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bug #6816

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[Dataportal] Specimen table issues

Added by Patrick Plitzner over 5 years ago. Updated over 4 years ago.

Status:
Closed
Priority:
New
Assignee:
Patrick Plitzner
Category:
cdm-dataportal
Target version:
Start date:
Due date:
% Done:

100%

Estimated time:
Severity:
normal
Found in Version:

Description

wir haben ja letzte Woche testweise ins Salvador Testportal ca. 20.000 Specimen importiert.

Z.B. hier: http://test.e-taxonomy.eu/dataportal/preview/salvador/cdm_dataportal/taxon/507e13f3-5db7-45a6-a41e-07f0de20348a/specimens

Dabei zeigen sich noch einige Probleme im Portal:

  1. Die Datumsanzeige funktioniert immer noch nicht, obwohl definitiv die allermeisten Specimen mit Datum versehen sind, ich glaube dieses Thema hatten wir schon vor längerer Zeit.
  2. Die Sammlungsanzeige finde ich suboptimal: Collection [id= 18, + code=EAP, name=] Ich weiß nicht, wie hierzu die Diskussion war. Ich glaube für den Fall, dass kein Code existiert, wurde diskutiert, dass trotzdem etwas angezeigt wird. So finde ich das aber ziemlich kryptisch und für Normaluser unzugänglich. Es geht ja eigentlich nur darum, die Sammlung zu identifizieren. Dies kann in aller Regel über den Sammlungscode und/oder den Namen gemacht. Man könnte z.B. den Code anzeigen und wenn vorhanden in Klammern den Namen. Wenn kein Code vorhanden nur den Namen. Die ID hat da m.E. nur etwas zu suchen, wenn wirklich gar keine anderen Information vorhanden ist. Die Attributnamen würde ich auch weglassen, genauso wie das „Collection und das „+“. Hinzunehmen würde ich hingegen die Accessionsnummer (bzw. Barcode und/oder Catalognumber). Schließlich wird hier auf ein Specimen verlinkt und nicht nur auf ein Sammlung. Das hat bei den Salvadordaten sogar noch einen zusätzlichen Grund, nämlich dass es hier wirklich Fälle gibt, in denen für die gleiche Fieldunit in der gleichen Sammlung (B) >1 Specimen vorkommen können, weil diese auf mehrere Sammlungsobjekte verteilt sind. Diese könnte man sonst nicht unterscheiden.
  3. Preferred stable URI: kann man da nicht den Text der URI vollständig angeben? Schließlich ist es ja auch ein Identifier, nicht nur ein Link. Im Moment sieht es so aus, als ob was vergessen wurde. Evtl. kann man sich ja darauf einigen, dass ab einer bestimmten länge der URI truncated wird, aber in der Regel sind diese stable URIs ja nicht so super lang. Vielleicht könnte man das Ganze dann auch noch ein bisschen einrücken, da es ja eine Information ist, die zu dem einzelnen Specimen gehört, welches darüber genannt ist, und nicht eine parallele Information. Als letztes stören da auch die großen Abstände ein bisschen.
  4. Associated with: Warum dass da steht, war mir nie so einleuchtend. In aller Regel ist es ja nur ein Taxon, mit dem das Specimen associated ist und der Normaluser wird sich fragen, warum er, wenn er sowieso schon auf der Seite dieses Taxons ist, nochmal dessen Namen angezeigt bekommt.
  5. Diese Information würde ich mir stattdessen auf den Specimenseiten (z.B. http://test.e-taxonomy.eu/dataportal/preview/salvador/cdm_dataportal/specimen/26a1dbb9-5ef8-4caf-b020-7e4b81b66359 ) wünschen. Dort fehlt sie und ist nicht redundant. Sowieso sollten diese Specimenseiten m.E. so ausgebaut werden, dass dort mehr oder weniger alle Specimen Informationen angezeigt werden, die irgendwie mit diesem Specimen in Verbindung stehen. Vielleicht ähnlich wie derzeit bei der nicht tabellarischen Anzeige der Specimen auf den Taxonseiten (also die, die AK mal auf die Schnelle implementiert hatte)

Related issues

Related to EDIT - feature request #6870: Further specimen table issuesNewAndreas Kohlbecker

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Related to EDIT - task #7561: OccurrencePortalController and FieldUnitDTO should not allow passing the determintation, associated name as argumentClosedAndreas Kohlbecker

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Copied to EDIT - feature request #6866: Improve specimen pageClosedAndreas Kohlbecker

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Copied to EDIT - task #7562: Specimen table "Associated with" taxon is irritating and needs to be removed, replacedClosedAndreas Kohlbecker

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Actions #1

Updated by Patrick Plitzner over 5 years ago

  • Target version changed from Unassigned CDM tickets to Release 4.9

Patrick Plitzner wrote:

wir haben ja letzte Woche testweise ins Salvador Testportal ca. 20.000 Specimen importiert.

Z.B. hier: http://test.e-taxonomy.eu/dataportal/preview/salvador/cdm_dataportal/taxon/507e13f3-5db7-45a6-a41e-07f0de20348a/specimens

Dabei zeigen sich noch einige Probleme im Portal:

1) Die Datumsanzeige funktioniert immer noch nicht, obwohl definitiv die allermeisten Specimen mit Datum versehen sind, ich glaube dieses Thema hatten wir schon vor längerer Zeit.

Ist gefixt.

2) Die Sammlungsanzeige finde ich suboptimal: Collection [id= 18, + code=EAP, name=] Ich weiß nicht, wie hierzu die Diskussion war. Ich glaube für den Fall, dass kein Code existiert, wurde diskutiert, dass trotzdem etwas angezeigt wird. So finde ich das aber ziemlich kryptisch und für Normaluser unzugänglich. Es geht ja eigentlich nur darum, die Sammlung zu identifizieren. Dies kann in aller Regel über den Sammlungscode und/oder den Namen gemacht. Man könnte z.B. den Code anzeigen und wenn vorhanden in Klammern den Namen. Wenn kein Code vorhanden nur den Namen. Die ID hat da m.E. nur etwas zu suchen, wenn wirklich gar keine anderen Information vorhanden ist.
Die Attributnamen würde ich auch weglassen, genauso wie das „Collection und das „+“.
Hinzunehmen würde ich hingegen die Accessionsnummer (bzw. Barcode und/oder Catalognumber). Schließlich wird hier auf ein Specimen verlinkt und nicht nur auf ein Sammlung.
Das hat bei den Salvadordaten sogar noch einen zusätzlichen Grund, nämlich dass es hier wirklich Fälle gibt, in denen für die gleiche Fieldunit in der gleichen Sammlung (B) >1 Specimen vorkommen können, weil diese auf mehrere Sammlungsobjekte verteilt sind. Diese könnte man sonst nicht unterscheiden.

Ist gefixt.

3) Preferred stable URI: kann man da nicht den Text der URI vollständig angeben? Schließlich ist es ja auch ein Identifier, nicht nur ein Link. Im Moment sieht es so aus, als ob was vergessen wurde. Evtl. kann man sich ja darauf einigen, dass ab einer bestimmten länge der URI truncated wird, aber in der Regel sind diese stable URIs ja nicht so super lang.
Vielleicht könnte man das Ganze dann auch noch ein bisschen einrücken, da es ja eine Information ist, die zu dem einzelnen Specimen gehört, welches darüber genannt ist, und nicht eine parallele Information.
Als letztes stören da auch die großen Abstände ein bisschen.

Ist gefixt

4) Associated with: Warum dass da steht, war mir nie so einleuchtend. In aller Regel ist es ja nur ein Taxon, mit dem das Specimen associated ist und der Normaluser wird sich fragen, warum er, wenn er sowieso schon auf der Seite dieses Taxons ist, nochmal dessen Namen angezeigt bekommt.
5) Diese Information würde ich mir stattdessen auf den Specimenseiten (z.B. http://test.e-taxonomy.eu/dataportal/preview/salvador/cdm_dataportal/specimen/26a1dbb9-5ef8-4caf-b020-7e4b81b66359 ) wünschen. Dort fehlt sie und ist nicht redundant.
Sowieso sollten diese Specimenseiten m.E. so ausgebaut werden, dass dort mehr oder weniger alle Specimen Informationen angezeigt werden, die irgendwie mit diesem Specimen in Verbindung stehen. Vielleicht ähnlich wie derzeit bei der nicht tabellarischen Anzeige der Specimen auf den Taxonseiten (also die, die AK mal auf die Schnelle implementiert hatte)

Hier ist der Algorithmus:

  • Über IndividualsAssociation verknüpfte Taxa tauchen unter "Associated with" auf.
  • Typ-Taxa nach den Typbezeichnungen.
  • In der Specimen-Tabelle ist das "Associated with" einfach eine redundante Information aus dem ausgewählten Taxon. Ich habe vergessen, warum, aber das sollte damals so sein. Es gibt allerdings eine Dataportal-Preference dafür.
Actions #2

Updated by Andreas Müller over 5 years ago

  • Status changed from New to Resolved
  • Assignee changed from Patrick Plitzner to Andreas Müller
Actions #3

Updated by Andreas Müller over 5 years ago

  • Tags changed from campanula, dataportal to campanula, salvador
Actions #4

Updated by Andreas Müller over 5 years ago

  • % Done changed from 0 to 50
Actions #5

Updated by Andreas Müller over 5 years ago

Sowieso sollten diese Specimenseiten m.E. so ausgebaut werden, dass dort mehr oder weniger alle Specimen Informationen angezeigt werden, die irgendwie mit diesem Specimen in Verbindung stehen. Vielleicht ähnlich wie derzeit bei der nicht tabellarischen Anzeige der Specimen auf den Taxonseiten (also die, die AK mal auf die Schnelle implementiert hatte)

moved to new ticket #6866

Actions #6

Updated by Andreas Müller over 5 years ago

Actions #7

Updated by Andreas Müller over 5 years ago

  • Status changed from Resolved to Feedback
  • Assignee changed from Andreas Müller to Patrick Plitzner
  • % Done changed from 50 to 70

Vielleicht könnte man das Ganze dann auch noch ein bisschen einrücken, da es ja eine Information ist, die zu dem einzelnen Specimen gehört, welches darüber genannt ist, und nicht eine parallele Information.
Als letztes stören da auch die großen Abstände ein bisschen.

These 2 issues are still open

Actions #8

Updated by Andreas Müller over 5 years ago

All the rest works as expected.

Actions #9

Updated by Andreas Müller over 5 years ago

Actions #10

Updated by Andreas Kohlbecker over 4 years ago

  • Private changed from Yes to No
Actions #11

Updated by Andreas Kohlbecker over 4 years ago

  • Related to task #7561: OccurrencePortalController and FieldUnitDTO should not allow passing the determintation, associated name as argument added
Actions #12

Updated by Andreas Kohlbecker over 4 years ago

  • Status changed from Feedback to Closed
  • % Done changed from 70 to 100

For me the issue raised in point 4) is not solved or answered satisfyingly. I stumbled over this in the attempt to use the specimen table for the registration page. See #7561 for further issues with the "Associated with" taxa, äh names.

The "Associated with" only repeats the taxon for which the taxon page is displayed. Even if this has been originally requested in the campanula project it makes no sense in general. Without further details on this requirement is suspect that it was not elaborated and that this idea needs to be improved. In the dataportal setting it is labeled as "Show 'Associated with' in specimen table.", the settings variable however refers to it as determination - confusing. Further taxa which are associated to this specimen are not shown - information incomplete. The way it is currently implemented prevents from using the specimen table for other purposes.

I strongly vote for removing this "Associated with" and to replace it by something more generic.

I will open a new ticket for taking action on this topic ... #7562

I will futhermore close this issue since the last two open issues mentioned in #6816#note-7 are of lower priority. Andreas Müller, please open a new issue if you consider these layout improvements worth the effort.

Actions #13

Updated by Andreas Kohlbecker over 4 years ago

  • Copied to task #7562: Specimen table "Associated with" taxon is irritating and needs to be removed, replaced added
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