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feature request #7903

Add treeIndex with rank to cdm light export

Added by Katja Luther 8 months ago. Updated 6 months ago.

Status:
Resolved
Priority:
New
Category:
cdmadapter
Target version:
Start date:
11/13/2018
Due date:
% Done:

0%

Severity:
normal

Description

Hallo,
hier die Mails zur Taxon-Sortierung.
Wenn ich den TreeIndex richtig verstehe, dann ist das eine weitere Tabelle in der nur IDs stehen, aber in der richtigen Reihenfolge (wie im Navigator). Die bräuchte ich, allerdings zusammen mit ID’s, die auch in der Taxon-Tabelle verwandt werden. Eine Alternative wäre, die Sequenz-Nummerierung gleich in die Taxon-Tabelle mit einzubauen.
Herzlichen Gruß
Walter

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Hallo,
also, wenn ich diese Liste in der gegebenen Reihenfolge durchnummeriere, kann ich daraus in Access einen Index für die Taxon Tabelle erzeugen, der die Anordnung im Baum im Taxeditor und Portal wiederspiegelt?
Dann wäre das wirklich ausgesprochen nützlich, da, wie gesagt, meine (rangbasierter und alphabetischer) Indexprozedur nicht zuverlässig funktioniert.
Herzlichen Gruß
Walter

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Hallo,

der bestehende Treeindex ist eine Liste von TaxonNode IDs (hmm, ich merke gerade dass da aus Platz Gründen IDs und nicht UUIDs verwendet werden, somit doch nicht trivial in CDM light zu integrieren. Aber wirklich schwierig sollte es trotzdem nicht sein, wenn es „enorm nützlich“ ist.

@Katja, vielleicht kannst du das ja mal in die TODO Liste aufnehmen und wir überlegen mal, wie man es am besten umsetzen kann.

„Mit Rängen“ heißt, dass der Index auch über die Rangstufe Bescheid weiß. Häufig brauchen wir ja die Abfrage „gib mir mal die Familie zu xy“ oder gib mir die Taxon Liste bis maximal Rang Familie aufwärts. Z.B. ist das noch ein großer Performance Bottelneck beim Portal Taxonbaum, wenn dort ein MaximalRang angegeben ist. Die Query ist derzeit recht teuer. Wenn die Ranginfo im Index mit wäre, könnte das deutlich billiger werden.

Viele Grüße,
Andreas M.

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Hallo,
oh, eigentlich verstehe ich nicht so recht, was das „mit Rängen“ eigentlich bedeutet. Der existierende Treeindex gibt die Reihenfolge, wie sie im Editor / Portal ausgegeben wird? Das wäre schon enorm nützlich!
Herzlichen Gruß
Walter

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Hallo Walter,

im CDM Light Export sollte das keinerlei Problem sein. Da wird ja ein eingefrorener Zustand exportiert. Das Problem beim Index ist ja das korrekte updaten.
Für den Export müssten wir uns nur auf eine Syntax einigen, wie der Index aussehen soll.
Wir könnten ja auch den bestehenden Treeindex (ohne Ränge) mit exportieren, falls dir das was hilft.

Viele Grüße,
Andreas M.

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Hallo,
das (Treeindex mit Rang) wäre Klasse, wenn man das auch in den CDM-light output integrieren könnte – meine Indexing-Funktion verschluckt sich nämlich leider öfter ....
Herzlichen Gruß
Walter

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Hallo Walter,

ja, die Frage hatte ich schon erwartet. Sofern sich der Rang immer auf das akzeptierte Taxon bezieht, sollte das sicherlich kein wirkliches Problem sein. Der Mechanismus ist ja ähnlich wie beim publish Flag bzw. beim taxonomischen Slice.
Allerdings könnte man sich in dem Zusammenhang auch nochmal Gedanken über einen TreeIndex machen, der den Rang mit beinhaltet, das würde die Sache sehr vereinfachen und wir bräuchten das an mehreren Stellen. Aber das muss man dann sehen.

Viele Grüße,
Andreas M.

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Hallo,
im Caryophyllales Netzwerk betreiben wir ja derzeit die Gattungscheckliste in einer von der Species-Checkliste getrennten Instanz. Derzeit ist das auch noch vernünftig, da wir ja die Familien erst aussortieren und daher u.U. Pseudotaxa auf der Gattungsebene vorhalten. Perspektivisch würden wir das aber wohl als ein zusätzliches Portal handhaben. Das ist sinnvoll, weil die Gattungsumschreibung eine laufende Forschungsthematik ist, die man eventuell auch getrennt den enthaltenen Arten sehen kann (also: Gattungen innerhalb einer Familie sichtbar, Arten nicht). Ist es möglich, ein auf die Rangstufe Gattung (wahlweise: Und darüber) beschränkte Ausgabe im Portal zu machen?
Wie gesagt, noch nicht aktuell, aber perspektivisch wichtig.
Herzlichen Gruß
Walter

Associated revisions

Revision c22a678f (diff)
Added by Katja Luther 6 months ago

ref #7903: add sortIndex to taxon table in cdm light export

Revision e4aadd07 (diff)
Added by Katja Luther 6 months ago

ref #7903: add possibility to choose order of taxa in cdm light export

Revision 539106f0 (diff)
Added by Katja Luther 6 months ago

ref #7903: add comparator for taxa in cdm light configurator

Revision ed596689 (diff)
Added by Katja Luther 6 months ago

ref #7903: TaxonNodeDtoNaturalComparator needs to implement Serializable

History

#1 Updated by Katja Luther 8 months ago

  • Description updated (diff)

#2 Updated by Katja Luther 8 months ago

noch eine kurze Anmerkung, die Sortierung im Navigator ist eine Preference im Editor, man kann wählen zwischen alphabetisch, alphabetisch+Rang und natürlicher Reihenfolge.
Für den Export würde ich einen SortIndex mit in die Taxon Tabelle einbauen, die Sortierung würde ich dann entsprechend der aktuellen Einstellung im Editor vornehmen.

#3 Updated by Andreas Müller 8 months ago

Katja Luther wrote:

noch eine kurze Anmerkung, die Sortierung im Navigator ist eine Preference im Editor, man kann wählen zwischen alphabetisch, alphabetisch+Rang und natürlicher Reihenfolge.
Für den Export würde ich einen SortIndex mit in die Taxon Tabelle einbauen, die Sortierung würde ich dann entsprechend der aktuellen Einstellung im Editor vornehmen.

Warum willst du die aus dem Editor übernehmen. Das es sich um einen Export handelt sollte das doch am besten in den Exportkonfigurator (Assistenten). Der voreingestellte Wert könnte dann natürlich der sein, der auch im Editor verwendet wird.

#4 Updated by Katja Luther 6 months ago

  • Status changed from New to Resolved
  • Assignee changed from Katja Luther to Andreas Müller
  • Target version changed from Unassigned CDM tickets to Release 5.5

now there is an implementation for creating a sortindex at the end of the export on the basis of a map containing a list of TaxonNodeDtos of the children for every taxon which is exported.

Also available in: Atom PDF

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