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feature request #10318

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Add modifier vocabularies from Endara et al

Added by Andreas Müller about 1 year ago. Updated about 1 year ago.

Status:
Closed
Priority:
Priority13
Category:
cdm
Target version:
Start date:
Due date:
% Done:

100%

Estimated time:
Severity:
major

Description

see https://bdj.pensoft.net/articles.php?id=29232&journal_name=bdj

NoK:

wie neulich schon erwähnt, sind die State Modifiers wg. Projektende unter den Tisch gefallen und ich hatte sie irgendwie auch aus den Augen verloren.

Wir stießen damals sogar auf eine fix&fertige, genau für unsere Verhältnisse brauchbare Ontologie (paper attached, owl auf https://github.com/biosemantics/ontologies).

Wenn wir uns für den Weg entscheiden sollten, modifizierte states dynamisch zu erzeugen, dann könnten wir diese Ontologie (bzw. eine der beiden Versionen) dazu verwenden. Aber auch im anderen Fall wäre sie als Standard zur Bildung modifizierter States außerordentlich nützlich, d.h.
wir sollten sie auf jeden Fall in irgendeiner geeigneten Form integrieren.


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Related to EDIT - feature request #10133: Improve ontology state vocabulariesClosedAndreas Müller

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Actions #1

Updated by Andreas Müller about 1 year ago

  • Priority changed from New to Highest
Actions #2

Updated by Andreas Müller about 1 year ago

Actions #3

Updated by Andreas Müller about 1 year ago

AM:

Der Ansatz klingt wirklich plausibel und ich denke wir sollten die 4 Vokabulare der Ontologie hinzufügen.
Ich würde dabei dazu tendieren, das bin_5 Version zu nehmen, also erstmal davon auszugehen, dass die Vokabulare jeweils auf 5 Terme beschränkt bleiben. Falls es dann Fälle gibt, wo das gar nicht passt, kann man immer noch diskutieren, was man macht.
Da es sich lediglich um 20 (4x5) Terme handelt würde ich die manuell hinzufügen. Das geht schneller.
Also, wenn ihr wollt, könnt ihr das auch gerne selber machen, dann könntet ihr auch gleich entscheiden, welches das beste Label für die Vokabulare und für einzelnen States sind. Das Finetuning könnte ich dann noch machen.
Das ganze wäre unter Terms-Vokabulary-Modifier einzugeben.

NoK:

danke, ich kann die Terme hinzufügen, komme aber erst nächste Woche dazu

Actions #4

Updated by Andreas Müller about 1 year ago

  • Status changed from New to Resolved
  • Assignee changed from Andreas Müller to Norbert Kilian
  • % Done changed from 0 to 60

Vocabularies and terms added. Still needs some finetuning for labels and descriptions by NoK.

Actions #5

Updated by Andreas Müller about 1 year ago

  • Assignee changed from Norbert Kilian to Andreas Müller
  • % Done changed from 60 to 70

Finetuning done.

Actions #6

Updated by Andreas Müller about 1 year ago

  • Priority changed from Highest to Priority13
Actions #7

Updated by Andreas Müller about 1 year ago

  • Target version changed from Release 5.49 to Release 5.38
Actions #8

Updated by Andreas Müller about 1 year ago

  • Status changed from Resolved to Closed
  • % Done changed from 70 to 100
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