merge-update from trunk

 - implemented asynchronous selection changed event for subclasses of AbstractCdmEditorViewPart
   - all sub classes must implement internal_selectionChanged() method where the usual selection handling is done
   - the super class invokes internal_selectionChanged() asynchronously
   - this should fix the arbitrary warning of recursive part activation
   - it also prevents double activation which occurred in the DetailsView from time to time

fix for #2754

 - fixed possible NPE

 - added missing @Override
 - fixed use of static method

 - fixed possible IllegalStateException (#4351)

 - added null check (fixes #4351)

 - fixed persistent saving of media of a MediaSpecimen (#3339)

 - implemented setFocus() of all EditorParts
   - this is to avoid "java.lang.Exception: java.lang.RuntimeException: WARNING: Prevented recursive attempt to activate part"
   - either set the focus to shell or set it to the viewer used

fix for #2754

 - adapted to interface changes in cdmlib

 - added simple user interface to add media (#3339)

 - fixed adding of child to parent ICdmFormElement in else clause

MessagingUtils : added option for displaying contact message in the error dialog
ApplicationWorkbenchAdvisor : using new method with contact message
AbstractBulkEditorInput : added errorDialog for MergeException

ApplicationWorkbenchAdvisor : added comments
EditPasswordElement : Added to make sure user exists in db before changing password
UserDetailElement : Disabled user text field since User is immutable
NewObjectHandler : added non-empty validator for the case of User and Group

New class for logging and dialog functionality

Moved all logging and dialog functionality to the new class MessagingUtils.
Refactoring code to adapt to above change.
Added new custom error dialog - CdmErrorDialog
Added runtime exception handling to the ApplicationWorkbenchAdvisor by adding a custom status handler

reintegrated redlist branch into trunk

Example object demonstrating pherogram and alignment data to be stored in CDM added.

BulkEditorQuery udpate

update ReferenceDetailElement

merge-update from trunk

adapt to new return type for name authors

added possibility to show / hide uuid column
added scrolling to the viewer

adapt TransientNameService

Commenting out single click opening of name editor (ticket 4300)

MemberDetailElement : removed member label string
EntitySelectionElement : removed " : " suffix to label string when label string is empty

corrected behaviour when adding / saving new authorites

Text encoding changed to UTF-8.

merge-update from trunk

 - fixed bug that showed double or no '&' (#4302)

Test version of an AlignmentArea added to AlignmentEditor.
Dependencies of LibrAlign added in provisional form.
  During initial development stage you need to check out the following two additional project into your workspace:
  - bioinfweb.commons as "_Lib" from https://secure.bioinfweb.info/Code/svn/commons.java/trunk/main/
  - LibrAlign as "LibrAlign" from https://secure.nefertem.bioinfweb.info/private/svn/LibrAlign/trunk/main/
  (These dependencies will be replaced by JARs after the initial development phase of this branch.)

merge-update from trunk

LockMode issues in transient services

merge-update from trunk

 - added empty AlignmentEditor

creating taxeditor branch for LibrAlign integration

adaption for error handling of delete methods

removed style parameter for combobox. Quick fix for ticket #4289. Needs to be reviewed.

creating new instance of key statement with existing text in the case of copy/paste

rename getByIdInVocabulary

Updated version in config files to 3.3.7-SNAPSHOT

Updated version in config files to 3.3.6

adapting TransientTermService to code cleaning in TermService

ignoring bin folder in eu.etaxonomy.taxeditor.cdmlib

 - generalized adding MediaSpecimen in DerivateView

 - added support for term retrieval by TermVocabulary
 - adapted MediaSpecimen DetailsView

 - reload last entered access point in wizard space
 - added validation to access point text field

 - reload last entered access point in wizard space
 - added validation to access point text field

CdmServiceCacher : Added class to load / cache CDM entities using services
remotingApplicationContext : updated cacher bean config
httpInvokerServiceClients : removed unnecessary loading of remote config
CdmServiceCacherTest : added cacher test

implementing findWithoutFlush method in transient services

fix delete polytomous key node

fix a warning "Prevented recursive attempt to activate part..."

updating ehcache to 2.6.9

added PostFix to memento to distinguish between remote and data source

replaced static term initialisation methods with newly added cdmCacher driven methods

remotingApplicationContext : added CdmCacher as bean to be initialised
META-INF/MANIFEST.MF, .classpath, lib/ehcache-core-2.4.3.jar, lib/ehcache-core-2.6.9.jar: replaced ehcache-core-2.4.3 with ehcache-core-2.6.9 for the CdmCacher.
It seems that even though hibernate-ehcache-4.1.10.Final is embedded with ehcache-core-2.4.3, it is compatible with ehcache-core-2.6.9 according to http://architects.dzone.com/articles/hibernate-4-and-ehcache-higher.

improved handling for missing representation for certain language #4249

#4244 fixed

open Taxonpage with single click in taxonnavigator

fix #4249

skip the dialog for setting the default nomenclatural code. The default is the botanical code.

minor

- not running imports and exports deleted from menu
- preferences for concept relations fixed
- open taxon editor with one click in taxon navigator

 - removed debug output
 - made DerivateLabelProvider use occurrence service

 - fixed class cast exception

 - removed branch code from trunk

 - saved last parameters entered for specimen search

 - fixed potential NPE

 - commented workbenchShutdown() content

 - removed TextReadOnly (#4254)
  - just used a Text field with "editable" flag set to false
 - added dummy title cache text as section header
  - just showing the first 10 characters

editor changes for red list project (datasource view and create new datasource from file menu)

 - added section for "Original Label Data" to DetailsView (#4254)

 - added java doc

 - fixed potential session exceptions during closing/saving

 - changed error dialog text

 - added "Detail Image" icon to ImageResources

fix idInVocabulary #4243

 - added icon for "Detail Image"

 - added feedback if drag&drop in DerivateVie does not work

 - added specimen scan icon
 - save kindOfUnit

 - added "Published in" parameter to MediaSpecimen DetailsView (#4239)

 - added missing parameters to MediaSpecimen DetailsView (#4239)

update New menu in TaxEditor

update New menu in TaxEditor

Removed deleted command classes from plugin.xml

 - refactored DataImportEditor context menu
   - removed extension point in plugin.xml
   - added dynamic context menu

 - fixed potential hibernate exception when trying to close the editor (check if conversation is bound before closing it)

 - removed unnecessary code

 - added functionality to determination section to add determinations to FieldUnits also (#4252)

 - added functionality to filter assigned specimens in the DerivateSearchView (fixes #4252)

 - add placeholder for Media label

 - list "Specimen Details" second in DetailsView (only for campanula, fixes #4235)

 - added new dynamic context menu for DerivateSearchView
 - cleaned up code

 - fixed comment

 - fixed TransientObjectException when adding and saving a scope for a TaxonDescription (fixes #2607)
   - made use of AbstractUnboundEntityCollectionsection
   - a DefinedTerm will not be created but selected from a list of existing ones

 - added conversation/session support to DerivateLabelProvider
  - GUI widgets using the provider need to provide a conversation/session to avoid LazyInitializationException

 - set CdmFormFactory.createTermComboElement() to deprecated
 - replaced (almost) all uses of the method with CdmFormFactory.createDefinedTermComboElement which works with TermType instead of classes