#5890 Rename classification parameters to taxon node

#4149 workaround implemented for #2707 completely removed

Cleanup OrderedTermBase

Unignore GBIF Test

Fix failing test for syn. sec. (#5902) and clean up a bit

Use syn. sec. instead of sec. for synonym sec references  #5902

Add "ined." as nomenclatural status #5896

Add taxon relationship types "unclear" and "not yet worked on" #5895

fix getUUIDAndTitleCache for references

#5536 avoiding LIE

#5852 dao, service and controler for taxonNode sibling retrieval

Fix Gbif test

tmp ignore gbif test

Move E+M condensed string test

Fix failing test for Euro+Med condensed string

Fix NPE for distributions without area in composer

Revert "fix getTaxonUUIDAndTitleCacheForClassification"

This reverts commit 65149714aee38dad433405eb78195ac1ef5c4da3.

#5536

fix getTaxonUUIDAndTitleCacheForClassification

Fix sorting problem for subareas in CubaCondensedDistribution and refactor the whole class  #5682

fixing version of xml-apis dependency

refactoring taxonNode controllers - return dtos from the service layer, support for #5887

refactoring taxonNode controllers - return dtos from the service layer, support for #5887

#5536 centralized handling of NULL removal related to HHH-9751 - test

#5536 centralized handling of NULL removal related to HHH-9751

Try to fix pattern issue in taxon uuidAndTitleCache search

Simplify taxonDao

refactoring NodeSortMode

Fix bug in TaxonDaoHibernateImpl

minor

minor

add limit and pattern to the uuid and titlecache methods

add limit and pattern to getTaxonNodeUuidAndTitleCacheOfAcceptedTaxaByClassification

Fix botanical name parsing species with infrageneric epithet  #5881

Adding test for formatting species with infrageneric epi #5881

Implement parser for parsing species with infrageneric epithet #5881

Clean up

Fix NPE in TermIdInVocabularyComparator

add TermIdInVocabularyComparator

#5858 adding missing join fetch in AutoPropertyInitializer

Further develop the CDM preferences   #3958

Set java code level to 1.7 in cdmlib

fix CubaCondensedStringComposer

#5859 avoiding pollution of the log file with stack traces

#4410 removing default status finally also from the distribution map query parameter code

Updating develop poms back to pre merge state

Merge branch 'master' into develop

Updating develop poms to hotfix version to avoid merge conflicts

Merge branch 'hotfix/4.1.1'

updating poms for branch'hotfix/4.1.1' with non-snapshot versions

First step to combine Distribution Composers

Add generic find(clazz, uuid) method    #5853

Fill empty titleCache only during save and improve classification titleCache generation  #5849

Revert class not found exception in referencing objects to pure logging.

updating poms for 4.1.1 branch with snapshot versions

Cleanup homotypicGroupComparator

minor

Cleanup getReferencingObjects

Add data source name to CdmSourceException #5785

Cleanup

fix NPE of Caryophyllales output test

Updating develop poms back to pre merge state

Merge branch 'master' into develop

updating develop poms to master versions to avoid merge conflicts

Merge branch 'release/4.1.0'

updating poms for branch'release/4.1.0' with non-snapshot versions

updating poms for 4.2.0-SNAPSHOT development

Reflect missing name taxon cache strategies   #5838

Fix empty secMicroReference   #5766

getTitleWithoutYearAndAuthor as Generic for all Non-NomRefs   #5833

Fix failing inReference cache reset  #1815

minor

Add getCacheStrategy to IReference #5833

revert last commit

minor

minor

Further cleanup and rename new default cache strategy to default cache strategy  #5833

Remove all old reference cache strategies completely   #5833

Further clean up reference cache strategies  #5833

Some further cleaning up for single reference cache strategy  #5833

Implement single cache strategy for references   #5833

 * Implemented new class NewDefaultReferenceCacheStrategy and helper
class TitleWithoutYearAndAuthorHelper
 * Moved all functionality of old ReferenceCacheStrategies to new
class(es)
 * Moved all old strategies to package .old
 * Moved all tests into one test class
 * Removed all old tests
 * Renamed abbrevTitleCache to fullAbbrevTitleString in cache strategies
 * Added new method getNomenclaturalCache to cache strategy

smaller changes in TaxonNode

Implement isOrphaned() #5824

Synonym counts as orphaned if all of the accepted taxa are orphaned

Show stable identifier in specimen page  (if present) #5515

Remove generics from Reference itself (may lead to compile errors in TaxEditor and Vaadin)  #5830

Remove generics from Reference in cdmlib (except for cdmlib-model) #5830

Remove generics from Reference in cdmlib-model #5830

Javadoc

new method to get UuidAndTitleCache objects with nomenclatural
titleCache for teamOrPersonBase

Set failing SecurityTest to ignore   #5829

Handle empty result for titleCache generation  #5763

Inline Country term to avoid NPE #5765

fix polytomouskey delete, if root node is null

Add preferred stable URI to Derived Unit Facade   #5765

Add secundum micro reference to cache strategy #5767

Add jaxb annotation for reverse representation  #5815

Remove indexing from reverse feature representation #5815

Define column name for feature inverse representation #5815

Move factory methods up (Feature)

Move static constants to top (Feature)