fix #6419 renaming CdmApplicationDefaultConfiguration to CdmRepository

ref #2495 Revert "prevent ipni tests from failing when external server is absent"

This reverts commit 9a211f95133eddfd9fe49a25bbd22ca4a5b841c5.

minor documentation improvement

prevent ipni tests from failing when external server is absent

ref #5285 addon structure for cdmlib-remote extensions like cdm-vaadin with autodetection

file formatting reg. line breaks  and a README

disabling lojǵ4j debugging in ide launcher

ref #6315: minor changes for the implementing setSecundum for subtree in editor

ref #6410 latest changes to Markup import to match Nepenthaceae import

cleanup

managin maven-antrun-plugin and adding lifecycle maapping file for eclipse

ref #4232: made some changes to fullfill the comparator contract

fix  #6281: remove orphan removal for collections

ref #2939 option to set the CacheManager directly, needed for the taxeditor

changes in specimen import

ref #2939 property to set the cacheManager diskstore

ref #6410 Nepenthaceae, handle known collections, issues and fulldates

ref #6401, ref #6404 doc

ref #2939 taking configurations out of the compenent scan\n, a more finegraned strategy is needed for the variety of situations we have to deal with

ref #2939 renaming moved class references in log4j files

simplify generics for SpecimenOrObservationBase

ref #6409 preliminary set Level3 test to @Ignore to avoid infinite loop

cleanup

cleanup merge problems

cleanup

ref #6362, ref #6365 remove occurrence of NonViralName, BotanicalName, ZoologicalName and others

fix #2939 dynamic configuration of the ehcache store location per remote instance

ref #2939 refactoring CdmCacher to use cachemanger spring bean - not fully working yet

#6401 update generics for java1.8 upgrade

Cleanup

fix #6408 Fix potential NPE in AbcdParseUtility

ref #6401 Update jetty plugin to work with jdk1.8

Revert "ref #6401 fix failing SecurityTest (due to wrong handling of furtherVotingResult in CdmPermissionVoter"

This reverts commit 5cb08c3f89abfd1bcb5af75f0b2882798418f27a.

fix #6405 more tests for CdmPermissionVoter.furtherVotingDescisions and fixing the premature returning of DENIED votes made there

ref #6405 tests for the CdmPermissionVoter

ref #922 and #6311 javadoc

ref #6311 further refactoring for compareToEntity

cleanup

cleanup

fix #6311 move compareToEntity method to TaxonName and TaxonBase classes and refactor

Remove generics from BacterialNameDefaultCacheStrategy

ref #6401 Adapt generics in agent base and others

cleanup

ref #6401 Remove compiler args for increased stack size

merge for groups has to check for existing and changed authorities before merge the group

emall fix for selection of reference as inreference

ref #6401 Upgrade jetty plugin to support j1.8

ref #6401 temporarily remove uuids from MarkupTransformer to allow compiling

ref #6401 Improve generics for TypeDesignationStatusBase and RelationshipTermBase

ref #6401 fix compilation errors in OrderedTermBaseTest

ref #6401 fix failing SecurityTest (due to wrong handling of furtherVotingResult in CdmPermissionVoter

ref #6401 better distinguish IdentifiableEntity.compareTo from DefinedTermBase.compareTo

 * this is to avoid jumping to IdentifiableEntity.compareTo if DefinedTermBase.compareTo does not match generics exactly

Cleanup

ref #6401  revert maven compiler plugin version as it leads to failing tests (probably related to aspectj issues and maybe others)

ref #1606 fix bug in referenceDao.getUuidAndTitleCache

Cleanup

ref #6392 ref #6374 fixing markerType filter was ignored

ref #6401 Fix problems with generics due to jdk1.8

ref #6401 Updated cdmlib to jdk1.8

 - Had to increase the parser stack size to avoid StackOverflow when
parsing large java classes
  - https://maven.apache.org/plugins/maven-compiler-plugin/compile-mojo.html#compilerArgs
  - http://stackoverflow.com/questions/29984739/stackoverflowerror-java-1-8

fix #1606: minor

fix #1606: add generic type to all filters

ref #1606: add methods to provide filter for reference type

fix #4390: add missing check for protected titleCache

fix #4390: update titlecache only for SpecimenOrObservationBase entities

fix #4390: update titlecache for all merged identifiableEntities

ref #6362 remove further occurrences of NonViralName

fix #6398 messing up and harmonizing description related taxon service endpoints

removing unused method which was created for palmweb

ref #6365 use TaxonNameFactory for static parser methods

ref #6365 use TaxonNameFactory for botanical names

ref #6365 use TaxonNameFactory for zoological names

fix #6360 use TaxonNameFactory for NonViralNames

fix #6364 use TaxonNameFactory for viral and bacterial names

fix #6366 use TaxonNameFactory for cultivar names

ref #6362 remove some further NVN occurrences

ref #6365 Move zoological parse methods to TaxonNameBase

Remove isCodeCompliant from TaxonNameBase

ref #6366 move cultivar attributes and functions to TaxonNameBase

cleanup

ref #6365 merge static methods from BotanicaName to TaxonNameBase