#5397 replacing swagger-springmvc by springfox-swagger2

#5397 fixing mapping problems in Description* controllers

organizing imports

#5397 creating separate controller for DescriptionElemens: avoids need for CdmAntPathMather and thus simplifies the Spring configuration

organizing imports

organizing imports

#4716 reduicing clutter in the lucene index and solving performance problems which probably fixes #4277 and #3663

#4761 performance improvent of massindexer by using new hibernate 5 massindexer, speedup by 3x

#4761 performance improvent of massindexer by using new hibernate 5 massindexer, speedup by 3x

#4761 removing @Indexed from abstract base classes since hibernate now fully supports polymorph class hierarchies

#4761 avoiding deprecations in highlighter api

#4761 updating means to obtain the IndexManager to new hibernate search api and extending according test

#4761 TopDocs adapting to removed IndexSearcher.setDefaultFieldSortScoring(boolean, boolean) method

#4761 TopDocs now supports maxScore, so TopGroupsWithMaxScore has become obsolete

#4761 removing @Field annotation from CdmBase.id which has become obsolete

#4761 correcting usage of new paramaters joinQuery parameters ScoreMode and multipleValuesPerDocument

adding note with link to the cdmlib-remote-webapp configuration and bootstrapping wiki page

#4761 fixing broken area filter join query, by circumventing a bug in lucene LUCENE-4824 (numeric fields not supported in join queries)

#4716 fixing proplems with testdata by making use of the CleanSweepInsertLoadStrategy.class

#4716 using BooelanQuery added with Occur.FILTER instead of deprecated search method

#4716 removing deprecated usage of new BooleanQuery, using BooleanQuery.Builder instead

index creation without errors, most lucene search test working again
  - using TextField instead of StringField to enable tokenization for some fields
  - @IndexedEmbedded(includeEmbeddedObjectId=true) added where necessary

#5415 additional hibernate config file for specific integration test phases

#4716 IndexDocValue related issues solved, indexing now without exceptions, most tests in TaxonServiceSearchTest successful - commit of missing file

#4716 IndexDocValue relates issues solved, indexing now without exceptions, most tests in TaxonServiceSearchTest successful

TaxonServiceSearchTest: assertions no longer unnessecarily doing object comparision, relying on auto boxing is better!

first steps to make lucene working again

disabling unnecesary component scan

#4716 fixing setup of cdmlib-remote-webapp
  - swagger disabled due to https://github.com/springfox/springfox/issues/1055
    - eu.etaxonomy.cdm.remote.config.CdmSpringMVCConfig.CdmSwaggerConfig.java renamed to CdmSwaggerConfig.java.disabled
    - @EnableSwagger commented in eu.etaxonomy.cdm.remote.config.CdmSpringMVCConfig
  - relaxing too excessive component scan in cdmlib-remote/src/test/resources/applicationContext.xml

#4716 temporarily making 3 fieldnames lowercase to prevent from trouble with new hibernate naming strategy, needs to be reverted later, see #5369

Minor

Upgrade from aspectj 1.7.4 to 1.8.7    #4716

Minor generics changes for TcsXmlExport

#4716 upgrading maven jetty plugin to latest, requires java 1.8

Remove spring version from remote-webapp pom   #4716

Update some more hibernate mapping nameings  #4716 and #5369

Move from hibernate-search to hibernate-search-orm   #4716

#4716 upgrading spring xsd schema version to 4.0

Set failing DescriptionService test preliminary to ignore  #4716

Upgrade to hibernate 5.0.4   #4716

from 5.0.3

Fix upgrade issues after rebase  #4716

Add jta to pom to fix exception coming with hibernate 5.0.4   #4716

Fix issues after rebase #4716

Fix compile issues after rebase  #4716

Add some more gitignore and comment ignore TaxonSearchTest   #4716

Upgrading to srping 4.2.3, jodatime 2.9.1 and commons-collections 3.2.2
#4716

Remove dbunit dependency  #4803

Update to hibernate 5 for cdmlib-remote and pring (no changes)  #4716

Update to hibernate 5 for cdmlib-io  #4716

update gitignore

migrate to hibernate 5 for cdmlib-services and cdmlib-ext #4716

 * (except for hibernate search tests)
 * including new spring-config structure

Adapt cdmlib-persistence to new testing architecture  #5370

Add first version of cdmlib-test    #5370

Upgrade to hibernate 5 with persistence tests running  #4716

Fix all compile errors from services to remote (some only preliminary)
#4716

Remove MultCollector class #4716

The original is now available through lucene 4.10

Further adapt to new jackson and new lucene version  #4716

Hibernate, lucene and search upgradet to 4.3.11, 4.10.4 and 5.2.1  #4716

Only compiling, test not running due to leak in connection pooling for
tests

Some cleanups in hibernate user types

Upgrade to spring 4.2.2, spring-security 4.0.2 and latest hibernate
validator  #4716 and #4702

Fix bug for embeddable classes in AdvancedBeanInitializer #5383

Fix associated specimen retrieval for name determination
 - added test

#4313 implementing full stack of methods to expose TaxonNodeAgentRelations via remote controllers

Added test for taxon (name) <-> specimen association

fix #5341 and fixing deletion of specimen

removing commented testcases which are broken in spring 4 and unused in the cdm remote controllers

Upgrade batik and c3p0   #4716

Upgrade jaxb version and to new glassfish implementation and more spring
cleanup  #4716

Upgrade to spring 4.2.2, spring-security 4.0.2 and latest hibernate
validator  #4716 and #4702

Reduce jena-tdl from 3.0.0. to 1.1.2 for now #4716

Update dependency versions for further dependencies #4716

commons-logging, commons-codec, jboss-logging, jena-tdb,
commons-beanutils, joda-time, ehcache-core, Saxon-HE,
hibernate-commons-annotations, javassist

Update simple dependency versions  #4716

httpcomponents, doxia, poi, jackson, slf4j, aspectjrt + weaver, wsdl4j,
guava, jaxen, xstream, xom, jtds, mysql (remaining), validation-api,
itextpdf

Remove jdom from cdmlib-print pom

Update jdbc-driver versions #4716

Upgrade hibernate3 maven plugin and ant plugin versions and dependencies
#4716

Add spring-context to cdmlib-model

Change springframework to spring in persistence #4702

Fix spring-jdbc dependency

Add jdom2

Change from springframework to spring in parent-pom #4702

Change from springframework to spring in cdmlib-io and -remote #4702

Remove spring-framework test dependency from cdmlib-services #4702

Change springframework to spring in cdmlib-model #4702

Change springframework to spring in cdmlib-commons

#5338 Check monitor map for null key when getting value

#5000 Add new metadata service

#4962 commenting performance measure print-out via System.err

#4962 avoiding bean initialization in getChildNodesAtRank() as much as possible - performance improvement

revert chamges in MatchMode

revert chamges in MatchMode

Fix typo

Extended test for specimens associations

Remove unused parameters

Add test for all possible specimen associations

#4313 relationship  type as additinal filter option for TaxonNodeAgentRelation services

Add new service method listDerminationEvents to occurrence service which
lists all determination events that contain the given specimen

Check for names and synonymy when checking specimen determinations

Add java doc

Clean up BeanInitNode embeddable issues   #5383

Fix bug for embeddable classes in AdvancedBeanInitializer #5383