Merge branch 'release/3.8.0'

updating poms for branch'release/3.8.0' with non-snapshot versions

minor

Revert "updating poms for 3.9.0-SNAPSHOT development"

This reverts commit 1a052a9893afe93249cf81603f410a4e454c305a.

updating poms for 3.9.0-SNAPSHOT development

fixing move Accepted taxon to synonym

clean up taxon cache strategy

Document new initListener method (#5161)

#5234 Add required updated taxon nodes

Simplify getNameTags in Taxon cache strategy (#5229)

Create new tag type for secundum reference (#5229)

Allow retrieving objects via ICommonService and UUID (#5160)

#3991 hiding the delegeate boolean properties in TaggedText by making them protected

#5229 avoiding LIE by autoinitializing the taggedTitle for TaxonBase

#5229 implementing output of TaxonBase.getTaggedTitle in web services
    - turning the TaxonBeanProcessor into TaxonBaseBeanProcessor
    - adding taggedTitle to the taxon instances returned by the portal service

bug fixes regarding performacne measuring

more detailed measuring time of accumulation in TransmissionEngineDistribution for performance testing

measuring time of accumulation in TransmissionEngineDistribution for performance testing

adding more test cases for ClassificationService
  - testTaxonNodeByNameComparator now with hybrid name
  - testlistRankSpecificRootNodes better testing of pager

using UNKNOWN_RANK as default lowerRank in transmission engine

simplifying test code

Deproxy name in taxon cache strategy.

Fix tagged title generation for taxa

Implement taggedTitle for taxon base #5229

#5220 Enable transactional write to delete method

#5224 Add new change synonym to acc. taxon method

#5213 Add method to move descriptions using uuids as args

Add annotation service to application config

Update test database schema to allow null for consensus sequence

Update test database schema to allow null for consensus sequence

Set sequence to null when removing a single read #5200

Add primer / amplification service to remoting

Allow authenticated access for users with all roles

#5019 Set correct updated objects

#5138, #5102 Fix cascade delete orphan error for address list in contact entity

Make default constructor public for bean loading

Correct delete behaviour

#5187 Add move methods with uuids as args

Correct setting of status when moving derivates

Make new move method write on commit

Revert back move method with entities as arguments

#5188 Fix issues with deleting specimens , sequences, single reads

adapting test to modified test data

fixing broken pager mechanism for listRankSpecificRootNodes() and improving test coverage

removing System.out.println

#5177 out-commented code snipped to enable sql logging for performance debugging

typo in comment

set the test to ignore, because the funcionality is not implemented yet.

revert the local changes

minor

Enhance ABCD import report

adding a convertmergeStrategy because of a different handling of merge and convert

changes for tcs import, fixing taxonnodecomparator, polytomouskey deletion and converting from person to team and team to person

adding a ConvertMergeStrategy

Merge branch 'develop' into abcd

#5040 - adding parameters to transmission engine webservice to set targetAreaLevel, lowerRank & upperRank

Add test for non-parsabel taxon name

Refine rank parsing

 - if rank cannot be parsed the taxon will be created as is with a
single taxon node without any parent taxon node but the classification
itself
 - some code refactoring
 - avoid NPEs

#5112 - hiding fall back areas from the hierachchic distribution representation

Add new test for name parsing

Increase reference titlecache in test DBs

#5070 - adding missing part in init stategy for second level derivatives

Replace load with findByUuid for delete with uuid(s) as argument.

#5161 Add initListener method to CdmBase object

add @Audited to startNumber

changes for deleting polytomous key nodes

#5160 Add new merge method with id's as arguments

minor

Adapt rank split for CoL to higher>species

Fix CoL import (taxon relationship split)

Enhance ignored import due to already existing specimens

Check capabilites of BioCase provider for supported ABCD schemas

Fix broken test

adding saving of synonym and taxon for swapSynonymAndAcceptedTaxon

whitespace

Fix UniqueKey issue for sequence ciations

minor

Adding filter functionality to stream converter (not yet ready)

Revert final qualifier after discussion in #5102

#5130 Extend cdmlib import architecture to allow for remoting and Add import methods to IOService

#5129 Extend export classes to allow for remote exports

Correct default cache initialisation

#2988 avoiding NPE and allowing empty omitlevels (bug fix)

Remove filter from stream partitioner

minor code cleaning

#4408 fixing a bug regarding fallback areas and adding more tests

adding IdInVocabulary to the toString representation of NamedAreas

#4408 removing occurences of fallbackAreaMarkerType in methods and renaming parameter in controller

#4408 - updating documentation on Marked area filter regarding fallback areas

merging fallbackAreaFilter rule into hiddenArea rule

all rules separated

minor refactoring

disnetangling DescriptionUtility.filterDistributions()

fixing broken pager of getNamedAreasInUse

#5100 Fix default language for remoting

Fix delete to return null if node corresponding to uuid does not exist

Intialise addresses in declaration to avoid orphan cascade issue

Avoid concurrent modification during deep delete.

 - cloned derivation events of child derivatives
 - added test

Add support for ABCD 2.0.6 in UnitAssociationParser

# WARNING: head commit changed in the meantime

Log ignored specimens in import report