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bug #6523

Correct display of misspellings in synonymy

Added by Andreas Kohlbecker over 2 years ago. Updated about 1 month ago.

Status:
In Progress
Priority:
Highest
Category:
cdm-dataportal
Target version:
Start date:
03/17/2017
Due date:
% Done:

20%

Severity:
critical
Found in Version:

Description

See #6523#note-26 for possible solutions that need to be discussed

Note: this is not about origial spellings (they are handled elsewhere, e.g. 3667).

Old title and description:

misspellings: display order of for- and to-taxon swapped

Es scheint so, dass bei misspellings (is misspelling for) NameRelationships diese falsch herum angezeigt werden. Hier sollte der fromName hinter dem non… stehen und der toName steht vorne. Bin mir gerade unsicher was der default ist bei der Richtung, hier stimmt es jedenfalls nicht, wie man bei

Rhynchospora eximia var. multiflora in Cuba sieht:

http://portal.cybertaxonomy.org/flora-cuba/cdm_dataportal/taxon/635f2251-4e39-42e9-9638-e6ba976308c5

oder bei Nepenthes teysmanniana (http://caryophyllales.org/nepenthaceae/cdm_dataportal/taxon/c849a63b-e2be-473c-9a81-ec1e21da89d0/synonymy?highlite=05191549-83ec-490c-a0ad-ab1444ca7b01&acceptedFor=05191549-83ec-490c-a0ad-ab1444ca7b01#05191549-83ec-490c-a0ad-ab1444ca7b01):

    =Nepenthes teysmanniana Miq., Fl. Ned. Ind. 1(1): 1073. 1858 syn. sec. Martin Roy Cheek & Matthew H. P. Jebb, 2001
    ≡Nepenthes gracilis var. teysmanniana (Miq.) Beck in Wiener Ill. Gart.-Zeitung 20: 190. 1895 syn. sec. Martin Roy Cheek & Matthew H. P. Jebb, 2001
    ≡Nepenthes tupmanniana Bonstedt in Parey Blumeng. 1: 663. 1931 syn. sec. Martin Roy Cheek & Matthew H. P. Jebb, 2001 [non Nepenthes teysmanniana Miq. 1858]
        Unknown type category: Sumatra, Sibolga by the coast, 2.1856, Teijsmann 530 p.p. (BO).

picture820-1.png View (20.2 KB) Wolf-Henning Kusber, 07/18/2019 10:34 AM


Related issues

Related to Edit - task #7890: Display of name relations in the data portal [master ticket] New 11/07/2018
Related to Edit - task #5856: [DISCUSS] Consider implemeting additional name relationships New 06/02/2016
Related to Edit - feature request #6678: [DISCUSS] How to correctly show name relationship "orth. var." in dataportal In Progress 05/29/2017

Associated revisions

Revision 7efd13a9 (diff)
Added by Andreas Kohlbecker 7 months ago

implementing misspelling for ref #6523; implementing name rel type filter for direct and inverse edges for #5855

History

#1 Updated by Andreas Müller over 2 years ago

  • Target version changed from Release 4.7 to Release 4.8

#2 Updated by Andreas Müller over 2 years ago

  • Target version changed from Release 4.8 to Release 4.9

#3 Updated by Andreas Müller over 2 years ago

  • Target version changed from Release 4.9 to Release 4.10

#4 Updated by Andreas Müller about 2 years ago

  • Target version changed from Release 4.10 to Release 4.11

#5 Updated by Andreas Müller about 2 years ago

  • Target version changed from Release 4.11 to Release 4.12

#6 Updated by Andreas Müller about 2 years ago

  • Target version changed from Release 4.12 to Release 4.13

#7 Updated by Andreas Müller almost 2 years ago

  • Target version changed from Release 4.13 to Release 4.14

#8 Updated by Andreas Müller almost 2 years ago

  • Target version changed from Release 4.14 to Release 5.0

#9 Updated by Andreas Kohlbecker over 1 year ago

  • Target version changed from Release 5.0 to Release 5.1

#10 Updated by Andreas Müller over 1 year ago

  • Target version changed from Release 5.1 to Release 5.2

#11 Updated by Andreas Kohlbecker over 1 year ago

  • Target version changed from Release 5.2 to Release 5.3

#12 Updated by Andreas Kohlbecker about 1 year ago

  • Target version changed from Release 5.3 to Release 5.4

#13 Updated by Andreas Kohlbecker about 1 year ago

  • Target version changed from Release 5.4 to Release 5.5

#14 Updated by Andreas Kohlbecker 10 months ago

  • Target version changed from Release 5.5 to Release 5.6

#15 Updated by Andreas Kohlbecker 10 months ago

  • Target version changed from Release 5.6 to Reviewed Next Major Release

#16 Updated by Andreas Müller 10 months ago

  • Related to task #7890: Display of name relations in the data portal [master ticket] added

#17 Updated by Andreas Kohlbecker 7 months ago

  • Status changed from New to Feedback
  • Assignee changed from Andreas Kohlbecker to Andreas Müller

sollen misspellings überhaupt in der form "non ... nec ..." dargestellt werden?

#18 Updated by Andreas Kohlbecker 7 months ago

  • Tags set to cuba, caryophyllales

#19 Updated by Andreas Kohlbecker 7 months ago

  • Target version changed from Reviewed Next Major Release to Release 5.8

#20 Updated by Andreas Kohlbecker 7 months ago

  • Status changed from Feedback to Resolved
  • % Done changed from 0 to 50

Dies sollte nun soweit in Ordnung sein.

Es gibt jedoch noch offene Fragen:

  1. Ist es richtig, dass die "is misspelling for" als "non ... nec ..." dargestellt werden?
  2. die inverse richtung wird in der Inline-representation derzeit ausgeblendet, das ist noch hart kodiert, sollte aber in Zukunft über die Settings konfigurierbar sein.

#21 Updated by Andreas Müller 6 months ago

Andreas Kohlbecker wrote:

sollen misspellings überhaupt in der form "non ... nec ..." dargestellt werden?

würde ich jetzt mal von ausgehen wenn es so im Ticket steht. Aber grundsätzlich bräuchten wir da user feedback für alle Namensrelationen, wie sie ausgegeben werden sollen und welche Varianten es gibt

#22 Updated by Andreas Kohlbecker 6 months ago

  • Status changed from Resolved to Feedback
  • Assignee changed from Andreas Müller to Wolf-Henning Kusber

ich nehme mal Henning hier mit 'rein und übergebe ihm das Ticket.

@Henning: Kannst du dir bitte die beiden Fragen in Kommentar 20 ansehen? Was denkst du darüber?

#23 Updated by Wolf-Henning Kusber 5 months ago

Als unbeteiligter Leser halte ich die Ausgabe für sachlich falsch oder zumindes für unverständlich. Erst mit externer Recherche habe ich verstanden, wo das Problem liegen könnte.

Das Problem ist, dass die Angabe [non ...] verwendet werden sollte, um frühere valide Homonyme zu kennzeichnen. Beispiel ist Nepenthes laevis (Screen shot unten). Diese Darstellung ist völlig korrekt. Dort würde ich es allerdings besser finden, wenn der erste Name als "nom. illeg." bezeichnet würde.

Ich bin nicht sicher, ob Nepenthes tupmannia tatsächlich von Bonstedt neu beschrieben "sp. nov." wurde, oder ein falsch geschriebener Name ihm nur von der zitierten Quelle zugeschrieben wurde. Wenn Nepenthes tupmannia Bonstedt neu beschrieben wurde sollte "nom. illeg." in dem Fall angezeigt werden, [non ...] nicht.

Sollte der Name falsch zugeschrieben sein: Bei Nepenthes tupmannia empfinde ich die Bezeichnung "non Nepenthes teysmannia" deshalb als falsch, weil die Art ja homotypisch zu Nepenthes teysmannia Miq. angegeben wird.
Ohne unsere EDIT community (besonders Walter) zu befragen, möchte ich hier nichts konkret vorschlagen, aber "non" in diesem Kontext sollte durch einen Text wie [misspelling for ...] oder [sphalm pro ...] o.ä. ersetzt werden.

#24 Updated by Andreas Müller 5 months ago

  • Related to task #5856: [DISCUSS] Consider implemeting additional name relationships added

#25 Updated by Andreas Müller 5 months ago

  • Description updated (diff)

#26 Updated by Andreas Müller 5 months ago

  • Subject changed from misspellings: display order of for- and to-taxon swapped to Correct display of misspellings in synonymy
  • Description updated (diff)

Hallo,

danke Henning für die Hinweise. Ich nehme mal einige weitere Leute mit ins Ticket, da dies sowohl von allgemeinem Interesse sein dürfte als auch unterschiedliche Auffassungen zu dem Thema existieren mögen.
Grundsätzlich stimme ich dir zu, dass da die Verwendung von "non" nicht sinnvoll erscheint und somit die ursprüngliche Ticketbeschreibung nur bedingt Sinn macht. Zudem wird z.B. die Misspelling in der Flora von Cuba inzwischen als solche gar nicht mehr angezeigt sondern sie ist (als workaround?) inzwischen als Misapplication mit sphalm. als appenden phrase implementiert (auch wenn die Beziehung in den Daten noch existiert, aber eben nicht im Portal sichtbar).

Daher sollte die zu klärende Frage in diesem Ticket eher lauten: wie sollen "is misspelling for" (bzw. "has misspelling") Relationen in der Synonymie des Portals am besten angezeigt werden. Auf der inzwischen weiterentwickelten reinen Namensseite des Portals werden sie inzwischen bereits als Namensbeziehung mit "is misspelling for" bzw. "has misspelling" angezeigt (http://test.e-taxonomy.eu/dataportal/preview/flora-cuba/cdm_dataportal/name/853e02c2-c5a2-4be9-b949-38aa9fa946ed/null/null/).
In der Synonymie ist aber vermutlich eine andere Darstellung gewünscht. Einige Vorschläge hierzu (siehe auch Hennings Vorschläge):

Wenn Misspelling in der Synonymie explizit aufgeführt wird:

  • Hinter der Misspelling ein Vermerk in Klammern "mispelling for " bzw. "sphalm. pro") mit Angabe der Quelle als Fußnote oder mit sensu, außerdem (optional?) setzen der Misspelling in Anführungsstriche
  • Als Fußnote mit Angabe der Quelle mit sensu

Wenn Misspelling in der Synonymie nicht aufgeführt ist:

  • Hinter dem korrekten Namen ein Vermerk in Klammern "has mispelling(s) Liste der misspellings auch wieder mit Angabe der Quelle als Fußnote oder mit sensu
  • Fußnoten je Misspelling mit Angabe der Quelle mit sensu

Mit Quelle meine ich hier die Primärquelle, wo die Misspelling erstmals auftauchte

Allerdings ist es evtl. nicht trivial (im Sinne von performant) herauszufinden, ob die Misspelling in der Synonymie explizit genannt wird, so dass ich nicht weiß, ob das so einfach als entweder oder eingebaut werden kann. Dazu müsste Andreas K. mehr sagen können.

Uns würde jetzt eure Meinung interessieren, welche der Lösungen die präferierte ist und natürlich auch, ob es noch andere Möglichkeiten gibt "misspellings" anzugeben. Auch wäre wichtig zu wissen, ob das konfigurierbar sein muss, also ob es unterschiedliche Arten der Anzeige geben soll.

Ich ändere auch mal den Titel und die Beschreibung des Tickets, um klarer zu machen, dass es hier nicht mehr primär um die Richtung der Relation geht sondern auch um die generelle Darstellungsart von "Misspellings".

#27 Updated by Andreas Müller 5 months ago

@Walter: could you please check if Nepenthes tupmanniana is really meant to be a misspelling or is it rather a homonym and/or blocking name as both names have different authors.

#28 Updated by Andreas Müller 5 months ago

  • Related to feature request #6678: [DISCUSS] How to correctly show name relationship "orth. var." in dataportal added

#29 Updated by Andreas Müller 5 months ago

  • Target version changed from Release 5.8 to Release 5.10

#30 Updated by Andreas Müller 5 months ago

  • Description updated (diff)

#31 Updated by Andreas Müller 5 months ago

  • Status changed from Feedback to In Progress
  • % Done changed from 50 to 20

#32 Updated by Andreas Kohlbecker 5 months ago

Guten Morgen,

ich bin hinsichtlich einer endgültigen Lösung leidenschaftslos und kann nicht mit eigenen Vorschlägen aufwarten. Es stellt sich für mich die Frage, was nach Fixierung einer Lösung passiert. Für Zypern habe ich drei Schreibvarianten erfasst:

Octhodium
Aethiorhiza
Genista sphacelata

Sie werden derzeit als homotypische Synonyme angezeigt, sind aber gleichzeitig als Fehlschreibungen für xy im Editor registriert. Werden die dann bei einer Umstellung automatisch erfasst und in den Synonymien "richtig" angezeigt? Oder muss ich dann noch einmal ran? Die Arbeit hält sich in Grenzen. Ich müsste nur Bescheid wissen.

Viele Grüße
Ralf

#33 Updated by Andreas Müller 4 months ago

Walter:

Also, erstmal, „orthographic variant“ gibt es anscheinend nur in der Botanik s.l.
Folgende Aussagen im Code (im Glossary):

orthographical variants. Various spelling, compounding, and inflectional forms of a name or its final epithet when only one nomenclatural type is involved.

Der betreffende Artikel (61, https://www.iapt-taxon.org/nomen/pages/main/art_61.html#Art61.2) ist dann recht kompliziert, auch hinsichtlich der Frage der gerichteten Beziehung. Grundsätzlich sollte es nur einen korrekten Namen geben, in der Realität muss dies aber häufig erst durch „nomenclatural acts“, also Urteile der Kommissionen oder des Kongresses entschieden werden. Da gibt’s durchaus auch Diskussionen, wenn es z.B. um die durch das Geschlecht der Gattung bestimmte Endung eines Epithetons geht. Der Code fasst unter orthographic variant alle möglichen Variationen eines Namens für den gleichen Typ zusammen (Art. 61.2). Da wir für die beurteilten Fälle ja spezielle (gerichtete) Relationen haben (z.B. „is mispelling for“), plädiere ich dafür, die Beziehung „is orthographic variant of“ als nicht gerichtet und daher nicht beurteilend zu handhaben.

So, und nun zu den eigentlichen Ausgabe-Fragen:

Wenn Misspelling in der Synonymie explizit aufgeführt wird:
• Hinter der Misspelling ein Vermerk in Klammern "mispelling for " bzw. "sphalm. pro")
Meine Präferenz.
[Allerdings: In der Salvador Liste haben wir das immer nur durch Anführungszeichen ausgedrückt, also: („“). Aber das kann man dann im Print-Output entsprechend formatieren.]
Bei orthographic variant dann entsprechend:
• Hinter der Misspelling ein Vermerk in Klammern "orthographic variant: ")

Wenn Misspelling in der Synonymie nicht aufgeführt ist:
• Hinter dem korrekten Namen ein Vermerk in Klammern "has mispelling(s) Liste der misspellings auch wieder mit Angabe der Quelle als Fußnote oder mit sensu
Auch hier meine Präferenz keine Fußnote. Aber bitte nicht „sensu“ verwenden, das benutzen wir ja eher für misaplications, also taxonomische Probleme. Ich würde vorschlagen,
• Hinter dem korrekten Namen ein Vermerk in Klammern "misspelled as in .
• Hinter dem korrekten Namen ein Vermerk in Klammern "orthographic variant: in .

#34 Updated by Andreas Kohlbecker 3 months ago

Andreas Kohlbecker wrote:

Guten Morgen,

ich bin hinsichtlich einer endgültigen Lösung leidenschaftslos und kann nicht mit eigenen Vorschlägen aufwarten. Es stellt sich für mich die Frage, was nach Fixierung einer Lösung passiert. Für Zypern habe ich drei Schreibvarianten erfasst:

Octhodium
Aethiorhiza
Genista sphacelata

Sie werden derzeit als homotypische Synonyme angezeigt, sind aber gleichzeitig als Fehlschreibungen für xy im Editor registriert. Werden die dann bei einer Umstellung automatisch erfasst und in den Synonymien "richtig" angezeigt? Oder muss ich dann noch einmal ran? Die Arbeit hält sich in Grenzen. Ich müsste nur Bescheid wissen.

Viele Grüße
Ralf

Andreas Müller:

Hallo Ralf,

ich denke, die 3 Fälle sollten dann richtig angezeigt werden, außer du willst sie eigentlich nicht als separaten Eintrag in der Synonymie und es reicht dir, dass sie nur hinter dem richtigen Namen als Misspelling aufgeführt werden. Dann müsste das explizite Synonym gelöscht werden.
Aber ich denke, das schauen wir uns dann an, wenn es implementiert ist.

Anm.: Bei Octhodium habe ich folgenden Eintrag im Portal gefunden: „Octhodium, not defined“
Das liegt an einer leeren nom.status Angabe. Die habe gelöscht. Ok?

Viele Grüße,
Andreas M.

#35 Updated by Andreas Kohlbecker 3 months ago

  • Target version changed from Release 5.10 to Release 5.11

#36 Updated by Andreas Kohlbecker about 1 month ago

  • Target version changed from Release 5.11 to Release 5.12

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