feature request #6965

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Tropicos Import

Added by Andreas Müller over 5 years ago. Updated about 2 years ago.

Status:

Closed

Priority:

Highest

Assignee:

Andreas Müller

Category:

cdmadapter

Target version:

Release 4.12

Start date:

Due date:

% Done:

100%

Estimated time:

Severity:

critical

Tags:

import

Description

Auszug Caryophyllales Mail WGB 18.9.2017:

Für den Import brauchen wir dann wohl Deine Hilfe. Wie dargestellt, gehe ich von einem komplett komplementären Namensbestand aus, also kein Abgleich mit vorhandenen Namen (case 1). Ein Check sollte höchstens sein, dass die WFO-ID eindeutig ist, also noch nicht in der Platform Instanz existiert. Wir könnten die Daten im Tropicos Format (aber bereinigt) liefern, wobei mir die unten in der letzten Spalte angegebenen Sachen klar sind (und im Workflow bereinigt werden sollten):

Nochmal zur Erinnerung: Tropicos liefert das folgende Format (hier „transposed“ und mit 2 Beispielen):

Attribute	Example 1	Example 2	Note
FullnameWithAuthors	Ochlopoa annua (L.) H. Scholz	Poa annua L.	Input (eventuell angepasst an Tropicos Abkürzungen (mit Space vor Nachnamen)
FullnameNoAuthors	Ochlopoa annua	Poa annua	Input
SourceID	123	124	Input – die WFO-ID, wo vorhanden
OutputNameID	50231428	25509881	Tropicos ID
OutputHowMatched	FullnameWithAuthors	FullnameWithAuthors	Matching-Meldung (ignorieren)
OutputFullNameWithAuthors	Ochlopoa annua (L.) H. Scholz	Poa annua L.	Tropicos Name (mit Autor, auch wenn ohne gematcht)
OutputAbbreviatedTitle	Ber. Inst. Lanschafts- Pflanzenokologie Univ. Hohenheim Beih.	Sp. Pl.	Nom. Titelabkürzung (Buch oder Journal Titel)
OutputCollation	16: 58	1: 68	Ignorieren
OutputVolume	16	1	Volume ohne Issue – wird mit nächstem beim Bereinigen zusammengefasst.
OutputIssue			Ignorieren
OutputPage	58	68	Seite
OutputTitlePageYear	2003	1753	Wenn kein Eintrag im nächsten Feld, dann ist das das Year-published, sonst ist es das Jahr in Anführungszeichen (bei meiner Notation) ...
OutputYearPublished			... wie soll das für den Import vorbereitet werden?
OutputNomenclatureStatus	No opinion	Legitimate	Nomencl. status – ignorieren, wenn nicht bekannt oder „No opinion“
OutputBHLLink		http://www.biodiversitylibrary.org/openurl?pid=title:669&volume=1&issue=&spage=68&date=1753	Das wäre natürlich Spitze, wenn wir das gleich mit importieren könnten!! Hat mich viel Zeit bei Nepenthes gekostet
OutputBatchID	8191	8191	Ignorieren

Noch ein Beispiel mit Problemen:

Attribute	Example 1	Example 2	Note
FullnameWithAuthors	Limonium capense L. Bolus	Limonium drepanostachyum Ikonn.-Gal.
FullnameNoAuthors	Limonium capense	Limonium drepanostachyum
SourceID	123	124
OutputNameID	25400115	25400342
OutputHowMatched	FullnameWithAuthors	FullnameWithAuthors
OutputFullNameWithAuthors	Limonium capense L. Bolus	Limonium drepanostachyum Ikonn.-Gal.
OutputAbbreviatedTitle	S. African Gard.	Trudy Bot. Inst. Akad. Nauk S.S.S.R., Ser. 1, Fl. Sist. Vyssh. Rast.
OutputCollation	1934, xxiv. 124, in obs., 129, in adnot.	2: 267, f. 4	Das muss dann in der Vorbereitung entsprechend auf die folgenden Einträge verteilt werden. im 1. Beispiel:
OutputVolume		2	1934(24)
OutputIssue
OutputPage	1934	267	124 in obs., 129 in adnot.
OutputTitlePageYear		1936
OutputYearPublished			1934
OutputNomenclatureStatus	No opinion	No opinion
OutputBHLLink
OutputBatchID	8192	8192

Tropicos gibt beim Bulk matching offenbar keine in-Referenzen zurück. Es bleibt also noch die Kennzeichnung als Artikel oder Buch, das wäre dann eine zusätzliche Spalte.

Open issues¶

Tests genauer
Progressmonitor
"Analyse" vor Import
Klären, welche Funktionen von Walters Script ins CDM übernommen werden können
In TaxEditor integrieren
Welche Feldnamen sollen verwendet werden
Generischeres Handling von save in Verbindung mit New Records im Importresult, evtl. auch für Source

Related issues

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Updated by Andreas Müller over 5 years ago

Es handelt sich um einen reinen Namensimport. Allerdings sollte es möglich sein, die Namen unter einen definierten Taxonknoten als Taxonliste zu importieren, um sie dann entsprechend einordnen zu können.

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Updated by Andreas Müller over 5 years ago

Description updated (diff)

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Updated by Andreas Müller over 5 years ago

Priority changed from New to Highest
Severity changed from normal to critical

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Updated by Andreas Müller over 5 years ago

Related to task #6137: Urgent imports added

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Updated by Walter Berendsohn over 5 years ago

Ergänzung: Die in der Tabelle mit "Input" bezeichneten Felder sind die, die zu Tropicos hochgeladen wurden. Alle Felder sind "input" für die CDM-Datenbank (wobei OutputFullnameWithAuthors ggf. FullnameWithAuthors dupliziert).

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