Exported single read sequences are now filled up with gaps. (Will be dependent on a parameter in the future.)
Texts in ExportSequenceToFileHandler extzernalized and translated.

Strings in ExportSingleReadAlignmentWizardPage externalized and translated.

Fixes in ExportSingleReadAlignmentWizardPage layout.
Default values added to ExportSingleReadAlignmentWizardModel.
Updating values after model binding in ExportSingleReadAlignmentWizardPage implemented.

ref #6198 removed synonym type combobox

ref #6198 Correctly initialise ui field for pro parte and partial

ref #6205 Move excluded notes to the bottom of the wizard

Export single read alignment wizard validation refactored and extended.
Some German translations in molecular plug-in added.

Intermediate commit in implementing wizard validation (before moving to MultiValidator).
Plug-in dependencies added to molecular.

fix #6199 Excluded note for excluded taxon nodes in TaxEditor

ExportSingleReadAlignmentWizard now exposes whole format info object.
FileDialog added to ExportSingleReadAlignmentWizardPage.

Clean up Derivate perspective

 - Remove Derivate view as it is not a view but an editor (they have
their own designated area)

Fix potential NPE

fix #6198 Remove synonymrelationships in TaxEditor

fix #6197 Move excluded and unplaced from Taxon to TaxonNode in
TaxEditor

Fix possible widget is disposed exception

Fix potential NPE

Missing dependency Apache commons.lang added to molecular.lib.
Single read alignment export feature now makes use of wizard. (Selecting which sequences to export is not yet supported.)

New JPhyloIO package now exported by molecular.lib.
SingleReadAlignmentPredicates renamed to SingleReadAlignmentRDFXMLConstants.
Pherogram alignment shifts are now written to single read export unsing a custom ObjectTranslator implementation.

cleanup

Move MoveTaxonOperationTest to navigation package and try to enable

ref #5875 fix testdata in TaxEditor

ref #5875 fix testdata in TaxEditor

add gitignore

ref #3925 fix testdata in TaxEditor

ref #3925 fix testdata in TaxEditor

ref #3925 fix testdata in TaxEditor

Clean up

ref #3925 fix testdata in TaxEditor

clean up

Add dataset.dtd to TaxEditor test data

Try to reinstall tests for MoveTaxonOperation (maybe not yet correct)

Cleanup

Update testdata in TaxEditor to model changes

Update TaxEditor tests to model changes

ExportSingleReadAlignmentWizardPage now allows to select output file and
format.

ref #5974 Some synonymRelationship updates in TaxEditor tests

ref #5974 Some synonymRelationship updates

ref #5974 Some synonymRelationship updates and update for dataset.dtd in TaxEditor

Revert "update model for cdm cache in TaxEditor" classpath changes

This partly reverts commit cfb2c8db2bd6905fd8b5805915556b87af14984f.

update model for cdm cache in TaxEditor

update TaxEditor H2 test database to new model

ref #3925 remove unplaced and excluded from taxon view

fix #4461 fix ordering for Datasource View

cleanup

ref #3658 remove nomenclatural code from datasources

cleanup

ref #3658 remove nomenclatural code from datasources

ref #5974 Remove synonym relationships (rename synRelType to synRel and others)

ref #3658 remove nomenclatural code from datasources

ref #5974 Remove synonym relationships (compiling)

i18n for AuthenticationUserBar

smaller changes to display taxon interactions

ref #6176: the referencingObjectsCount is only called for wizards not in details view

ref #4867 Implement "Clone Classification" functionality

 - availabel via context menu in taxon navigator
 - parameters available: classification name, taxon relation from cloned
taxa to original taxa
 - sec reference

the pattern for new created nomenclatural references with nomenclatural title is the nomenclatural title not titlecache

fix #6175: transient objects are not marked as deleted in bulk editor only removed from model

add a new DeleteMediaConfiguratorComposite

fix the deletion of media in bulk editor

fix #6176: check if entity is new

fix #5800: remove taxonomically included from menu

ref  #5971: don't allow to edit local nomenclatural code if allowOverride is false

ref #5971: minor

ref #5971: add an admin page to the prefs and add cdm pref nomenclatural code

fix #5660: rename Name Relationship to Name Relationships

minor

CDMSequenceMatrixAdapter now exports sequence metadata.

Bug fix: CDMSequenceMatrixAdapter now does not create CharacterSetIntervalEvents if the alignment has no columns.

Add key listener to remote login dialog

 - pressing enter in the password field or selecting the connect button
with the keyboard only will now also connect

Merge branch 'LibrAlign' of ssh://dev.e-taxonomy.eu/var/git/taxeditor into LibrAlign

Merge branch 'LibrAlign' of https://dev.e-taxonomy.eu/git/taxeditor into LibrAlign

# Conflicts:
# eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.lib/.classpath
# eu.etaxonomy.taxeditor/rcp.target

change herbarium to collection

Merge branch 'develop' into LibrAlign

Add spring oauth2 dependency

ref #6163: in occurence bulk editor it is possible to add media

ref #5972: the wizard warns the user if the reference is used ssomewhere else

fix #3573 Add non-generic configurator page to ABCD import wizard

#ref #5496 Do not show any terms for preservation method and stage
preferences

ref  #6159: minor

ref #6159: fix that some column show no data

Fix potential NPE

Merge branch 'develop' into LibrAlign

# Conflicts:
# eu.etaxonomy.taxeditor.molecular.lib/.classpath

Plugin molecular.lib refactored to use direct project dependencies. This should not be merged into trunk, since this is only for development state. (Currently the trunk is anyway already using different Maven dependencies.)
Adjustments to recent changes in JPhyloIO.

ref #6058 store named area filters more individually

Removed p6spy from classpath

minor changes for name details view configuration

add the nameDetails configuration

minor

fix #6050: add the possibility to configure which fields should be displayed in name details view

fix test

ref #6050: test git/redmine and add the pref keys for configurable details view

fix #6129: remove additional authorstring in selection dialog search field

fix #5891: save null instead of empty string for text fields

smaller changes for specimen import and others

minor changes in excel import wizard

minor

delete transient services

minor

remove experimental code

minor

fix  #5692: adapt delete algorithm to annotatedLineEditor mechanisms