using TesingTermInitializer also in services, needs own TermsDataSet. Also fixing some testdataSets. And logging improvements

code cleaning and better logging for debugging purposes

minor reordering

tabs to spaces

better logging and alternative configuration for term initialization

updating dataset.dtd

removing erroneously checked in *.xsd files

remove imports

Merging r13268 through r14040 from trunk/cdmlib into branches/cdmlib-unitils3

first attempt in fixing test environment for cdmlib-services

removing test remains

comment

removing test remains

removing erroneously checked in *.xsd files

Spell Sicily correctly (#2766)

bugfix (?) for compile error

Latest changes for PESI export and introduce transformers in export mappings

cleaning up

tests all successfully running with maven

[maven-release-plugin] prepare for next development iteration

[maven-release-plugin] prepare release cdmlib-parent-3.0.9

all tests running sucessful, however unitil is still patched to not use jdbc batch mode

remove imports

javadoc

another dataset fixed

h2 as test alternative database & potentially fixing #2100 (Fix tests not running in suite)

AgentBase instead Agent in Tests

whitespace

minor

minor

bugfix for stateData.modifyingText (#2760)

remove imports

bugfix for status duplication in name parser (#2750)

Exposes a bug in the NonViralNameParser: Multiple parsing of names with nomenclatural status will duplicate the status

fixing again the search for misapplied names. adapting the tests

adding comment

test cases commented

almost working mysql configuration

almost working mysql configuration

Ticket #2648

more adapting xml datasources to unitils 3.3

ignoring test

test modified to reproduce bug in #2648 (search for misapplied names implemented)

more adapting xml datasources to unitils 3.3

minor

some small improvements for PESI export

one more generic

one more generic

minor

bugfix for taxon name id mapping in PESI

better debugging for method mapper

bugfix for MA workaround

dirty workaround bugfix for #2743

more adapting xml datasources to unitils 3.3

adapting xml datasources to unitils 3.3

add a test for a search only for misapplied names

fix for #2648

update für andreas

update für andreas

rollback as default

fixing transaction problems

circumventing persisting problems in test

add switch species group

add switch species group

test to reproduce bug in #2648 (search for misapplied names implemented)

fixing bug in bugfix for  #2648, also fixing tests

fixing bug in #2648: search for misapplied names implemented

bugfix (#2648)

test to reproduce bug in misapplied name search

new excludes for unitils 3.x

whitespace and minor changes

remove whitespace

handling blank strings as null

minor

minor logging improvements

minor logging improvement

minor (logging)

minor (logging)

launch configs updated to new runjettyrun version

documentation

fixing bug associated with getTaxaByCommonName(); benchmarking taxa by common name hql vs lucene

exclude updated_when from TaxonName

Object change mapper for PESI and empty epithet bugfix and empty hybrid formula bugfix

hibernate fulltext search & refactoring getTaxaByName*() method headers

move DbExportMappers to common.mapping.out

refactor export mapping

countTaxaByName harmonized with find method (replace Class <? extends TaxonBase> parameter with boolean parameters for synonyms, taxa and misapplied names)

bugfix compile error in SOurce

minor

more generic for export io classes

some library updates for PESI export

return type for getTaggedText

convenience methods to TaggedText and TagEnum

toString for TaggedText

changes for bugs and problems in search for misapplied names (#2648)

use io application controler

minor