EDIT

Review Result:

1)

• method create_cdm_specimen_or_observation() needs either be named render_cdm_specimen_or_observation() or compose_...
• methods returning markup are render_.. methods.
• if you think that it could make sense to use the output via AJAX you need to call it compose_
  
• see also create_specimen_array()
• compose methods are marked as * @ingroup compose per php doc, none compose functions must not be marked as such

to be continued...

2)

diese neue Funktionalität in modules/cdm_dataportal/includes/pre-drupal8.inc

    if (strpos($description, 'http:') !== false && !is_array($description)){
        //make links for urls
        $description = l($description, $description);
    }

sollte eigentlich nicht in _description_list_group_add() hinein. Besser den link schon vorher in $description schreiben

Andreas Kohlbecker wrote:

sollte eigentlich nicht in _description_list_group_add() hinein. Besser den link schon vorher in $description schreiben

und außerdem ist https auch wichtig!

php notice in http://test.e-taxonomy.eu/dataportal/preview/cichorieae/cdm_dataportal/taxon/1ad7630a-290b-464f-99e3-43c9dfb3c38b/specimens:

    Notice: Undefined property: stdClass::$_fieldObjectMedia in cdm_dataportal_taxon_page_specimens() (line 86 of /var/www/drupal-7.32/sites/_jenkins-workspace/modules/cdm_dataportal/includes/pages.inc).
    Notice: Undefined property: stdClass::$listOfMedia in cdm_dataportal_taxon_page_specimens() (line 208 of /var/www/drupal-7.32/sites/_jenkins-workspace/modules/cdm_dataportal/includes/pages.inc).
    Notice: Undefined property: stdClass::$listOfMedia in cdm_dataportal_taxon_page_specimens() (line 208 of /var/www/drupal-7.32/sites/_jenkins-workspace/modules/cdm_dataportal/includes/pages.inc).
    Notice: Undefined property: stdClass::$listOfMedia in cdm_dataportal_taxon_page_specimens() (line 208 of /var/www/drupal-7.32/sites/_jenkins-workspace/modules/cdm_dataportal/includes/pages.inc).
    Notice: Undefined variable: pager in cdm_dataportal_taxon_page_specimens() (line 308 of /var/www/drupal-7.32/sites/_jenkins-workspace/modules/cdm_dataportal/includes/pages.inc).
    Notice: Trying to get property of non-object in theme_cdm_pager() (line 370 of /var/www/drupal-7.32/sites/_jenkins-workspace/modules/cdm_dataportal/theme/cdm_dataportal.common.theme).
    Notice: Undefined variable: pager in cdm_dataportal_taxon_page_specimens() (line 317 of /var/www/drupal-7.32/sites/_jenkins-workspace/modules/cdm_dataportal/includes/pages.inc).
    Notice: Trying to get property of non-object in theme_cdm_pager() (line 370 of /var/www/drupal-7.32/sites/_jenkins-workspace/modules/cdm_dataportal/theme/cdm_dataportal.common.theme).

further minor php problems at the example of http://test.e-taxonomy.eu/dataportal/preview/phycobank/cdm_dataportal/taxon/f48b4b22-0625-4820-ad82-abf12e20859a

1) compressed table active

    Notice: Undefined property: stdClass::$_fieldObjectMedia in cdm_dataportal_taxon_page_specimens() (line 86 of /home/andreas/workspaces/cdm/cdm-dataportal/modules/cdm_dataportal/includes/pages.inc).
    Notice: Undefined variable: pager in cdm_dataportal_taxon_page_specimens() (line 317 of /home/andreas/workspaces/cdm/cdm-dataportal/modules/cdm_dataportal/includes/pages.inc).
    Notice: Trying to get property of non-object in theme_cdm_pager() (line 370 of /home/andreas/workspaces/cdm/cdm-dataportal/modules/cdm_dataportal/theme/cdm_dataportal.common.theme).

2) default specimen view (see above for php problems at 'notice' level)

3) specimen tree

the tree view is not showing up

    Warning: Invalid argument supplied for foreach() in cdm_dataportal_taxon_page_specimens() (line 75 of /home/andreas/workspaces/cdm/cdm-dataportal/modules/cdm_dataportal/includes/pages.inc).
    Notice: Undefined variable: occurrence in cdm_dataportal_taxon_page_specimens() (line 86 of /home/andreas/workspaces/cdm/cdm-dataportal/modules/cdm_dataportal/includes/pages.inc).
    Notice: Trying to get property of non-object in cdm_dataportal_taxon_page_specimens() (line 86 of /home/andreas/workspaces/cdm/cdm-dataportal/modules/cdm_dataportal/includes/pages.inc).
    Notice: Undefined variable: map_render_array in cdm_dataportal_taxon_page_specimens() (line 119 of /home/andreas/workspaces/cdm/cdm-dataportal/modules/cdm_dataportal/includes/pages.inc).
    Notice: Undefined variable: pager in cdm_dataportal_taxon_page_specimens() (line 317 of /home/andreas/workspaces/cdm/cdm-dataportal/modules/cdm_dataportal/includes/pages.inc).
    Notice: Trying to get property of non-object in theme_cdm_pager() (line 370 of /home/andreas/workspaces/cdm/cdm-dataportal/modules/cdm_dataportal/theme/cdm_dataportal.common.theme).

the php issues should be solved and the tree view is shown now.

the php problems are solved and the NPE in CollectionDto as well

thank you for fixing the issues so far. Unfortunately there are still some:

1)
on this page the Locality should be Berlin, small river Wuhle instead English is shown

2.b)
The method compose_cdm_specimen_or_observation_tree_entry() returns a markup string. since this is a compose method it should return a render array instead $occurrence_elements.

You may want to replace the $output = drupal_render($occurrence_elements); and everything below by

2.a)

TO NOT USE link targets like 'blank', etc this is discouraged!!!!!

$render_array = array();
$render_array['occurrence'] = $occurrence_elements;
$render_array['gallery'] = markup_to_render_array($gallery_html);
$render_array['specimen_page_link'] = markup_to_render_array(l("detail page", path_to_specimen($specimenOrObservation->uuid));

return $render_array;

WARNING code snipped untested!

as long as the detail page for field units is not implemented the link to detail page of field unit is removed.

[Katja wrote:]

Hallo Andreas,

die Origin derivate sollten schon angezeigt werden, auch wenn sie keine Assoziation zu dem Taxon haben, weil gerade bei Algen oder ähnlichem sind FieldUnits und die ersten Derivate ja gar keinem Taxon/Namen zugeordnet.

Viele Grüße
Katja

Ah ok,

das Ausblenden/Verstecken bezog sich nur auf die Compressed Table, richtig?

VG
A.

[Andreas Müller wrote:]

Hallo,

wenn ich es richtig verstehe bezieht sich das auf die Derivate, die unterhalb von „D3“ in deinem Beispiel kommen. Also D6 . Die fehlen weitgehend in der Graphik, aber das ist ja eigentlich der Regelfall, dass der Baum nach unten breit wird und nach oben immer nur 1 Parent existiert. Die Graphik zeigt einen Baum mit vielen Parents und meist nur einem oder keinem Kind.

Mit der Compressed Table hat das ausblenden glaube ich eher nicht zu tun bzw. dort gelten vermutlich sehr ähnliche Regeln.

Viele Grüße,
Andreas M

Andreas Kohlbecker wrote:

[Andreas Müller wrote:]

wenn ich es richtig verstehe bezieht sich das auf die Derivate, die unterhalb von „D3“ in deinem Beispiel kommen. Also D6 . Die fehlen weitgehend in der Graphik, aber das ist ja eigentlich der Regelfall, dass der Baum nach unten breit wird und nach oben immer nur 1 Parent existiert. Die Graphik zeigt einen Baum mit vielen Parents und meist nur einem oder keinem Kind.

Hallo,

bei dieser beispielhaften Darstellung ging es mit darum das handling komplexer Situationen mit multiplen Wurzelknoten im Graphen zu diskutieren.

Dass solche Bäume in der Regel und Praxis anders aussehen ist ja klar, aber wenn es darum geht Regeln auf ihre Sinnhaftigkeit abzuklopfen baucht es manchmal simplifizierte Extrembeispiele.

Übrigens ist die oben dargestellte fusionierte Form nicht ganz richtig und sollte eher so lauten:

FU1,FU2,D5 --> D1 --> *D3* --> D6
                        |
                        +----> D7

In dieser Verkürzung wäre ein Sachverhalt falsch dargestellt: D1 scheint ein Derivat von D5 zu sein. Aber bei einer reinen Baumstruktur bekommt man D5 nicht anders unter, es sei denn man lässt es einfach weg, was vielleicht tatsächlich die bessere Option ist. Dieser Fall kommt mit Sicherheit, wenn überhaupt sooooo selten vor, dass er vernachlässigbar ist.

Viele Grüße
Andreas

Ahh, ich sehe gerade, dass in #9216 schon die finale Lösung hinterlegt ist.