merge-update from trunk

 - add determination to field unit when importing via SpecimenImportView
 - do not add IndividualAssociation between taxon and field unit

merge-update from trunk

 - fixed multiple creation of subspecies nodes

HandlingCdmEntitiesTest.java / HandlingCdmEntitiesTest.xml : Added new test to describe save, update, merge of cdm entities (mimicking remoting)
cdmlib-remote-servlet.xml : added commented option to expose remoting
CdmIntegrationTest.java : added comment on how to disable transactional behaviour in tests

merge-update from trunk

 - fixed the unnecessary creation of multiple references and taxon nodes in ABCD import
 - added new ABCD import test

 -added CleanSweepInsertLoadStrategy to fix failing test

 - refactored data structure for taxon identifications in ABCD import
   - trimming scientific names avoids creation of multiple taxa/taxon nodes
 - added check for number of taxon nodes to test

 - cleaned up code

 - fixed typo

fix delete taxon nodes with children

merge-update from trunk

 - added resetFields() method to avoid NonUniqueObjectExceptions

bugfix for null rank in #4374

update javadoc for OrderedTermBase.compareTo

minor javadoc

remove generics

compare classes instead of voc

add override

generics

typos

overwrite the performCompareTo method in PresenceAbsenceTermBase for a comparison of presence and absence terms (presence terms are sorted before absence terms)

handle null name

 - fixed case where a DerivedUnit is given as method parameter -> needed also to check for parent FieldUnits

 - reverted accidentally removed methods due to merge with trunk

merge-update from trunk

 - removed @Cascade for country in GatheringEvent because DefinedTerms should not be cascaded
 - added new service method to occurence service to find all CDM entities that are not saved via cascading
 - added tests for new method
 - added test for concurrent session saving of terms
 - made use of method for specimen import via DataImportView

typos

typos

typos

typos

typos

typos

 - temporarily disabled test

 - used utility method for modifier

merge-update from trunk; added import preference to add media as media specimen

 - replaced save() with saveOrUpdate()

 - adpated test to model changes (cascading)

 - added cascading to setOfReferences in DeterminationEvent

 - changed from MySql to H2

 - added test for saving non-cascaded CDM entities

 - fixed possible NPE

 - adapted some save method to allow transient services (#3726)

[maven-release-plugin] prepare for next development iteration

[maven-release-plugin] prepare release cdmlib-parent-3.3.7

added FEATURE_STORE to be compliant with XML-IMPORT for cdmlib-app

reverting hack related to #4368 (caching api causes bug in Rank.getAbbreviation())

updating TODO

added check for null cdm entity when putting default terms in cache

added possiblity to initialise some specific terms (like default language) which could be called outside a session

some generics

minor

add identifiers to hibernate.cfg

 - fixed parsing of elevation in GBIF response

refactoring taxon controllers, reducing code duplication

merge-update from trunk

 - commented model changes for alternatve identifiers due to exceptions when connecting to data base #4275

merge-update from trunk

fixing prefer specific distributions for  #3904 (EuroMed: Implement filtering rules for Distributions), status=null was ereoneously preferred

solving  #4294 (order of map legend entries conforms to term order)

first attempt to fix #4294 (order of map legend entries conforms to term order)

adding @Transient to new API methods introduced for #3327 (better API for OrderedTermBase and OrderedTermVocabulary)

minor

minor

remove potential NPE in CdmDataSourceBase

fix the test

isDeletable ignores relations of identifiableEntity

 - generalized simple user interface to add media (#3339)

 - assured image order for images from image galleries #3242

 - changed HashMap to LinkedHashMap to keep order of insertion
 - this should fix #3242

first implementation of alternative identifier #4275

remove old and misleading titleCache length

minor

remove TODO

merge-update from trunk

merge-update from trunk

updating team

fix jenkins

add vol to generic infereference formatting

 - changed initialization of CDM entities
 - fixed typo

 - replaced using the dao with using the service for taxa

 - fixed typo

merge-update from trunk

 - finished DerivateHierarchyDTO citation

isAncestor() using treeIndex

gitignore

missing update

better handling of abbreviated title cache in references, series -> seriesPart and some improvements in the reference cache strategies #4280, #4239  , changes in tests

better handling of abbreviated title cache in references, series -> seriesPart and some improvements in the reference cache strategies #4280, #4239

merge-update from trunk

 - restructured derivate hierarchy query
   - step 1: get associated field units for a taxon (taxon service)
   - step 2: assemble derivate hierarchy for each field unit (occurrence service)

 - added timeout and null check

Formatting for aggregates with Authors (E+M exception)

Change authorTeam types in NonViralName from INomenclaturalAuthor to TeamOrPersonBase  #1489

reverting test for #686 (orderindex of rank undefined) to ist original version and removing ignore since the bug is fixed now