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feature request #6965

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Tropicos Import

Added by Andreas Müller over 5 years ago. Updated about 2 years ago.

Status:
Closed
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Highest
Category:
cdmadapter
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100%

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Severity:
critical
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Description

Auszug Caryophyllales Mail WGB 18.9.2017:

Für den Import brauchen wir dann wohl Deine Hilfe. Wie dargestellt, gehe ich von einem komplett komplementären Namensbestand aus, also kein Abgleich mit vorhandenen Namen (case 1). Ein Check sollte höchstens sein, dass die WFO-ID eindeutig ist, also noch nicht in der Platform Instanz existiert. Wir könnten die Daten im Tropicos Format (aber bereinigt) liefern, wobei mir die unten in der letzten Spalte angegebenen Sachen klar sind (und im Workflow bereinigt werden sollten):

Nochmal zur Erinnerung: Tropicos liefert das folgende Format (hier „transposed“ und mit 2 Beispielen):

Attribute Example 1 Example 2 Note
FullnameWithAuthors Ochlopoa annua (L.) H. Scholz Poa annua L. Input (eventuell angepasst an Tropicos Abkürzungen (mit Space vor Nachnamen)
FullnameNoAuthors Ochlopoa annua Poa annua Input
SourceID 123 124 Input – die WFO-ID, wo vorhanden
OutputNameID 50231428 25509881 Tropicos ID
OutputHowMatched FullnameWithAuthors FullnameWithAuthors Matching-Meldung (ignorieren)
OutputFullNameWithAuthors Ochlopoa annua (L.) H. Scholz Poa annua L. Tropicos Name (mit Autor, auch wenn ohne gematcht)
OutputAbbreviatedTitle Ber. Inst. Lanschafts- Pflanzenokologie Univ. Hohenheim Beih. Sp. Pl. Nom. Titelabkürzung (Buch oder Journal Titel)
OutputCollation 16: 58 1: 68 Ignorieren
OutputVolume 16 1 Volume ohne Issue – wird mit nächstem beim Bereinigen zusammengefasst.
OutputIssue Ignorieren
OutputPage 58 68 Seite
OutputTitlePageYear 2003 1753 Wenn kein Eintrag im nächsten Feld, dann ist das das Year-published, sonst ist es das Jahr in Anführungszeichen (bei meiner Notation) ...
OutputYearPublished ... wie soll das für den Import vorbereitet werden?
OutputNomenclatureStatus No opinion Legitimate Nomencl. status – ignorieren, wenn nicht bekannt oder „No opinion“
OutputBHLLink http://www.biodiversitylibrary.org/openurl?pid=title:669&volume=1&issue=&spage=68&date=1753 Das wäre natürlich Spitze, wenn wir das gleich mit importieren könnten!! Hat mich viel Zeit bei Nepenthes gekostet
OutputBatchID 8191 8191 Ignorieren

Noch ein Beispiel mit Problemen:

Attribute Example 1 Example 2 Note
FullnameWithAuthors Limonium capense L. Bolus Limonium drepanostachyum Ikonn.-Gal.
FullnameNoAuthors Limonium capense Limonium drepanostachyum
SourceID 123 124
OutputNameID 25400115 25400342
OutputHowMatched FullnameWithAuthors FullnameWithAuthors
OutputFullNameWithAuthors Limonium capense L. Bolus Limonium drepanostachyum Ikonn.-Gal.
OutputAbbreviatedTitle S. African Gard. Trudy Bot. Inst. Akad. Nauk S.S.S.R., Ser. 1, Fl. Sist. Vyssh. Rast.
OutputCollation 1934, xxiv. 124, in obs., 129, in adnot. 2: 267, f. 4 Das muss dann in der Vorbereitung entsprechend auf die folgenden Einträge verteilt werden. im 1. Beispiel:
OutputVolume 2 1934(24)
OutputIssue
OutputPage 1934 267 124 in obs., 129 in adnot.
OutputTitlePageYear 1936
OutputYearPublished 1934
OutputNomenclatureStatus No opinion No opinion
OutputBHLLink
OutputBatchID 8192 8192

Tropicos gibt beim Bulk matching offenbar keine in-Referenzen zurück. Es bleibt also noch die Kennzeichnung als Artikel oder Buch, das wäre dann eine zusätzliche Spalte.

Open issues

  • Tests genauer
  • Progressmonitor
  • "Analyse" vor Import
  • Klären, welche Funktionen von Walters Script ins CDM übernommen werden können
  • In TaxEditor integrieren
  • Welche Feldnamen sollen verwendet werden
  • Generischeres Handling von save in Verbindung mit New Records im Importresult, evtl. auch für Source

Related issues

Related to EDIT - task #6137: Urgent importsIn ProgressAndreas Müller

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Related to EDIT - bug #7094: Remove empty spaces in nomencl. title of personsClosedAndreas Müller

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Updated by Andreas Müller over 5 years ago

Es handelt sich um einen reinen Namensimport. Allerdings sollte es möglich sein, die Namen unter einen definierten Taxonknoten als Taxonliste zu importieren, um sie dann entsprechend einordnen zu können.

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Updated by Andreas Müller over 5 years ago

  • Description updated (diff)
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Updated by Andreas Müller over 5 years ago

  • Priority changed from New to Highest
  • Severity changed from normal to critical
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Updated by Andreas Müller over 5 years ago

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Updated by Walter Berendsohn over 5 years ago

Ergänzung: Die in der Tabelle mit "Input" bezeichneten Felder sind die, die zu Tropicos hochgeladen wurden. Alle Felder sind "input" für die CDM-Datenbank (wobei OutputFullnameWithAuthors ggf. FullnameWithAuthors dupliziert).

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Updated by Andreas Müller over 5 years ago

  • Status changed from New to In Progress
  • Target version changed from Release 4.11 to Release 4.12
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Updated by Andreas Müller about 5 years ago

  • Description updated (diff)
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Updated by Andreas Müller about 5 years ago

  • Related to bug #7094: Remove empty spaces in nomencl. title of persons added
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Updated by Andreas Müller about 2 years ago

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Updated by Andreas Müller about 2 years ago

  • Status changed from In Progress to Closed
  • % Done changed from 0 to 100

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