Fix ignored test in DescriptionElementDao  #2815

Remaining tasks

Cleanup Identifiable service

Copy DeterminationEvent data when moving derivates

bumping  project version to 3.6.2-SNAPSHOT, 3.6.1 has already been released

fix titleCache for et al. teams  #4967

add non-absolute test to isServiceAvailable #4587

fix parsing of names with teams in name and reference #2223

minor

forgot to check in the changes

- add @Audited to all type properties
- add taxonNodeComparator for rank and alphabetical orderedVocabularyDao
- change delete() methods arguments to UUIDs

Merge branch 'RankSpecificRootNodes-1'

Fixing test for listRankSpecificRootNodes

add @Audited to the argument type

fix listRankSpecificRootNodes behavior for ranks in between and some
additional tests

Merge branch 'master' of wp5.e-taxonomy.eu:/var/git/cdmlib

IUserService, UserService : added db check methods
remoting-services : moved database service to be included in security filter

Merge branch 'RankSpecificRootNodes-1'

Merge branch 'master' of ssh://dev.e-taxonomy.eu/var/git/cdmlib

some additional test for #2778

add some tests for rankSpecificRootNodes, related to #2778

Merge branch 'RankSpecificRootNodes-1' of https://dev.e-taxonomy.eu/git/cdmlib into RankSpecificRootNodes-1

avoiding LEFT OUTER JOIN by splitting query in two

adding support for https in UriUtils

avoiding LEFT OUTER JOIN by splitting query in two

cleanup dataset

fix testdata for #2778

fixing missing LanguageString in test dataset for #2778. However, test
still fails.

test commit

only a test

only a test

fix #4976 Titlecache for new vocabularies not filled correctly

minor cleanup

minor cleanup

merging test file from remote master

DescriptionServiceImpl : added dao delete of description
OccurrenceServiceDeepDeleteTest : removed extra delete call
TaxonServiceImplTest : added testing of taxon.removeDescription

correcting wrong merge

pushing delete to end of method to fix problem with merge

Merge branch 'master' of wp5.e-taxonomy.eu:/var/git/cdmlib

implementing modifications requested in #2880

 - correctly cleaned up between test invocations

 - added missing table column to test DB

implementing test to reproduce issue #2778 - the test runs succesfully, so the issue is already solved

providing a example implementation of createTestDataSet()

 - added test for "ignoreAuthorship" option

 - text formatting

 - re-enabled dna quality parsing

Merge branch 'master' of wp5.e-taxonomy.eu:/var/git/cdmlib into remoting-4.0

Conflicts:
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/TaxonNodeServiceImpl.java

reverting back last change

CdmCacher : corrected initializing of default cache
defaultApplicationContext : replaced component scan of cache with specific bean initialization

fixing bug in last commit regarding #4974 (AdvancedBeanInitializer causes error with eu.etaxonomy.cdm.model.description.KeyStatement)

fixing #4974 (AdvancedBeanInitializer causes error with eu.etaxonomy.cdm.model.description.KeyStatement)

adapt csv export for caryophyllales

minor

 - added test to ignore because data base conflicts for later tests

 - added test to ignore because data base conflicts for later tests

 - cleanup DB after test run

minor

add override

disabling sql tracing in logs

fixing #4965 unsupported method getDatabase() in WrappedCdmDataSource breaks forceSchemaUpdate

 - added more ggbn ABCD parameters to import and test

corrected duplicate methods and unimplemented method issue

Merge branch 'master' of wp5.e-taxonomy.eu:/var/git/cdmlib into remoting-4.0

Conflicts:
cdmlib-model/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/model/common/DefinedTerm.java
cdmlib-model/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/model/name/NonViralName.java
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/INameService.java
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/IPolytomousKeyNodeService.java
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/ITaxonNodeService.java
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/NameServiceImpl.java
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/PolytomousKeyNodeServiceImpl.java
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/TaxonNodeServiceImpl.java
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/TaxonServiceImpl.java

 - added more parameters to GGBN parser and test

 - added more ggbn parameters

define default sort mode #4226

Adapt enum names for NodeSortMode  #4226

minor

minor

hotfix for MN_Table_Remover

improve handling of substeps in update scripts (immediately stop updating if one step fails)

hotfix for SchemaUpdater_35_36

[maven-release-plugin] prepare for next development iteration

[maven-release-plugin] prepare release cdmlib-parent-3.6.0

change order of update steps

fix team cache strategy, add et al. if hasMoreMembers is set

fix caseType bug for IndexDropper   #4843

update cdmlib-remote-webapp test h2 to model 3.6

fixing broken image in swagger-ui

delete taxonnode if taxon is used somewhere else fixed

merge model changes 36 into trunk

minor

merge trunk into branch 36

merge trunk into 36 branch

jaxb annotation fixed for agentRelations  #3583

rename authorTeam -> authorship  #4332 for name authors

Fix UniqueIndexDropper for PostGreSQL  #4843

merge trunk into 3.6 branch

merge trunk into 3.6 branch

minor

minor

minor

minor

minor

minor

minor

Move FullCoverageDataGenerator from test to real, to avoid dependency problems.

last changes for #4869

add SortMode enum and change the param for sorting of loadChildNodesOfTaxonNode from boolean to SortMode enum see #4226

performance improvement in AbstractBeanProcessor.getMergedExcludes(), avoids the merging of the collection each time the processBean() method is called, this can take place several 10 thousand times for one request - contributes to #4925