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bug #7786

ERS: Try to solve those occurrence sources for which the reference number can not be resolved

Added by Andreas Müller about 1 year ago. Updated 5 months ago.

Status:
Resolved
Priority:
Priority13
Category:
data
Target version:
Start date:
09/21/2018
Due date:
% Done:

90%

Severity:
normal
Found in Version:
Tags:

Description

Some of them only have a trailing whitespace problem and can be found by

SELECT *
FROM emOccurrenceSource
WHERE SourceNumber  like '% %'

remove whitespaces

====

for others the sourceNumber can not be found in Referenc.IdInSource

bei den OccurrenceSources sind ein paar kaputt gegangen, vermutlich weil die Identifier hier nicht als Zahlen sondern als Text gespeichert werden, aus welchem Grund auch immer.

Ich versuche das gerade zu säubern. Gehe ich daher Recht in der Annahme, dass 

• Die 2. Quelle von Polygonum propinquum Ledeb.  In Rf(E)      „ Tzvelev, N. N. - Konspekt flory Vostochnoi Evropy 1 2012.“ ist, genauso wie für Rf(C), Rf(S)  und Uk(K) ?
• Entsprechend von Persicaria lapathifolia subsp. brittingeri (Opiz) Soják  für Rf(C)  / SourceNumber = 22016


Außerdem: Welches ist die Quelle von

• Bromus scoparius L.  in Ge – SourceNumber 132003 nicht gefunden 
• Fallopia dumetorum (L.) Holub in Rf(C)   - SourceNumber = 12231 nicht gefunden, 122311, 122312, 122315 für andere Common Names vorhanden
• Von Solanum sinaicum in Ir -> SourceNumber = 13042 . Vielleicht  Danin, A. - Wild plants of Eretz Israel and their distribution 1998. ? / 130421, gibt aber auch andere 13042x
• Turnera ulmifolia L. , alle Areas außer Ca(T), Ca(F);  / SourceNumber = 71575
• Evtl. selbe Source für Consolida ajacis (L.) Schur  für Ca(P) , Ca(H) / SourceNumber=  71575
• Rumex conglomeratus Murray für It  (2x)  / SourceNumber =   0087  und = 7  
• Ceratochloa cathartica (Vahl) Herter  für Cr / SourceNumber = 130017
• Vitis rupestris Scheele und Vitis labrusca L. für Hu  / SourceNumber = 5
• Juncus tingitanus Maire & Weiller für Ma / SourceNumber = 28024
• Reynoutria japonica Houtt. für Lt  / SourceNumber = 12206 , evtl. Tzvelev, N. N. - Flora of Russia. The European part and bordering regions 9 2006. ?? / 122016


Nicht notwendig vermutlich
• Ammannia pubiflora (Koehne) Sosn. In EM / SourceNumber = 130432
SELECT        n.FullNameCache, ar.EMCode, n.NameCache, oc.PTRefFk, ocs.Source, ocs.SourceNumber, ocs.OccurrenceSourceId, oc.OccurrenceId, oc.PTNameFk, oc.PTRefFk AS Expr1, oc.AreaFk, oc.StatusUnknown, 
                         oc.Native, oc.Introduced, oc.Cultivated, oc.WorldDistCompl, oc.SummaryStatus, oc.CalculatedFlag, oc.PTDesignationRefDetailFk, oc.PTDesignationRefFk, oc.Preferred, oc.UnresolvedPOSS, oc.As_Taxon, 
                         oc.Sources, oc.Created_When, oc.Created_Who, oc.Updated_When, oc.Updated_Who, oc.Notes, oc.Occurrence, oc.NativeStatus, oc.IntroducedStatus, oc.CultivatedStatus, oc._oldOccId
FROM            emOccurrence AS oc INNER JOIN
                         emOccurrenceSource AS ocs ON ocs.OccurrenceFk = oc.OccurrenceId INNER JOIN
                         Name AS n ON n.NameId = oc.PTNameFk LEFT OUTER JOIN
                         emArea AS ar ON ar.AreaId = oc.AreaFk
WHERE        (ocs.SourceNumber LIKE '57610') OR

                         (oc.PTNameFk IN (0))
ORDER BY ocs.SourceNumber

Dann gibt es noch:

Juncus acutiflorus Hoffm.
Juncus acutus L.
Juncus anceps Laharpe
Juncus articulatus L.
Juncus bufonius L.
Juncus bulbosus L.
Juncus compressus Jacq.
Juncus foliosus Desf.
Juncus gerardi Loisel.
Juncus heterophyllus Dufour
Juncus conglomeratus L.
Juncus effusus L.
Juncus maritimus Lam.
Juncus pygmaeus Thuill.
Juncus squarrosus L.
Juncus striatus E. Mey.
Juncus subulatus Forssk.
Juncus tenageia L. f.
Juncus tingitanus Maire & Weiller 

Alle für Area Ma / SourceNumber = 57610

Und:

FullNameCache   EMCode
Arum creticum Boiss. & Heldr.   Cr        
Arum elongatum Steven   Tu(A)
Arum elongatum Steven   Bu        
Arum cyrenaicum Hruby   Li
Arum balansanum R. R. Mill  Tu(A)
Arum dioscoridis Sm.    Tu(A)
Arum dioscoridis Sm.    Cy
Arum creticum Boiss. & Heldr.   AE(G)     
Arum cyrenaicum Hruby   Cr        
Arum dioscoridis Sm.    AE(G)     
Arum creticum Boiss. & Heldr.   Tu(A)
Arum apulum (Carano) P. C. Boyce    It        
Arum concinnatum Schott Gr        
Arum concinnatum Schott AE(G)     
Arum concinnatum Schott Cr        
Arum elongatum Steven   Gr        
Arum dioscoridis Sm.    Ir
Arum besserianum Schott Uk(U)     
Arum concinnatum Schott Tu(A)
Arum dioscoridis Sm.    Le
Arum dioscoridis Sm.    Sy   

Alle für SourceNumber = 71748

Diese IdInSource gibt es. => Zu SourceNumber2Ref hinzugefügt => Testen obs jetzt tut

Sources mit leerer SourceNumber: 76

SELECT        n.FullNameCache, ar.EMCode, n.NameCache, oc.PTRefFk, ocs.Source, ocs.SourceNumber, ocs.OccurrenceSourceId, oc.OccurrenceId, oc.PTNameFk, oc.PTRefFk AS Expr1, oc.AreaFk, oc.StatusUnknown, 
                         oc.Native, oc.Introduced, oc.Cultivated, oc.WorldDistCompl, oc.SummaryStatus, oc.CalculatedFlag, oc.PTDesignationRefDetailFk, oc.PTDesignationRefFk, oc.Preferred, oc.UnresolvedPOSS, oc.As_Taxon, 
                         oc.Sources, oc.Created_When, oc.Created_Who, oc.Updated_When, oc.Updated_Who, oc.Notes, oc.Occurrence, oc.NativeStatus, oc.IntroducedStatus, oc.CultivatedStatus, oc._oldOccId
FROM            emOccurrence AS oc INNER JOIN
                         emOccurrenceSource AS ocs ON ocs.OccurrenceFk = oc.OccurrenceId INNER JOIN
                         Name AS n ON n.NameId = oc.PTNameFk LEFT OUTER JOIN
                         emArea AS ar ON ar.AreaId = oc.AreaFk
WHERE        (ocs.SourceNumber LIKE '') AND occurrenceFk IN ( SELECT occurrenceId FROM v_cdm_exp_occurrenceAll )
ORDER BY PTRefFk, FullNameCache, ocs.SourceNumber

History

#2 Updated by Andreas Müller about 1 year ago

  • Description updated (diff)
  • Status changed from New to In Progress
  • Priority changed from Priority14 to Highest

#3 Updated by Andreas Müller about 1 year ago

irgendwas ist auch noch seltsam bei folgenden Taxa:

Juncus acutiflorus Hoffm.
Juncus acutus L.
Juncus anceps Laharpe
Juncus articulatus L.
Juncus bufonius L.
Juncus bulbosus L.
Juncus compressus Jacq.
Juncus foliosus Desf.
Juncus gerardi Loisel.
Juncus heterophyllus Dufour
Juncus conglomeratus L.
Juncus effusus L.
Juncus maritimus Lam.
Juncus pygmaeus Thuill.
Juncus squarrosus L.
Juncus striatus E. Mey.
Juncus subulatus Forssk.
Juncus tenageia L. f.
Juncus tingitanus Maire & Weiller

Und zwar bei der 7500000 Version.

  1. Problem: Am Area Ma hängt eine SourceNumber 57610 . Die finde ich so nicht bei den Referenzen. Als Source Cache (der nicht unbedingt stimmen muss) finde ich aber in der Tabelle folgende Einträge:

Catalogue des plantes du Maroc 1 (1931)
Personal Communication (J. Molero) (2003)
Standardliste der Farn- und Blütenpflanzen Deutschlands (1998)
Nouvelle Flore de L'Algerie et des Regions Desertiques Meridionales 1 (1962)
Catalogue des Plantes vasculaires de la Corse (1985)
Catalogue des plantes du Maroc 1 (1931)
Flore de la Tunisie (1979)
Nouvelle Flore de L'Algerie et des Regions Desertiques Meridionales 1 (1962)
Catalogue des plantes du Maroc 1 (1931)
Flora Iberica. Plantas vasculares de la Península Ibérica e Islas Baleares. 8 (1997)
Catalogue des plantes du Maroc 4 (1941)
Svensk Flora: Fanerogamer och ormbunksvaxter 27 ed. 27 (1994)
Compléments au prodrome de la Flore Corse (1993)
Catalogue des plantes du Maroc 1 (1931)
Catalogue des plantes du Maroc 1 (1931)
Catalogue des plantes du Maroc 1 (1931)
Catalogue des plantes du Maroc 1 (1931)
Catalogue des plantes du Maroc 1 (1931)
Flore du Sahara (1977)

Kannst du das nochmal gegenchecken.

#4 Updated by Andreas Müller about 1 year ago

bei den OccurrenceSources sind ein paar kaputt gegangen, vermutlich weil die Identifier hier nicht als Zahlen sondern als Text gespeichert werden, aus welchem Grund auch immer.

Ich versuche das gerade zu säubern. Gehe ich daher Recht in der Annahme, dass

• Die 2. Quelle von Polygonum propinquum Ledeb. In Rf(E) „ Tzvelev, N. N. - Konspekt flory Vostochnoi Evropy 1 2012.“ ist, genauso wie für Rf(C), Rf(S) und Uk(K) ?
• Entsprechend von Persicaria lapathifolia subsp. brittingeri (Opiz) Soják für Rf(C) / SourceNumber = 22016

Außerdem: Welches ist die Quelle von

• Bromus scoparius L. in Ge – SourceNumber 132003 nicht gefunden
• Fallopia dumetorum (L.) Holub in Rf(C) - SourceNumber = 12231 nicht gefunden, 122311, 122312, 122315 für andere Common Names vorhanden
• Von Solanum sinaicum in Ir -> SourceNumber = 13042 . Vielleicht Danin, A. - Wild plants of Eretz Israel and their distribution 1998. ? / 130421, gibt aber auch andere 13042x
• Turnera ulmifolia L. , alle Areas außer Ca(T), Ca(F); / SourceNumber = 71575
• Evtl. selbe Source für Consolida ajacis (L.) Schur für Ca(P) , Ca(H) / SourceNumber= 71575
• Rumex conglomeratus Murray für It (2x) / SourceNumber = 0087 und = 7

• Ceratochloa cathartica (Vahl) Herter für Cr / SourceNumber = 130017
• Vitis rupestris Scheele und Vitis labrusca L. für Hu / SourceNumber = 5
• Juncus tingitanus Maire & Weiller für Ma / SourceNumber = 28024
• Reynoutria japonica Houtt. für Lt / SourceNumber = 12206 , evtl. Tzvelev, N. N. - Flora of Russia. The European part and bordering regions 9 2006. ?? / 122016

Nicht notwendig vermutlich
• Ammannia pubiflora (Koehne) Sosn. In EM / SourceNumber = 130432

#5 Updated by Andreas Müller about 1 year ago

  • % Done changed from 0 to 40

#6 Updated by Andreas Müller about 1 year ago

  • Description updated (diff)

#7 Updated by Andreas Müller about 1 year ago

  • Description updated (diff)

#8 Updated by Andreas Müller about 1 year ago

SELECT DISTINCT SourceNumber2Ref.*, r.*
FROM  SourceNumber2Ref INNER JOIN
      Reference r ON SourceNumber2Ref.RefId = r.RefId
WHERE SourceNumber2Ref.RefId = '6432864' OR IdInSource like '%22316%' OR IDInSource like '%26524%' OR r.RefId = 22316

#9 Updated by Andreas Müller about 1 year ago

  • Subject changed from Try to solve those occurrence sources for which the reference number can not be resolved to ERS: Try to solve those occurrence sources for which the reference number can not be resolved

#10 Updated by Andreas Müller about 1 year ago

  • Priority changed from Highest to Priority13

#11 Updated by Andreas Müller 5 months ago

  • % Done changed from 40 to 80

most of them seem to be errors, especially those having no number at all. Others can not be resolved.

#12 Updated by Andreas Müller 5 months ago

  • Status changed from In Progress to Resolved
  • % Done changed from 80 to 90

ERS:

dies sind vermutlich alles Tippfehler. Doppelte Leerzeichen zwischen den Referenznummern in den Greuter-Tables haben zu so komischen Referenzen geführt. Wenn die nicht importiert werden können , ist alles gut. Siehe screenshot unten, wo steht: "Source():" Eine echte Quelle steht in diesen Fällen nicht dahinter.

AM:

leider sind hier von den ursprünglich 77 Fällen noch 61 übrig geblieben. Sieht so aus als ob nur die Fälle von 7000000-7200000 behandelt wurden und wenige andere.

Im Anhang findest du die noch übrigen Fälle. Kannst du da nochmal drauf schauen. Super schlimm ist wäre es vermutlich nicht, wenn die nicht behandelt werden, da fehlende SourceNumbers können dann sowieso nicht importiert werden. Wenn es sich also nur um versehentliche Einträge handelt, wäre es nicht schlimm. Falls es sich aber um Einträge handelt, die eigentlich einer wirklichen Quelle zugeordnet sind, die sich recherchieren lässt, wäre es schade um die Daten.

Also available in: Atom PDF

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