refactoring actions in the treeviewer

First commit after refactoring to new operations model. Not yet complete - only doing this to let two of us work at the same time. Last functioning version tagged.

If datasource is H2, database name no longer queried for name string.

1) Term vocabularies (ranks, features, statii) are also transaction-dependent - if a vocab loaded in the last transaction is used in another, it causes an error. Therefore, these belong in CdmSessionDataRepository. 2) Created a controller for parsers.

1) Created CdmSessionDataRepository to keep track of all session data - all taxon changes should be made here from now on. 2) Created CdmTransactionController for more transparent starting and committing of transactions. 3) Added CdmDataSourceRepository and dialog for creating a data source. 4) Added experimental progress monitor on the status line for DeleteTaxonAction. 5) TaxEditorPlugin is now significantly cleaned up.

1) Created CdmSessionDataRepository to keep track of all session data - all taxon changes should be made here from now on. 2) Created CdmTransactionController for more transparent starting and committing of transactions. 3) Added CdmDataSourceRepository and dialog for creating a data source. 4) Added experimental progress monitor on the status line for DeleteTaxonAction. 5) TaxEditorPlugin is now significantly cleaned up.

Data source dialog now has saving and creation of new names.

Checkin before replacing menu with ContextMenu.

1) Separated out transaction stuff to CdmTransactionController, 2) Put data source stuff in its own repository, and 3) Cleaned up data source initialization in TaxEditorPlugin.

Choose / create data source half implemented. About to implement repositories for data sources, session data.

Commit before deleting CdmDataSourceDialog_

Commit before delete.

JAXB import successful with test file

Version 1.01

At some pt., refactoring had renamed NameComposites as DecriptionElementComposites in all comments and strings.

1) Created a PreferencesUtil, 2) User now prompted to choose a preferred nomenclatural code first time Editor is opened.

New name now retrieved from PreferenceUtils according to preferred nom. code.

Changed from dbl-click in results menu populates menu -> single-click.

Changed from dbl-click in results menu populates menu -> single-click.

Moved onmouseover synonymy list 100px to the right to make it less intrusive when double-clicking.

Platform Version 1.0

Fixed annotations.

BUG was experiencing lazyloader errors when retrieving name relation labels. All labels now saved to TermService when the Plugin gets the name relation vocabulary, and all labels are retrieved from the vocabulary, not from the object itself.

Added ability to paint squigglies under a selected portion of text.

Added ability to paint squigglies under a selected portion of text.

First Description Label now selected and highlighted on load.

Finally conquered multiline squigglies!

BUGFIX: boolean isParsing was set to true when property sheet was firing an update, thereby preventing the text in the composite from being refreshed.

Added code that cancels this action when the taxon has taxonomic children and informs the user accordingly.

Changed addSessionTaxon() to check whether a tree item already exists for the taxon. If it does, the item is deleted then re-created to force a re-sort.

Commented out option of using test Palm Data.

Finally conquered multiline squigglies!

Initial version of LineWrapSquigglesStrategy - almost works.

Set getRootTaxa back to "show root taxa with no children" - test users were befuddled.

<CR> in name relation - select name now the same as clicking the "Search" button.

Removed bug where "Add new taxon" was putting a blank entry in Recent Names.

Solved a strange bug where if the first action during a session was to open a new taxon, the empty name prompt didn't work

Taxonomic tree: disallowed dragging a taxon into one of its child / grandchild / etc. elements.

Re-ordered property source fields.

Fixed bug in nomenclatural ref - non-nom refs were being removed from results array while iterating through the array, causing a concurrent modification exception.

Got rid of Year property, made "+ DatePublished" field editable in format "xxxx[-xxxx]".

Added SingleRefTypePropertySource, which restricts ReferencePropertySource to a single reference type. Reference type drop-down is replaced with a text value of the reference type.

Fixed bug: NomenclaturalReferencePropertySource was writing its dropdown list of reference types to the same static variable as its parent class ReferencePropertySource.

Swap taxon and synonym, make taxon synonym of another taxon: OK & Cancel MessageDialogs force save first.

Added ability to color individual property sheet fields, which are implemented as TreeItems. Tree component accessed via PropertySheetPage.

"Concepts" and "Geographic" tabs now hidden, because they are not yet implemented.

"Show categories", "Show advanced properties", "Restore default value" now suppressed when TaxonEditor is activated

Fumbled around trying to solve problem of red squigglies only showing up on first line of line-wrapped name.

Fumbled around trying to solve problem of red squigglies only showing up on first line of line-wrapped name.

1) Return in search text field activates search. 2) Double-clicking in search results list submits reference.

TransientObjectException removed by setting TextFormat to null when creating new Description.

1) Search for bibliographic references now implemented. Attendant concurreny error caught, but seems like it might cause others. Sigh ... 2) Each "save" in this version is a "save all".

Search for nomenclatural references implemented.

Safety checkin before taking out all references to nomenclatural reference that have been replaced with the ReferencePropertySource.

Started this with an ObservableList in the results list, realized it could be much simpler. Check in before making it thus.

1) Added import / export dummy functionality (i.e. CDM library not yet functional) to "File ..." menu. 2) Changes due to new TimePeriod in CDM library

1) Added import / export dummy functionality (i.e. CDM library not yet functional) to "File ..." menu. 2) Changes due to new TimePeriod in CDM library

Commented out createDataSourceMenu();

Added TaxonBasePropertyDescriptor to show name AND sec for misapplied names.

More work on BibRefPropertySource.

Created a YearValidator. Validator added to Descriptor - in case of invalid data, setValue() will not be called when Year field loses focus. Validator writes invalid messages to status bar.

Creating a YearValidator. Validator added to Descriptor - in case of invalid data, setValue() will not be called when Year field loses focus. Validator writes invalid messages to status bar.

Commit before downgrading the compiler and JRE in my Eclipse to 1.5.

Commit before downgrading the compiler and JRE in my Eclipse to 1.5.

Commit before downgrading the compiler and JRE in my Eclipse to 1.5.

removed java 1.5 incompatible override annotations

Sync. w Niels

Created BibRefPropertySource, first implementation in DescriptionElementPropertySource. User can change the type of reference used, and the new reference will get the old one's TitleCache. Fields will be shown according to reference type. However, their values are neither displayed nor editable.

Added focus listeners to DescriptionElementComposite, DescriptionLabelComposite to show their data in property sheet on focus.

Move synonyms, misapplied names, and descriptions from old accepted taxon to new accepted taxon for “Make synonym this taxon’s accepted taxon”

1) Checkin for Anahit 2) Delete NameRelations works now (maybe not behind the scenes ... i.e., zombie NameRelationships still exists, just not attached to Names)

Implemented distinction between basionym (ICBN) and original combination (ICZN), in: synyonym menu (add / remove as homotypic group basionym); name relations wizard; and name relations in property sheet view.

Also removed a few cases where BotanicalName was created automatically (Create child / quick taxon); now depends on preferred nom. code.

Added "Save all" button - still needs testing.

Added "Save all" button - still needs testing.

Added "Save All" button which saves all open taxon editors, commits the current transaction, and starts a new transaction.

Checkin before starting datasource.

Checkin before attempting to put each "save taxon" in its own transaction.

User can now choose in preferences which ranks to show in the TaxonName property sheet dropdown menu.

DescriptionLabelComponent's ContextMenu now rebuilt every time it is called to reflect any changes in the set of preferred features.

When a Taxon which has no TaxonDescription information is opened, an empty TaxonDescription is created. This TaxonDescription is now only saved to its Taxon when changes are made to it, i.e. when firePropertyChange(PROP_DIRTY) is called on TaxonDescriptionEditorViewe.

Added message and link "Your data source is empty. Click here to create a root taxon." to be shown when Taxonomic Tree is empty.

Added message and link "Your data source is empty. Click here to create a root taxon." to be shown when Taxonomic Tree is empty.

Added FeaturePreferences to enable user to choose which Features to display in the "New features" dropdown menu.

Added FeaturePreferences to enable user to choose which Features to display in the "New features" dropdown menu.

Preferences have used legacy preference classes to this point - checkin before attempting to implement new scope-based preferences.

Checking in stray files.

Checking in more work on "eu.etaxonomy.taxeditor.editor.description", testing upgrade to Subclipse 1.4.

Moved around a few classes between eu.etaxonomy.taxeditor.editor and eu.etaxonomy.taxeditor.editor.name.

Created class eu.etaxonomy.taxeditor.editor.EmptyTextViewerPrompt to display "Click here to start entering text"-type messages in input elements.

Cleaning up SVN mess from package re-org

Cleaning up SVN mess from package re-org

rename test

1) Re-arranged packages:

search, tax. tree, favorites, recent names
-> eu.etaxonomy.taxeditor.navigation

all free-text editing classes
-> eu.etaxonomy.taxeditor.editor

property sheet classes
-> eu.etaxonomy.taxeditor.propertysheet

2) eu.etaxonomy.taxeditor.editor.description - can now create a description, add elements, save, and partially display saved descriptions

1) Re-arranged packages:

search, tax. tree, favorites, recent names
-> eu.etaxonomy.taxeditor.navigation

all free-text editing classes
-> eu.etaxonomy.taxeditor.editor

property sheet classes
-> eu.etaxonomy.taxeditor.propertysheet

2) eu.etaxonomy.taxeditor.editor.description - can now create a description, add elements, save, and partially display saved descriptions

1) Re-arranged packages:

search, tax. tree, favorites, recent names
-> eu.etaxonomy.taxeditor.navigation

all free-text editing classes
-> eu.etaxonomy.taxeditor.editor

property sheet classes
-> eu.etaxonomy.taxeditor.propertysheet

2) eu.etaxonomy.taxeditor.editor.description - can now create a description, add elements, save, and partially display saved descriptions