Merge branch 'develop' of wp5.e-taxonomy.eu:/var/git/taxeditor into remoting-4.0

Conflicts:
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/TaxonEditorInput.java

#5056 Adapt editor to service layer 'save' method refactoring in cdmlib

#5054 Integrate remoting session in Term Editor

This commit also fixes a loading bug in the CdmServiceCacher, adds a test for creating term vocabulary and adapts to the change in the save call (#5056)

Merge branch 'develop' of wp5.e-taxonomy.eu:/var/git/taxeditor into remoting-4.0

Conflicts:
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientOccurenceService.java

Make editor compatible with latest cdmlib service layer updates

#5012 Adding remoting session and updating save methods for Bulk Editor

Replace properties file with xml file

#5012 updates for making Bulk Editor remoting capable

Fix compile error in FeatureDistributionDetailElement

Fix deletion of single reads in Derivative Editor

Add missing transient method

Map preparation materials to derivation event description

Add check to display statistice only when cache is alive

Make background of icon transparent

Add missing file from last commit

#5010, #5046 Integrate remoting in polytomous key editor

Move test file to correct location

#5009 Update plugin to use remoting handlers

Add icon for switching to advanced media view

Rename classes according to convention

#5009 : Add handler for update all nodes operation

Merge branch 'develop' of wp5.e-taxonomy.eu:/var/git/taxeditor into remoting-4.0

Conflicts:
eu.etaxonomy.taxeditor.cdmlib/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/lazyloading/CdmLazyLoader.java
eu.etaxonomy.taxeditor.cdmlib/src/main/java/org/hibernate/collection/internal/AbstractPersistentCollection.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientClassificationService.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientOccurenceService.java

Update transient services with new delete method

#5009 Add operations and corresponding tests for delete / update nodes actions

#5009 : missed in last commit

#5009 Correct test and test data

#5009 Add delete handler / operation for polytomous key view with corresponding test class

Show abbreviated title cache for authors and refernce in taxon details
view

Show URI parsing exceptions below URI text field (fixes #5055, #5003, #4587)

Avoid duplication of edited team member (#4997)

Add no marker without a markerType (#4588)

Add ticket number to TODO

Refresh view after media view has been switched

Add MediaViewSwitch to media collection elements

Refactored code to use a static method that creates the IAction object.
This can be added by the GUI element itself.

Add button for advanced media view to media attached to desccriptions

Remove duplicate code for advanced media view (#4862)

Refactored code and added interface and abstract class to avoid
duplicate code.

Remove comments

Remove comments

Fix typo

Move xml validation to base test class

Remove manual session creation and re-enable failing tests

Ignore failing tests to check if other tests fail

Add logs to debug test issue on integration jenkins

Fix test by making sure that all entities are loaded in sessions

Remove unnecessary call to session debugger

#5036 Add missing command for polytomous key delete

#5034 Add tests for handler / operations architecture

Fix test

Fix LanguageString issue with test data

Add log4j extras to apply expression filters

Move test data to be compatible with last commit

Move test classes to right packages

#5028,#5032 Add implementation and use of new test service and Set http invoker read timeout to 0 (never )

Fix remoting code compilation errors

Fix remaining test erros for collection call changes from #5031

#5031 Update remoting code to be compatible with new common service collection calls

Merge branch 'develop' of wp5.e-taxonomy.eu:/var/git/taxeditor into remoting-4.0

#5025 : Implement load of UpdateResult using new cdm entity identifier

Merge branch 'develop' of ssh://dev.e-taxonomy.eu/var/git/taxeditor into develop

Empty text fields return empty string and not null

Revert "index on develop: 6992bef Rename NonViralName authorteams to authorship #4968"

This reverts commit 32cded397931ad359f7818fdfb91a113a074342e.

Merge branch 'develop' of wp5.e-taxonomy.eu:/var/git/taxeditor into remoting-4.0

Conflicts:
eu.etaxonomy.taxeditor.cdmlib/.classpath
eu.etaxonomy.taxeditor.cdmlib/META-INF/MANIFEST.MF
eu.etaxonomy.taxeditor.cdmlib/build.properties

Enable tests again

#4074 : Fix initialisation, use and disposal of mocke session owner

Rename NonViralName authorteams to authorship #4968

Update cdmlib version to 3.6.3-SNAPSHOT

Fix initialisation of mock session owner

Merge branch 'develop' of wp5.e-taxonomy.eu:/var/git/taxeditor into remoting-4.0

Conflicts:
eu.etaxonomy.taxeditor.navigation/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/navigation/navigator/TaxonNodeComparator.java

Delete renamed file

Fix remaining conflict

Merge branch 'develop' of wp5.e-taxonomy.eu:/var/git/taxeditor into remoting-4.0

Conflicts:
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/name/operation/DeleteTaxonOperation.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientClassificationService.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientCollectionService.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientTaxonService.java
eu.etaxonomy.taxeditor.navigation/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/navigation/navigator/TaxonNavigator.java

Fix issues with merge conflicts

#5007 : Rename move taxon node handler

Fixes from Katja for commit issue

#5007 : Integrated remoting handler / operations for taxon navigator ui

#5007 : Add remoting handler / operations for the taxon navigator

Fix problem with non persisted taxon titleCache change: #5018

adapt service call to model change

adapt transient service methods to cdmlib changes

 - update parent scroll form on property change (fixes #4881)

 - removed initial expand of sections

 - fixed potential NPE

 - fixed potential NPE

 - changed type of "Materials & Methods" to text instead of DefinedTerm
 - fixed label

 - split off "Preparation/Preservation section" from dna sample general
section

Merge branch 'develop' of wp5.e-taxonomy.eu:/var/git/taxeditor into remoting-4.0

Conflicts:
eu.etaxonomy.taxeditor.bulkeditor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/bulkeditor/referencingobjects/ReferencingObjectsView.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/name/operation/DeleteTaxonOperation.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientClassificationService.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientNameService.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientOccurenceService.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientTaxonService.java

fixed conflicts from last commit

all delete methods need an Uuid as argument

Conflicts:
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientAgentService.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientDescriptionService.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientNameService.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientOccurenceService.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientReferenceService.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientTaxonService.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientTermService.java

change delete argument to UUID

add empty test folder

TaxonNavigator : added refresh of navigator on data change
TaxonNavigatorLabels : new interface with label strings used by taxon navigator handlers
RemotingChangeAcceptedTaxonToSynonymHandler : using TaxonNavigatorLabels
RemotingMoveFactualDataHandler : remoting version of move factual data handler
RemotingMoveFactualDataOperation : remoting version of move factual data operation
RemotingMoveTaxonHandler : remoting version of move taxon handler
RemotingMoveTaxonOperation : remoting version of move taxon operation
RemotingChangeAcceptedTaxonToSynonymOperation : replaced constructor input cdm entities to their uuids
RemotingCdmHandler : updated to handle other status severities and to handle warning status in post operation
RemotingCdmUpdateOperation : updated for warning status
TaxonNavigatorTest : added move taxon and move factual data tests

ICdmDataChangeService, CdmUIDataChangeService, CdmDataChangeService : added new data change service with different services for the ui and non-ui states
CdmApplicationState, CdmStore : added data change service to app state
CdmChangeEvent, ICdmChangeListener : added change listener and even to fire in case of data changes
ICdmEntitySessionEnabled : extends new change service interface
ICdmEntitySession, CdmEntitySession : removed data change un/registration since this is now handled by the new data change service
BaseRemotingTest, MockCdmEntitySession, *Editor, *ViewPart, *Navigator : refactoring with new change listener
RemotingCdmHandler, RemotingCdmOperation, RemotingCdmUpdateOperation : added new handler / operation architecture base classes
AbstractUtility : added method for running async operation with callback to handler
RemotingChangeAcceptedTaxonToSynonymHandler,RemotingChangeAcceptedTaxonToSynonymOperation : first implementations of new handler / operation architecture
plugin.xml : added standalone and remoting handlers for ChangeAcceptedTaxonToSynonym
*Test : adapted for new handler / operation and change service

RemotingCdmUpdateOperation : corrected exception handling
RemotingChangeAcceptedTaxonToSynonymOperation : new remoting operation class
server.properties : server properties for test

rebase from remoting-4.0 branch

plugin.xml : updated plugin for new remoting handlers
RemotingCdmHandler, RemotingCdmOperation, RemotingCdmUpdateOperation : new handler / operation architecture
RemotingChangeAcceptedTaxonToSynonymHandler : using new remoting handler design
CdmStorePropertyTester : added isRemoting test

Merge branch 'develop' of wp5.e-taxonomy.eu:/var/git/taxeditor into remoting-4.0

corrected pom merge

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into develop

Merge branch 'develop' of wp5.e-taxonomy.eu:/var/git/taxeditor into remoting-4.0

Conflicts:
eu.etaxonomy.taxeditor.cdmlib/.classpath
eu.etaxonomy.taxeditor.cdmlib/.gitignore
eu.etaxonomy.taxeditor.cdmlib/pom.xml
eu.etaxonomy.taxeditor.cdmlib/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/cache/CdmServiceCacher.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientAgentService.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientDescriptionService.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientNameService.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientOccurenceService.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientReferenceService.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientTaxonService.java
eu.etaxonomy.taxeditor.editor/src/main/java/eu/etaxonomy/taxeditor/editor/view/dataimport/transientServices/TransientTermService.java
eu.etaxonomy.taxeditor.test/.classpath

minor

setting root logger setting to WARN

removed programmatic log level setting

corrected remote source to use initialzed cdm server

setting root loffer level to warn