#5593 springfox 2.4.0

un-ignoring spy.log

Some additional tests for sorting homotypical groups #3338

Add circular check for homotypicgouptaxon comparator #3338

#4634 cleaning strings from image EXIF IPTC TIFF metadata

#5017 update mailinglists information

Unignore IPNI Test

#5635 indexing : skipping MultilanguageText entities with text == null

Include rank comparison in HomotypicGroupTaxonComparator #3338

Preliminary set IPNI tests to ignore

minor

minor

Fix bug in HomotypicGroupTaxonComparator #3338

Add uuid based method for deleting type designations #5490

#5657 futher fixes for the static swagger doc

Add method for getting nomenclatural status

#5657 incomplete static swagger documentation fixed

Merge branch 'develop' of ssh://dev.e-taxonomy.eu/var/git/cdmlib into develop

Ordering of multiple Homotypic Groups #3338

Some cleanup for HGTaxonComparator  #3338

Apply HomotypicGroupTaxonComparator to all existing uses of old
TaxonComparator  #3338

Cleanup

Improve sort order within a homotypic group (new Comparator) #3338

minor

Add Orthography Rejected to NomenclaturalStatusType   #5649

Improve sort order within a homotypic group (new Comparator) #3338

Fix formatter bug

Add IntextReference to related objects test classes

Javadoc

Fix deduplication problem with list order  #5652

minor

fix the taxeditor tests

minor

TaxonNodeByNameComparator is not a component anymore and add configurable delete method for media

fix move synonym to another accepted taxon

fixing cdm database detection for h2 databases

Add cultivated, presence questionable to PresenceAbsenceTerms  #5443

Update cdmlib version from 3.13.0-SNAPSHOT to 4.0.0-SNAPSHOT

Fix combination author without space parsing  #5618

Implement notho rank recognition #3868

Refactor associated taxa assembly to include uuid #5611

workaround for #5590

fixing LIE related to point locatins in OccurrenceListController

workaround for delete of polytomous keynodes, because of null values in children list

Add post-separator to better handle tagged text

noone should ever have a bin folder in the project folders

java spring configuration for remoting services

Add MySQL to Source class

removing all (almost all) spy6 references and dependencies

new ide launcher

updating data in swagger doc

remote webapp pom fixed for windows

setting maven test scope for cdmlib-test again

cosmetics

easier string profile selection

Preliminary add tableGeneratorGlobalOverride to all session factories
again #4716  ()

see also r27338 and r27330

Refactor format method of cdm formatter

like before

Move TableGenerator(GlobalOverride) from test to persistence  #4716

Add new test for author name parsing

minimum documentation on TableGeneratorGlobalOverride

Minor

removing test dependencies from java doc

fixing spring profiles setup

adding jackson dependencies again to default scope

adding missing dependencies to launchers and adding permGenSpace setting again (java 7 compatibility)

removing tableGeneratorOverride from non testing application contexts

serving swagger api doc in production mode (default) from static files:
  - default spring profile with StaticSwaggerApiDoc controller
  - swagger spring profiles with generically generated documentaiton only for integration test environments
  - creating the resulting war file after running the integration tests
  - during integration tests the SwaggerGroupsIT class fetches the dynamically provided documentation

Refactor formatter framework
 - Simplify interface
 - added javadoc
 - added static methods

Fix potential NPE

Minor

Add reported in error static method

Fix cache strategy for taxon base with appended name #5586 and #5577

Fix bug in TextData factory method.

upgrading yourkit agent to version 2015

Minor

Add separator after nom status in taxon titleCache #5576

excluding database drivers from cdmlib-remote-webapp.war

removing c3p0 jar from cdmlib-remote-webapp.war

Fix for DnaSample relation to Identifier, Annotations, etc.
 - Add DnaSample to metaDef for Any relation in package-info.java
 - added test for SampleDesignation for DnaSample

Fix failing test

Revert "#5563 fixed by avoiding access to null FeatureNodes"

This reverts commit cabfc584dd026a8c139b837af01af786bb619bed.

Fix et al. for collectors   #5568

Adjust specimen delete configurator
 - when isDeleteChildren is true then also molecular data will be
deleted
 - specimen descriptions will always be deleted

Add missing Transactional annotation to delete method

#5563 fixed by avoiding access to null FeatureNodes

latest changes to markup import

Fix CCE in DefinedTermDaoImpl.getPartOf (#5556) and make deproxy more
generic

Merge branch 'hotfix/3.12.4' into develop

Conflicts:
cdmlib-services/src/test/java/eu/etaxonomy/cdm/api/facade/DerivedUnitFacadeCacheStrategyInjectionTest.java
cdmlib-services/src/test/resources/eu/etaxonomy/cdm/api/facade/DerivedUnitFacadeCacheStrategyInjectionTest.xml

updating poms for branch'hotfix/3.12.4' with non-snapshot versions

Fix strategy injection test

Fix test for cache strategy loading

Fix javassist error for specimen cache strategy loading #5545

Fix test for cache strategy loading

Fix javassist error for specimen cache strategy loading #5545

Latest changes to markup import

updating poms for 3.12.4 branch with snapshot versions

Add invasive to MarkupTransformer

Add new status to Markup-Transformer

Merge branch 'hotfix/3.12.3' into develop

Conflicts:
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/TaxonNodeServiceImpl.java
cdmlib-services/src/test/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/TaxonServiceSearchTest.java