DynamicBatch: a JVM resources aware batch manager

#5191 fixing process monitor updating in TransmissionEngine
   this is most probably not fixing the ticket but helps providing more reliable monitoring

Adapt test dataset loading to standard path

Fix dataset issue in persistence test and clean up

#5678: fix deletion of FeatureNodes and minor changes

advanced MediaDeletionConfigurator

Clean up

#5945 Deduplicate results from termloading by class

#5941 Fix representation with missing language in Classbridge

refactoring listByIds to loadByIds

fix getUuidAndTitleCache for pattern with ?

#4366 ignoring test for short time

#5931 Fix taxon cache strategy does not reflect protected flag in sec
reference

#4366 Transmissionengine aggregation of source references

#4366 aggregation of distribution sources implemented for by area aggregation

#4366 test for aggregation of distribution sources (byArea)

TransmissionEngine: modification to status compare function for case a==b

#5177 fixing tests which where broken after rebasing the TransmissionEngine-speedup on develop
    - lower rank limit of for the aggregation was too high

fixing bugs related to the rank intervall in the TransmissionEngineDistribution

solving multiple problems in TransmissionEngine
  - avoiding LIE by fetching the parentAreas for each batch
  - skipping taxa not in specified rank interval

performance improvement
 - avoiding cast
 - avoiding sorting the list of taxa

performance logging

adding classificationLookup method to serice

attempt to reduce the overhead imposed by database access

typo

#5838 Fix taxon cache strategy for taxa with missing name

fix getUuidAndTitleCache for pattern with * or ?

Add Feature.Notes to Markup-Transformer

fix UuidAndtitleCache methods for pattern with asterisk

#5916 Add (taxonomic) 'Notes' as new Feature to Feature vocabulary

#5909 revert unwanted commit

#5909 fix failing test

#5909 further improve referenced name parser

minor

minor

Merge branch 'develop' of ssh://dev.e-taxonomy.eu/var/git/cdmlib into develop

make the csv export more configurable

#5909 Improve referenced name parser, fix encoding and place published for article

Add Factory method to Institution

#5909 Improve referenced name parser

#5909 Improve referenced name parser

Adapt ined. for NonVrialNameParser  #5896

Add ined. to NonVrialNameParser  #5896

#4149 workaround implemented for #2707 completely removed

Cleanup OrderedTermBase

Unignore GBIF Test

Fix failing test for syn. sec. (#5902) and clean up a bit

Use syn. sec. instead of sec. for synonym sec references  #5902

Add "ined." as nomenclatural status #5896

Add taxon relationship types "unclear" and "not yet worked on" #5895

fix getUUIDAndTitleCache for references

#5536 avoiding LIE

#5852 dao, service and controler for taxonNode sibling retrieval

Fix Gbif test

tmp ignore gbif test

Move E+M condensed string test

Fix failing test for Euro+Med condensed string

Fix NPE for distributions without area in composer

Revert "fix getTaxonUUIDAndTitleCacheForClassification"

This reverts commit 65149714aee38dad433405eb78195ac1ef5c4da3.

#5536

fix getTaxonUUIDAndTitleCacheForClassification

Fix sorting problem for subareas in CubaCondensedDistribution and refactor the whole class  #5682

fixing version of xml-apis dependency

refactoring taxonNode controllers - return dtos from the service layer, support for #5887

refactoring taxonNode controllers - return dtos from the service layer, support for #5887

#5536 centralized handling of NULL removal related to HHH-9751 - test

#5536 centralized handling of NULL removal related to HHH-9751

Try to fix pattern issue in taxon uuidAndTitleCache search

Simplify taxonDao

refactoring NodeSortMode

Fix bug in TaxonDaoHibernateImpl

minor

minor

add limit and pattern to the uuid and titlecache methods

add limit and pattern to getTaxonNodeUuidAndTitleCacheOfAcceptedTaxaByClassification

Fix botanical name parsing species with infrageneric epithet  #5881

Adding test for formatting species with infrageneric epi #5881

Implement parser for parsing species with infrageneric epithet #5881

Clean up

Fix NPE in TermIdInVocabularyComparator

add TermIdInVocabularyComparator

#5858 adding missing join fetch in AutoPropertyInitializer

Further develop the CDM preferences   #3958

Set java code level to 1.7 in cdmlib

fix CubaCondensedStringComposer

#5859 avoiding pollution of the log file with stack traces

#4410 removing default status finally also from the distribution map query parameter code

Updating develop poms back to pre merge state

Merge branch 'master' into develop

Updating develop poms to hotfix version to avoid merge conflicts

Merge branch 'hotfix/4.1.1'

updating poms for branch'hotfix/4.1.1' with non-snapshot versions

First step to combine Distribution Composers

Add generic find(clazz, uuid) method    #5853

Fill empty titleCache only during save and improve classification titleCache generation  #5849

Revert class not found exception in referencing objects to pure logging.

updating poms for 4.1.1 branch with snapshot versions

Cleanup homotypicGroupComparator

minor

Cleanup getReferencingObjects