minor

some changes to the update script

set max length for idInVocabulary

use strings for recordBasis (#2615 und #3544)

use strings for rankClass (#2615 und #3544)

use strings for sourcetypes (#2615 und #3544)

use strings for termtypes (#2615 und #3544)

VocabularyServiceImpl.java, TermVocabularyDaoImpl.java, IVocabularyService.java, ITermVocabularyDao.java : added method (findByTermType) to find all vocabularies related to a particular term type.
TermType.java : Added method (getEmptyDefinedTermBase) to return DefinedTermBase object corresponding to the (this) TermType.
AnnotatableEntity.java : Initialising set annotations on declaration to avoid hibernate 'delete-all-orphan' error

minor

implement some more term hierarchies and isKindOf and getGeneralizationOf(recursive) for IDefinedTerm   #3611

added isKindOf and getGeneralisationOf(recursive) to IEnumTerm  #3611

implemented IEnumTerm and its hierarchies #3611, #3618

Separate interface for DefinedTermBase and enumerations  #3618

fix test after removing media from specimenOrObservation #3597

remove superflous test from NameServiceImplTest

Remove media from SpecimenOrOBseravationBase #3597

devided TimePeriod and TimePeriodParser #3617

fix failing tests for adding descriptionElementBase.timeperiod #3312 and clean up TimePeriod class

add timeperiod to descriptionElementBase #3312

harden the EventBase.timePeriod setter

javadoc

update script for genbank accession removal #3552

update script (first part) for new specimen handling in DescriptionBase #3571

update script for new mediaSpecimen attribute #3614

remove descriptive system from description base #2202

Add MediaSpecimen (still missing schema updater and tests) #3614

first implementation of new molecular package #3360

add serial version id

moving code

minor

remove import

minor

implement kindOf for term types #3161

minor

compile fix for updater

delete not needed Schema Updater

change Exception type NoSuchMethod -> DatabaseTypeNotSupportedException  #3592

Rename RightsTerm -> RightsType  #1306

minor

add isonym relationship (#2901) and original spelling (#2874)

minor

add isonym relationship (#2901) and symmetric, transitiv to term updater.

add name relationship type "original spelling for" #2874

implement CDMPreferences #3555

implement CDMPreferences #3555

Make Specimen - SpecimenDescription one-to-many  #3571

implement sortIndex for TaxonNode (#3508)

implement sortIndex for TaxonNode and remove usedSynonym from addChildNode methods (#3508)

renaming CategoricalData.states -> stateData (#2923)

make Sequence-PhylogeneticTree ManyToMany (#2540)

renaming CategoricalData.states -> stateData, update Lucene search (#2923)

update tests for rename states to stateData #2923

renaming CategoricalData.states -> stateData (#2923)

resizing titleCache and fullTitleCache (#1592) and renaming CategoricalData.states -> stateData (#2923)

minor

move DescriptionElementSource to description package #2345

remove ReferencedMediaBase and Figure, let PhylogeneticTree inherit from Media, remove citation and microcitation columns from DB

add original source type "primary media source"  #2539

rename FieldObservation -> FieldUnit  #3351

rename FieldObservation -> FieldUnit  #3351

adding recordBasis to SpecimenOrObservationBase and removing some DerivedUnit classes (all #3378) and adding kindOfUnit to SpecimenOrObservationBase (except for according termType and vocabulary) #3568.

Schema update for startNumber and using startNumber in nodeNumber refresh #3563

implement start number for PolytomousKeys #2327

implement abbreviated title for references  #1551

implement abbreviated title for references  #1551

Updating test data for publish flag (III) and removing dataset.dtd from cdmlib-ext

Updating test data for publish flag (II)

Updating test data for publish flag (I)

implement publish flag for TaxonBase and SpecimenOrObservationBase  #1780  (testdata not yet fixed)

remove homotypical gorup form type designation base and interface  #2173

updated Media.addDescription to media.putDescription   #2511

updated Media.addDescription to media.putDescription   #2511

remove homotypical gorup form type designation base and interface  #2173

minor

minor

minor javadoc fix

add nom status type "new combination" #3545

add nom status type "new combination" #3545

minor

added ranks proles, race and sublusus #2793 (III)

added ranks proles, race and sublusus #2793 (II)

added ranks proles, race and sublusus #2793 and updated TermUpdater

Sicilia -> Sicily  #2766

Remove GenBankAccession class, Spatium for EN_DASH and some minor stuff for v3.3

URIs->CLOBs

add update step for non unique status

make Sequence.sequence a clob  (#3325)

fix failing distance test

added distanceTo(Ground/WaterSurface)Text  -> 1 Test still not running

merge trunk to 3.3

-

3.3. pom preliminary back to 3.2.2

implement RankClass, remove iso639_2, add max values to distance attributes, change type for distances,

added comb. nov.

remove backup file

make term loader required constructor protected and exchange modifier classes by DefinedTerm

exchange modifier classes by DefinedTerm, add termtype to csv files, make term loader required constructor private

fix handling of iso639_2 (add vocabulary check)

remove commented code

remove deprecate constructor call in TestingTermInitializer