cleanup
authorAndreas Müller <a.mueller@bgbm.org>
Thu, 7 Mar 2019 15:22:01 +0000 (16:22 +0100)
committerAndreas Müller <a.mueller@bgbm.org>
Fri, 19 Jul 2019 16:14:05 +0000 (18:14 +0200)
cdmlib-model/src/main/resources/update/update_for_security.sql [deleted file]
cdmlib-model/src/main/resources/update/update_r2.1.2.2_r2.4.1.2.mysql.sql [deleted file]
cdmlib-model/src/main/resources/update/update_term_r2.4.2.1-r2.4.2.2.mysql.sql [deleted file]
cdmlib-persistence/src/test/java/eu/etaxonomy/cdm/database/CdmDataSourceTest.java

diff --git a/cdmlib-model/src/main/resources/update/update_for_security.sql b/cdmlib-model/src/main/resources/update/update_for_security.sql
deleted file mode 100644 (file)
index d87c669..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,22 +0,0 @@
-
--- ##################### Insert admin if not existing ########################################################
-
-
-INSERT INTO useraccount (id, uuid, accountnonexpired, accountnonlocked, credentialsnonexpired, enabled, password, username) SELECT (Select max(id)+1 from useraccount), '2b78fd58-1179-4e93-a8cb-ff5d2ba50e07', 1, 1, 1, 1, '6d54445d1b1cdc44e668a1e07ee4ab4a', 'admin2' FROM useraccount where (select count(*) from useraccount where username like 'admin')=0 ;
-
-
--- ##################### granted authorities ########################################################
-
-Insert into grantedauthorityimpl (id,uuid, authority) VALUES (1,'889f9961-8d0f-41a9-95ec-59905b3941bf', 'USER.Edit');
-Insert into grantedauthorityimpl (id,uuid, authority) VALUES (2,'841a1711-20f1-4209-82df-7944ad2050da', 'USER.Create');
-Insert into grantedauthorityimpl (id,uuid, authority) VALUES (3,'bb9e2547-1e28-45fd-8c35-d1ceffbfcb36', 'USER.Delete');
-Insert into grantedauthorityimpl (id,uuid, authority) VALUES (4,'8a61c102-4643-4e81-a3b6-c40d60d2ba99', 'USER.Admin');
-
--- ##################### add granted authorities for admin ########################################################
-
-Insert into useraccount_grantedauthorityimpl (User_id, grantedauthorities_id) VALUES ((SELECT id from useraccount where username like 'admin'), 4);
-Insert into useraccount_grantedauthorityimpl (User_id, grantedauthorities_id) VALUES ((SELECT id from useraccount where username like 'admin'), 3);
-Insert into useraccount_grantedauthorityimpl (User_id, grantedauthorities_id) VALUES ((SELECT id from useraccount where username like 'admin'), 2);
-Insert into useraccount_grantedauthorityimpl (User_id, grantedauthorities_id) VALUES ((SELECT id from useraccount where username like 'admin'), 1);
-
-
diff --git a/cdmlib-model/src/main/resources/update/update_r2.1.2.2_r2.4.1.2.mysql.sql b/cdmlib-model/src/main/resources/update/update_r2.1.2.2_r2.4.1.2.mysql.sql
deleted file mode 100644 (file)
index 6c1350c..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,91 +0,0 @@
--- #################### SCHEMA #######################################################\r
-\r
-\r
--- change symmetric to symmetrical to be compatible with PostGreSQL\r
- ALTER TABLE `DefinedTermBase` CHANGE `symmetric` `symmetrical` bit(1) NULL  ;\r
\r
--- change model version to 2.4\r
-UPDATE CdmMetaData SET value = '2.4.1.2.201004231015' WHERE propertyname = 0\r
\r
--- ##################### TERMS ########################################################\r
-\r
--- absence term max orderindex\r
-SELECT (@maxAbsenceOrderIndex := max(orderindex)) AS b FROM DefinedTermBase WHERE DTYPE = 'AbsenceTerm';\r
-\r
--- native reported in error\r
-SELECT (@presenceOrderIndex := orderindex) AS a FROM DefinedTermBase WHERE uuid = '4ba212ef-041e-418d-9d43-2ebb191b61d8';\r
-UPDATE DefinedTermBase SET uuid = '61cee840-801e-41d8-bead-015ad866c2f1', DTYPE = 'AbsenceTerm', vocabulary_id = 18, orderindex = @maxAbsenceOrderIndex + 1 WHERE uuid = '4ba212ef-041e-418d-9d43-2ebb191b61d8';\r
-UPDATE DefinedTermBase SET orderindex = orderindex -1 WHERE DTYPE = 'PresenceTerm' AND orderindex > @presenceOrderIndex ;\r
-\r
-\r
--- introduced reported in error\r
-SELECT (@presenceOrderIndex := orderindex) AS a FROM DefinedTermBase WHERE uuid = '826239f7-45b7-42b5-857c-c1f852cfad6b';\r
-UPDATE DefinedTermBase SET uuid = 'aeec2947-2700-4623-8e32-9e3a430569d1', DTYPE = 'AbsenceTerm', vocabulary_id = 18, orderindex = @maxAbsenceOrderIndex + 2 WHERE uuid = '826239f7-45b7-42b5-857c-c1f852cfad6b';\r
-UPDATE DefinedTermBase SET orderindex = orderindex -1 WHERE DTYPE = 'PresenceTerm' AND orderindex > @presenceOrderIndex ;\r
-\r
-\r
--- cultivated reported in error\r
-SELECT (@presenceOrderIndex := orderindex) AS a FROM DefinedTermBase WHERE uuid = 'b47f1679-0d0c-4ea7-a2e4-80709ea791c6';\r
-UPDATE DefinedTermBase SET uuid = '9d4d3431-177a-4abe-8e4b-1558573169d6', DTYPE = 'AbsenceTerm', vocabulary_id = 18, orderindex = @maxAbsenceOrderIndex + 3 WHERE uuid = 'b47f1679-0d0c-4ea7-a2e4-80709ea791c6';\r
-UPDATE DefinedTermBase SET orderindex = orderindex -1 WHERE DTYPE = 'PresenceTerm' AND orderindex > @presenceOrderIndex ;\r
-\r
-\r
--- **** doubtfully present ************\r
-UPDATE DefinedTermBase SET orderindex = orderindex + 1 WHERE DTYPE = 'PresenceTerm' AND orderindex > 1 ; \r
-\r
-INSERT INTO DefinedTermBase (DTYPE, id, uuid, created, protectedtitlecache, titleCache, orderindex, defaultcolor, vocabulary_id) \r
-SELECT 'PresenceTerm' ,  (@defTermId := max(id)+1)  as maxId , '85a60279-a4c2-4f53-bc57-466028a4b3db', '2010-04-01 10:15:00', b'0', 'class eu.etaxonomy.cdm.model.description.PresenceTerm: 75a60279-a4c2-4f53-bc57-466028a4b3db',2, '8dd320', 17\r
-FROM DefinedTermBase ;\r
-\r
--- language\r
-SELECT ( @langId := id) as langId FROM DefinedTermBase WHERE uuid = 'e9f8cdb7-6819-44e8-95d3-e2d0690c3523';\r
-\r
--- representation\r
-INSERT INTO Representation (id, created, uuid, text, abbreviatedlabel, label, language_id) \r
-SELECT  ( @repId := max(id)+1 ) AS maxId ,'2010-04-01 18:49:07','6453ae2f-5aed-4055-880d-44a86da2bbcc', 'present: doubtfully present','pd','doubtfully present', @langId\r
-FROM Representation;\r
-;\r
-  -- defTerm <-> representation\r
-INSERT INTO DefinedTermBase_Representation (DefinedTermBase_id, representations_id) \r
-VALUES (@defTermId,@repId);\r
-\r
--- insert new vocabulary NameFeature----\r
- INSERT INTO TermVocabulary (id, DTYPE, uuid, protectedTitleCache, titleCache, termsourceuri) \r
-SELECT ( @vocId := max(id)+1 ) AS maxId , 'TermVocabulary', 'a7ca3eef-4092-49e1-beec-ed5096193e5e', FALSE, 'class eu.etaxonomy.cdm.model.common.TermVocabulary: a7ca3eef-4092-49e1-beec-ed5096193e5e', 'eu.etaxonomy.cdm.model.description.Feature' \r
-FROM TermVocabulary;\r
-\r
-INSERT INTO Representation (id, created, uuid, text, abbreviatedlabel, label, language_id) \r
-SELECT  ( @repId := max(id)+1 ) AS maxId ,'2010-04-01 18:49:07','44b0012d-98de-431d-8c9b-85c014a7a6a9', 'eu.etaxonomy.cdm.model.description.Feature',null,'Name Feature', @langId\r
-FROM Representation;\r
-\r
-INSERT INTO TermVocabulary_Representation (TermVocabulary_id, representations_id) \r
-VALUES (@vocId,@repId);\r
-\r
-\r
- -- change the vocabulary id for "Protologue" and "Additional Publication"\r
- UPDATE DefinedTermBase SET vocabulary_id = @vocId, uuid = '2c355c16-cb04-4858-92bf-8da8d56dea95' WHERE uuid = 'cb2eab09-6d9d-4e43-8ad2-873f23400930' ;\r
- UPDATE DefinedTermBase SET vocabulary_id = @vocId, uuid = '71b356c5-1e3f-4f5d-9b0f-c2cf8ae7779f' WHERE uuid = '7f1fd111-fc52-49f0-9e75-d0097f576b2d'  ;\r
\r
- -- change the text of Protolog to Protologue --\r
-  UPDATE Representation SET text = 'Protologue', label = 'Protologue' WHERE text like 'Protol%';\r
-  \r
-  \r
--- **** reference system: google earth ************\r
-SELECT ( @refSysVocId := id) as vocId FROM TermVocabulary WHERE uuid = 'ec6376e5-0c9c-4f5c-848b-b288e6c17a86';\r
-\r
-INSERT INTO DefinedTermBase (DTYPE, id, uuid, created, protectedtitlecache, titleCache, orderindex, defaultcolor, vocabulary_id) \r
-SELECT 'ReferenceSystem' ,  (@defTermId := max(id)+1)  as maxId , '1bb67042-2814-4b09-9e76-c8c1e68aa281', '2010-06-01 10:15:00', b'0', 'Google Earth', null, null, @refSysVocId\r
-FROM DefinedTermBase ;\r
-\r
--- language english\r
-SELECT ( @langId := id) as langId FROM DefinedTermBase WHERE uuid = 'e9f8cdb7-6819-44e8-95d3-e2d0690c3523';\r
-\r
--- representation\r
-INSERT INTO Representation (id, created, uuid, text, abbreviatedlabel, label, language_id) \r
-SELECT  ( @repId := max(id)+1 ) AS maxId ,'2010-06-01 18:49:07','fadb1730-9936-44e7-8911-884a84662b08', 'Google Earth','Google','Google Earth', @langId\r
-FROM Representation;\r
-;\r
-\r
- -- defTerm <-> representation\r
-INSERT INTO DefinedTermBase_Representation (DefinedTermBase_id, representations_id) \r
-VALUES (@defTermId,@repId);\r
diff --git a/cdmlib-model/src/main/resources/update/update_term_r2.4.2.1-r2.4.2.2.mysql.sql b/cdmlib-model/src/main/resources/update/update_term_r2.4.2.1-r2.4.2.2.mysql.sql
deleted file mode 100644 (file)
index abeb618..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,20 +0,0 @@
-\r
--- **** reference system: google earth ************\r
-SELECT ( @refSysVocId := id) as vocId FROM TermVocabulary WHERE uuid = 'ec6376e5-0c9c-4f5c-848b-b288e6c17a86';\r
-\r
-INSERT INTO DefinedTermBase (DTYPE, id, uuid, created, protectedtitlecache, titleCache, orderindex, defaultcolor, vocabulary_id) \r
-SELECT 'ReferenceSystem' ,  (@defTermId := max(id)+1)  as maxId , '1bb67042-2814-4b09-9e76-c8c1e68aa281', '2010-06-01 10:15:00', b'0', 'Google Earth', null, null, @refSysVocId\r
-FROM DefinedTermBase ;\r
-\r
--- language english\r
-SELECT ( @langId := id) as langId FROM DefinedTermBase WHERE uuid = 'e9f8cdb7-6819-44e8-95d3-e2d0690c3523';\r
-\r
--- representation\r
-INSERT INTO Representation (id, created, uuid, text, abbreviatedlabel, label, language_id) \r
-SELECT  ( @repId := max(id)+1 ) AS maxId ,'2010-06-01 18:49:07','fadb1730-9936-44e7-8911-884a84662b08', 'Google Earth','Google','Google Earth', @langId\r
-FROM Representation;\r
-;\r
-\r
- -- defTerm <-> representation\r
-INSERT INTO DefinedTermBase_Representation (DefinedTermBase_id, representations_id) \r
-VALUES (@defTermId,@repId);
\ No newline at end of file
index a74e4a1dc960d58a30c8624145c3ef14265c6ecc..d185c604bf450b0b0c466929e822579f6c6abe8f 100644 (file)
@@ -13,15 +13,11 @@ import static org.junit.Assert.assertEquals;
 import static org.junit.Assert.assertNotNull;\r
 \r
 import org.apache.log4j.Logger;\r
-import org.junit.After;\r
-import org.junit.AfterClass;\r
 import org.junit.Before;\r
 import org.junit.BeforeClass;\r
 import org.junit.Test;\r
 import org.springframework.beans.factory.config.BeanDefinition;\r
 \r
-import eu.etaxonomy.cdm.model.name.NomenclaturalCode;\r
-\r
 /**\r
  * @author a.mueller\r
  * @since 18.12.2008\r
@@ -43,12 +39,6 @@ public class CdmDataSourceTest {
        public static void setUpBeforeClass() throws Exception {\r
        }\r
 \r
-       /**\r
-        * @throws java.lang.Exception\r
-        */\r
-       @AfterClass\r
-       public static void tearDownAfterClass() throws Exception {\r
-       }\r
 \r
        /**\r
         * @throws java.lang.Exception\r
@@ -61,21 +51,11 @@ public class CdmDataSourceTest {
                pwd = "myPassword";\r
                port = 80;\r
                datasource = CdmDataSource.NewMySqlInstance(server, database, port, username, pwd);\r
-\r
        }\r
 \r
-       /**\r
-        * @throws java.lang.Exception\r
-        */\r
-       @After\r
-       public void tearDown() throws Exception {\r
-       }\r
 \r
 //*************** TESTS ***********************************************\r
 \r
-       /**\r
-        * Test method for {@link eu.etaxonomy.cdm.database.CdmDataSource#NewMySqlInstance(java.lang.String, java.lang.String, java.lang.String, java.lang.String, NomenclaturalCode)}.\r
-        */\r
        @Test\r
        public void testNewMySqlInstanceStringStringStringString() {\r
                ICdmDataSource ds = CdmDataSource.NewMySqlInstance(server, database, username, pwd);\r
@@ -87,9 +67,6 @@ public class CdmDataSourceTest {
                assertEquals(DatabaseTypeEnum.MySQL, ds.getDatabaseType());\r
        }\r
 \r
-       /**\r
-        * Test method for {@link eu.etaxonomy.cdm.database.CdmDataSource#NewMySqlInstance(java.lang.String, java.lang.String, int, java.lang.String)}.\r
-        */\r
        @Test\r
        public void testNewMySqlInstanceStringStringIntStringString() {\r
                ICdmDataSource ds = CdmDataSource.NewMySqlInstance(server, database, port, username, pwd);\r
@@ -102,9 +79,6 @@ public class CdmDataSourceTest {
                assertEquals(DatabaseTypeEnum.MySQL, ds.getDatabaseType());\r
        }\r
 \r
-       /**\r
-        * Test method for {@link eu.etaxonomy.cdm.database.CdmDataSource#NewSqlServer2005Instance(java.lang.String, java.lang.String, java.lang.String, java.lang.String)}.\r
-        */\r
        @Test\r
        public void testNewSqlServer2005InstanceStringStringStringString() {\r
                ICdmDataSource ds = CdmDataSource.NewSqlServer2005Instance(server, database, -1, username, pwd);\r
@@ -116,9 +90,6 @@ public class CdmDataSourceTest {
                assertEquals(DatabaseTypeEnum.SqlServer2005, ds.getDatabaseType());\r
        }\r
 \r
-       /**\r
-        * Test method for {@link eu.etaxonomy.cdm.database.CdmDataSource#NewSqlServer2005Instance(java.lang.String, java.lang.String, int, java.lang.String, java.lang.String)}.\r
-        */\r
        @Test\r
        public void testNewSqlServer2005InstanceStringStringIntStringString() {\r
                ICdmDataSource ds = CdmDataSource.NewSqlServer2005Instance(server, database, port, username, pwd);\r
@@ -131,9 +102,6 @@ public class CdmDataSourceTest {
                assertEquals(DatabaseTypeEnum.SqlServer2005, ds.getDatabaseType());\r
        }\r
 \r
-       /**\r
-        * Test method for {@link eu.etaxonomy.cdm.database.CdmDataSource#NewH2EmbeddedInstance(java.lang.String, java.lang.String, java.lang.String)}.\r
-        */\r
        @Test\r
        public void testNewH2EmbeddedInstanceStringStringString() {\r
                ICdmDataSource ds = CdmDataSource.NewH2EmbeddedInstance(database, username, pwd, null);\r
@@ -145,9 +113,6 @@ public class CdmDataSourceTest {
                assertEquals(DatabaseTypeEnum.H2, ds.getDatabaseType());\r
        }\r
 \r
-       /**\r
-        * Test method for {@link eu.etaxonomy.cdm.database.CdmDataSource#NewH2InMemoryInstance()}.\r
-        */\r
        @Test\r
        public void testNewH2InMemoryInstance() {\r
                ICdmDataSource ds = CdmDataSource.NewH2InMemoryInstance();\r
@@ -160,9 +125,6 @@ public class CdmDataSourceTest {
                assertEquals(DatabaseTypeEnum.H2, ds.getDatabaseType());\r
        }\r
 \r
-       /**\r
-        * Test method for {@link eu.etaxonomy.cdm.database.CdmDataSource#CdmDataSource(eu.etaxonomy.cdm.database.DatabaseTypeEnum, java.lang.String, java.lang.String, int, java.lang.String, java.lang.String, java.lang.String, eu.etaxonomy.cdm.database.H2Mode)}.\r
-        */\r
        @Test\r
        public void testCdmDataSource() {\r
                DatabaseTypeEnum dbType = DatabaseTypeEnum.MySQL;\r
@@ -172,18 +134,12 @@ public class CdmDataSourceTest {
                assertNotNull("new datasource() should not be null", ds);\r
        }\r
 \r
-       /**\r
-        * Test method for {@link eu.etaxonomy.cdm.database.CdmDataSource#getName()}.\r
-        */\r
        @Test\r
        public void testGetName() {\r
                assertNotNull("datasource should not be null", datasource);\r
                assertEquals(database, datasource.getName());\r
        }\r
 \r
-       /**\r
-        * Test method for {@link eu.etaxonomy.cdm.database.CdmDataSource#getDatasourceBean()}.\r
-        */\r
        @Test\r
        public void testGetDatasourceBean() {\r
                BeanDefinition bean = datasource.getDatasourceBean();\r
@@ -192,22 +148,6 @@ public class CdmDataSourceTest {
                //TODO to be continued\r
        }\r
 \r
-       /**\r
-        * Test method for {@link eu.etaxonomy.cdm.database.CdmDataSource#getHibernatePropertiesBean(eu.etaxonomy.cdm.database.DbSchemaValidation)}.\r
-        */\r
-       @Test\r
-       public void testGetHibernatePropertiesBeanDbSchemaValidation() {\r
-               logger.warn("Not yet implemented");\r
-       }\r
-\r
-       /**\r
-        * Test method for {@link eu.etaxonomy.cdm.database.CdmDataSource#getHibernatePropertiesBean(eu.etaxonomy.cdm.database.DbSchemaValidation, java.lang.Boolean, java.lang.Boolean, java.lang.Class)}.\r
-        */\r
-       @Test\r
-       public void testGetHibernatePropertiesBeanDbSchemaValidationBooleanBooleanClassOfQextendsCacheProvider() {\r
-               logger.warn("Not yet implemented");\r
-       }\r
-\r
        /**\r
         * Test method for {@link eu.etaxonomy.cdm.database.CdmDataSource#getInitMethodName()}.\r
         * Test method for {@link eu.etaxonomy.cdm.database.CdmDataSource#setInitMethodName(java.lang.String)}.\r
@@ -234,26 +174,16 @@ public class CdmDataSourceTest {
                assertEquals(null, ((CdmDataSource)datasource).getDestroyMethodName());\r
        }\r
 \r
-\r
-       /**\r
-        * Test method for {@link eu.etaxonomy.cdm.database.CdmDataSource#getDatabase()}.\r
-        */\r
        @Test\r
        public void testGetDatabase() {\r
                assertEquals(database, datasource.getDatabase());\r
        }\r
 \r
-       /**\r
-        * Test method for {@link eu.etaxonomy.cdm.database.CdmDataSource#getDatabaseType()}.\r
-        */\r
        @Test\r
        public void testGetDatabaseType() {\r
                assertEquals(DatabaseTypeEnum.MySQL, datasource.getDatabaseType());\r
        }\r
 \r
-       /**\r
-        * Test method for {@link eu.etaxonomy.cdm.database.CdmDataSource#getFilePath()}.\r
-        */\r
        @Test\r
        public void testGetFilePath() {\r
                assertEquals(null, datasource.getFilePath());\r
@@ -263,25 +193,16 @@ public class CdmDataSourceTest {
                assertEquals(filePath, ds.getFilePath());\r
        }\r
 \r
-       /**\r
-        * Test method for {@link eu.etaxonomy.cdm.database.CdmDataSource#getPort()}.\r
-        */\r
        @Test\r
        public void testGetPort() {\r
                assertEquals(port, datasource.getPort());\r
        }\r
 \r
-       /**\r
-        * Test method for {@link eu.etaxonomy.cdm.database.CdmDataSource#getServer()}.\r
-        */\r
        @Test\r
        public void testGetServer() {\r
                assertEquals(server, datasource.getServer());\r
        }\r
 \r
-       /**\r
-        * Test method for {@link eu.etaxonomy.cdm.database.CdmDataSource#getMode()}.\r
-        */\r
        @Test\r
        public void testGetMode() {\r
                assertEquals(null, datasource.getFilePath());\r
@@ -292,25 +213,16 @@ public class CdmDataSourceTest {
                assertEquals(mode, ds.getMode());\r
        }\r
 \r
-       /**\r
-        * Test method for {@link eu.etaxonomy.cdm.database.CdmDataSource#getPassword()}.\r
-        */\r
        @Test\r
        public void testGetPassword() {\r
                assertEquals(pwd, datasource.getPassword());\r
        }\r
 \r
-       /**\r
-        * Test method for {@link eu.etaxonomy.cdm.database.CdmDataSource#getUserName()}.\r
-        */\r
        @Test\r
        public void testGetUsername() {\r
                assertEquals(username, datasource.getUsername());\r
        }\r
 \r
-       /**\r
-        * Test method for {@link eu.etaxonomy.cdm.database.CdmDataSourceBase#testConnection()}.\r
-        */\r
        @Test\r
        public void testTestConnection() {\r
                logger.warn("Not yet implemented");\r