- fixed dependencies

Initial import of aggregator project files.

The pom.xml configures which modules are aggragated.

Initial import of aggregator project.
This is used for handling the dependencies of the LibrAlign integration.

Cleaning up

Delete target folder

Missing LibrAlign BioJava1 dependency added to molecular plugin project.

 - added jars to svn:ignore

Add lib folder for external dependencies

Initial import of plugin files

Initial import of separated plugin which holds all changes related to LibrAlign integration

merge-update from trunk

Make cell text in ReferencingObjectsView selectable

Remove comments

merge-update from trunk

Externalize cdmViewer extension point parsing

Add generic context menu for ICdmViewer framework

Refactor ICdmViewer framework

Removed unnecessary ExecutionEvent

Revert incorrect fix (r24331) for taxon titleCache  #5018

Fix conversion of ShiftChanges to Shifts

Make editor transient term service compatible with cdmlib term service

Use UUIDs instead of CDM objects in AlignmentEditorInput

This avoids session conflicts because the object will be loaded into the correct session when processing the editor input during initialization of the editor.

Re-load sequence to avoid session conflicts.

Display URI parsing errors

Remove comments

Adjustments to recent module changes in bioinfweb.commons.

AlignmentEditor.createTestContents() marked as deprecated.

InternalError thrown, if a single read alignment shall be saved that contains new single reads, which have been added in the AlignmentEditor. (Implementation does not make sense before the decision whether #4740, #4745 or #4746 shall be implemented.)

Error message added, if a pherogram URL loaded from CDM cannot be processed correctly.

Fixed NPE, if a single read has a pherogram object without URI.

#5056 Adapt editor to service layer 'save' method refactoring in cdmlib

Adjustments to recent changes in LibrAlign.
(The additional project https://secure.bioinfweb.info/Code/svn/LibrAlign / trunk / main / info.bioinfweb.libralign.biojava1 needs to be in the workspace from now on.)

Make editor compatible with latest cdmlib service layer updates

Minor changes in implementation of AlignmentEditor.

ShowPherogramHandler now also handles single reads without attached pherograms.

Fix compile error in FeatureDistributionDetailElement

Support for empty alignments and single reads without pherograms added to AlignmentEditor.
DerivateLabelProvider now used to label single read sequences.

Class path edited to include new modules from LibrAlign and TIC.

Adjustments to recent architecture changes in TIC and LibrAlign. (TIC top level project referenced from now on.)

The following projects need to be checked out into the workspace from now on:
- https://secure.bioinfweb.info/Code/svn/commons.java/trunk/main
- https://secure.bioinfweb.info/Code/svn/TIC/trunk/main/info.bioinfweb.tic.core
- https://secure.bioinfweb.info/Code/svn/TIC/trunk/main/info.bioinfweb.tic.swt
- https://secure.bioinfweb.info/Code/svn/LibrAlign/trunk/main/info.bioinfweb.libralign.core
- https://secure.bioinfweb.info/Code/svn/LibrAlign/trunk/main/info.bioinfweb.libralign.swt

merge-update from trunk

Fix deletion of single reads in Derivative Editor

Add missing transient method

Map preparation materials to derivation event description

merge-update from trunk

Make background of icon transparent

Add icon for switching to advanced media view

merge-update from trunk

Update transient services with new delete method

merge-update from trunk

Show abbreviated title cache for authors and refernce in taxon details
view

Show URI parsing exceptions below URI text field (fixes #5055, #5003, #4587)

Avoid duplication of edited team member (#4997)

Add no marker without a markerType (#4588)

Add ticket number to TODO

Refresh view after media view has been switched

Add MediaViewSwitch to media collection elements

Refactored code to use a static method that creates the IAction object.
This can be added by the GUI element itself.

Add button for advanced media view to media attached to desccriptions

Remove duplicate code for advanced media view (#4862)

Refactored code and added interface and abstract class to avoid
duplicate code.

Remove comments

Remove comments

Fix typo

#5036 Add missing command for polytomous key delete

Adjustments to recent changes in TIC. (EDITor Code from now on written against unreleased TIC 2.x.)

Fix remoting code compilation errors

Merge branch 'develop' of ssh://dev.e-taxonomy.eu/var/git/taxeditor into develop

Empty text fields return empty string and not null

Revert "index on develop: 6992bef Rename NonViralName authorteams to authorship #4968"

This reverts commit 32cded397931ad359f7818fdfb91a113a074342e.

Rename NonViralName authorteams to authorship #4968

Update cdmlib version to 3.6.3-SNAPSHOT

Some actions for adjusting pherogram displaying added.

Delete renamed file

PherogramViewPart  that is started from within AlignmentEditor now uses a shared pherogram model to display cut positions.

Fix issues with merge conflicts

Fixes from Katja for commit issue

Position properties of LibrAlign pherogram models are now connected to according CDM node properties (yet untested).

Fix problem with non persisted taxon titleCache change: #5018

adapt service call to model change

adapt transient service methods to cdmlib changes

 - update parent scroll form on property change (fixes #4881)

 - removed initial expand of sections

 - fixed potential NPE

 - fixed potential NPE

 - changed type of "Materials & Methods" to text instead of DefinedTerm
 - fixed label

 - split off "Preparation/Preservation section" from dna sample general
section

Adjustments to recent changes in LibrAlign.

fixed conflicts from last commit

all delete methods need an Uuid as argument

Conflicts:
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientAgentService.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientDescriptionService.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientNameService.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientOccurenceService.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientReferenceService.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientTaxonService.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientTermService.java

change delete argument to UUID

add empty test folder

Actions for creating and updating the consensus sequence in AlignmentEditor implemented.

AbstractAlignmentEditorHandler added.

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into develop

minor

merge-update from trunk

ToggleInsertOverwriteHandler now also triggers enabling and disabling of ToggleLeftRightInsertionHandler when the insert key is used instead of the tool bar button.
Actions for cutting pherograms on the left and right ends added.
Action for reverse complementing single reads added.
Minor changes.

Merge branch 'develop' of ssh://dev.e-taxonomy.eu/var/git/taxeditor into develop

fixing for compatibility with merged cdmlib

 - added transient service methods

add empty folder

 - fixed order of team members #4936

 - fixed NPE (#4937)

 - removed inBetween target for Derivative Editor (fixes #4966)