EDIT

That the "Source" element is not shown (last mail from WGB) is a known issue handled at #10080

AM:

Hallo Walter,

ich habe mir das jetzt mal angesehen, konnte es erst nicht, dann ein paar Mal quasi direkt hintereinander, und dann, als ich das Debuggen vorbereiten wollte, wieder überhaupt nicht mehr reproduzieren, obwohl ich es zum Schluss sicher 50x mit allen Konstellationen versucht habe und genau die gleiche Arbeitsumgebung hatte. Daher müssen wir uns weiterhin langsam der Sache nähern.

Erstmal vorab ein paar Hinweise

1) Leider wird derzeit die Sources Section nicht immer angezeigt aus bislang unbekanntem Grund (https://dev.e-taxonomy.eu/redmine/issues/10080). Hierfür gibt es aber einen Workaround, nämlich die Breite des Details-View leicht zu verändern, dann wird die Source wieder angezeigt. Ein Teil deiner Beobachtungen scheint sich auf diesen Fehler zu beziehen. Das ist aber ein reines Anzeige-Problem und sollte nichts damit zu tun haben, dass die Daten nicht richtige übernommen/gespeichert werden. Bitte bei allen weiteren Beobachtungen ausschließen, dass es sich um diesen Fehler handelt.
2) „Eine umfangreiche textuelle Typusangabe (zum Glück aus Texteditor eingesetzt), Source eingegeben, Save – (der NameEditor setzt den Fokus dann manchmal [hier] auf den Taxonnamen – das ist auch irritierend). Fokus auf Namen – alles weg. Auch in den Specimen Bulk Editoren nicht zu finden.“
Das du sie im Bulkeditor nicht finden kannst ist logisch, es handelt sich ja nicht um ein Specimen sondern um eine textuelle Angabe.
3) Leider aktualisiert der Fokus den Detailsview ja nicht immer korrekt. Also er zeigt dann noch die Werte, der vorherigen Records an. Bitte auch immer ausschließen, dass es sich um so ein Problem gehandelt haben könnte (bei den Malen, wo ich es reproduzieren konnte, schien mir das aber nicht das eigentliche Problem zu sein, also z.B. dass man evtl. beim falschen Record etwas hingefügt hätte).

Jetzt zum Eigentlichen. Die allererste Frage, die wir klären müssen ist, ob das Problem nur nach Speichern von Daten auftritt oder unabhängig davon. Also konkret, bei deiner erste Beschreibung des Bugs sprachst du nicht von Speichern, sondern nur von Refresh. Wenn das so stimmt, ist das Problem eindeutig auf TaxEditor Seite. Die TypeDesignation wird gar nicht erst erzeugt, oder zumindest nicht an den Namen angehängt und ist somit auch nicht am Datengraph. Das ist auch, was ich beobachten konnte als ich das Problem reproduzieren konnte. Leider weiß ich aber nicht mehr 100%ig was ich da vorher alles gemacht habe.
Also wenn es auftritt bitte schauen, ob es bereits vor jedem Save einfach nur durch Fokuswechsel auftritt.

Weitere Frage: es tritt sowohl bei textuellen TypeDesignations auf, nicht nur bei Specimen, oder? Zumindest lingt der „Cyathula #nomnov-a Di Vincenzo“ Fall so.

Und: Falls das Problem doch nur nach „save“ auftaucht, gibt es einen Zusammenhang dazu, ob nach dem Save der Fokus fälschlich zu akzeptierten springt? Ich hatte den Fall gerade, als ich das Problem doch noch ein einziges Mal reproduzieren konnte.

Und: Tritt das Problem wirklich nur im Zusammenhang mit Quellen auf. Ich habe das Gefühl, dass es bei mir auch kam, als ich keine Quellen eingegeben habe. 100%ig weiß ich das aber nicht mehr.

Zeit mitprotokollieren: und als letztes für diesen Schritt wäre es wichtig, die exakte Zeit zu protokollieren, wann das auftritt, damit wir es mit den Server-Logs vergleichen können. Ich habe zwar eher nicht das Gefühl, dass das Problem serverseitig ist, aber das kann auch nur vordergründig so scheinen. Daher wäre es wichtig, die genaue Uhrzeit zu kennen.

Achso und: tritt das Problem „im Rudel“ auf? Also tritt es, wenn es auftritt ständig auf und dann wieder eine Zeit lang gar nicht? Das würde auf ein temporäres Problem hinweisen, z.B. einen langsamen Server oder einen übergelaufenen Cache oder so.

Sometimes the dirty flag is not set when changing the status and I think that I had a case where the specimen was removed after changing the status.

Add a source before saving is not always the reason for missing saving, I also added a source before saving and everything was saved correctly.

NaK:

das ist mir auch ein paar Mal passiert, aber so sporadisch, dass ich dachte, ich hätte nicht gespeichert. Ich melde mich, falls das nochmal vorkommt.

This still seems to be open or there is a similar issue as reported by WGB. Therefore I moved it back to an open milestone.

WGB 2023-07-17:

mir ist das gerade wieder passiert, glaube ich. Caryophyllales_spp: Ich habe die Typus-Information für Achyranthes borbonica eingegeben. Dann beim Speichern sprang der Fokus auf die akzeptierte Art und der Link zum Typus beim Synonym war weg. Ich hatte ihn vor dem Speichern noch als „original material“ bezeichnet.
Der Typus ist aber abgespeichert worden, zu finden als B -W 05005 -01 0 – mehr Angaben sind da leider nicht. Wenn ich ihn dann nochmal im Details View auswähle, scheint das gespeichert zu werden.

Orphaned Specimen:

SELECT sob.DTYPE, sob.id, sob.titleCache, sob.accessionnumber, sob.protectedtitlecache, sob.barcode, sob.created, sob.`uuid`, ua.username createdBy, sob.updated
FROM SpecimenOrObservationBase sob LEFT JOIN TypeDesignationBase tdb ON tdb.typeSpecimen_id = sob.id 
LEFT JOIN DescriptionElementBase deb ON deb.associatedspecimenorobservation_id = sob.id
LEFT JOIN UserAccount ua ON sob.createdby_id = ua.id
WHERE sob.DTYPE <> 'FieldUnit' AND sob.DTYPE <> 'DnaSample'
AND tdb.id IS NULL AND deb.id IS NULL 
ORDER BY sob.created

"Aber: das sind bei weitem nicht alles Fälle, bei denen das Speichern schief ging. Ich habe mal die ersten 3 untersucht (und bereinigt, also nicht mehr in der Liste). Da gab es jeweils Duplikate aus welchem Grund auch immer. Also entweder, weil das Speichern wirklich nicht funktioniert hat und nicht erkannt wurde, dass das Specimen schon existiert und neu angelegt wurde oder weil das oft nur mit titleCache angelegte Specimen durch ein atomisiertes ersetzt wurde (statt es zu überschreiben) oder aus einem anderen Grund.

Interessant ist auch die created und created by Spalte anzuschauen. Da sind auch diverse Specimen die z.B. durch den Sileneae Import am 3.2.2023 reinkamen. Ich habe mal einen untersucht (id = 7385). Das Specimen wurde angelegt am: 2023-02-03 20:26:22. Dabei wurde eine TypeDesignation angelegt, die aber am 2023-09-22 10:55:42 gelöscht wurde. Ich nehme an, dass Nadja dort die Daten überarbeitet hat.
Der Name war Silene echinus Boiss. & Heldr., wurde im gleichen Commit gelöscht. Also alles korrekt hier, aber es bleibt das orphaned Specimen.
Wir könnten und sollten natürlich versuchen, solche orphaned Specimens beim Löschen des Namens auch zu löschen. Allerdings nicht ganz untrivial wegen der vielen Linkmöglichkeiten und weil Userfeedback notwendig, ob das Specimen wirklich weg soll (könnte ja auch sein, dass es in der DB bleiben soll).
"

SQL used to check for single orphaned specimen

SELECT *
FROM SpecimenOrObservationBase_AUD sob
WHERE sob.id = 7385;

SELECT a.*, tdb.*
FROM TypeDesignationBase_AUD tdb INNER JOIN AuditEvent a ON a.revisionnumber = tdb.REV
WHERE tdb.typeSpecimen_id = 7385 OR tdb.id = 8178 ;

SELECT *
FROM TaxonName_TypeDesignationBase_AUD MN 
WHERE MN.typedesignations_id = 8178;

SELECT *
FROM TaxonName_AUD tn
WHERE tn.id = 88225