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task #6009

closed

Import the IAPT database into a cdm instance

Added by Andreas Kohlbecker over 7 years ago. Updated about 6 years ago.

Status:
Closed
Priority:
New
Category:
Import
Target version:
Start date:
Due date:
% Done:

100%

Estimated time:
(Total: 4:00 h)

Description

Import aller Algen-Namen in 2 CDM Instanzen:

  1. Eine Instanz als Ersatz für die alte IAPT Anwedung: Komplettimport - DONE http://test.e-taxonomy.eu/cdmserver/iapt/
  2. Eine Instanz als Basis für die Algenregistrierung: Gefilterer Import, SQL Filter für alle Algennamne: higherRank='%PHYCEAE%' - DONE http://test.e-taxonomy.eu/cdmserver/phycobank/portal/classification

Columns in the csv file:

  • RegistrationNo_Pk
  • HigherTaxon
  • FullName
  • AuthorsSpelling
  • LitString
  • Registration
  • Type ==> Needs to be parsed, see comment
  • Caveats
  • FullBasionym
  • FullSynSubst
  • NotesTxt
  • RegDate
  • NameString
  • BasionymString
  • SynSubstStr
  • AuthorString

CDM instances:


Files


Subtasks 9 (0 open9 closed)

task #6018: Diatomeen-Namensbestand in IAPT Registrierung prüfenClosedWolf-Henning Kusber

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task #6093: Algen in 'Incertae sedis' & 'No group assigned' ClosedAndreas Kohlbecker

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task #6034: DataCleaning after final importClosed

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EDIT - bug #6276: Nomenclatural references show parsed date string instead of publication year ClosedAndreas Müller

Actions
task #6277: use nomenclatural reference as sec. references instead of IAPTClosedAndreas Kohlbecker

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task #6279: remove all 'nom. val' status from nameClosedWolf-Henning Kusber

Actions
task #6294: remove punctuation marks from end of Locality language stringsClosedAndreas Kohlbecker

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task #6171: Higher RankDuplicateWolf-Henning Kusber

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task #6172: Higher RankDuplicateWolf-Henning Kusber

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Actions #1

Updated by Andreas Kohlbecker over 7 years ago

  • Tracker changed from bug to task
Actions #2

Updated by Andreas Kohlbecker over 7 years ago

  • Description updated (diff)
Actions #3

Updated by Andreas Kohlbecker over 7 years ago

  • Description updated (diff)
  • Status changed from New to In Progress
Actions #4

Updated by Wolf-Henning Kusber over 7 years ago

Andreas Kohlbecker wrote:

Import aller Algen-Namen in 2 CDM Instanzen:

  1. Eine Instanz als Ersatz für die alte IAPT Anwedung: Komplettimport
  2. Eine Instanz als Basis für die Algenregistrierung: Gefilterer Import, SQL Filter für alle Algennamne: higherRank='%PHYCEAE%'

Columns in the csv file:

  • RegistrationNo_Pk
  • HigherTaxon
  • FullName
  • AuthorsSpelling
  • LitString
  • Registration
  • Type
  • Caveats
  • FullBasionym
  • FullSynSubst
  • NotesTxt
  • RegDate
  • NameString
  • BasionymString
  • SynSubstStr
  • AuthorString

siehe auch Subtask

Actions #5

Updated by Andreas Kohlbecker over 7 years ago

  • Description updated (diff)

Die Typus informationen liegen nur als Freitext vor und enthalten teilweise recht viel Informationen, darunter auch Holotyp, Isotyp, Location.
Genügt es für den Prototypen diese Daten als Freitext zu übernehmen oder brauchen wir diese in atomisierter Form?

Henning:
Darüber haben Eckhard und ich heute gesprochen. Dort wo ein Holotyp oder Isotyp vorkommt sollte eine Atomisierung möglich sein, beginnend jeweils mit der Sammlung, gefolgt vom Barcode, bzw. der Nummer des Sammlungsobjekts. Dort wo nur "Typus" und "Locality" steht sind Texte aus den Publikationen übernommen, d.h. nicht atomisierbar weil nicht standardisiert eingegeben

Actions #6

Updated by Andreas Kohlbecker over 7 years ago

  • Target version set to IAPT Import ready
Actions #7

Updated by Andreas Kohlbecker over 7 years ago

  • Description updated (diff)

for details on the filtered import, see #6026

Actions #8

Updated by Andreas Kohlbecker over 7 years ago

  • Status changed from In Progress to Resolved

The import is fully implemented and has been successfully run.

Actions #9

Updated by Andreas Kohlbecker over 7 years ago

  • Category set to Import
Actions #10

Updated by Andreas Kohlbecker over 7 years ago

  • Description updated (diff)
Actions #11

Updated by Andreas Kohlbecker over 7 years ago

  • Description updated (diff)
Actions #12

Updated by Andreas Kohlbecker over 7 years ago

  • Description updated (diff)
Actions #13

Updated by Andreas Kohlbecker over 6 years ago

  • Status changed from Resolved to Closed

We will no longer work on the import to improve data quality, so this issue can be closed.

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