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feature request #7470

Verbatim type designation information

Added by Andreas Müller over 1 year ago. Updated 2 months ago.

Status:
Closed
Priority:
Highest
Category:
cdm
Target version:
Start date:
06/12/2018
Due date:
% Done:

100%

Severity:
normal

Description

WGB:

Es ist häufig notwendig, die Typus-Angabe aus dem Protolog verbatim zu zitieren, da die atomisierte Information insbesondere bei alten Veröffentlichungen oft bereits eine Interpretation des Zitats darstellt. Derzeit stelle ich (und ich glaube auch Norbert bei den Cichorieae) das in den Cache, der bezieht sich aber auf einen einzelnen Beleg, und diese Zitate sind ja oft Sammelangaben. Ein Abspeichern als Faktendaten ist nicht sinnvoll, da es ja Namensdaten sind. Im Editor stelle ich mir ein zusätzliches Feld „Verbatim Type Citation“ vor, das entweder im Protolog Dialog, oder als erstes unter Type [Citations] auftaucht – wobei der hier existierende Dialog eigentlich „Type specimen citations“ heißen müsste.
Man könnte natürlich argumentieren, dass man ja schon den Protolog verlinken kann, aber zum einen ist das nicht immer möglich, und zum anderen ist die Typus Information von so zentraler nomenklatorischer Bedeutung, dass eine separate Behandlung gerechtfertigt erscheint.

===

NK:

ja, ich kenne dieses Problem Ich frage mich nur, ob ein "VerbatimTypeCitation" Feld nicht vielleicht zu eng für diese Zwecke ist. Walter, wie Du in Deinem Beispiel aufsführst, gehören hier eben auch " Diskussionsbeiträge ... dazu, auch eventuell vorgenommene falsche Lekto- oder Neotypisierungen". IN Publikationen habe ich, wie viele andere, derlei immer unter so etwas wie "Notes on Typification" gepackt; , siehe beispielsweise die Anmerkungen, die ich mangels besser Möglichkeit in Fußnote 2 auf http://cichorieae.e-taxonomy.net/portal/cdm_dataportal/taxon/3a03946c-7d8d-4b55-89d5-2a0219ed9cdf/synonymy geschrieben habe. Deshalb wäre zu überlegen, ob nicht ein generischeres Notes-Feld zu Typification, das auch im Portal ausgegeben wird, besser für diesen Zweck geeignet ist.

==

AM:

grundsätzlich gibt es für verbatim Information immer 2 sinnvolle Möglichkeiten sie unterzubringen,

1) Das original information Feld in den Sources
2) Annotations

Wobei ersteres natürlich am besten ist, weil hier die Semantik relativ genau ist.

Letzteres (2) wäre bislang schon möglich zu verwenden, da man an TypeDesignations bereits Annotationen dran hängen kann. Allerdings wird das glaube ich im Portal bislang noch nicht ausgewertet (=> AK in cc), wie auch überhaupt die Darstellung von Types im Portal dringend noch verbessert werden muss. Dies wird voraussichtlich innerhalb von Phycobank aber auch geschehen. AK hat da schon einiges vorbereitet.

Punkt 1) wird bald möglich sein, wenn die vollständige Umstellung von Quellenangaben auf OriginalSources stattgefunden hat. Derzeit gibt es ja bei 1:1 Quellen wie nomenklatorischer Referenz, aber auch der Quelle einer TypeDesignation nur die Möglichkeit, Referenz und Detail anzugeben. Dann wird es möglich sein, alle Angaben die normalerweise in einer Quelle angebbar sind, anzugeben, also auch OriginalInfo, IdInSource, external Link (neu), etc.

Meine größte Frage in diesem Zusammenhang ist eigentlich immer nur die Zusammenfassung der einzelnen TypeDesignations zu einer konsistenten Information für die gesamte homotypische Gruppe. Derzeit gibt es da keinen Container sondern die TypeDesignations hängen direkt an mind. einem Namen der Gruppe. Man muss sich also entscheiden, an welche TypeDesignation man diese Quellinformation hängt. Vielleicht könnte das Probleme bereiten(?).

==

Das Problem hier hängt mit Deinem letzten Absatz zusammen: Es gibt eben m.A.n. keine Möglichkeit, die zusammengefasste Typusinformation zu dokumentieren. Die Quelle der Type-Citation bezieht sich jetzt ja immer auf einen Beleg – die Designation-Diskussion aber auf sämtliche Holo-, Iso-, Lecto etc. Typen, die in der Datenbank vorhanden sind (oder auch nicht: z.B. bei nicht lokalisierten Typen, ungenauen Angaben zu Originalmaterial etc.). Meiner Ansicht nach haben wir hierzu kein Bezugsobjekt außer dem Namen, d.h. das müsste auch (wie der ganze Protolog) bei den nomenklatorischen Details stehen.
Das beantwortet auch die 2. Frage: In einer homotypischen Gruppe existiert immer ein oder mehrere Typen, die sich auf genau einen Namen beziehen – das ist auch bei einer Neotypisierung der Fall, bei der wiederum die Diskussion der Notwendigkeit derselben (erfolglose Suche nach Originalmaterial) dokumentiert werden muss. Dieser Name ist dann die Verbindung, nicht die einzelne „Type-Designation“.

picture375-1.png View (136 KB) Andreas Müller, 06/12/2018 10:31 AM

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Associated revisions

Revision 79ff2176 (diff)
Added by Andreas Müller 7 months ago

ref #7470 add verbatim type designation / TextTypeDesignation

Revision ee1b78e8 (diff)
Added by Andreas Müller 7 months ago

ref #7470 some javadoc

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ref #7470 add verbatim type designation / TextTypeDesignation

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Added by Andreas Müller 4 months ago

ref #7470 add TextualTypeDesignation to hibernate.cfg

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ref #7470 add TextualTypeDesignation.isVerbatim to test schemas

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Added by Andreas Müller 4 months ago

ref #7470 preliminary set isVerbatim to transient in TextualTypeDesignation

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Added by Andreas Müller 4 months ago

ref #7470 preliminary set text to transient in TextualTypeDesignation

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Added by Andreas Müller 2 months ago

ref #7470 add TextualTypeDesignation to FullCoverageDataGenerator and add Adder to TaxonName

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Added by Andreas Müller 2 months ago

ref #7470 update script correct keys for TextualTypeDesignation_LanguageString

History

#1 Updated by Andreas Müller over 1 year ago

  • Description updated (diff)

#2 Updated by Andreas Müller over 1 year ago

  • Description updated (diff)

#3 Updated by Andreas Müller over 1 year ago

WGB:

ein modernes Zitat: Nepenthes armin Jebb & Cheek:

“Type: Argent & Reynoso 8936 (holotype K; isotypes E, PNH n.v.), Philippines, Sibuyan Island, above Magdiwang on ridge to Mayos Peak, 750 m, male infl. 16 Aug. 1989.”

Das lässt sich natürlich alles atomisieren, wohl bis auf die „n.v.“ (nicht gesehen) Angaben.

Ein etwas komplexeres historisches Beispiel - Nepenthes alata:

Das „original material” wird (1837) im Protolog folgendermaßen beschrieben:

[Diese einzigartige und wunderschöne Pflanze gedeiht nahe Vintar in Ylocos, in einer Entfernung von 3 Leguas, und ich habe einige lebende nach Manila mitgebracht.]

Jebb & Cheek in ihrem Monographieentwurf schreiben 1997:

und in Flora Malesiana:

Schließlich nehmen die Autoren, nach Darstellung ihrer vergeblichen Versuche, das Material zu finden, eine Neotypisierung vor (https://doi.org/10.1111/j.1756-1051.2012.00099.x):

“Type: selected here: Philippines, Luzon, Prov. Ilocos Norte, Burgos, male fl . 23 – 25 Nov 1916 Fenix BS 26726 (neotype: US, photo, K, isoneotypes: BO n.v., SING n.v.).”
Das steht jetzt (mit der Referenz) im Cache Feld.

Solche Zitate können in irgendeinem Stadium vorliegen, ich denke, die Diskussionsbeiträge gehören hier dazu, auch eventuell vorgenommene falsche Lekto- oder Neotypisierungen, etc., da sich das immer auf die Originalangabe im Protolog bezieht (die auch ganz fehlen können, sodass hier die Versuche stehen würden, das vermutete Originalmaterial zu identifizieren.

#5 Updated by Andreas Müller over 1 year ago

WGB:

das nochmal mit erweitertem Empfängerkreis. Katja, wie wird denn jetzt eigentlich die Type designation im CDM-light output gehandhabt? Das angestrebte zusammengefasste Feld wird jetzt in HomotypicGroup.csv als TypeString abgebildet. Bei Nepenthes finde ich hier die Textdaten, die ich bei der Type Designation in nicht-atomisierter Form in den Cache gestellt habe (habe noch nicht nachgeprüft, aber ich glaube, das war auch bei den Malesiana Daten so), z.B.

Jumaat H. Adam, JHA 8000, Malaysia, Selangor, Campus Universiti Kebangsaan Malaysia. 2nd August 2001. Holotype (UKMB), Isotype (UKMB).

AUSTRALIA. Cape York, ‘Jardine Swamp’, 11° 06′ 17.85″S, 142° 20′ 13.45″E, 20 m, female fl. 27 August 2012, Wilson & Venter\r724 (holotype CNS, isotype BRI).

ic. Beccari

[ein Bild]

Diese Diskussion ist wichtig, da das m.A.n. eine Voraussetzung für die Erstellung von Data Papers zumindest bei den Caryophyllales sein wird. Eine Möglichkeit, das Originalzitat zusammen mit der Diskussion in einem eigenen Item abzulegen, wäre da eine gute Lösung – unabhängig von der Dokumentation der beteiligten Belege, Bilder und Namen. Der workaround, den Cache zu benutzen funktioniert nur dort, wo die Eingeber ihre Hausaufgaben nicht gemacht haben ...

===

KL: aktuell wird der String für eine Homotypische Gruppe aus den TitleCaches aller Typedesignations der Namen der Gruppe konkateniert. Es werden also aktuell keine Annotationen ausgewertet.

===

AM: Es gibt auch die von AK geschriebene Klasse TypeDesignationWorkingSet(Manager) oder so ähnlich, die sich um Auswertung und Formattierung von Typus-Zitaten kümmert. Das sollten wir möglichst vereinheitlichen.

#6 Updated by Andreas Müller 8 months ago

#7 Updated by Andreas Müller 8 months ago

We discussed this in a user group meeting and decided to implement a new TypeDesignationBase subclass for textual type designation.

It will have a multi-language text, a flag for "isVerbatim" (which adds citation formatting in output) and sources. The later will be generally added to TypeDesignationBase. Currently we only have the reference for lecto typification but we need an additional source for all type categories to define where type information comes from.

The comments on typification will be stored as name facts (TaxonNameDescription) with a new feature type "Typification Note(s)". Name facts in general will be kept (see discussion on name facts at #7653).

#8 Updated by Andreas Müller 8 months ago

  • Related to feature request #8017: TypeDesignations need sources additional to lectotypifcation sources added

#9 Updated by Andreas Müller 8 months ago

  • Status changed from New to In Progress
  • Priority changed from New to Highest

Additionally we need further sources for type designations. The current source is only for lectotypification. New sources are handled in #8017.

#10 Updated by Andreas Müller 8 months ago

  • Related to feature request #8019: Add "Typification Notes", "Ortography" and "Etymology" to NameFeature vocabulary added

#11 Updated by Andreas Müller 7 months ago

  • Status changed from In Progress to Resolved
  • % Done changed from 0 to 50

#12 Updated by Andreas Müller 7 months ago

#13 Updated by Andreas Müller 7 months ago

#14 Updated by Andreas Müller 6 months ago

  • Status changed from Resolved to Closed
  • % Done changed from 50 to 100

#15 Updated by Andreas Müller 2 months ago

  • Target version changed from CDM UML 5.5 to Release 5.8

#16 Updated by Andreas Müller 2 months ago

  • Target version changed from Release 5.8 to CDM UML 5.8

#17 Updated by Andreas Kohlbecker 13 days ago

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