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authorm.geoffroy <m.geoffroy@localhost>
Wed, 1 Oct 2008 13:33:13 +0000 (13:33 +0000)
committerm.geoffroy <m.geoffroy@localhost>
Wed, 1 Oct 2008 13:33:13 +0000 (13:33 +0000)
cdmlib-model/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/model/description/CategoricalData.java
cdmlib-model/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/model/description/Feature.java
cdmlib-model/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/model/description/FeatureNode.java
cdmlib-model/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/model/description/FeatureTree.java
cdmlib-model/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/model/description/IdentificationKey.java

index d550d53cf8328fa64e7eb8c94f96e7648c6ae532..4dfac065aa480a13188236dec66cfddcbf8c1f74 100644 (file)
@@ -29,7 +29,9 @@ import javax.persistence.*;
  * particular tree is described as "mostly blue" and "exceptionally white" two
  * {@link StateData state data} instances must be assigned to an instance of the
  * present class: the first one with the state "blue" and the {@link Modifier modifier}
- * "mostly" and the second one with the state "white" and the modifier "exceptionally".  
+ * "mostly" and the second one with the state "white" and the modifier "exceptionally".
+ * Whenever more than one state data belongs to a categorical data they should be
+ * interpreted as being related by the inclusive disjunction "or".  
  * <P>
  * This class corresponds partially to CodedDescriptionType according to
  * the SDD schema.
@@ -99,12 +101,12 @@ public class CategoricalData extends DescriptionElementBase {
                this.states.remove(state);
        }
 
+       //rename to isStateSequenceIntentional ??
        /**
-        * Returns the boolean value of the flag indicating whether the {@link StateData state data}
-        * belonging to <i>this</i> categorical data should be treated as an
-        * {@link List "ordered" list} (true) according to the {@link State states} or as an
-        * {@link Set "unordered" set} (false). The use of this flag depends mostly
-        * on the {@link Feature feature} of <i>this</i> categorical data.
+        * Returns the boolean value of the flag indicating whether the sequence of
+        * {@link StateData state data} belonging to <i>this</i> categorical data is intentional
+        * (true) and therefore relevant for interpretation or analysis or not (false).
+        * The use of this flag depends mostly on the {@link Feature feature} of <i>this</i> categorical data.
         *  
         * @return  the boolean value of the orderRelevant flag
         */
index 059d7715475a029d8907d1c4651ff47397943ae9..0f83ee43c0ec163bd86bdc09a7d027a7f6f1f97d 100644 (file)
@@ -721,10 +721,6 @@ public class Feature extends DefinedTermBase {
        }
        
        
-       
-       /**
-        * special kind of OrganismInteraction
-        */
        /**
         * Returns the "hybrid_parent" feature. This feature can only be used
         * by {@link TaxonInteraction taxon interactions}.<BR>
index 585a8907fa02ed0c7f66d915a83f0d5f2d5075bd..efe20621f2e3a6a4fe9b2e8fe5a39cecbb3edb7f 100644 (file)
@@ -159,7 +159,7 @@ public class FeatureNode extends VersionableEntity {
        }
        /**
         * Assigns the given feature node as the parent of <i>this</i> feature node.
-        * Due to bidirectionality this methods must also add <i>this</i> feature node
+        * Due to bidirectionality this method must also add <i>this</i> feature node
         * to the list of children of the given parent.
         * 
         * @param       parent  the feature node to be set as parent 
@@ -182,7 +182,7 @@ public class FeatureNode extends VersionableEntity {
        }
        /**
         * Assigns the given feature node list as the list of children of
-        * <i>this</i> feature node. Due to bidirectionality this methods must also
+        * <i>this</i> feature node. Due to bidirectionality this method must also
         * add <i>this</i> feature node to the list of children of the given parent.
         * 
         * @param       children        the feature node list to be set as child list 
@@ -195,7 +195,7 @@ public class FeatureNode extends VersionableEntity {
        }
        /**
         * Adds the given feature node at the end of the list of children of
-        * <i>this</i> feature node. Due to bidirectionality this methods must also
+        * <i>this</i> feature node. Due to bidirectionality this method must also
         * assign <i>this</i> feature node as the parent of the given child.
         * 
         * @param       child   the feature node to be added 
index 49c216ae871b36ead00fe70d42d11edcac32d84b..8950097ba18f80a18f50531800fcecc0b91b5917 100644 (file)
@@ -34,16 +34,16 @@ import eu.etaxonomy.cdm.model.common.TermBase;
 
 /**
  * The class to arrange {@link Feature features} (characters) in a tree structure.
- * Feature trees are essential for determination process but may also be used
- * to define flat feature subsets for filtering purposes. Particular feature trees
- * allow different determination processes depending on the concerned taxonomic
- * group.<BR>
+ * Feature trees are essential as interactive multiple-access keys for
+ * determination process and for systematical output arrangement of
+ * {@link DescriptionElementBase description elements} according to different goals but may also be used
+ * to define flat feature subsets for filtering purposes.<BR>
  * A feature tree is build on {@link FeatureNode feature nodes}.
  * <P>
  * This class corresponds partially to ConceptTreeDefType according to the SDD
  * schema.
  * <P>
- * Note: The tree structure of features needed for a determination process has
+ * Note: The tree structure of features used for purposes described above has
  * nothing in common with the possible hierarchical structure of features
  * depending on their grade of precision.  
  *  
@@ -128,6 +128,7 @@ public class FeatureTree extends TermBase {
                return result;
        }
        
+       // Delete the isDescriptionSeparated flag ??
        /**
         * Returns the boolean value of the flag indicating whether the
         * {@link DescriptionElementBase description elements} associated with the {@link Feature features}
index 20386457ddded70e341613da7e4aa0e54e97fc58..57fa1cc75c614c8ca2da9b1de8195b79e1acfc56 100644 (file)
@@ -17,11 +17,11 @@ import java.util.*;
 import javax.persistence.*;
 
 /**
- * The class representing dichotomous or multifurcating authored keys
- * (including legacy data) used to identify (this means to assign {@link Taxon taxa} to)
- * {@link SpecimenOrObservationBase specimens or observations}. The determination process is
- * based on {@link FeatureTree feature trees} and on particular {@link StatisticalMeasurementValue values}
- * or {@link StateData states} for the {@link Feature features} belonging to the feature tree.
+ * The class representing single-access fixed dichotomous or polytomous authored
+ * decision keys (as opposed to {@link FeatureTree multiple-access keys}) used to identify
+ * {@link SpecimenOrObservationBase specimens or observations} (this means to assign {@link Taxon taxa} to).
+ * The determination process is based on the tree structure of the key and on
+ * the statements of its leads.
  * 
  * @author m.doering 
  * @version 1.0