- added gbif external service for querying GBIF
 - added gbif and biocase service to new package
 - added temporary test

update listIncludedTaxa #4045

implement listIncludedTaxa first version  #4045

minor

better use of generics in service layer and persistence list methods

remove deprecated method (cont.)

add description for loadChildNodesOfTaxonNode

remove deprecated method

minor

updates to Tcs import

improve includeAllSubareas

minor

null handling for taxon names in nomSortOrderBrdige

preliminary FK test

serial Version ID for HomGroup

handle null objects for save, saveOrUpdate and Update

further fixes for subareas  #4220

add getKindOfUnit in import base

better handling NewInstance in DerivedUnit

minor

set getDescendants back to protected, remove @transient

adapt the service method loadChildNodesOfTaxonNode
with param recursive choose whether you get only the children of the node or the children of the children ...

fix CCE in TaxonListController #4420

adding transient annotaion so that it is ignored in serializing

 - made move methods session-safe by reloading the cdm entities
 - enhanced/added test

 - made move methods session-safe by reloading the cdm entities
 - enhanced/added test
 - made constructor of PreservationMethod protected to avoid JavaAssistEnhancementException

[maven-release-plugin] prepare for next development iteration

[maven-release-plugin] prepare release cdmlib-parent-3.3.4

set getDescendants() public

moved the basic implementation of isDeletable from IdentifiableServiceBase to VersionableServiceBase

Some updates for AlgaTerra Types import

minor

fixing bug for missing reference type

implement cache strategy for section references and remove generics from reference cache strategies.

Add preliminary SectionCacheStrategy and remove generics from reference cache strategies

CdmSource : added null port constant
CdmPersistentDataSource : corrected url port generation

adding map to ReferenceSystem

adding Gazetteer to ReferenceSystem

fixing failing ODBC test

remove imports and javadoc

added setter methods for common properties

CdmDataSourceBase : added method to retrieve database metadata
ICdmDataSource, CdmDataSource, CdmPersistentDataSource : added getter/setter methods for cdm source properties
CdmDataSource : added a new constructor to clone from and existing ICdmDataSource

added method to retrieve metadata of a database

fix failing test (specimen import)

fix for loading continents correctly

better handling of empty ecology in facade

Updated countries  #3238

if deletion of an object fails the method does not throw an exception but returns a message

Changed limits to INTEGER, so it is possible to nullify these parameters if needed

 - show infraspecific taxa in Palmweb theme only if there are any
 - fixed output (taxon and NOT taxa if only one sub species present)

fix AccessionNumber->Locality bug in Specimen Excel Import

 - added cascade saving to PreservationMethod of DerivedUnit

Cachefile lives now for at least 7 days

Changed if clause to fix #4194

Uncommented check for cacheFile older than 24h see Ticket #4194

Latest updates to Specimen Excel import

handle ignore better

determination abbrev

Documentation for Webservice

[maven-release-plugin] prepare for next development iteration

[maven-release-plugin] prepare release cdmlib-parent-3.3.3

removed ignore

minor

adding context path to url

Added missing sort to method listTaxonChildNodeOf via comparator

ignore tests for release

*added Test for service method: getTaxonOfAcceptedTaxaByClassification and countTaxonOfAcceptedTaxaByClassification
*fixed SQL Statement so it works with H2 DB

[maven-release-plugin] prepare for next development iteration

[maven-release-plugin] prepare release cdmlib-parent-3.3.2

*added service layer method: countAllNodesForClassification
*improved performance CSVDemoExport

log childIndex is null

fix logging for taxa used multiple times in addParentChild

*Update of the CSVExport WS.
*fixed memory leak
*new service method to pull list of TaxonNode according to a given classification

new doubtful relationships for BM import

handle inverse and doubtful taxon relations in Berlin Model import

change log4j properties

fix GeoServiceTest

DatabaseServiceHibernateImpl : added important fixme
CdmPersistentDataSource : clean up
CdmPersistentXMLSource : added context path enum for remoting
CdmApplicationUtils : variable change

fix country mapping

loading annotations with distribution elements - #3348 (should annotations always be returned for cdm instances? [DISCUSS])

reverting r20536 , related to #4174 (simple search for Micrasterias* causes LazyInitializationException)

fixing #4174 (simple search for Micrasterias* causes LazyInitializationException)

add service to get all nodes of a classification

remove isFigure from getImageMedia

fixing TYPEDESIGNATION_INIT_STRATEGY to avoid LIEs

fixing NAMERELATIONSHIP_INIT_STRATEGY to avoid LIEs

fixing #4176 (Dataportal shows wrong symbols for non-symmetric taxon relationships)

added comments / javadoc

fixing bug in NameServiceImpl (toNameRelations never could be listed)  #4175 (some name relations (basionym) missing)

adding temprary workaround for implementing remote controller

extending the title and name cache auto initializer by relationsFromThisName - #4174 (simple search for Micrasterias* causes LazyInitializationException)

logging json serialization

TestDatabase / CdmPersistentDataSourceTest / CdmApplicationUtils : updated as per Cdm Source refactoring
ICdmDataSource : moved generic methods to super interface ICdmSource
CdmPersistentDataSource : refactored by spliting the utility part to CdmPersistentXMLUtils and the jDom elementpart to CdmXMLPersistentSource
CdmDataSourceBase : implementing databse check methods

added extra checks when parsing jdbc connection url

moved pretty format from CdmPersistentDataSource to XmlHelp

New classes / interface to refactor the CdmDataSource object to be more generic to allow for remoting sources
ICdmSource / CdmSource : Base class / interface which represent any CDM Source
ICdmPersistentSource : interface which represents a persistent cdm source
CdmPersistentXMLSource : class which represents a cdm persistent source in the form of a jDom xml element

CdmPersistentSourceUtils : new class which contains all functionality to manage the persistent cdm sources config (taken from CdmPersistentDataSource)
CdmSourceException : wraps around exceptions when interacting with the Cdm Sources

fixing #4172 (NPE in ext/edit/mapServiceParameters/taxonOccurrencesFor/{uuid})

updated IPrimer service settings

added methods to get schema version and check if db is empty
house-keeping and adding javadoc