TaxonNodeByNameComparator is not a component anymore and add configurable delete method for media

fix move synonym to another accepted taxon

fixing cdm database detection for h2 databases

Add cultivated, presence questionable to PresenceAbsenceTerms  #5443

Update cdmlib version from 3.13.0-SNAPSHOT to 4.0.0-SNAPSHOT

Fix combination author without space parsing  #5618

Implement notho rank recognition #3868

Refactor associated taxa assembly to include uuid #5611

workaround for #5590

fixing LIE related to point locatins in OccurrenceListController

workaround for delete of polytomous keynodes, because of null values in children list

Add post-separator to better handle tagged text

noone should ever have a bin folder in the project folders

java spring configuration for remoting services

Add MySQL to Source class

removing all (almost all) spy6 references and dependencies

new ide launcher

updating data in swagger doc

remote webapp pom fixed for windows

setting maven test scope for cdmlib-test again

cosmetics

easier string profile selection

Preliminary add tableGeneratorGlobalOverride to all session factories
again #4716  ()

see also r27338 and r27330

Refactor format method of cdm formatter

like before

Move TableGenerator(GlobalOverride) from test to persistence  #4716

Add new test for author name parsing

minimum documentation on TableGeneratorGlobalOverride

Minor

removing test dependencies from java doc

fixing spring profiles setup

adding jackson dependencies again to default scope

adding missing dependencies to launchers and adding permGenSpace setting again (java 7 compatibility)

removing tableGeneratorOverride from non testing application contexts

serving swagger api doc in production mode (default) from static files:
  - default spring profile with StaticSwaggerApiDoc controller
  - swagger spring profiles with generically generated documentaiton only for integration test environments
  - creating the resulting war file after running the integration tests
  - during integration tests the SwaggerGroupsIT class fetches the dynamically provided documentation

Refactor formatter framework
 - Simplify interface
 - added javadoc
 - added static methods

Fix potential NPE

Minor

Add reported in error static method

Fix cache strategy for taxon base with appended name #5586 and #5577

Fix bug in TextData factory method.

upgrading yourkit agent to version 2015

Minor

Add separator after nom status in taxon titleCache #5576

excluding database drivers from cdmlib-remote-webapp.war

removing c3p0 jar from cdmlib-remote-webapp.war

Fix for DnaSample relation to Identifier, Annotations, etc.
 - Add DnaSample to metaDef for Any relation in package-info.java
 - added test for SampleDesignation for DnaSample

Fix failing test

Revert "#5563 fixed by avoiding access to null FeatureNodes"

This reverts commit cabfc584dd026a8c139b837af01af786bb619bed.

Fix et al. for collectors   #5568

Adjust specimen delete configurator
 - when isDeleteChildren is true then also molecular data will be
deleted
 - specimen descriptions will always be deleted

Add missing Transactional annotation to delete method

#5563 fixed by avoiding access to null FeatureNodes

latest changes to markup import

Fix CCE in DefinedTermDaoImpl.getPartOf (#5556) and make deproxy more
generic

Merge branch 'hotfix/3.12.4' into develop

Conflicts:
cdmlib-services/src/test/java/eu/etaxonomy/cdm/api/facade/DerivedUnitFacadeCacheStrategyInjectionTest.java
cdmlib-services/src/test/resources/eu/etaxonomy/cdm/api/facade/DerivedUnitFacadeCacheStrategyInjectionTest.xml

updating poms for branch'hotfix/3.12.4' with non-snapshot versions

Fix strategy injection test

Fix test for cache strategy loading

Fix javassist error for specimen cache strategy loading #5545

Fix test for cache strategy loading

Fix javassist error for specimen cache strategy loading #5545

Latest changes to markup import

updating poms for 3.12.4 branch with snapshot versions

Add invasive to MarkupTransformer

Add new status to Markup-Transformer

Merge branch 'hotfix/3.12.3' into develop

Conflicts:
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/TaxonNodeServiceImpl.java
cdmlib-services/src/test/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/TaxonServiceSearchTest.java

Merge branch 'hotfix/3.12.3'

updating poms for branch'hotfix/3.12.3' with non-snapshot versions

fixing init strategy which was broken after refacoring

Implement preliminary Specimen cache strategy using facade cache
strategy

Improve status handling in markup import

adapt test for searching for name without taxon

adapt test for searching for name without taxon

fix  #5538

Allow recognizing forma in ranks

Latest changes to markup import

Revert last commit (taxon node handling is done in taxeditor)

Fix potential NPE when creating a new taxon for a classfication

Use correct column length annotation #5535

#5532 adding missing item to init strategy

minor

check for empty excludeUuid list

solving more problems which stem from previous refactoring

solving problems which stem from previous refactoring

minor

cherry pick from develeop

new createNewTaxonNode service method

minor

Minor changes to ResultSetPartitioner

Fix volume range bug in name parser #5518

Upgrade lucene to 5.4.1 due to bugs in 5.4.0

Latest fixes for markup import

Fix specimen retrieval by assignment status

updating poms for 3.12.3 branch with snapshot versions

new createNewTaxonNode service method

#5506 excluding NOP logger to help SLF4J binding the desired logger

comment regarding c3p0 version linkange to cdm-server

Minor

Javadoc

Fix NPE in HibernateProxyHelper for null objects