merge-update from trunk

Adjustments to recent changes in LibrAlign.

 - added temporary shortcut "o" for opening a file chooser to load a pherogram

merge-update from trunk

 - removed personal home folder

 - added experimental key binding for 'a' for the AlignmentEditor

merge-update from trunk

 - committed changed classpath

 - fixed focus problem of MediaViewPart

merge-update from trunk

merge-update from trunk

merge-update from trunk

AlignmentEditor adjusted to recent changes in LibrAlign.

added sanity checks for delimiters

pom.xml : comment for the file permissions problem
eu.etaxonomy.taxeditor.application/META-INF/MANIFEST.MF : removed version numbers and added plugin for repository metadata
ApplicationWorkbenchWindowAdvisor : added saving of repositories to post window close
P2Util, PreferencesUtil, PreferencesUtil  : added loading / saving of repositories from / to preference store
eu.etaxonomy.taxeditor.store/META-INF/MANIFEST.MF : added plugin for repository metadata

 - added delete command to DerivateView

 - when editing a CDM entity in an EditFromSelectionWizard the entity will be cloned before editing.
 - when hitting "Finish" the entity will be merged with the original.
 - when hitting "Cancel" the merging will not be made and the changes will be ignored -> this fixes #2645

 - added java doc
 - specified method parameter

 - rename IDirtyMarkableSelectionProvider to IDirtyMarkable
 - extended interface IDirtyMarkable #2645
  - added method forceDirty()

fix #2187

disabled constraints

reset db

regenerated empty h2 cdm db

moving h2 dir

 - removed workbenchShutdown actions because the editor cannot be closed if they fail

added spring repositories

removing tests since they have moved to eu.etaxonomy.taxeditor.remoting

set svn:ignore on lib dir and removed auto dounloaded webapp war file

removing target dir from svn control

added settings dir

added hidden files

added new project for remoting

Added a default menu entry for the checklist editor, so that one can choose distributions directly from the opened editor.

Example in AlignmentEditor changed to a more realistic case.

 - added implementation info

merge-update from trunk

eu.etaxonomy.taxeditor.product, eu.etaxonomy.taxeditor.feature/feature.xml, eu.etaxonomy.taxeditor.feature.platform/feature.xml : commented out license text to prevent extra popup on update
plugin(_de,_en).properties : added license info to productBlurb used in the About popup
ApplicationWorkbenchWindowAdvisor, IPreferenceKeys, TaxonomicEditorGeneralPreferences : removed preference for allowing update checks on startup as this is already provided by rcp
ApplicationWorkbenchWindowAdvisor, ApplicationUtil, P2Util, UpdateHandler : changed setting of default repositories to make sure that they are set on startup

setting unsigned policy to always allow unsigned jars to be updated

 - added support for image gallery creation for FieldUnits (#4389)
 - added support for DerivateView to MediaView

#4389
 - unified "New Image Gallery" command and handler for TaxonEditor and BulkEditor
 - Removed "Add Derived/Field Unit Media" command
 - added interface IPartContentHasMedia to specify that the MediaView should react to selection changes of implementers

Added copy button to popup and context info to the error trace

 - removed unused variable

 - avoid possible NPE

adding options to ensure that the product .zip files are not signed

adding signing of jars to maven package phase
P2Util : added snapshot dir to list of hardocded sites
eu.etaxonomy.taxeditor/pom.xml : added signJars and uploadRepo (from parent pom) profiles
pom.xml : removed uploadRepo (from parent pom) profile
feature.xml : removed update configurator plugin as it clashes with simple configurator

 - externalized plugin.xml

 - fixed possible LazyInitializaitionException in DerivateLabelProvdider

added CET to end of build date

set org.eclipse.update.reconcile to false to avoid logging of bundle already being installed errors

added caused by to multistatus error dialog

OpenDefinedTermEditorHandler : changed error dialog to warning since there is no exception
CdmErrorDialog : changed copy item text to avoid confusion
MessagingUtils : cleanup and added MultiStatus errorDialog to solve windows problem (#4416)

 - removed @Cascade for country in GatheringEvent because DefinedTerms should not be cascaded
 - added new service method to occurence service to find all CDM entities that are not saved via cascading
 - added tests for new method
 - added test for concurrent session saving of terms
 - made use of method for specimen import via DataImportView

added comments

added check for entity being null

added profile for uploading plugins to update site

eu.etaxonomy.taxeditor.product : updated start levels, added update specific arguments
feature.xml x 2 : added dependencies for p2 updates
IPreferenceKeys : added the key to allow updates at startup
TaxonomicEditorGeneralPreferences : added checkbox to allow updates at startup

mappings file for about properties

P2 update implementation and editor version extraction

ApplicationWorkbenchAdvisor : clean up
ApplicationWorkbenchWindowAdvisor : added update of editor to startup
P2Util : replaced older class with a new one which handles background update of editor
UpdateHandler : handles modal update of editor when requested
InstallNewSoftwareHandler, PreloadingRepositoryHandler : handlers for installing new software and preloading repositories (not used yet)
ApplicationUtil : added new methods to retrieve editor version number
TaxonomicEditorPlugin : added new methods for retrieving provisioning elements
build.properties, pom.xml, plugin_en.properties, plugin.properties, plugin_de.properties : setup dynamic properties (version number , build date) to be replaced via maven
plugin.xml, MANIFEST.MF : added new dependencies for p2 update mechanism
p2.inf : deleted since we now setup update repositories programmatically

added new error dialog for operations

 - bind conversation before saving specimen

merge-update from trunk

 - implemented unstable DataImportView which will replace DataImportEditor

 - added label to EmptyElement
 - added EmptyElement to NonViralNameDetailSection if taxon.getName() is null (fixes #4221)

change labels for relationship descriptions #4087

 - moved toggle button to the top-right corner of the Media(Specimen)Section (#3339)
 - Changed label

Updated version in config files to 3.3.8-SNAPSHOT

Updated version in config files to 3.3.7

 - added full square as replacement for control characterers (#2248)
 - added flag to TextWithLabelElement to allow multi-line behavior
 - changed description labels (#4087)
 - renamed method

Renamed label "Messages" to "Error Log"

 - added filter button to setEnabled()

 - fixed possible ClassCastException

 - fixed typo

 - implemented functionality to reuse media in MediaView (#2385)

 - fixed removing of control characters (fixes #4373, affects #2248)
   - added condition to only replace if the string contains control characters
   - cursor will still jump back but only when control characters were removed
 - removed unused method

 - added javadoc

 - renamed interal_selectionChanged() to selectionChanged_internal()

 - moved parsing message section to top of details view (fixes #1659)

 - added property tester for context menu entries for media view (#3339)

 - remove control characters from TextFields (fixes #2248)

 - added forceDirty() method to set the BulkEditor dirty when editing in MediaView #2407
 - TODO: should be replaced with the possibility to set views dirty when we move to Eclipse 4

 - used native SWT checkBox button to toggle advanced view

 - separated user interface to add media into two classe (#3339)
 - added it to MediaSpecimenGeneralDetailElement

Added note to default language preference page to inform the user about restarting the editor after making changes to the language setting.

refactored default language selection methods.

Indirect dependency from bioinfweb.commons added.

Initial height distribution implemented in AlignmentEditor.

 - generalized simple user interface to add media (#3339)

remove logging for DerivedUnitFacadeNotSupportedException as it is handled #3846