merge trunk into cdmlib v3.3 branch

 - merged changes from campanula branch
   - added BioCASE query support to cdmlib-ext

fix ABCD import

minor

moving preferences into new package and some minor changes

minor

refactor Abcd import so that save can be handled separately, not yet complete

change cdmApp type in ioConfig to interface  #3726

minor

merge-update from trunk

Added cichorieae to test XML output in PublisherTest

Add getReferences method so references now harvested in the XML output for print publishing.

merge trunk into v3.3 branch

change parent pom version in 3.3

minor

some more changes to CdmPreferences including key size

Some more changes to Preference service

just changed paths to relative

some better implementation for CdmPreferences dao including some tests #3555

Added a new output module for print publishing of Mediawiki files.

minor

move AbstractStringComparator to cdmlib-commons and refactor a bit

exchange comments on treeNodes for issues related to OrderColumn (#3722)

removing problematic ids from result data set

search for misapplied name implemented in findTaxaAndNamesByFullText() also adapting testdata and fixing a big bunch of problems with grouping and other freetext search features

adding dependency for lucene-join

cleaning up

adapting test data to changes in previous commit

problem of termloading which was overriding hibernate_sequences in testdatasets solved

first implementation towards a full functional TaxonService.findTaxaAndNamesByFullText() 2

first implementation towards a full functional TaxonService.findTaxaAndNamesByFullText()

adding method documentation

javadoc for amplification

some bugfixes for TaxonNode sorting #3508

minor

minor

partial implementation of CDM preferences (dao, service and enums): #3555

rename ISectionBase -> ISection

implement Section as ReferenceType  #2853

Javadoc for DnaMarker

Javadoc for molecular classes

minor

 - fixed bug #3695 (Description elements do not appear in data portal if there is only one element)

rename materialMethodTerm -> definedMaterialOrMethod

final implementation of MaterialOrMethodEvent, Cloning, PreservationMethod, ... #3360

as reintegration failed i copied the statistic files manually into the trunk, and now commit

as reintegration failed i copied the statistic files manually into the trunk, and now commit

add serId

update script for vocabulary representations #3708 and some bugfixes on vocabularies and code

minor

add new derivation events  #3714

minor

fix mixing abbrevLabel and label in VocabularyCreator

fix #3550 (duplicated reading of TermVocabulary representations during term loading)

drop sequence identifiable entity tables in update script  #3360

Change WaterbodyOrCountry name to Country    #3700

Change WaterbodyOrCountry name to Country    #3700

move static waterbody methods to NamedArea

minor

update waterbody uuids in class, csv and TermsDataSet

adapt DTYPE and orderindex for waterbody #3700  and update uuids #3705

remove measurement unit dummy, replace by meter and second

move code

update some vocabulary labels and descriptions

Change WaterbodyOrCountry representation

remove dummy terms with update script  #3706

Update script for WaterbodyOrCountry splitting #3700 (no Class name change yet)

add hierarchical information to DnaMarker vocabularies   #3591

update NomenclaturalCode.csv to use ICNAFP

allow DefinedTerms to be partOf

split Waterbody and Country vocabulary and make waterbody an ordinary NamedArea   #3700

Chloroplast DNA Markers and some more Eukaryotes  #3591

bugfix for DOI handling

bugfix for DOI handling

implement DOI class and use in Reference   #3572

implement DOI class and use in Reference   #3572

remove TODO

Allow access to hibernate dialect via DatabaseTypeEnum, use this for foreign key handling in TableCreator and ColumnAdder/Changer

move specimen images in update script and use class changer to change SpecimenOrObservation classes

evaluate data with existing publish marker #1780

bugfix for correct time for term and vocabulary creation

bugfix for correct time for term and vocabulary creation

use correct time for term and vocabulary creation

rename getRankByAbbrev methods to getRankByIdInVoc  #3479

conservative language handling for nomenclatural status type  #3545

minor

use latin for new combination #3545

add hibernate_sequences handling to table changing updaters

allow failing hibernate_sequence update

fix duplicate idInVocabulary in term loading and schema updater  #3479

bugfix for treeindex updater

Bugfix for rankClass update in term updater

minor javadoc

persist Sequence direction via enum key #3686

fix termupdating for 31_33

fix termupdating for 31_33

fix update hibernate_sequences

fix bugs in termupdater

adding FactoryMethods and Constructor to DNA classes and uuid/key for SequenceDirection

minor