implement tree index update

update script for tree indices (#2947)

small change in functional testing

minor cleanup

minor

minor

cleanup blank abbrevLabels

latest changes to Schema updater and handling of blank abbrevLabels

Update script for termtype and some other, remove InstitutionType and COntinent, update idInVocabulary, ...

use new instance method and some other minor changes

minor

use new instance method

schema updater for rankClass values and cleaning up

fix test schema for cloning

replace asserts

minor

minor

set termType term updater to literals

schemaupdater for termType

validate termType not null and some minor changes

set termType when loading terms

readCsv Class changed

fix NameFeatures csv

update update script such that no validation errors exist anymore

change some names in molecular and update the update script

merge trunk to branch cdm-3.3

merge trunk to cdm-3.3 branch

minor

some changes to the update script

set max length for idInVocabulary

use strings for recordBasis (#2615 und #3544)

use strings for rankClass (#2615 und #3544)

use strings for sourcetypes (#2615 und #3544)

use strings for termtypes (#2615 und #3544)

fix characters problem in KeyImport

fix characters problem in KeyImport

allow taxon status 5 for occurrences in BM import

change on logging, try find error for stracktrace handling

change on logging, try find error for stracktrace handling

merging trunk to pesiimport3

VocabularyServiceImpl.java, TermVocabularyDaoImpl.java, IVocabularyService.java, ITermVocabularyDao.java : added method (findByTermType) to find all vocabularies related to a particular term type.
TermType.java : Added method (getEmptyDefinedTermBase) to return DefinedTermBase object corresponding to the (this) TermType.
AnnotatableEntity.java : Initialising set annotations on declaration to avoid hibernate 'delete-all-orphan' error

change on logging, try find error for stracktrace handling

merging trunk to pesiimport3

minor

minor

minor

change on logging, try find error for stracktrace handling

add materials and methods feature to markup

remove imports

implement some more term hierarchies and isKindOf and getGeneralizationOf(recursive) for IDefinedTerm   #3611

added isKindOf and getGeneralisationOf(recursive) to IEnumTerm  #3611

implemented IEnumTerm and its hierarchies #3611, #3618

Separate interface for DefinedTermBase and enumerations  #3618

fix test after removing media from specimenOrObservation #3597

remove superflous test from NameServiceImplTest

Remove media from SpecimenOrOBseravationBase #3597

devided TimePeriod and TimePeriodParser #3617

fix failing tests for adding descriptionElementBase.timeperiod #3312 and clean up TimePeriod class

add timeperiod to descriptionElementBase #3312

harden the EventBase.timePeriod setter

javadoc

update script for genbank accession removal #3552

update script (first part) for new specimen handling in DescriptionBase #3571

update script for new mediaSpecimen attribute #3614

remove descriptive system from description base #2202

Add MediaSpecimen (still missing schema updater and tests) #3614

first implementation of new molecular package #3360

add serial version id

moving code

minor

remove import

minor

implement kindOf for term types #3161

minor

compile fix for updater

delete not needed Schema Updater

change Exception type NoSuchMethod -> DatabaseTypeNotSupportedException  #3592

Rename RightsTerm -> RightsType  #1306

minor

add isonym relationship (#2901) and original spelling (#2874)

minor

add isonym relationship (#2901) and symmetric, transitiv to term updater.

add name relationship type "original spelling for" #2874

implement CDMPreferences #3555

implement CDMPreferences #3555

Make Specimen - SpecimenDescription one-to-many  #3571

changed cache folder to save under user home dir

implement sortIndex for TaxonNode (#3508)

implement sortIndex for TaxonNode and remove usedSynonym from addChildNode methods (#3508)

add stacktrace to log

renaming CategoricalData.states -> stateData (#2923)

make Sequence-PhylogeneticTree ManyToMany (#2540)

renaming CategoricalData.states -> stateData, update Lucene search (#2923)

update tests for rename states to stateData #2923

renaming CategoricalData.states -> stateData (#2923)

resizing titleCache and fullTitleCache (#1592) and renaming CategoricalData.states -> stateData (#2923)

reintegration of branch "gwt-ui" concerning stream based excel import

Reintegration of the branch "gwt-ui" concerning stream based excel import

repair trunk cdmlib io taxonx

merge branch to trunk