EDIT: Issueshttps://dev.e-taxonomy.eu/redmine/https://dev.e-taxonomy.eu/redmine/redmine/favicon.ico?14691914852018-06-27T07:47:33ZEDIT Project Management
Redmine feature request #7517 (New): Make search parameters like wildcards configurablehttps://dev.e-taxonomy.eu/redmine/issues/75172018-06-27T07:47:33ZAndreas Müller
<p>For edaphobase users are used to use whitespace as wildcard.</p>
<p>We should make search parameters project and/or client configurable. </p>
<p>Possible parameters are:</p>
<ul>
<li>handle whitespace as wildcard</li>
<li>add wildcard at end of search string (MatchMode "Beginning")</li>
<li>add wildcard at start of search string</li>
<li>mask %</li>
<li>case sensitivity</li>
<li>...</li>
</ul>
<p>HINT:</p>
<p>Consider using <code>eu.etaxonomy.cdm.persistence.dao.common.Restriction<T extends Object></code>instead of criteria in case wildcards need to be supported for arbitrary fields and related entities. </p>
<p><code>CdmEntityDaoBase.list(Class<? extends T> type, List<Restriction<?>> restrictions, Integer limit, Integer start, List<OrderHint> orderHints, List<String> propertyPaths)</code> may serve you as an example for using the <code>Restriction</code>s.</p>
feature request #7508 (Closed): Add language information to term representationshttps://dev.e-taxonomy.eu/redmine/issues/75082018-06-22T09:30:11ZAndreas Müller
<p>Currently it is not possible to retrieve information which language a representation belongs to.</p>
<blockquote>
<p>[Andreas Müller wrote in email conversation]<br>
die Sprachinformation als Iso-Code (3-teilig, falls existent, sonst 2-teilig, falls existent) sowie als UUID des (Sprach-)terms mit einzubauen. </p>
</blockquote>
<p>Open:</p>
<ul>
<li><del>Check if no problems with term initialization</del> (as language is eagerly loaded in LanguageStringBase this should not be an issue)</li>
</ul>
feature request #7413 (Closed): Make in-Authors editable in TaxEditor for zoological and fungi nameshttps://dev.e-taxonomy.eu/redmine/issues/74132018-05-14T13:36:02ZAndreas Müller
<p>This includes inCombinationAuthor and inBasionymAuthor (but call the later "original name author" or so, as basionym does not exist in zoology)</p>
feature request #7308 (Closed): Add nomen oblitum to zoological taxon name statushttps://dev.e-taxonomy.eu/redmine/issues/73082018-03-09T18:48:58ZAndreas Müller
<p>see ICZN Art. 23.9 <a href="http://www.nhm.ac.uk/hosted-sites/iczn/code/includes/page.jsp?article=23&nfv=#9">http://www.nhm.ac.uk/hosted-sites/iczn/code/includes/page.jsp?article=23&nfv=#9</a> </p>
feature request #6943 (Closed): Allow zoological in-Authors in taxon nameshttps://dev.e-taxonomy.eu/redmine/issues/69432017-09-13T08:25:30ZAndreas Müller
<p>The zoological code (<a href="http://www.nhm.ac.uk/hosted-sites/iczn/code/">http://www.nhm.ac.uk/hosted-sites/iczn/code/</a>) allows citation of contributions authors as "A in B".</p>
<p>"Recommendation 51E. Citation of contributors. If a scientific name and the conditions other than publication that make it available [Arts. 10 to 20] are the responsibility not of the author of the work containing them, but of some other person(s), or of less than all of joint authors, the authorship of the name, if cited, should be stated as "B in A", or "B in A & B", or in whatever form is appropriate to facilitate information retrieval (normally the date should also be cited)."</p>
<p>Currently this can only be handled in the AbbrevTitleCache of the author with an extra record for this author that contains both information. Alternatively we could have an extra field for the "in" author for zoological taxon names. Or maybe even 2 such fields for combination author and original author.</p>
<p>Examples for this were first observed in edaphobase.</p>
feature request #6509 (Resolved): Implement Representation csv importhttps://dev.e-taxonomy.eu/redmine/issues/65092017-03-15T10:27:43ZAndreas Müller
<p>open issue</p>
<ul>
<li>add language into file</li>
<li>make callable from Editor</li>
</ul>
bug #6236 (Closed): Add alphabetic length ordering in name searchhttps://dev.e-taxonomy.eu/redmine/issues/62362016-12-02T09:13:26ZAndreas Müller
<p>Wir wollen immer nur die ersten 10 Treffer in einer Combobox anzeigen. Dafür wäre eine längenlexiographische Sortierung hilfreich (sonst findet man kurze Namen/Gattungen nie)</p>
<p><a href="http://api.cybertaxonomy.org/edaphobase/portal/taxon/find.json?query=Acantho*c*&doTaxa=true&doSynonyms=true&doMisappliedNames=true&doTaxaByCommonNames=true&pageNumber=0&pageSize=10&order=LENGTH_ALPHA_TITLE&includeAuthors=true">http://api.cybertaxonomy.org/edaphobase/portal/taxon/find.json?query=Acantho*c*&doTaxa=true&doSynonyms=true&doMisappliedNames=true&doTaxaByCommonNames=true&pageNumber=0&pageSize=10&order=LENGTH_ALPHA_TITLE&includeAuthors=true</a></p>
task #6135 (Closed): Remove authors from Taxonomische Großgruppehttps://dev.e-taxonomy.eu/redmine/issues/61352016-10-19T17:14:55ZAndreas Müller
<p>... or make it configurable</p>
<p>Taxonomische Großgruppe</p>
<ul>
<li>Autorenschaft soll da nicht angezeigt werden</li>
</ul>
<p>Was meint ihr hier genau: z.Zt. wird z.B. „Lumbricidae Rafinesque-Schmaltz, 1815 sec. Edaphobase“ ausgegeben. <br>
Soll hier stattdessen nur der reine Name, also Lumbricidae, stehen oder soll lediglich die secundum Referenz weggelassen werden, also Lumbricidae Rafinesque-Schmaltz, 1815 zurückgegeben werden?</p>
<p>Antwort: nur der reine Name (also Lumbricidae)</p>
<p>Fixed for list: <a href="http://api.cybertaxonomy.org/edaphobase/taxon/findByMarker.json?markerType=71f22f44-5131-4d54-8362-1c77ac5c567a&includeEntity=false&titleType=PURE_NAME&subtree=91231ebf-1c7a-47b9-a56c-b45b33137244">http://api.cybertaxonomy.org/edaphobase/taxon/findByMarker.json?markerType=71f22f44-5131-4d54-8362-1c77ac5c567a&includeEntity=false&titleType=PURE_NAME&subtree=91231ebf-1c7a-47b9-a56c-b45b33137244</a></p>
<p>Open issue for group by: <a href="http://api.cybertaxonomy.org/edaphobase/classification/91231ebf-1c7a-47b9-a56c-b45b33137244/groupedTaxaByMarker.json?taxonUuids=0982dc0e-1a79-45a0-8abc-8166625b94b8&taxonUuids=15f0b5f8-44e4-4ae1-8b40-f36f0a049b27&taxonUuids=899c62e3-a116-4c5b-b22a-c76e761cc32e&markerTypeUuid=71f22f44-5131-4d54-8362-1c77ac5c567a&flag=true">http://api.cybertaxonomy.org/edaphobase/classification/91231ebf-1c7a-47b9-a56c-b45b33137244/groupedTaxaByMarker.json?taxonUuids=0982dc0e-1a79-45a0-8abc-8166625b94b8&taxonUuids=15f0b5f8-44e4-4ae1-8b40-f36f0a049b27&taxonUuids=899c62e3-a116-4c5b-b22a-c76e761cc32e&markerTypeUuid=71f22f44-5131-4d54-8362-1c77ac5c567a&flag=true</a></p>
feature request #6134 (Closed): Allow grouping by Taxonomische Großgruppehttps://dev.e-taxonomy.eu/redmine/issues/61342016-10-19T17:13:12ZAndreas Müller
<ul>
<li>Ja, wir brauchen auch eine Gruppierung nach den Taxonomischen Gruppen wie von dir beschrieben.
OK, versuche ich ebenfalls zum nächsten Release. Ich hoffe, dass sich das Analog zu groupTaxa implementieren lässt und somit nicht so aufwendig wird. </li>
</ul>
<p><a href="http://api.cybertaxonomy.org/edaphobase/classification/91231ebf-1c7a-47b9-a56c-b45b33137244/groupedTaxaByMarker.json?taxonUuids=0982dc0e-1a79-45a0-8abc-8166625b94b8&taxonUuids=15f0b5f8-44e4-4ae1-8b40-f36f0a049b27&taxonUuids=899c62e3-a116-4c5b-b22a-c76e761cc32e&markerTypeUuid=71f22f44-5131-4d54-8362-1c77ac5c567a&flag=true">http://api.cybertaxonomy.org/edaphobase/classification/91231ebf-1c7a-47b9-a56c-b45b33137244/groupedTaxaByMarker.json?taxonUuids=0982dc0e-1a79-45a0-8abc-8166625b94b8&taxonUuids=15f0b5f8-44e4-4ae1-8b40-f36f0a049b27&taxonUuids=899c62e3-a116-4c5b-b22a-c76e761cc32e&markerTypeUuid=71f22f44-5131-4d54-8362-1c77ac5c567a&flag=true</a></p>
feature request #6133 (Closed): Improve Rank Webservicehttps://dev.e-taxonomy.eu/redmine/issues/61332016-10-19T17:02:58ZAndreas Müller
<ul>
<li><p><del>Filter ranks by those used in Edaphobase</del></p></li>
<li><p><del>Or if use findByMarker add sortindex/order ranks by sortindex</del> => sortindex is in entity</p></li>
<li><p><del>Add German and Latin translation</del> <a class="issue tracker-6 status-6 priority-10 priority-lowest closed child" title="task: Import Rank labels in German and Latin (Rejected)" href="https://dev.e-taxonomy.eu/redmine/issues/6510">#6510</a></p></li>
</ul>
<p><a href="http://api.cybertaxonomy.org/edaphobase/term/findByMarker.json?markerType=6eaeffd2-b89b-436b-b0ee-75af5f0a9b81&value=true&includeEntity=true">http://api.cybertaxonomy.org/edaphobase/term/findByMarker.json?markerType=6eaeffd2-b89b-436b-b0ee-75af5f0a9b81&value=true&includeEntity=true</a></p>
<p>Open issue:</p>
<ul>
<li>representations are not mapped to a language</li>
</ul>
feature request #6128 (Closed): Include authorship in taxon search web servicehttps://dev.e-taxonomy.eu/redmine/issues/61282016-10-16T19:30:38ZAndreas Müller
<p>/portal/taxon/find?doTaxaByCommonNames=1&doMisappliedNames=1&doSynonyms=1&doTaxa=1&pageNumber=0&pageSize=10&query={query-string}</p>
<ul>
<li>Es wäre gut, wenn auch die Autoren durchsucht werden</li>
<li><del>Wir wollen immer nur die ersten 10 Treffer in einer Combobox anzeigen. Dafür wäre eine längenlexiographische Sortierung hilfreich (sonst findet man kurze Namen/Gattungen nie)</del> <a class="issue tracker-4 status-5 priority-10 priority-lowest closed child" title="bug: Add alphabetic length ordering in name search (Closed)" href="https://dev.e-taxonomy.eu/redmine/issues/6236">#6236</a></li>
</ul>
<p><a href="http://api.cybertaxonomy.org/edaphobase/portal/taxon/find.json?query=Acha*Vejd*&doTaxa=true&doSynonyms=true&doMisappliedNames=true&doTaxaByCommonNames=true&pageNumber=0&pageSize=10&order=LENGTH_ALPHA_TITLE&includeAuthors=true">http://api.cybertaxonomy.org/edaphobase/portal/taxon/find.json?query=Acha*Vejd*&doTaxa=true&doSynonyms=true&doMisappliedNames=true&doTaxaByCommonNames=true&pageNumber=0&pageSize=10&order=LENGTH_ALPHA_TITLE&includeAuthors=true</a></p>
<p>/name_catalogue?query={query-string}&type=name&hits=5</p>
<ul>
<li>Bei einem Namen incl. Autorenschaft schlägt das fehl : #6518</li>
</ul>
bug #6072 (Closed): Implement getTaxonomicGroups for Edaphobasehttps://dev.e-taxonomy.eu/redmine/issues/60722016-09-12T15:07:45ZAndreas Müller
<p>Gibt eine Liste (id + Name) mit allen taxonomischen Großgruppen zurück. Beispielsweise Collembola</p>
bug #6071 (Closed): Handle Taxonomische Großgruppen correctly in Edaphobasehttps://dev.e-taxonomy.eu/redmine/issues/60712016-09-12T15:00:53ZAndreas Müller
<ul>
<li>Thema Taxonomische Großgruppen/Funktion getTaxonomicGroups
<ul>
<li>Das ist bei uns keine extra Ebene sondern eine Eigenschaft bestimmter hoher Taxa </li>
<li>Die sind als Großgruppe markiert, liegen aber auf verschiedenen hierarchischen Ebenen</li>
<li>Zur Zeit sind das bei uns: Collembola, Lumbricidae, Nematoda, Oribatida, Gamasina, Enchytraeidae, Isopoda, Chilopoda, Araneae, Diplopoda, Plathelminthes </li>
<li>Diese Liste sollte man abfragen können, die Großgruppe eines Taxons sollte in der Übersicht über das Taxon angezeigt werden und danach soll eine Liste von Taxa gruppiert werden können</li>
</ul></li>
</ul>
<p>Ich war bislang davon ausgegangen, dass die taxonomischen Großgruppen immer auch Roottaxa sind, dies stimmt aber nicht immer, z.B. bei Collembola und Lumbricidae.</p>
<p>Folgende WebServices müssen angepasst werden: </p>
<ul>
<li>getTaxonomicGroups <a class="issue tracker-4 status-5 priority-11 priority-default closed child parent" title="bug: Implement getTaxonomicGroups for Edaphobase (Closed)" href="https://dev.e-taxonomy.eu/redmine/issues/6072">#6072</a></li>
<li>getTaxonById <a class="issue tracker-5 status-5 priority-10 priority-lowest closed child" title="feature request: Edaphobase DTO for getTaxonById (Closed)" href="https://dev.e-taxonomy.eu/redmine/issues/6065">#6065</a></li>
</ul>
<p>Liste: <a href="http://api.cybertaxonomy.org/edaphobase/taxon/findByMarker.json?markerType=71f22f44-5131-4d54-8362-1c77ac5c567a&includeEntity=false&titleType=PURE_NAME&subtree=91231ebf-1c7a-47b9-a56c-b45b33137244">http://api.cybertaxonomy.org/edaphobase/taxon/findByMarker.json?markerType=71f22f44-5131-4d54-8362-1c77ac5c567a&includeEntity=false&titleType=PURE_NAME&subtree=91231ebf-1c7a-47b9-a56c-b45b33137244</a></p>
<p>Anzeige in Übersicht über das Taxon: <a href="http://api.cybertaxonomy.org/edaphobase/classification/91231ebf-1c7a-47b9-a56c-b45b33137244/taxonInContext/715c2370-45a4-450c-99f7-e196758979ca.json?doChildren=true&doSynonyms=true&sortMode=AlphabeticalOrder&ancestorMarker=71f22f44-5131-4d54-8362-1c77ac5c567a">http://api.cybertaxonomy.org/edaphobase/classification/91231ebf-1c7a-47b9-a56c-b45b33137244/taxonInContext/715c2370-45a4-450c-99f7-e196758979ca.json?doChildren=true&doSynonyms=true&sortMode=AlphabeticalOrder&ancestorMarker=71f22f44-5131-4d54-8362-1c77ac5c567a</a></p>
<p>Gruppierung: <a href="http://api.cybertaxonomy.org/edaphobase/classification/91231ebf-1c7a-47b9-a56c-b45b33137244/groupedTaxaByMarker.json?taxonUuids=0982dc0e-1a79-45a0-8abc-8166625b94b8&taxonUuids=15f0b5f8-44e4-4ae1-8b40-f36f0a049b27&taxonUuids=899c62e3-a116-4c5b-b22a-c76e761cc32e&markerTypeUuid=71f22f44-5131-4d54-8362-1c77ac5c567a&flag=true">http://api.cybertaxonomy.org/edaphobase/classification/91231ebf-1c7a-47b9-a56c-b45b33137244/groupedTaxaByMarker.json?taxonUuids=0982dc0e-1a79-45a0-8abc-8166625b94b8&taxonUuids=15f0b5f8-44e4-4ae1-8b40-f36f0a049b27&taxonUuids=899c62e3-a116-4c5b-b22a-c76e761cc32e&markerTypeUuid=71f22f44-5131-4d54-8362-1c77ac5c567a&flag=true</a></p>
feature request #6066 (Closed): Edaphobase DTO for getChildrenTaxaOfIdhttps://dev.e-taxonomy.eu/redmine/issues/60662016-09-09T15:06:04ZAndreas Müller
<p>Gibt alles zurück, was direkt unter dem angegebenen Taxon im Baum hängt (Kindtaxa und Synonyme). Der Eintrag besteht aus dem Namen, der UUID, dem Rang (wie angegeben)) und des Typs (valid, Synonym etc., wie angegeben?) des Taxons; und einem Flag das anzeigt, ob dieser Eintrag weitere Kinder enthält.</p>
<p>Rückgabetyp: array[Name + Id + Rang + Typ + boolean] </p>
<p>Typ: Id </p>
<p>Beschreibung: String </p>
<p>Name: die UUID des Taxons, von dem die Kinder gebraucht werden</p>
<p>Bisher verwendeter Service /portal/classification/{treeUuid}/childNodesOf/{taxonUuid} </p>
<p>Problem: Wir hätten gern die Synonyme eines Taxons hierarchisch unter dem Taxon hängen (auch als Synonym markiert)</p>
feature request #6065 (Closed): Edaphobase DTO for getTaxonByIdhttps://dev.e-taxonomy.eu/redmine/issues/60652016-09-09T15:02:34ZAndreas Müller
<p>Gibt das Taxon-Objekt zu einer ID zurück. Das Taxon muss mindestens enthalten: Name, Namensbestandteile, Rang, Typ, Kinder (Name + Id), Synonyme (Name + Id), Taxonomische Großgruppe (Name + Id)</p>