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task #10356

closed

Combine Caryophyllales data portals

Added by Andreas Müller 12 months ago. Updated 9 months ago.

Status:
Closed
Priority:
Highest
Category:
cdm-dataportal
Target version:
Start date:
Due date:
% Done:

100%

Estimated time:
Severity:
normal

Description

For this we clone all genus taxa (they are all published) to a separate branch and move all unpublished species (taxa below rank genus) to there according genus. Once they are ready for publication we move them back to the "published" branch.

None of the taxa gets the publish flag set as they should still be visible in the disclosed dataportals for editors.

Actions #1

Updated by Andreas Müller 12 months ago

  • Description updated (diff)
Actions #2

Updated by Andreas Müller 12 months ago

AM:

jetzt noch Identifier. Grundsätzlich wäre es sehr gut, eine Liste zu haben mit Identifiern und Links die schriftlich oder online publiziert wurden. Die schriftlichen halte ich für kritisch, denke aber mal, dass das nicht so viele sind. Die online-publizierten z.B. in WFO lassen sich korrigieren mit der Zeit. Wenn andere Leute uns direkt auf eine Taxon oder Namensseite verlinken sollten (ist euch da außer WFO was bekannt) ist das zwar unschön, wenn es nicht mehr funktioniert, aber wir schreiben nirgendwo, dass wir persistente URLs anbieten für einzelne Seiten. Grundsätzlich sollten die Spezialportale mit entsprechendem Hinweis auf die Änderung aber natürlich noch eine ganze Zeit online bleiben, damit Leute ggf. Zeit haben umzustellen. Zudem sollten die Basisadressen natürlich eine quasi dauerhaft bestehen bleiben mit dem Hinweis, dass die Portale umgezogen sind. Eventuell bekommen wir auch eine regelbasierte Weiterleitung hin, das will ich aber nicht versprechen. Da wäre Kosten-Nutzen-Abschätzung zu machen.

Konkret zu deinen Anmerkungen, Walter:

Aufpassen müsst Ihr dann aber URIs der Namen, die könnten ja als Referenzen in Benutzung sein. Man sollte also z.B. unter der URI https://caryophyllales.org/cdm_dataportal/taxon/00332caf-0320-40ae-9a2d-503f60371f02 (Gattung Achatocarpus) zumindest eine Seite schalten, dass man bitte den Namen im neuen Portal suchen möchte – die Gattungen haben in caryophylles_spp eine andere UUID.

Das stimmt so nicht. Caryo_spp wurde ja aus einem Caryo Clone erzeugt. Die Gattungen haben per se also erstmal dieselbe UUID, außer es hat sich dort an der Taxonomie was geändert. Die genannten Gattung Achatocarpus hat z.B. weiterhin die gleiche UUID. Und für sich ändernde Taxonomie haben wir bislang noch nie persistente URLs garantiert.

Grundsätzlich finde ich es ja nicht gut, ein weit verbreitetes Portal einfach mit anderen Inhalten zu füllen – daher ja auch die Diskussion im vorigen November über den Namen des Portals unter Caryophylles.org/caryophyllales (nicht caryophyllales_spp) für die publizierten Daten: Wir haben dann im November 22 ein update an WFO geliefert, bei dem z.B. der Link https://caryophyllales.org/caryophyllales/?q=cdm_dataportal/name/8531c04d-b991-4393-b0e2-7ea3e1332257 steht. Der wird auch korrekt aufgelöst und wird wohl in der nächsten WFO Version (in diesem Monat?) dann auch dort gezeigt werden – bislang ist es das Aizoaceae portal mit UUID: http://caryophyllales.org/aizoaceae/ cdm_dataportal/name/ c83fbc98-47fe-49c5-8209-8ce72444702b – dort wird das dann gleich zur Taxon-Seite aufgelöst.
Wenn Ihr das ändert, müsste man also die bestehenden URLs umdirigieren – WFO wird man dann ja frühestens im Dezember wieder korrigieren können.

Wie gesagt können die Spezialportale bis zur dann korrigierten WFO Version ja sicher noch online bleiben.

@Nadja – mir ist aufgefallen, dass z.B. Achatocarpus in WFO (noch) auf das Cactaceae-Portal verlinkt – da das aber auf Caryophyllales_spp beruht, wird der Name korrekt aufgelöst. Das sollte man dann auch mal gelegentlich ändern, wir hatten aber im November die Achatocarpaceae nicht neu abgegeben, glaube ich.

Grundsätzlich sollten wir natürlich versuchen, ausreichend im Voraus vor jeder WFO Version, alle bereits publizierten Daten erneut an WFO zu schicken, außer es hat sich mit Sicherheit nichts getan. Ein Problem wie das obige sollte mit der Umstellung auf 1 Portal und dem Update der Daten bei WFO für die Zukunft aber behoben sein. Auch das ein großer Vorteil der 1-Portal-Lösung.

Also bitte unbedingt die Liste erstellen, mit den veröffentlichten Links, die beachtet werden sollten. Wir schieben die dann ins Ticket.

Actions #3

Updated by Andreas Müller 12 months ago

  • Status changed from New to In Progress
  • Priority changed from New to Highest
Actions #4

Updated by Andreas Müller 9 months ago

  • Status changed from In Progress to Resolved
  • Target version changed from Release 5.49 to Release 5.40
  • % Done changed from 0 to 70

Probably only remaining task is renaming the instances caryo_spp => caryo and caryo=>caryo_genera

Actions #5

Updated by Andreas Müller 9 months ago

  • Status changed from Resolved to Closed
  • % Done changed from 70 to 100

The renaming took place and also some configuration issues in the portal have been solved so I think we can close the ticket.

After the next WFO release we need to check which of the remaining portals still needs to be online due to links published in WFO (or other publications)

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