task #6009
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Import the IAPT database into a cdm instance
Added by Andreas Kohlbecker over 7 years ago.
Updated about 6 years ago.
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(Total: 4:00 h)
Description
Import aller Algen-Namen in 2 CDM Instanzen:
- Eine Instanz als Ersatz für die alte IAPT Anwedung: Komplettimport - DONE http://test.e-taxonomy.eu/cdmserver/iapt/
- Eine Instanz als Basis für die Algenregistrierung: Gefilterer Import, SQL Filter für alle Algennamne:
higherRank='%PHYCEAE%'
- DONE http://test.e-taxonomy.eu/cdmserver/phycobank/portal/classification
Columns in the csv file:
- RegistrationNo_Pk
- HigherTaxon
- FullName
- AuthorsSpelling
- LitString
- Registration
- Type ==> Needs to be parsed, see comment
- Caveats
- FullBasionym
- FullSynSubst
- NotesTxt
- RegDate
- NameString
- BasionymString
- SynSubstStr
- AuthorString
CDM instances:
Files
- Tracker changed from bug to task
- Description updated (diff)
- Description updated (diff)
- Status changed from New to In Progress
Andreas Kohlbecker wrote:
Import aller Algen-Namen in 2 CDM Instanzen:
- Eine Instanz als Ersatz für die alte IAPT Anwedung: Komplettimport
- Eine Instanz als Basis für die Algenregistrierung: Gefilterer Import, SQL Filter für alle Algennamne:
higherRank='%PHYCEAE%'
Columns in the csv file:
- RegistrationNo_Pk
- HigherTaxon
- FullName
- AuthorsSpelling
- LitString
- Registration
- Type
- Caveats
- FullBasionym
- FullSynSubst
- NotesTxt
- RegDate
- NameString
- BasionymString
- SynSubstStr
- AuthorString
siehe auch Subtask
- Description updated (diff)
Die Typus informationen liegen nur als Freitext vor und enthalten teilweise recht viel Informationen, darunter auch Holotyp, Isotyp, Location.
Genügt es für den Prototypen diese Daten als Freitext zu übernehmen oder brauchen wir diese in atomisierter Form?
Henning:
Darüber haben Eckhard und ich heute gesprochen. Dort wo ein Holotyp oder Isotyp vorkommt sollte eine Atomisierung möglich sein, beginnend jeweils mit der Sammlung, gefolgt vom Barcode, bzw. der Nummer des Sammlungsobjekts. Dort wo nur "Typus" und "Locality" steht sind Texte aus den Publikationen übernommen, d.h. nicht atomisierbar weil nicht standardisiert eingegeben
- Target version set to IAPT Import ready
- Description updated (diff)
for details on the filtered import, see #6026
- Status changed from In Progress to Resolved
The import is fully implemented and has been successfully run.
- Description updated (diff)
- Description updated (diff)
- Description updated (diff)
- Status changed from Resolved to Closed
We will no longer work on the import to improve data quality, so this issue can be closed.
adding reports on the final imports as attachment
Also available in: Atom
PDF