Fix sequence and single read deletion #5200
 - adapted tests

Add test for deleting SingleRead that is attached to multpile seuqences
#5200

Set singleRead to null when removing SingleReadAlignment from sequence
to avoid "object would be re-saved" #5200

added DAO for SingleReads #5200

Added test for taxon (name) <-> specimen association

Revert "accept the change from a number to null in TimePeriod fields #5319"

This reverts commit a3960fa7c279f2aa9fafbefde098c529e269d382.

clean up csvNameExport

fixing  cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/config/FeatureNodeDeletionConfigurator.java

fix #5341 and fixing deletion of specimen

new nodeDeletionConfiguator to fit for taxonnode and feature node deletion

Evaluate publish flag in portal controller

Return type designations with associated taxa

Fix return type

 #5318

#5297 Move monitor thread api to super interface, Implement monitor feedback timeout

#5297 Add monitor feedback timeout, Cleanup code

Add datasource for unit tests to launch configuration

#5297 Make result, feedback objects in remoting monitor serializable, Update test service with monitor feedback

Fix NPE in test

Return correct match strategy #5337

Fix typo

Add amplificatiion ressult to updated objects when deleting a single
read

Merge branch 'ticket-5297' into develop

#5297 Add cancel and waitForFeedback functionality

Correct work units

Fix moving of derivatives with null parent (+test)

fix #5104 and #5328

#5297 Refactor ProgressMonitorController, Add Remoting Progress monitor

#5297 Add progress monitor service, Add test services

#5297 Add monit import method

#5297 Update no. of work units

#5297 Add new thread class for remoting monitors

#5297 Add owner field to monitor thread and user checks in service

#5297 Add javadoc

Allow null for parent when moving derivatives

#5349 Add http invoker service config files to cdmlib-ext (for editgeo service) and cdmlib-io (currenlty empty)

#5350 : Add getTaxonNodeUuidAndTitleCacheOfAcceptedTaxaByClassification  method with uuid as argument

Minor cleanup

Fix NPE in ABCD import collection matching

 - also added for-loop break

Add stack trace to import report

Revert throwing of exception for invalid property path #5077

Fix test in dataportal with strict bean initalization #5077

Add test to ensure bean initialization works on hibernate proxies #5077

Fix property path in CsvNameExport  #5344

fix  #5330

Revert "minor"

This reverts commit 64367d007ba404e037ccc2b6794b46c4f1f321bc.

minor

fix csv export

Fix AdvancedBeanInitializer for envers collections/maps  #5077

minor

Throw exceptions in AdvancedBeanInitializer instead of logging only
#5077

Add some more BeanUtil test to other classes  #5307

Fix bean read/write inconsistency in Taxon and TaxonBase #5307

minor

Add os dependent file separator

Revert back early commit since it breaks jetty tests

fix the pom of remote-webapp for windows

#5335 Add get language using label to service

fix #5179 and adapting the tests because the classification argument is needed now

fix delete of specimen with specimenDescriptions

fix move taxon node in natural order

#5066 Remove unnecessary merge listener

Revert handling treeindex in PreInsert listener #5066.

Treeindex creation works fine until now so we keep it where it is.

Rename CdmPreDataChangeObservableListener to CdmPreDataChangeListener

Cleanup IVocService

cleanup

#5268 Add convert methods which take uuid as input

fixing getUUIDAndTitleCache for Classification and excluding taxa

Fully remove old vocabulary.byClass methods  #3843

accept the change from a number to null in TimePeriod fields #5319

Remove listEmpty method from TermVocabularyDao #3843

Add vocabulary list method by term types #3843

minor

minor

move description fix

move descriptions and elements

Merge branch 'ticket-5066' into develop

Conflicts:
cdmlib-persistence/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/persistence/dao/hibernate/common/CdmEntityDaoBase.java
cdmlib-persistence/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/persistence/hibernate/PostMergeEntityListener.java

minor clean ups

Cleanup SecurityTest

Adapt listeners and tests to new pre-insert strategy  #5066

Add cascade merge to members field

#5309, #5310 Switch on write transaction annotation for delete, Add load methof for updating session cache

Fix recursive merge call

Add new merge method for root entitites which returns the newly created MergeResult object

Add new service method for retrieving all associated taxa for a specimen

Merge branch 'develop' into ticket-5066

Conflicts:
cdmlib-model/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/model/common/Language.java
cdmlib-persistence/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/persistence/hibernate/CdmListenerIntegrator.java

typos in documentation

Add commented code for copying properties

Set transient id for root merge object

Extend media gathering for taxon specimens

Add merge method to return updated transient object for lists

#5281 Make SingleReadAlignment.Shift serializable

#5299 Add new entity listener and event firing

#5256 Add test for description reference problem

Updating develop poms back to pre merge state

Merge branch 'master' into develop

Updating develop poms to hotfix version to avoid merge conflicts

Merge branch 'hotfix/3.11.1'

updating poms for branch'hotfix/3.11.1' with non-snapshot versions

resolving conficts in project versions after hotfixrelease

Merge branch 'hotfix/3.11.1'

#5288 - avoiding unncessary entitiy loading, using uuid instead in dao methods

updating poms for 3.11.1 branch with snapshot versions

Revert "#5288 - avoiding unncessary entitiy loading, using uuid instead in dao methods" since this commit needs to be in a hotfix release.

This reverts commit 2693f7105470815383cdf485355e7fc5ad81ed68.

#5288 - avoiding unncessary entitiy loading, using uuid instead in dao methods

Add a new merge method in the service base class which allows the option to return the transient object

minor

minor