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bug #7686

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Specimen title cache issues in data portal specimen table

Added by Patrick Plitzner over 5 years ago. Updated over 3 years ago.

Status:
Closed
Priority:
New
Category:
cdm-dataportal
Target version:
Start date:
Due date:
% Done:

100%

Estimated time:
Severity:
normal
Found in Version:

Description

Walter:

  • Der Name nach Holotype of wird doppelt ausgegeben.
  • Vor dem Link zum Herbarbeleg sollte ein Promt stehen “Link(s) to specimens:”
  • Warum steht eine Leerzeile vor den Links?

Beim folgenden Beispiel stehen die folgenden Daten im Cache:

Philippines, Panay, Antique Prov., Mariliso (= Malalison) Island., male infl or. May–Aug. 1918, McGregor 32313 (holotype: US, isotype: B, photo K, photo PNH)

Das muss auch erstmal so stehen bleiben, da wir noch kein Specimen-unabhängiges Feld für das Originalzitat des Typus und die Typendiskussion haben. Damit aber unter der Überschrift Specimens etwas steht, habe ich Sammler und Nummer (sozusagen der Field Unit) eingetragen, dann kommt folgendes heraus:

Offenbar wird die Zeile “xType of” nur ausgegeben, wenn die Typuskategorie eingegeben wurde? Das ist bei mehrere Specimens umfassenden Cache-Angaben natürlich nicht möglich.
Der unschöne Link wäre ja mit entsprechendem Prompt noch akzeptabel – aber auf der Specimen Seite wird dann der Cache nicht angezeigt:

Ich gehe davon aus, dass die Specimen-Daten, die aus der Literatur hereinkommen, zunächst meist im Cache zitiert werden (besonders die Typen, solange es noch kein unabhängiges Typus-Diskussionsfeld gibt). Da wäre es gut, wenn man sich die Daten auch anzeigen lassen könnte.


Files

picture727-1.png (25 KB) picture727-1.png Patrick Plitzner, 08/27/2018 01:31 PM
picture248-1.png (12.3 KB) picture248-1.png Patrick Plitzner, 08/27/2018 01:33 PM
picture248-2.png (140 KB) picture248-2.png Patrick Plitzner, 08/27/2018 01:33 PM
picture360-1.png (17.8 KB) picture360-1.png Andreas Müller, 09/10/2018 05:31 PM

Related issues

Related to EDIT - bug #7692: Empty "Specimens" sectionWorksformeWalter Berendsohn

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Related to EDIT - feature request #7704: Dataportal specimen table should be able to show DerivedUnits without a FieldUnitClosedAndreas Kohlbecker

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Actions #1

Updated by Patrick Plitzner over 5 years ago

Actions #2

Updated by Patrick Plitzner over 5 years ago

  • Tags set to campanula
  • Description updated (diff)
Actions #3

Updated by Patrick Plitzner over 5 years ago

  • Subject changed from Specimen types issues in data portal specimen table to Specimen title cache issues in data portal specimen table

Walter:

"Hierzu dann gleich auch noch zwei Anmerkungen:

Den Titel mit der ID ist unschön, zumal ja diese ID auch nur intern etwas bedeutet. In der Botanik wäre es schön, hier das Sammler + Sammlernummerzitat im Titel zu haben (kann dann im Text ruhig wiederholt werden).

Den Prompt “Citation” finde ich (auch bei der Tabelle) erstens überflüssig und zudem auch noch (bei Typen) irreführend, da es sich ja gerade nicht um die Originaldaten (die „Type citation“ im Protolog) handelt, sondern um einen von uns zusammengesetzten String."

Actions #4

Updated by Patrick Plitzner over 5 years ago

Andreas M.:

  • Gibt der verwendete Webservice grundsätzlich nur Fieldunits oder werden auch DerivedUnits zurückgegeben, aber werden nur nicht ausgewertet? Gegebenenfalls müsste der Webservice entsprechend angepasst werden

  • Gegeben, dass auch DerivedUnits zurückkommen können, müssten diese in eine FieldUnit gewrapped werden (oder etwas ähnliches) und als label lediglich der TitleCache ausgegeben werden

  • Grundsätzlich muss es ein Handling für protectedTitleCache = true geben. Derzeit scheint die Tabelle damit nicht umgehen zu können, egal ob FieldUnit oder DerivedUnit. Im Fall von protected titleCache = true müsste der titleCache wie gespeichert ausgegeben werden, möglichst mit einem column span, da er ja vermutlich länger ist.

  • Das von Walter unten aufgezeigte Handling der DerivedUnit mit protectedTitleCache UND leerer FieldUnit, bei der für das Specimen nur die UUID angezeigt wird, ist völlig unverständlich. Hier muss auf jeden Fall der titleCache angezeigt werden, der in diesem Fall laut DB „Philippines, Panay, Antique Prov., Mariliso (= Malalison) Island., male infl or. May–Aug. 1918, McGregor 32313 (holotype: US, isotype: B, photo K, photo PNH)“ lautet.
    Dieser Cache ist nicht schön, weil er eigentlich ein Typus Cache ist, aber definitiv besser als die UUID. Das Thema Typus Cache werden wir später behandeln.

Link zu Walters Beispielen:

http://caryophyllales.org/nepenthaceae/cdm_dataportal/taxon/90d47d8d-0f76-47d9-a0c8-20b4361080a4

bzw.

http://caryophyllales.org/nepenthaceae/cdm_dataportal/specimen/72e69c38-3e0a-4eb2-9f67-7fd72214a100

Actions #5

Updated by Andreas Müller over 5 years ago

  • Related to bug #7692: Empty "Specimens" section added
Actions #6

Updated by Patrick Plitzner over 5 years ago

  • Related to feature request #7704: Dataportal specimen table should be able to show DerivedUnits without a FieldUnit added
Actions #7

Updated by Patrick Plitzner over 5 years ago

  • Status changed from New to Resolved
  • Assignee changed from Patrick Plitzner to Andreas Müller
  • % Done changed from 0 to 50

All the UI issues have been solved.

The issue with the DerivedUnit with no FieldUnit is handled in #7704

Actions #8

Updated by Andreas Müller over 5 years ago

  • Status changed from Resolved to Feedback
  • Assignee changed from Andreas Müller to Patrick Plitzner

Offenbar wird die Zeile “xType of” nur ausgegeben, wenn die Typuskategorie eingegeben wurde? Das ist bei mehrere Specimens umfassenden Cache-Angaben natürlich nicht möglich.

Now it says: "no type status set: Achillea santolinoides". IMO this is also not correct. If the type is written in the cache for the user it becomes unclear why it is not set.
Also it is not correct for a label the primarily wants to say "this is a type for ...".

So I suggest so simply say "Type for: ". Or was there a user requirement for something else?

Actions #9

Updated by Andreas Müller over 5 years ago

On the specimen page still the Class UUID formatting occurs.

Also there are 2 warning now.

Example from test.cyprus with type specimen for Achillea santolinoides (created for this review):

Actions #10

Updated by Patrick Plitzner over 5 years ago

  • Status changed from Feedback to Resolved
  • Assignee changed from Patrick Plitzner to Andreas Müller

The titleCache issue is fixed.

I do not get the warnings on my local copy of the cyprus data base so I am not able to reproduce the error. Nevertheless I added code to catch the exception which happens most probably due to a null reference. We have to wait for the snapshot build to complete to see if the issue is fixed.

Actions #12

Updated by Andreas Müller over 5 years ago

  • Status changed from Resolved to Feedback
  • Assignee changed from Andreas Müller to Patrick Plitzner

There is still a comma missing beetween the types if there are >1 types.

Actions #13

Updated by Andreas Müller over 4 years ago

  • Status changed from Feedback to Resolved
  • Assignee changed from Patrick Plitzner to Andreas Müller

Please check what is still open

Actions #14

Updated by Andreas Kohlbecker over 3 years ago

  • Tags changed from campanula to campanula, specimen-view-table
Actions #15

Updated by Andreas Kohlbecker over 3 years ago

  • Tags changed from campanula, specimen-view-table to campanula, specimens-view-table
Actions #16

Updated by Andreas Kohlbecker over 3 years ago

  • Assignee changed from Andreas Müller to Andreas Kohlbecker
Actions #17

Updated by Andreas Kohlbecker over 3 years ago

  • Status changed from Resolved to Closed
  • % Done changed from 50 to 100

to me it seems as if all issues are fixed now, except for the issue of the missing comma between two specimen type designations. As the specimen page will be more or less completely rewritten we can neglect this minor problem for now.

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